View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6778_low_3 (Length: 515)

Name: NF6778_low_3
Description: NF6778
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6778_low_3
NF6778_low_3
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (1-512)||(26192161-26192672)
chr4 (15-270)||(26176214-26176469)
chr4 (34-512)||(26179882-26180361)
chr4 (49-512)||(26162085-26162548)
chr4 (266-488)||(26175213-26175435)
chr4 (75-512)||(25929102-25929539)
chr4 (52-506)||(25648361-25648815)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (81-512)||(32189237-32189671)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 26192672 - 26192161
Alignment:
Q  1 aaaggcctcccatctaccaactccgtagaagatctcccaattcctaatttggatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagtttggatgatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26192672 aaaggcctcccatctaccaactccgtagaagatctcccaattcctaacttggatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagttttgatgatcttc 26192573  T
Q  101 acattggaaatgtaatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctccttacctctcnnnnnnngaggccgactccattcctttctcgatgtcacaact 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192572 acgttggaaatgtaatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctccatacctctcaaaaaaagaggccgactccattcctttctcgatgtcacaact 26192473  T
Q  201 cccaagtattcttcaactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagccaaatccatgagaggagcacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192472 cccaagtattcttcaactcttttcaatccctgaagaatctcctcaagccaaatccatgagaggagcacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggg 26192373  T
Q  301 gagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192372 gagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacc 26192273  T
Q  401 cctcacccagaactacccctctacaaaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcccctcccatatcc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26192272 cctcacccagaactacccctctacaaaagtacactgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatccccttccatatcc 26192173  T
Q  501 atatgccattta 512  Q
    ||||||||||||    
T  26192172 atatgccattta 26192161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 15 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 26176469 - 26176214
Alignment:
Q  15 taccaactccgtagaagatctcccaattcctaatttggatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgta 114  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26176469 taccaactccgcagaagatctcccaattcctaacttggatcatacagaagctttcaagacaggatattttagtttggatgatcttcacgttggaaatgta 26176370  T
Q  115 atgaccctccaatttccggtccaagaagtttctccttacctctcnnnnnnngaggccgactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttc 214  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26176369 atgaccttccaatttccggtccaagaagtttctccttacctctcaaaaaaagaggccaactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttc 26176270  T
Q  215 aactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagccaaatccatgagaggagcactt 270  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  26176269 aactcttttcaatccctaaagaatctcttcaaaccaaatccatgagaggagcactt 26176214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 34 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 26180361 - 26179882
Alignment:
Q  34 ctcccaat-tcctaatttggatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgtaatgaccctccaatttccg 132  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||     
T  26180361 ctcccaatctcctaacttggatcgtacagaagctttcaaggtaggatttttcaatttggatgatctttatgttggaaatgtaatgacccttcaatttccc 26180262  T
Q  133 gtccaagaagtttctccttacctctcnnnnnnngaggccgactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttcaactcttttcaatccctg 232  Q
    |||||||  ||||||||||  |||||       ||||| |||||||||||| |  | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  26180261 gtccaagtggtttctccttttctctcaaaaaaagaggctgactccattcctcttgcaatgtcacaacttccaagtgttcttcaactcttatcaatccctg 26180162  T
Q  233 aagcatctcctcaagccaaatccatgagaggagcacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtc 332  Q
    |||  ||||||||||| |||||||||| |    |||||| |||||| |||  ||||||| |||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||    
T  26180161 aagattctcctcaagctaaatccatgataaattcacttggagagtgtgaatcggaaaccattacaggggagacaaagacttgtgccaactctctagagtc 26180062  T
