View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6786_low_2 (Length: 721)

Name: NF6786_low_2
Description: NF6786
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6786_low_2
NF6786_low_2
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (20-688)||(37162462-37163130)
chr1 (474-683)||(37154723-37154932)
chr1 (472-683)||(37150443-37150654)
chr1 (472-683)||(37159268-37159479)
chr1 (112-241)||(37150213-37150342)
chr1 (112-241)||(37159038-37159167)
chr1 (112-241)||(37155198-37155327)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (472-683)||(91815-92026)
chr4 (472-683)||(95122-95333)
chr4 (94-241)||(95436-95583)
chr4 (112-241)||(92129-92258)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (79-210)||(46315113-46315244)
chr7 (581-684)||(46315741-46315844)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 640; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 640; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 37163130 - 37162462
Alignment:
Q  20 gaaagttcaagaaaatcaatgatgctttgaaacaggttccaaagaagaaccaaaaaccttttgttattcatatcaaggagggtgtttatcatgagtatgt 119  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37163130 gaaagtttaagaaaatcaatgatgctttgaaacaggttccaaagaagaaccaaaaaccttttgttattcatatcaaggagggtgtttatcatgagtatgt 37163031  T
Q  120 tgaagttactaagaaaatgactcatgttgtgtttttgggtgatggtggcaacaagacaagaattactggcaacaaaaattttatagatggaattaacact 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37163030 tgaagttactaagaaaatgactcatgttgtgtttttgggtgatggtggcaacaagacaagaattactggcaacaaaaattttatagatggaattaacact 37162931  T
Q  220 taccaaacccccactgtcggtacgtgttttagagacgaatttcacatttttctttccttaacatgtcgctatttcagctttttctatgtacaaaactata 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37162930 taccaaacccccactgtcggtacgtgttttagagacgaatttcacaattttctttccttaacatgtcgctatttcagctttttctatgtacaaaactata 37162831  T
Q  320 catgggaagcaactataaataaatcaacttaaaaaccagtatgcatggttaataagagatatagtattatgggaattaagtaagaatatgnnnnnnngat 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  37162830 catgggaagcaactataaataaatcaacttaaaaaccagtatgcatggttaataagagatatagtattatgggaattaagtaagaatatgtttttttgat 37162731  T
Q  420 caaagaagaacaatatgttaattgcaaaatatattgatgtttatgcctacatattgcagctattgaaggagataactttgtagccatcaatataggattc 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37162730 caaagaagaacaatatgttaattgcaaaatatattgatgtttatgcctacatattgcagctattgaaggagataactttgtagccatcaatataggattc 37162631  T
Q  520 gagaattcagctggacctcaaaaacatcaagcagtagcgataagggtccaagcagacaaggcaatcttttacaaatgttcaatggacggatatcaagaca 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37162630 gagaattcagctggacctcaaaaacatcaagcagtagcgataagggtccaagcagacaaggcaatcttttacaaatgttcaatggacggatatcaagaca 37162531  T
Q  620 cattatatgtacacaccatgcgtcaattttatcgtgattgtacaatttcaggcaccattgacttcatct 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37162530 cattatatgtacacaccatgcgtcaattttatcgtgattgtacaatttcaggcaccattgacttcatct 37162462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 474 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 37154932 - 37154723
Alignment:
Q  474 tgcagctattgaaggagataactttgtagccatcaatataggattcgagaattcagctggacctcaaaaacatcaagcagtagcgataagggtccaagca 573  Q
    |||||||||| |||||||| |||||   ||||| || || || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  |||| || |||| |    
T  37154932 tgcagctattcaaggagatcactttaccgccattaacatgggttttgagaattcagctggtccacaaaaacatcaagcagtggcactaagagttcaagga 37154833  T
Q  574 gacaaggcaatcttttacaaatgttcaatggacggatatcaagacacattatatgtacacaccatgcgtcaattttatcgtgattgtacaatttcaggca 673  Q
    || ||| | ||||| | ||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |    
T  37154832 gataagactatcttcttcaattgctcaatggatggatatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgtgactgtactatttcaggta 37154733  T
Q  674 ccattgactt 683  Q
    |||| |||||    
T  37154732 ccatcgactt 37154723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 472 - 683
Target Start/End: Original strand, 37150443 - 37150654
Alignment:
Q  472 attgcagctattgaaggagataactttgtagccatcaatataggattcgagaattcagctggacctcaaaaacatcaagcagtagcgataagggtccaag 571  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||||   ||||| || || || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||  |||| || ||||    
T  37150443 attgcagcaattcaaggagatcactttaccgccattaacatgggtttcgagaactcagctggtccacaaaaacatcaagcagtggcactaagagttcaag 37150542  T
Q  572 cagacaaggcaatcttttacaaatgttcaatggacggatatcaagacacattatatgtacacaccatgcgtcaattttatcgtgattgtacaatttcagg 671  Q
     ||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| || ||||| || || ||||||||    
T  37150543 gagataaggctatcttctacaattgctcaatggatggatatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattctaccgtgactgcaccatttcagg 37150642  T
Q  672 caccattgactt 683  Q
     ||||| |||||    
T  37150643 taccatcgactt 37150654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 472 - 683
Target Start/End: Original strand, 37159268 - 37159479
Alignment:
Q  472 attgcagctattgaaggagataactttgtagccatcaatataggattcgagaattcagctggacctcaaaaacatcaagcagtagcgataagggtccaag 571  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||||   ||||| || || || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||  |||| || ||||    
T  37159268 attgcagcaattcaaggagatcactttaccgccattaacatgggtttcgagaactcagctggtccacaaaaacatcaagcagtggcactaagagttcaag 37159367  T
Q  572 cagacaaggcaatcttttacaaatgttcaatggacggatatcaagacacattatatgtacacaccatgcgtcaattttatcgtgattgtacaatttcagg 671  Q
     ||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| || ||||| || || ||||||||    
T  37159368 gagataaggctatcttctacaattgctcaatggatggatatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattctaccgtgactgcaccatttcagg 37159467  T
Q  672 caccattgactt 683  Q
     ||||| |||||    
T  37159468 taccatcgactt 37159479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 112 - 241
Target Start/End: Original strand, 37150213 - 37150342
Alignment:
Q  112 gagtatgttgaagttactaagaaa-atgactcatgttgtgtttttgggtgatggtggcaacaagacaagaattactggcaacaaaaattttatagatgga 210  Q
    |||||||||||||||  ||| ||| ||||| ||| |||||||| | ||||||||||| || ||| ||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||    
T  37150213 gagtatgttgaagttt-taacaaatatgacacatattgtgtttgttggtgatggtggtaagaagtcaataatcaccggcaacaaaaactttatggatgga 37150311  T
Q  211 attaacacttaccaaacccccactgtcggta 241  Q
     |||  |||||||| ||| ||||||| ||||    
T  37150312 gttacgacttaccacaccgccactgttggta 37150342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 112 - 241
Target Start/End: Original strand, 37159038 - 37159167
Alignment:
Q  112 gagtatgttgaagttactaagaaa-atgactcatgttgtgtttttgggtgatggtggcaacaagacaagaattactggcaacaaaaattttatagatgga 210  Q
    |||||||||||||||  ||| ||| ||||| ||| |||||||| | ||||||||||| || ||| ||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||    
T  37159038 gagtatgttgaagttt-taacaaatatgacacatattgtgtttgttggtgatggtggtaagaagtcaataatcaccggcaacaaaaactttatggatgga 37159136  T
Q  211 attaacacttaccaaacccccactgtcggta 241  Q
     |||  |||||||| ||| ||||||| ||||    
T  37159137 gttacgacttaccacaccgccactgttggta 37159167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 112 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 37155327 - 37155198
Alignment:
Q  112 gagtatgttgaagttactaagaaaatgactcatgttgtgtttttgggtgatggtggcaacaagacaagaattactggcaacaaaaattttatagatggaa 211  Q
    |||||||||||||||   || || ||||| ||| |||||||| | ||||||||||| || ||| | | ||| |||||||||||||| | ||| ||||||     
T  37155327 gagtatgttgaagttttaaaaaatatgacacatattgtgtttgttggtgatggtggtaagaagtcgataatcactggcaacaaaaactatatggatggag 37155228  T
Q  212 ttaacacttaccaaacccccactgtcggta 241  Q
    ||| ||| ||||| ||| ||||||| ||||    
T  37155227 ttaccacctaccataccaccactgttggta 37155198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 4e-37; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 472 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 92026 - 91815
Alignment:
Q  472 attgcagctattgaaggagataactttgtagccatcaatataggattcgagaattcagctggacctcaaaaacatcaagcagtagcgataagggtccaag 571  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||   ||||| ||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  |||| || ||||    
T  92026 attgcagctattcaaggagatcactttaccgccattaatatgggttttgagaattcagctggtccacaaaaacatcaagcagtggcactaagagttcaag 91927  T
Q  572 cagacaaggcaatcttttacaaatgttcaatggacggatatcaagacacattatatgtacacaccatgcgtcaattttatcgtgattgtacaatttcagg 671  Q
     ||| ||||| ||||| | ||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||| ||||||||    
T  91926 gagataaggctatcttcttcaattgctcaatggatggatatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcagg 91827  T
Q  672 caccattgactt 683  Q
     ||||| |||||    
T  91826 taccatcgactt 91815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 472 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 95333 - 95122
Alignment:
Q  472 attgcagctattgaaggagataactttgtagccatcaatataggattcgagaattcagctggacctcaaaaacatcaagcagtagcgataagggtccaag 571  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||   ||||| || || || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  |||| || ||||    
T  95333 attgcagctattcaagaagatcactttaccgccattaacatgggttttgagaattcagctggtccacaaaaacatcaagcagtggcactaagagttcaag 95234  T
Q  572 cagacaaggcaatcttttacaaatgttcaatggacggatatcaagacacattatatgtacacaccatgcgtcaattttatcgtgattgtacaatttcagg 671  Q
     ||| ||||| ||||| | ||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||| ||||||||    
T  95233 gagataaggctatcttcttcaattgctcaatggatggatatcaagacacactttatgtacacgccatgcgtcaattttaccgcgactgtactatttcagg 95134  T
Q  672 caccattgactt 683  Q
     ||||| |||||    
T  95133 taccatcgactt 95122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 95583 - 95436
Alignment:
Q  94 aaggagggtgtttatcatgagtatgttgaagttactaagaaaatgactcatgttgtgtttttgggtgatggtggcaacaagacaagaattactggcaaca 193  Q
    ||||| |||||||| |  |||||||||||||||   || || ||||| ||| |||||||| | ||||||||||| || ||| ||| ||| ||||||||||    
T  95583 aaggaaggtgtttaccgagagtatgttgaagttttaaaaaatatgacacatattgtgtttgttggtgatggtggtaagaagtcaataatcactggcaaca 95484  T
Q  194 aaaattttatagatggaattaacacttaccaaacccccactgtcggta 241  Q
    |||| | ||| |||||| ||| ||| ||||| ||| ||||||| ||||    
T  95483 aaaactatatggatggagttaccacctaccataccaccactgttggta 95436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 112 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 92258 - 92129
Alignment:
Q  112 gagtatgttgaagttactaagaaaatgactcatgttgtgtttttgggtgatggtggcaacaagacaagaattactggcaacaaaaattttatagatggaa 211  Q
    |||||||||||||||   || || ||||| ||| |||||||| | ||||||||||| || ||| ||| ||| |||||||||||||| | ||| ||||||     
T  92258 gagtatgttgaagttttaaaaaatatgacacatattgtgtttgttggtgatggtggtaagaagtcaataatcactggcaacaaaaactatatggatggag 92159  T
Q  212 ttaacacttaccaaacccccactgtcggta 241  Q
    ||| ||| ||||| ||| ||||||| ||||    
T  92158 ttaccacctaccataccaccactgttggta 92129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 210
Target Start/End: Original strand, 46315113 - 46315244
Alignment:
Q  79 tttgttattcatatcaaggagggtgtttatcatgagtatgttgaagttactaagaaaatgactcatgttgtgtttttgggtgatggtggcaacaagacaa 178  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||| ||  | ||||||||||| |  ||||||     
T  46315113 tttgttatttacatcaaggagggtgtttataaagagtatgttgaagttactaaaaccatgactcacgttgttttcatcggtgatggtggtagaaagacac 46315212  T
Q  179 gaattactggcaacaaaaattttatagatgga 210  Q
    | ||||| ||||| ||||| || || ||||||    
T  46315213 gcattacgggcaataaaaacttcattgatgga 46315244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 581 - 684
Target Start/End: Original strand, 46315741 - 46315844
Alignment:
Q  581 caatcttttacaaatgttcaatggacggatatcaagacacattatatgtacacaccatgcgtcaattttatcgtgattgtacaatttcaggcaccattga 680  Q
    |||| |||||||||||   |||||| || || ||||||||| | || |  ||||||||||||||||| || ||||||||||  || ||||| ||||||||    
T  46315741 caattttttacaaatgcagaatggatggttaccaagacacactttacgctcacaccatgcgtcaattctaccgtgattgtattatctcaggtaccattga 46315840  T
Q  681 cttc 684  Q
    ||||    
T  46315841 cttc 46315844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University