View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF6778_low_1 (Length: 631)
Name: NF6778_low_1
Description: NF6778
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6778_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 580; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 2495881 - 2495277
Alignment:
| Q |
18 |
actccacacatgcaaatctaaccnnnnnnnctcacgataataacctccgagttattggttgttcatttttctcatataaattttcataattttctcaatt |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2495881 |
actccacacatgcaaatctaacctttttttctcacgataataacctccgagttattggttgttcatttttctcatataaattttcataattttctcaatt |
2495782 |
T |
|
| Q |
118 |
tgaaaattatctctactttccttttccgcctaactccttcaacccaaaccagtgtagtcaaatatcagcaacagcggatggcagtggaagaaccattgac |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2495781 |
tgaaaattatctctactttccttttccgcctaactccttcaacccaaaccagtgtagtcaaatatcagcaacagcggatggcagtggaagaaccattgac |
2495682 |
T |
|
| Q |
218 |
agccgctgtggcctacttgtgaaggatggtgggcgccatggcgctttatggcgtcttaaaaaacaaattacttaatgacatggtctgtcatccacaataa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2495681 |
agccgctgtggcctacttgtgaaggatggtgggtgccatggcgctttatggcgtcttaaaaaacaaattacttaatgacatggtctgtcatccacaataa |
2495582 |
T |
|
| Q |
318 |
aaaacacagatcaaaacaaacatagttttgtagcagttgaaattaaactcaaattactatccgtagtgatgagccgataacaatatcaaaccaaatatac |
417 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2495581 |
aaaacacagatcaaaacaaacatagttttgtagcagttgaaattaaactcaaattactatccgtagtgatgagccgataacaatatcaaaccaaatatac |
2495482 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggcaaaaacacataagaagaaaacacttcacaacaaccataggagcaattcacccgatacataaacttaaaaattcaatcaaggcacccctccttgga |
517 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2495481 |
ttggcaaaaacacataagaagaaaacacttcacaacaaccataggagcaattcacccgatacataaacttaaaaattcaatcaaggcacccctccttgga |
2495382 |
T |
|
| Q |
518 |
atgataaaagattgcatatactcgtaaaaatgtaactatttcacaaccatagcaacagaaaatgcgaacgtaacagtaaaataaaataagagttacctcc |
617 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2495381 |
atgataaaagattgcatatactcgtaaaaatgtaactatttcacaaccatagcaacagaaaatgcgaacgtaacagtaaaataaaataagagttacctcc |
2495282 |
T |
|
| Q |
618 |
ttcat |
622 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
2495281 |
ttcat |
2495277 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 580; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 27098467 - 27097863
Alignment:
| Q |
18 |
actccacacatgcaaatctaaccnnnnnnnctcacgataataacctccgagttattggttgttcatttttctcatataaattttcataattttctcaatt |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27098467 |
actccacacatgcaaatctaacctttttttctcacgataataacctccgagttattggttgttcatttttctcatataaattttcataattttctcaatt |
27098368 |
T |
|
| Q |
118 |
tgaaaattatctctactttccttttccgcctaactccttcaacccaaaccagtgtagtcaaatatcagcaacagcggatggcagtggaagaaccattgac |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27098367 |
tgaaaattatctctactttccttttccgcctaactccttcaacccaaaccagtgtagtcaaatatcagcaacagcggatggcagtggaagaaccattgac |
27098268 |
T |
|
| Q |
218 |
agccgctgtggcctacttgtgaaggatggtgggcgccatggcgctttatggcgtcttaaaaaacaaattacttaatgacatggtctgtcatccacaataa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27098267 |
agccgctgtggcctacttgtgaaggatggtgggtgccatggcgctttatggcgtcttaaaaaacaaattacttaatgacatggtctgtcatccacaataa |
27098168 |
T |
|
| Q |
318 |
aaaacacagatcaaaacaaacatagttttgtagcagttgaaattaaactcaaattactatccgtagtgatgagccgataacaatatcaaaccaaatatac |
417 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27098167 |
aaaacacagatcaaaacaaacatagttttgtagcagttgaaattaaactcaaattactatccgtagtgatgagccgataacaatatcaaaccaaatatac |
27098068 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggcaaaaacacataagaagaaaacacttcacaacaaccataggagcaattcacccgatacataaacttaaaaattcaatcaaggcacccctccttgga |
517 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27098067 |
ttggcaaaaacacataagaagaaaacacttcacaacaaccataggagcaattcacccgatacataaacttaaaaattcaatcaaggcacccctccttgga |
27097968 |
T |
|
| Q |
518 |
atgataaaagattgcatatactcgtaaaaatgtaactatttcacaaccatagcaacagaaaatgcgaacgtaacagtaaaataaaataagagttacctcc |
617 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27097967 |
atgataaaagattgcatatactcgtaaaaatgtaactatttcacaaccatagcaacagaaaatgcgaacgtaacagtaaaataaaataagagttacctcc |
27097868 |
T |
|
| Q |
618 |
ttcat |
622 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
27097867 |
ttcat |
27097863 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University