View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6773_low_1 (Length: 472)

Name: NF6773_low_1
Description: NF6773
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6773_low_1
NF6773_low_1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (31-463)||(5172698-5173130)
chr4 (31-463)||(4842395-4842827)
chr4 (38-462)||(5159789-5160213)
chr4 (38-468)||(5182037-5182464)
chr4 (31-460)||(5195424-5195853)
chr4 (47-465)||(5213606-5214021)
chr4 (180-468)||(4856867-4857151)
chr4 (326-460)||(7142257-7142390)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 31 - 463
Target Start/End: Original strand, 5172698 - 5173130
Alignment:
Q  31 gacatagttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagc 130  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  5172698 gacatagttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaactggatatcagcaaaaacatgtttggggctaaacttcctgagtgtttaagt 5172797  T
Q  131 aacttaacaaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatcct 230  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| || ||| ||||||      
T  5172798 aacttaacaaacctcagaattcttgaccttagccataatctattcagtggaaattttccatccttcattagtaatctcacatccttgacattcttatcac 5172897  T
Q  231 tctttggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagt 330  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||| | | ||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| || || || |||||    
T  5172898 tctatgaaaattacatgcaaggatcattttcacttatcattttggctaatcactccaatcttcagcatctacatatttcatcgaaaaacagcactggagt 5172997  T
Q  331 acacattgaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcatt 430  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5172998 acacattgaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtccctcattcttagaaattgcaacctaaacaaggacaaaggaagtgtcatt 5173097  T
Q  431 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173098 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 5173130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 31 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 4842827 - 4842395
Alignment:
Q  31 gacatagttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagc 130  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  4842827 gacatagttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggaagaactggatatcagcaaaaacatgtttggggctaaacttcctgagtgtttaagt 4842728  T
Q  131 aacttaacaaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatcct 230  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||      
T  4842727 aacttaacaaacctcagaattcttgaccttagccataatctgttcggtggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccttgacattcttatcac 4842628  T
Q  231 tctttggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagt 330  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||| | | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || || ||||  |||||    
T  4842627 tctatgaaaattacatgcaaggatcattttcacttatcaatttggctaatcactccaatcttcagcatctatatatttcatctaaaaacagtattggagt 4842528  T
Q  331 acacattgaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcatt 430  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||    
T  4842527 acacattgaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtccctcattcttagaaattgcaacctaaacatgaagaaaggaagtgtcatt 4842428  T
Q  431 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4842427 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 4842395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 38 - 462
Target Start/End: Original strand, 5159789 - 5160213
Alignment:
Q  38 ttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagcaacttaa 137  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5159789 ttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaactggatatcagccagaacatgtttagtgctaaatttcctgagtgtttaagcaacttaa 5159888  T
Q  138 caaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttgg 237  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| |||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  5159889 caaacctcagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaagtttccatctttcattagcaatctcacatcactggcatacttatccttctatgg 5159988  T
Q  238 aaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacatt 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||| | || || | ||  |||||| |||||    
T  5159989 aaattacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcattccaatcttgaggttctatatatttcatcaaaaaacaatattggagtagacatt 5160088  T
Q  338 gaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctactt 437  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5160089 gaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaggacaaaggaagtgtcattcctactt 5160188  T
Q  438 ttctttcttatcaatataatttgat 462  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  5160189 ttctttcttatcaatacaatttgat 5160213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 38 - 468
Target Start/End: Original strand, 5182037 - 5182464
Alignment:
Q  38 ttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagcaacttaa 137  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5182037 ttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgtttagtgctaaacttccagagtgtttaagcaacttaa 5182136  T
Q  138 caaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttgg 237  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  5182137 caaaccttagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaattttccatctttcattagcaatctcacatcactggcatacttatccttctatgg 5182236  T
