View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6774_low_7 (Length: 446)

Name: NF6774_low_7
Description: NF6774
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6774_low_7
NF6774_low_7
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (19-446)||(41316714-41317141)
chr5 (19-437)||(41328764-41329182)
chr5 (19-437)||(41332697-41333115)
chr5 (19-392)||(41310969-41311346)
chr5 (19-406)||(41337535-41337922)
chr5 (19-437)||(41324787-41325205)
chr5 (21-430)||(41286897-41287305)
chr5 (19-446)||(31187758-31188185)
chr5 (17-415)||(41366898-41367296)
chr5 (19-446)||(31177695-31178122)
chr5 (19-406)||(31225633-31226020)
chr5 (19-229)||(41305243-41305453)
chr5 (263-437)||(41431938-41432112)
chr5 (318-370)||(14235910-14235962)
chr5 (258-314)||(41338364-41338419)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-400)||(17248575-17248956)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-160)||(12438293-12438434)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 41317141 - 41316714
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41317141 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 41317042  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41317041 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 41316942  T
Q  219 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41316941 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 41316842  T
Q  319 catatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagcctc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41316841 catatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagcctc 41316742  T
Q  419 tgacgatgtttcagtaccaacaccaaac 446  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41316741 tgacgatgtttcagtaccagcaccaaac 41316714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 19 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 41329182 - 41328764
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41329182 gacacatccttcttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 41329083  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41329082 ttcaacccaataccttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctcccta 41328983  T
Q  219 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41328982 ctttctcttggaactaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttgatgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatcca 41328883  T
Q  319 catatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagcctc 418  Q
    ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||| || |||||| ||||||||||||| | || | |||     
T  41328882 catactcctttttatcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccattacctttgggttcttcaccatctcagacatcgcccataacagaacctg 41328783  T
Q  419 tgacgatgtttcagtacca 437  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  41328782 tgacgatgtttcggtacca 41328764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 19 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 41333115 - 41332697
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41333115 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 41333016  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||  |||| || ||||| ||||| |||||||||  || | ||    
T  41333015 ttcaacccaataccttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattacccttgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcata 41332916  T
Q  219 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  41332915 ctttctcttggaattaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttgacgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatcca 41332816  T
Q  319 catatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagcctc 418  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||| ||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| | ||   ||||    
T  41332815 catacccctttttatcaaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttccaatacctttgggttctttaccatctcagacatcgcccataacaatacctc 41332716  T
Q  419 tgacgatgtttcagtacca 437  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  41332715 tgacgatgtttcggtacca 41332697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 41311346 - 41310969
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41311346 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtccgtgcctttgaattcaattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaatctctcagc 41311247  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | || |||||||| | ||| |||||||  | ||| ||||||||||||||||||    
T  41311246 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactcttgtcttaattgggatctcatgcctattaatttggcatctctcccta 41311147  T
Q  219 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||  |||||||||    
T  41311146 ctttctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttgatgacaaactttaagtatatcaacaggtgcaactccatctcatcca 41311047  T
Q  319 catat----ccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatc 392  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  41311046 catatatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttccattacctttgggttctttaccatc 41310969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 19 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 41337922 - 41337535
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41337922 gacacatccttcttccagcaccaaatggtattaattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 41337823  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||  |||||||| |||    
T  41337822 ttcaacccaatactttggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaacccttgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctctctcta 41337723  T
Q  219 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 318  Q
    |||||||||||||| ||||| ||  ||  |||||  | ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || | |||||||||||| || |    
T  41337722 ctttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttgatgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtcta 41337623  T
Q  319 catatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgccca 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||  ||| ||| |||| |||| | |||||||||||    
T  41337622 catacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccattactattgggttctttatcatctccgacatcgccca 41337535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 41325205 - 41324787
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41325205 gacacatccttcttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactttcagc 41325106  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41325105 atcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctcccta 41325006  T
Q  219 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 318  Q
    ||||||||||||| |||||| ||  |    ||||  | ||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41325005 ctttctcttggaagtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatcca 41324906  T
Q  319 catatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagcctc 418  Q
    || | |||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||  || ||||||||| |||| |||||||| | ||||| |      
T  41324905 caaaccccttcctatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttggattctttaccatctcagatatcgcccataacacagtcgt 41324806  T
Q  419 tgacgatgtttcagtacca 437  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  41324805 tgacgatgtttcggtacca 41324787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 21 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 41287305 - 41286897
Alignment:
Q  21 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagctt 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  41287305 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagctt 41287206  T
Q  121 caacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccctact 220  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||| | || || ||||| ||||| |||||||||  || | ||||    
T  41287205 cgacccaatatcttggatctcttccaattgcccaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatact 41287106  T
Q  221 ttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccaca 320  Q
    |||||||||||  ||||||||   | |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  41287105 ttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccaca 41287006  T
Q  321 tatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagcctctg 420  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||  || ||||||||| |||||||| | || | ||||||| |||    
T  41287005 tacccctttctatcaaacactcttcttacctcagcttgtgctt-ttccatcacctttggattctttaccatctcagacatccctcataacacagcccctg 41286907  T
Q  421 acgatgtttc 430  Q
    ||||||||||    
T  41286906 acgatgtttc 41286897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 446
Target Start/End: Original strand, 31187758 - 31188185
