View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6789_low_3 (Length: 519)

Name: NF6789_low_3
Description: NF6789
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6789_low_3
NF6789_low_3
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (21-508)||(15066327-15066814)
chr8 (21-508)||(15214626-15215116)
chr8 (21-504)||(15052126-15052615)
chr8 (23-456)||(13033048-13033487)
chr8 (397-508)||(15076280-15076391)
chr8 (193-449)||(15047402-15047660)
chr8 (252-362)||(15169139-15169249)
chr8 (280-381)||(4506898-4506999)
chr8 (217-362)||(14999898-15000044)
chr8 (21-89)||(15171755-15171823)
chr8 (21-89)||(15076690-15076758)
chr8 (262-327)||(15750930-15750996)
chr8 (280-362)||(15076426-15076508)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (265-327)||(1618494-1618556)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 15066814 - 15066327
Alignment:
Q  21 attggactcttgaattgacttgggcaacgaaggaaatggcatgtgagttccataaagccttggttcaatcatatttggtacatcaatttgaggcatttga 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15066814 attggactcttgaattgacttgggcaacgaaggaaatggcatgtgagttccataaagccttggttcaaccatatttggtacatcaatttgaggcatttga 15066715  T
Q  121 ccatctgtattattgccacttacttcaaaatgaggcacaagttcatgtggattaaatgacagtaatggatggttattctctaaggaggtaaaatgttggc 220  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15066714 ccatctgtattattaccacttacttcaaaatgaggcacaagttcatgtggattaaatgatagtaatggatggttattctctaaggaggtaaaatgttggc 15066615  T
Q  221 gattaacaatagcatattcaagacctttaagccaagtagtgccagattttggcatggatgcaacaacaatatcactatctttggcatgaaaattattttg 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15066614 gattaacaatagcatatgcaagacctttaagccaagtagtgccagattttggcatggatgcaactacaatatcactatctttggcatgaaaattattttg 15066515  T
Q  321 aaaagagttcacagattggataagagttgatggacaccaaaatccatgataaaaataaaaatattgagtatcacatccattttctctaggaagagacaag 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15066514 aaaagagttcacagattggataagagttgatggacaccaaaatccatgataaaaataaaaatattgagtatcacatccattttctctaggaagagacaag 15066415  T
Q  421 attaggttattataatcatggattaccttgttttcttcgctaattgtttcttgtccatcccttgattggtcttctttcatatgtgtga 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15066414 attaggttattataatcatggattaccttgttttcttcgctaattgtttcttgtccatcccttgattggtcttctttcatatttgtga 15066327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 508
Target Start/End: Original strand, 15214626 - 15215116
Alignment:
Q  21 attggactcttgaattgacttgggcaacgaaggaaatggcatgtgagttccataaagccttggttcaatcatatttggtacatcaatttgaggcatttga 120  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||   ||    
T  15214626 attggactctttaactgacttgggcaacgaaggaaatggcatgtgagttccaaaaagccttggttcagtcatatttgatacatcaatttgaggcaaagga 15214725  T
Q  121 ccatctgtattattgccac---ttacttcaaaatgaggcacaagttcatgtggattaaatgacagtaatggatggttattctctaaggaggtaaaatgtt 217  Q
    |||||| ||| |     |    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15214726 ccatctttatcaccataaaggtttacttcaaactgaggcacaagttcatgtggattaaataatagtaatggatggttattctctaaggatgtaaaatgtt 15214825  T
Q  218 ggcgattaacaatagcatattcaagacctttaagccaagtagtgccagattttggcatggatgcaacaacaatatcactatctttggcatgaaaattatt 317  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  15214826 ggcgattaacaatagcatatgcaagacctttaagccaagtagtgccagattttggaatggatgcaacaacaatatcactgtctttagcatgaaaattatt 15214925  T
Q  318 ttgaaaagagttcacagattggataagagttgatggacaccaaaatccatgataaaaataaaaatattgagtatcacatccattttctctaggaagagac 417  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||    
T  15214926 ttgaaaagagttcacagattgaataagagttgatggacaccaaaatccatgaaaaaaatacatatattgagtctcacacccattttctctaggaagtgac 15215025  T
Q  418 aagattaggttattataatcatggattaccttgttttcttcgctaattgtttcttgtccatcccttgattggtcttctttcatatgtgtga 508  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15215026 aagattaggttattataatcatggcttaccttgtttactttgctagttgtttcttgtccatcccttgattggtcttctttcatatttgtga 15215116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 21 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 15052615 - 15052126