Q  238 aaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacatt 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || |||   ||||| | ||||    
T  5182237 aaattacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcactcaaatcttcagcatctatatatttcaccggaaaacagt---ggagttctcatt 5182333  T
Q  338 gaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctactt 437  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  5182334 gaaactgaaaagacaaagtggtttcccaaatttcaattgaagacactcattcttagaaattgcaacctaaacaaggagaaaggaggtgtcattcctactt 5182433  T
Q  438 ttctttcttatcaatataatttgatattctt 468  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5182434 ttctttcatatcaatataatttgatattctt 5182464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 31 - 460
Target Start/End: Original strand, 5195424 - 5195853
Alignment:
Q  31 gacatagttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagc 130  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| || |||||||||    
T  5195424 gacatagttaattatgacaggactatgcaattttaaggatttggtagaactggatatcagcaaaaacatgtttagtgctaaacttccagattgtttaagc 5195523  T
Q  131 aacttaacaaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatcct 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5195524 aacttaacaaacctcagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaattttccatctttcattagcaatctcacatcactggcatacttatcct 5195623  T
Q  231 tctttggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagt 330  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||| | || || | ||  |||||    
T  5195624 tctatggaaattacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcattccaatcttgaggttctatatatttcatcaaaaaacaatattggagt 5195723  T
Q  331 acacattgaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcatt 430  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  5195724 agacattgaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtcacttattgttagaaattgcaacctaaacaaggacgaaggaagtgtcatt 5195823  T
Q  431 cctacttttctttcttatcaatataatttg 460  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5195824 cctacttttctttcatatcaatataatttg 5195853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 47 - 465
Target Start/End: Original strand, 5213606 - 5214021
Alignment:
Q  47 acaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagcaacttaacaaacctca 146  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||||| || || |||||| |||||||||||   ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5213606 acaggactatgcaaattgaaggatttggtagagctagatatcagctataacatgtttagcgcgcaacttcccgagtgtttaagcaacttaacaaacctga 5213705  T
Q  147 gagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttggaaattacat 246  Q
      |||||||| ||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5213706 atgttcttgaacttagctataatttgttcagtggaaattttccatccttcattagtaatctcacatcactggcatacttatccctctttggaaattacat 5213805  T
Q  247 gcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacattgaaactgaa 346  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  |||| || |  || | | ||||||||||||||    
T  5213806 gcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcactccaatctccagcatctatatatttcatc--acaa-agcattggtgcaaacattgaaactgaa 5213902  T
Q  347 aaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctacttttctttctt 446  Q
    || ||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5213903 aagacaaagtggttacccaaatttcaattgaagacactcattcttagaaattgcaacttaaacaaggacaaaggaagtgtcattcctacttttctttcat 5214002  T
Q  447 atcaatataatttgatatt 465  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  5214003 atcaatatagtttgatatt 5214021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 180 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 4857151 - 4856867
Alignment:
Q  180 gaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaa 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4857151 gaaattttccatccttcactaccaatctcacatctcttgcatact-atccatctatggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccactttggctaa 4857053  T
Q  280 tcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacattgaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaag 379  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || |||   ||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4857052 tcactcaaatcttcagcatctatatatttcaccggaaaacagt---ggagttctcattgaaactgaaaagacaaagtggtttcccaaatttcaattgaag 4856956  T
Q  380 tcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctacttttctttcttatcaatataatttgatattctt 468  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  4856955 acactcattcttagaaattgcaacctaaacatggacgaaggaagtgtcattcctacttttctttcatatcaatataatttggtattctt 4856867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 326 - 460
Target Start/End: Original strand, 7142257 - 7142390
Alignment:
Q  326 ggagtacacattgaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtg 425  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |  |  |||| ||  ||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||    
T  7142257 ggagtacacgttgaaactgaaaatacaaagtggtttcctagatttcaactacatacacttatg-ttaaaaattgcaaccaaaacatggacaaaggaaatg 7142355  T
Q  426 tcattcctacttttctttcttatcaatataatttg 460  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||    
T  7142356 tcattcctagttttttttcatatcaacataatttg 7142390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University