View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6779_low_2 (Length: 497)

Name: NF6779_low_2
Description: NF6779
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6779_low_2
NF6779_low_2
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (1-480)||(11445211-11445690)
chr4 (1-480)||(11547400-11547879)
chr4 (5-480)||(11507173-11507648)
chr4 (1-480)||(11468201-11468662)
chr4 (1-480)||(11522799-11523260)
chr4 (2-412)||(34775761-34776174)
chr4 (5-481)||(34783985-34784455)
[»] scaffold0794 (1 HSPs)
scaffold0794 (5-480)||(1830-2305)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 11445690 - 11445211
Alignment:
Q  1 ccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgcta 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  11445690 ccacaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactccatccttcgaaagttagtgtcctgtatcgtctcttgcgcctgcta 11445591  T
Q  101 acacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445590 acacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataa 11445491  T
Q  201 gtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445490 gtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacgtgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaa 11445391  T
Q  301 ggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatg 400  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445390 ggaactcagcctatttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatg 11445291  T
Q  401 gctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgt 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445290 gctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgt 11445211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 480
Target Start/End: Original strand, 11547400 - 11547879
Alignment:
Q  1 ccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgcta 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  11547400 ccacaaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactccatccttcgaaagttagtgtcctgtatcgtctcttgcgcctgcta 11547499  T
Q  101 acacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547500 acacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataa 11547599  T
Q  201 gtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547600 gtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacgtgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaa 11547699  T
Q  301 ggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatg 400  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547700 ggaactcagcctatttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatg 11547799  T
Q  401 gctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgt 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547800 gctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgt 11547879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 480
Target Start/End: Original strand, 11507173 - 11507648
Alignment:
Q  5 aaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacac 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11507173 aaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactccacccttctaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacac 11507272  T
Q  105 acaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtgg 204  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11507273 acaatggtttctttgcgaaaacaacactgatgagtggcaaagaaggagaagaagaaacaatatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtgg 11507372  T
Q  205 caaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaa 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  11507373 caaatcaacatgtttgtcaccatttgttaccggaacggttcatccatgtcgtctgaacatatggtactcctctacgaaatggctcactgaggagaaggaa 11507472  T
Q  305 cttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctg 404  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11507473 ctcagtctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctg 11507572  T
Q  405 ctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgt 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11507573 ctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttgaagtctatagttgatgt 11507648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 11468662 - 11468201
Alignment:
Q  1 ccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgcta 100  Q
    |||||| || ||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||    
T  11468662 ccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgcta 11468563  T
Q  101 acacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataa 200  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| |||                  ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| |    
T  11468562 acacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga------------------aagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatca 11468481  T
Q  201 gtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaa 300  Q
     |||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||| | ||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||    
T  11468480 atggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaa 11468381  T
Q  301 ggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatg 400  Q
    ||| |||   || | ||| || ||||  || ||||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||  || ||||||||| ||| |||    
T  11468380 ggatcttgcactttatgaaagtgcaatgggggagacattttttaactttcttaacaaagattctgaatctgataaacttggtctgtttcaaggggccatg 11468281  T
Q  401 gctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgt 480  Q
    || |||||||| ||||| || || |||||||| || || ||||  ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||    
T  11468280 gcagctgattcacaaatgtttaagcttgctctcaaggactgcagccatgtgtttgagggtttggaatctttggttgatgt 11468201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 480
Target Start/End: Original strand, 11522799 - 11523260
Alignment:
Q  1 ccacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgcta 100  Q
    |||||| || ||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||    
T  11522799 ccacaaacatggaaagcctatgactgttcctgaattagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttagtgtcctatataggttcttgcgcttgcta 11522898  T