Q  333 catgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaaaagtac 432  Q
    |||||||||||||||| |||| ||  |||||||| | | ||||  ||||||||||||||| | ||| |||||||| | | ||  |||| |||| ||||||    
T  26180061 catgctcgaatttgttaacacgatctttggttcagatgccaaaattagtattctaaccaccaacaaaccctcaccgacagctgtccctttacagaagtac 26179962  T
Q  433 accgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcccctcccatatccatatgccattta 512  Q
    ||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26179961 accattttggaagtatcccatgatattgatgctccaaaatgggtagcttgtcatcccctctcatatccatatgccattta 26179882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 49 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 26162548 - 26162085
Alignment:
Q  49 ttggatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgtaatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctc 148  Q
    |||||||  |||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||  |||| |    
T  26162548 ttggatcgcacagaagctttcaaggtaggatttttcaatttggatgatctttatgttggaaatgtaatgacccttcaatttcccatccaagagatttcac 26162449  T
Q  149 cttacctctcnnnnnnngaggccgactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttcaactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagc 248  Q
     || ||||||       ||||| ||||| |||||| || | |||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||  |||||||||||    
T  26162448 gtttcctctcaaaaaaagaggctgactcaattcctctcgcaatgtcacaactcccaagtgtttttcaacttttctcaatccctgaagattctcctcaagc 26162349  T
Q  249 caaatccatgagaggagcacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgtt 348  Q
     |||||||||  |||| |||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |  ||||  || || ||||||||||||||||||||||||    
T  26162348 taaatccatgttaggatcacttgaacagtgtgaagcggaaaccattacaggggagacaaagacttgtgtaaactccctagagtccatgctcgaatttgtt 26162249  T
Q  349 gacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaaaagtacaccgttttagaagtat 448  Q
    ||||| || ||||||||| |||  ||| ||| |||||| || || | ||| |||||| | | | | | |||| |||| || |||||| |||| |||||||    
T  26162248 gacacgatcattggttcatacgcgaaacataatattctcactaccaccaaaccctcatcgacagccatccctttacagaattacaccattttggaagtat 26162149  T
Q  449 cacatgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcccctcccatatccatatgccattta 512  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26162148 cacatgatattgatgctcccaaatgggtagcttgtcatcccctctcatatccatatgccattta 26162085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 266 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 26175435 - 26175213
Alignment:
Q  266 cacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttc 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||     
T  26175435 cacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaagatctgtgccaattcttaagagcccatgcttgaatttgttgacacaattattagttt 26175336  T
Q  366 aaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaaaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgtt 465  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26175335 aaacgtcaaatatagtattctgaccaccagcaacccctcaaccagaactatccctctacaaaagtacaccattttagaagtatcacatgatattgatgtt 26175236  T
Q  466 cccaaatgggtagcttgtcatcc 488  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  26175235 ccctaatgggtagcttgtcatcc 26175213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 75 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 25929539 - 25929102
Alignment:
Q  75 aggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgtaatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctccttacctctcnnnnnnngaggccgac 174  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||  || ||| ||       ||||| |||    
T  25929539 aggatttttcaatttggatgatcttcatgttggaaatgtaatgaccctccaatttccaatccaagagatttctaatttcctttcgagaaaagaggctgac 25929440  T
Q  175 tccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttcaactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagccaaatccatgagaggagcacttgaag 274  Q
    || |||||| |||| || ||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||      
T  25929439 tcaattcctctctcaatttcacaactcccaagtgttctcgaactcctttcaatccccgaagactctcctcaagcaaaatcaatgagagaaacacttgagc 25929340  T
Q  275 agtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaa 374  Q
    | ||  |||  ||| |||| ||||||||| | || | ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||  ||  |||    