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    ||||||| || ||||||||||| || |||||| |||| || |  ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  31187758 gacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagc 31187857  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
    |||  |||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  31187858 ttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctcta 31187957  T
Q  219 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 318  Q
    |||||||||||||| ||||| ||  ||  |||||  | ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  31187958 ctttctcttggaaccaacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctgattatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcga 31188057  T
Q  319 catatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagcctc 418  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||  |||| ||| ||||||||| |||| ||| |||| | ||||||| |    
T  31188058 catacccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccattatctttgggttctttaccatctcagatatcccccatagcacagcccc 31188157  T
Q  419 tgacgatgtttcagtaccaacaccaaac 446  Q
     ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  31188158 ggacgatgtttccgtaccagcaccaaac 31188185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 17 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 41367296 - 41366898
Alignment:
Q  17 cagacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||      
T  41367296 cagacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctctcaggcttaaaactcttg 41367197  T
Q  117 gcttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctccc 216  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||  |||| || ||||| | ||| |||||||||  || |     
T  41367196 gcatcaacccaatacctcggatctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcg 41367097  T
Q  217 tactttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatc 316  Q
    |||||||||||||||  || |||||   |  ||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  41367096 tactttctcttggaatcaataatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatt 41366997  T
Q  317 cacatatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||  | |  || ||||||||| ||||||||| ||| | ||||||    
T  41366996 cacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattaccatcggattctttaccatctcagacatcgtccataacacagc 41366898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 446
Target Start/End: Original strand, 31177695 - 31178122
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    ||||||| || ||||||||||| || |||||| | || ||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31177695 gacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatcaattgtgctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagc 31177794  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
    |||  |||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  31177795 ttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctcta 31177894  T
Q  219 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 318  Q
    |||||||||||||  ||||| ||   |  ||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |    
T  31177895 ctttctcttggaatcaacaaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttgattatagactttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcga 31177994  T
Q  319 catatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagcctc 418  Q
    |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||  |||| ||| |||| |||| |||| ||| |||| | |||| |  |    
T  31177995 catgcccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgcttccttcattatctttgggttctttatcatctcagatatcccccataacacaactcc 31178094  T
Q  419 tgacgatgtttcagtaccaacaccaaac 446  Q
    ||| |||||||| |||||| || |||||    
T  31178095 tgatgatgtttcggtaccaccaacaaac 31178122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 31226020 - 31225633
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    ||||||| || ||||||||||| || |||||| |||| || |  ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  31226020 gacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagc 31225921  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
    |||  |||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  31225920 ttctgcccaatacctttcatctcttccaattgcccaaacattgatagcaactcttgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctcta 31225821  T
Q  219 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 318  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||   ||||  || |||||||||||| | || | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |    
T  31225820 ctttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctctaattatagactttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcga 31225721  T
Q  319 catatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgccca 406  Q
    ||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||  |||||||  |||| ||| ||||||||| |||| ||| ||||    
T  31225720 catgtccctttttatcaaacatgtttcttacttcagcttgtgcttcctccattatctttgggttctttaccatctcagatatccccca 31225633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 41305453 - 41305243
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41305453 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagc 41305354  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||  ||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  41305353 ttcaacccaatactttggatctcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgatttggcaactctcccta 41305254  T
Q  219 ctttctcttgg 229  Q
    |||||||||||    
T  41305253 ctttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 263 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41431938
Alignment:
Q  263 tgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccacatatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgct 362  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  363 tgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagcctctgacgatgtttcagtacca 437  Q
    | |||||| ||||| | ||| ||  ||||| ||||||||||||| |  ||| || ||||||| ||||||||||||    
T  41432012 tcttccatcacattcgggttcttcgccatctcagacatcgcccataagacaaccactgacgaagtttcagtacca 41431938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 318 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235910
Alignment:
Q  318 acatatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccat 370  Q
    ||||| |||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccat 14235910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 258 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 41338419 - 41338364
Alignment:
Q  258 ctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctca 314  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  41338419 ctcaatgttt-tttgatgataaactttaagtatagtaattggtgcaactctgtctca 41338364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 8e-96; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Original strand, 17248575 - 17248956
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||    
T  17248575 gacaaatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgcctttgaaatcaattgggctattaaaaaacctttcaggtttgaaactctcagc 17248674  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaacccttgtcttgactggaatctcataaccattgatttggcatctctcccta 218  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||| || |||||| | ||| | ||||||    
T  17248675 ttcaacccaatacctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaacccttgtcttagctggaatatcatacccgttgattcgacatttttcccta 17248774  T
Q  219 ctttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttgatgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatcca 318  Q
    |||| ||| ||||  ||||||||  ||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||| || ||||| |    
T  17248775 ctttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttgatgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatcta 17248874  T
Q  319 catatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccattacatttgagttttttaccatcgcagacat 400  Q
    |||| |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||  |||||| || |||| ||||||||  ||| |||||||    
T  17248875 catacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatcacctttgggttttttattatctcagacat 17248956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 160
Target Start/End: Original strand, 12438293 - 12438434
Alignment:
Q  19 gacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatcaattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagc 118  Q
    ||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| |  |  |||||| |||||||||| | || || ||| |||||||| |||||  | ||  |    
T  12438293 gacacattcttcttccagcaccaaaaggtataaactcgaaattagaccctttgtaatcaattggacaatcaataaatctctcaggattaaacttttctcc 12438392  T
Q  119 ttcaacccaataccttggatctcttccaatagcccaagcatt 160  Q
    ||||  ||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  12438393 ttcattccaatactttgggtctcttccaattgcccatgcatt 12438434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University