Alignment:
Q  21 attggactcttgaattgacttgggcaacgaaggaaatggcatgtgagttccataaagccttggttcaatcatatttggtacatcaatttgaggcatttga 120  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||    |    
T  15052615 attggactctttaactgacttgggcaacgaaggaaatggcatgtgagttccaaaaagccttggttcagtcatatttggtacatcaacttgagtcaaaaca 15052516  T
Q  121 ccatctgt---attattgccacttacttcaaaatgaggcacaagttcatgtggattaaatgacagtaatggatggttattctctaaggaggtaaaatgtt 217  Q
      |||| |   |  ||     ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||    
T  15052515 ggatctttgccaccataaaggcttgcttcaaactgaggcactagttcatgtggattagataatagtaatggatgcttattctctaaggaagtaaaatatt 15052416  T
Q  218 ggcgattaacaatagcatattcaagacctttaagccaagtagtgccagattttggcatggatgcaacaacaatatcactatctttggcatgaaaattatt 317  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  15052415 ggcgattaacaatagcatatgcaagacctttaagccaagtgctgccagattttggcatggatgcagcaataatatcactgtctttagcatgaaaattatt 15052316  T
Q  318 ttgaaaagagttcacagattggataagagttgatggacaccaaaatccatgataaaaataaaaatattgagtatcacatc---cattttctctaggaaga 414  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |  || | |   ||| |||||||||||||    
T  15052315 ttgaaaagagatcgtagattggataaatgtagatggacaccaaaattcatgataaaaatacaaatattgacttacagacccatcatcttctctaggaaga 15052216  T
Q  415 gacaagattaggttattataatcatggattaccttgttttcttcgctaattgtttcttgtccatcccttgattggtcttctttcatatgt 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15052215 gacaagattaggttattataatcatggattaccttgttttcttcgctaattttttcttgtccatcccttgattggtcttctttcatatgt 15052126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 23 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 13033487 - 13033048
Alignment:
Q  23 tggactcttgaattgacttgggcaacgaaggaaatggcatgtgagttccataaagccttggttcaatcatatttggtacatcaatttgaggcatttgacc 122  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||      
T  13033487 tggactctttaaccgacttgggcaacgaaaggaatggaatgtgagtgccaaaaagccttggttcaatcatatttgatacatcaatttgaggcaaaagaat 13033388  T
Q  123 atctgtattattgccac---ttacttcaaaatgaggcacaagttcatgtggattaaatgacagtaatggatggttatt---ctctaaggaggtaaaatgt 216  Q
     ||| ||  |     |    |||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  13033387 gtctttaccaccataaaggtttacctcaaacagaggcactagttcatgtggattaaataatagtaatggatggttattattctctaaggaggtaaaatgt 13033288  T
Q  217 tggcgattaacaatagcatattcaagacctttaagccaagtagtgccagattttggcatggatgcaacaacaatatcactatctttggcatgaaaattat 316  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  13033287 tggcgattaacaatagcatatgcaagacctttaagccaagtggtgccagattttggcatagatgcaacaacaatatcattgtctttggcatgaaatttat 13033188  T
Q  317 tttgaaaagagttcacagattggataagagttgatggacaccaaaatccatgataaaaataaaaatattgagtatcacatccattttctctaggaagaga 416  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  13033187 tttgaaaagtgttgacagattggataagatatgatggacaccaaaatccatgaaaaaaatacatatattcagtctcacacccattttctctaggaagtga 13033088  T
Q  417 caagattaggttattataatcatggattaccttgttttct 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13033087 caagattaggttattataatcatggattaccttgttttct 13033048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 397 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 15076391 - 15076280
Alignment:
Q  397 ccattttctctaggaagagacaagattaggttattataatcatggattaccttgttttcttcgctaattgtttcttgtccatcccttgattggtcttctt 496  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15076391 ccattttctttaggaagtgacaagattaggttattataatcatggattaccttgttttcttcgctaattgtttcttgtccatcccttgattggtcttctt 15076292  T
Q  497 tcatatgtgtga 508  Q
    |||||| |||||    
T  15076291 tcatatttgtga 15076280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 193 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 15047660 - 15047402
Alignment:
Q  193 ttattctctaaggaggtaaaatgttggcgattaacaatagcatattcaagacctttaagccaagtagtgccagattttggcatggatgcaacaacaatat 292  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||| || ||||  |||| | ||| || ||||| | |||||||||||| ||||  | || ||    