T  25929339 aatgtcaagcagaacccgtcacaggggagtccaagacctgtgccaactctatagagtccatgcttgaatttgttgacaaaataattggttccgactccaa 25929240  T
Q  375 atatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaaaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgg 474  Q
      ||| | |||| || || | | |||||||||||    ||| |||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||||    
T  25929239 gcataatgttcttactaccacccacccctcaccctcggctatccctctccaaaaatacaccattttaaaagtatcacgtgacattagtgttcccaaatgg 25929140  T
Q  475 gtagcttgtcatcccctcccatatccatatgccattta 512  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25929139 gtatcttgccatcccctcccatatccatatgccattta 25929102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 52 - 506
Target Start/End: Original strand, 25648361 - 25648815
Alignment:
Q  52 gatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgtaatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctcctt 151  Q
    ||||| |||||||||||||||  ||| | |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||  |    
T  25648361 gatcacacagaagctttcaagttaggctttttcggtttggatgatcttcatgttggaaatgtaatggccctccaatttccggtccaaaaagttcctcaat 25648460  T
Q  152 acctctcnnnnnnngaggccgactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttcaactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagccaa 251  Q
     ||| ||       |||||  |||| |||||||||||  | ||| ||||| ||||  |||| || ||||| ||||||||| |||  ||||| ||||||||    
T  25648461 tcctttcgaaaaaggaggctaactcaattcctttctcactctcataactcacaagggttctacatctcttgtcaatccctcaagattctccacaagccaa 25648560  T
Q  252 atccatgagaggagcacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgac 351  Q
    ||| ||||||  | |||||||| | || ||||  || |  || | ||||||||| |  || |||| ||| ||  ||||||| |||||  |||||||||||    
T  25648561 atctatgagaaaaacacttgaacattgtgaagctgacagagtcagaggggagaccaggatgtgtgtcaactccgtagagtctatgcttaaatttgttgac 25648660  T
Q  352 acaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaaaagtacaccgttttagaagtatcac 451  Q
    ||||| ||||||||| | | |||||||  |||||| || || | |||||| ||||||  | | | ||||||  | || |||||| | || |||||||||     
T  25648661 acaataattggttcagaagccaaatatgatattctcacaaccaacaacccatcaccctcagccatccctctctagaaatacaccatcttggaagtatcag 25648760  T
Q  452 atgatattgatgttcccaaatgggtagcttgtcatcccctcccatatccatatgc 506  Q
    | |||||| |||   | ||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||    
T  25648761 acgatattaatgcatctaaatgggtatcttgccatcccatgccatatccatatgc 25648815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 81 - 512
Target Start/End: Original strand, 32189237 - 32189671
Alignment:
Q  81 tttcagtttggatgatcttcacattggaaatgtaatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctccttacctctcnnnnnnngaggccgactccatt 180  Q
    ||||| |||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||| || ||| ||       ||||||||||| ||     
T  32189237 tttcaatttgaatgatcttcgtgttggaaatgtaatgaccctccaatttccggttcaaaaaattcctcatttcctttcaaaaaaggaggccgactcaatg 32189336  T
Q  181 cctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttcaactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagccaaatccatgagaggagcacttgaagagtgcg 280  Q
    ||| ||||  | ||||||||| ||||  |||| || ||||| ||||||||| |||  ||||| ||||||||||  ||||||  | |||||||| |||| |    
T  32189337 cctctctcactctcacaactcacaagagttctacatctcttgtcaatccctcaagattctccacaagccaaatatatgagaaaaacacttgaacagtgtg 32189436  T
Q  281 aaggggaaacc---gttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaata 377  Q
    ||   |  | |   || | ||||||||| |  || |||| ||| ||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||| | | ||||||    
T  32189437 aaaaagccatcatagtcaaaggggagaccaggatgtgtgtcaactctttagagtccatgcttgaattcgttggcacaataattggttcagaagccaaata 32189536  T
Q  378 tagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaaaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgttcccaaatgggta 477  Q
    |  |||||| || || |||||||| ||||||| ||| |||||||| || || |||||| |||| |||||||||| ||| ||| ||| ||| ||||||||     
T  32189537 tgatattctcacaaccagcaacccatcacccacaaccacccctctccagaaatacaccattttggaagtatcacctgacattaatgctccaaaatgggtt 32189636  T
Q  478 gcttgtcatcccctcccatatccatatgccattta 512  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32189637 gcttgccatcccatcccatatccatatgccattta 32189671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University