View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6755_low_1 (Length: 768)

Name: NF6755_low_1
Description: NF6755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6755_low_1
NF6755_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-768)||(35200651-35201424)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 768
Target Start/End: Complemental strand, 35201424 - 35200651
Alignment:
Q  1 aaagcgtgattaggatgaatcttgagtggttcaataaagnnnnnnnnntagtaaaaataaagaacacacacccacatatatactccaacgtaacattctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35201424 aaagcgtgattaggatgaatcttgagtggttcaataaagaaaaaaaaatagtaaaaataaagaacacacacccacatatatactccaacgtaacattctt 35201325  T
Q  101 ttgtgcagagagatacattgagggaatccctaagacctgctcaaagccctaggcatgttgtaataaggcaaaatcccacttcaaaattttctaatattta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35201324 ttgtgcagagagatacattgagggaatccctaagacctgctcaaagccctaggcatgttgtaataaggcaaaatcccacttcaaatttttctaatattta 35201225  T
Q  201 atttaattagtatagtatataattcaaaaataatgtaacttaggtcaagnnnnnnnatagcatcttc-ttttctttcaagttgttagtatcaagatctta 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35201224 atttaattagtatagtatataattcaaaaataatgtaacttaggtcaagtttttttatagcattttctttttctttcaagttgttagtatcaagatctta 35201125  T
Q  300 ataacatgaacaaaaaatataagacaattgcatggaccttttacagataaacatacgtatatattaggtaataaagatggtttctctattaagatagtat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35201124 ataacatgaacaaaaaatataagacaattgcatggaccttttacagataaacatacgtatatattaggtaataaagatggtttctctattaagatagtat 35201025  T
Q  400 ttattcataaagggagagacaaattaacagaagtatataatgataaac-nnnnnnnnnnnnntgaaacaagaacaatcaatatgtttatatgatgtacta 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35201024 ttattcataaagggagagacaaattaacagaagtatataatgataaacaaaaataaaaaaaatgaaacaagaacaatcaatatgtttatatgatgtacta 35200925  T
Q  499 aaagttccaaatgaaagggacaaaaaaccaccatgtggctctttacatctcaagaagactcaattgaattacacaacgaggtcacactttgcatttgtaa 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35200924 aaagttccaaatgaaagggacaaaaaaccaccatgtggctctttacatctcaagaagactcaattgaattacacaacgaggtcacactttgcatttgtaa 35200825  T
Q  599 ttaaaaga--ctttgttctactccataattttcttctctcatccatgttgaccaaagatatcacttttgttcttg--nnnnnnnaatgaaaagacaataa 694  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||    
T  35200824 ttaaaagactctttgttctactccataattttcttctctcatccatgttgaccaaagatatcacttttgttcttgtttttttttaatcaaaagacaataa 35200725  T
Q  695 accgttaatggagtgtgagtgtgtcagagagtgaggaagagagatcagccatgagatggtggcatggaatggaa 768  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35200724 accgttaatggagtgtgagtgtgtcagagagtgaggaagagagatcagccatgagatggtggcatggaatggaa 35200651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University