Q  101 acacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataa 200  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| |||                  ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| |    
T  11522899 acacacgatggtttcttcgcaaaaacaacagtga------------------aagaagaaacagcttatgctctcacacctccttcaaagcttctcatca 11522980  T
Q  201 gtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaa 300  Q
     |||  ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||| | ||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||    
T  11522981 atggtgaatcaacttgttttgcaccacttgttaagggaattcttcatccatgttctctggatatgtggcactcctctaagaaatggttctcagaggagaa 11523080  T
Q  301 ggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatg 400  Q
    ||| |||   || | ||| || ||||  || ||||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||  || ||||||||| ||| |||    
T  11523081 ggatcttgcactttatgaaagtgcaatgggggagacattttttaactttcttaacaaagattctgaatctgataaacttggtctgtttcaaggggccatg 11523180  T
Q  401 gctgctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgt 480  Q
    || |||||||| ||||| || || |||||||| || || ||||  ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||    
T  11523181 gcagctgattcacaaatgtttaagcttgctctcaaggactgcagccatgtgtttgagggtttggaatctttggttgatgt 11523260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 412
Target Start/End: Original strand, 34775761 - 34776174
Alignment:
Q  2 cacaaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaa 101  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | | ||| | ||  |||| ||| |  |||    
T  34775761 cacaaccatggaaaaccaatgactctttctgaactagcctcatctttgaaacttcacccttctaaagttaatatacttcaccgattcttacgccttttaa 34775860  T
Q  102 cacacaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaagg------agaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttct 195  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||   |  |||| |||||||||||      ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  34775861 cacataatggtttctttgcaaaaacaa---tagtgaaaggcaaagaaggagatgaagaagaagaaatagcatattctctcacacctccttcaaagcttct 34775957  T
Q  196 cataagtggcaaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgag 295  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||  || ||||||  ||||  ||||||||| ||  | |  ||||||||   ||||| ||||||||| ||| |||     
T  34775958 cataagtggaaaaccaacatgtttatcttcaattgttaaaggagcacttcatccaagttctttagacatgtggagttcctcaaagaaatggttcaatgaa 34776057  T
Q  296 gacaaggaacttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagagg 395  Q
    || |||||||  |   | |||||| | |||| ||| ||||  |||||||| | ||||||||||||| ||||||||  |    |||||||||||||||| |    
T  34776058 gataaggaacaaacattgtttgagtgtgcaacaggggagagtttttgggattttcttaacaaagattctgaatctagtactttgagtatgtttcaagatg 34776157  T
Q  396 ctatggctgctgattct 412  Q
    |||||||  ||||||||    
T  34776158 ctatggcatctgattct 34776174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 5 - 481
Target Start/End: Original strand, 34783985 - 34784455
Alignment:
Q  5 aaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacac 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   |||| |||||  |||| ||| |  ||||||    
T  34783985 aaccatggaaaaccaatgactctttctgaattagcctcatctttaaaactccacccttctaaagttaacatcctctatcgattcttacgccttttaacac 34784084  T
Q  105 acaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtgg 204  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||    ||||  | || ||   ||||||||||||| |||||  ||| || ||  |||||| |||||||||||||||    
T  34784085 acaatggcttctttacaaaaacaaca---gtgaaaagtaatga---agaagaagaaacagcatatggtcttacaccatcttcaaagcttctcataagtgg 34784178  T
Q  205 caaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaa 304  Q
     ||||| |||||||| ||| |  || ||   |||| ||||||| || ||  | |  |||||||| | || || ||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  34784179 aaaatcgacatgtttatcaacgcttattgaaggagcgcttcatgcaagttctatagacatgtggaagtcttcaaagaaatggttcaatgaggataaggaa 34784278  T
Q  305 cttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctg 404  Q
    |  |  || |||||| | |||| ||||||||  | |||||| | ||||||||||||| ||||||||| |    ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  34784279 caaactctttttgagtgtgcaacaggagagaactattgggattttcttaacaaagattctgaatctggtactttgagtttgtttcaagatgctatggctg 34784378  T
Q  405 ctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgtc 481  Q
    ||||||||  ||| || || ||||||||  | |||  |||  |||||||||| |||||||| ||| | |||||||||    
T  34784379 ctgattctagaatgtttaagcttgctcttcatgagaacaagaatgtgtttgagggtttggaatctcttgttgatgtc 34784455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0794 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0794
Description:

Target: scaffold0794; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 480
Target Start/End: Original strand, 1830 - 2305
Alignment:
Q  5 aaccagggaaaaccaatgactcttactgaattagcctcatctttgaaactccacccttcgaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacac 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1830 aaccatggaaaaccaatgactcttactgaattagcttcatctttgaaactccacccttctaaagttagtgtcctttatcgtctcttgcgcttgctaacac 1929  T
Q  105 acaatggtttctttgcaaaaacaacactgatgaatggcaaagaaggagaagaagaaacaacatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtgg 204  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1930 acaatggtttctttgcgaaaacaacactgatgagtggcaaagaaggagaagaagaaacaatatattctctcactcctccttcaatgcttctcataagtgg 2029  T
Q  205 caaatcaacatgtttgtcaccatttgttagcggagtgcttcatccatgtcgtctgaacatgtggcactcctctaagaaatggctcactgaggacaaggaa 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  2030 caaatcaacatgtttgtcaccatttgttaccggaacggttcatccatgtcgtctgaacatatggtactcctctacgaaatggctcactgaggagaaggaa 2129  T
Q  305 cttagcctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctg 404  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2130 ctcagtctctttgagagcgcaagaggagagacattttgggactatcttaacaaagatactgaatctgatgaactgagtatgtttcaagaggctatggctg 2229  T
Q  405 ctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttggagtctatagttgatgt 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2230 ctgattctcaaatcttcaaccttgctctaaaagagtgcaatcatgtgtttgaaggtttggggtctatagttgatgt 2305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University