T  15047660 ttattctcaaaggaggaaaaatgttgccggttaacaatagcaaatgcaagggctttcaaccatgtggtgcctgcttttggcatggaggcaatgaaaacat 15047561  T
Q  293 cactatctttggcatgaaaattattttgaaaagagttcacagattggataagagttgatggacaccaaaatccatg-ataaaaataaaaatattgagtat 391  Q
    |||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||| |||||||| ||      
T  15047560 cactctctttggccttaaaataattttgaaaagagtttatggattggataagagttgatggacacagaaatccatgaaaaaaaatacaaatattgggtta 15047461  T
Q  392 cacatccattttctctaggaagagacaagattaggtt-attataatcatggattacctt 449  Q
     | | ||||||||||||| ||| ||||| ||||  || ||||||||||||  |||||||    
T  15047460 gagacccattttctctagcaagtgacaatattaacttcattataatcatgacttacctt 15047402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 252 - 362
Target Start/End: Original strand, 15169139 - 15169249
Alignment:
Q  252 ccaagtagtgccagattttggcatggatgcaacaacaatatcactatctttggcatgaaaattattttgaaaagagttcacagattggataagagttgat 351  Q
    |||||| ||||| |||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | | || |||||| | | |||||    
T  15169139 ccaagtggtgcctgattttggtaagcttgcaacaacaatatcactatctttggcttgaaaatgattttgaaaagagattataggttggatcaaatttgat 15169238  T
Q  352 ggacaccaaaa 362  Q
    |||||||||||    
T  15169239 ggacaccaaaa 15169249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 280 - 381
Target Start/End: Original strand, 4506898 - 4506999
Alignment:
Q  280 gcaacaacaatatcactatctttggcatgaaaattattttgaaaagagttcacagattggataagagttgatggacaccaaaatccatgataaaaataaa 379  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||| | || |||||| | | |||||||||||||||| || ||| |||||||||    
T  4506898 gcaacaacaatatcattgtctttggcttgaaaatgattttgaaaagagtttataggttggattaaatttgatggacaccaaaaaccttgaaaaaaataaa 4506997  T
Q  380 aa 381  Q
    ||    
T  4506998 aa 4506999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 217 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 15000044 - 14999898
Alignment:
Q  217 tggcgattaacaatagcatat-tcaagacctttaagccaagtagtgccagattttggcatggatgcaacaacaatatcactatctttggcatgaaaatta 315  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||  | ||||  |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||    
T  15000044 tggcgattaacaattgcatatgttaaagcttttagcccaagtggtgcctgcttttggcatggatgcaacaataacatcactatctttggtttgaaaatta 14999945  T
Q  316 ttttgaaaagagttcacagattggataagagttgatggacaccaaaa 362  Q
    ||| |||||||||| | || |||||| |   ||| ||||||||||||    
T  14999944 tttcgaaaagagtttataggttggattaatattggtggacaccaaaa 14999898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 89
Target Start/End: Original strand, 15171755 - 15171823
Alignment:
Q  21 attggactcttgaattgacttgggcaacgaaggaaatggcatgtgagttccataaagccttggttcaat 89  Q
    |||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  15171755 attggactcttgaattgacttggcaagtgaaggaaatggaatgtgagtcccaaaaagccttggttcaat 15171823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 15076758 - 15076690
Alignment:
Q  21 attggactcttgaattgacttgggcaacgaaggaaatggcatgtgagttccataaagccttggttcaat 89  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |  ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  15076758 attggagtcttgaattgacttggcaagtgaaggaaatggaatgtgagtcccaaaaagccttggttcaat 15076690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 15750996 - 15750930
Alignment:
Q  262 ccagattttggcatggatgcaacaacaatatcactatc-tttggcatgaaaattattttgaaaagag 327  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  15750996 ccagtttttggcatagaggcaacaacaacatcactatcttttggcttgaaaatgattttgaaaagag 15750930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 280 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 15076508 - 15076426
Alignment:
Q  280 gcaacaacaatatcactatctttggcatgaaaattattttgaaaagagttcacagattggataagagttgatggacaccaaaa 362  Q
    ||||||||||||||| | | |||||| || ||||| |||||||||||| | | || |||||| | | ||||||||||||||||    
T  15076508 gcaacaacaatatcattgtgtttggcttggaaattgttttgaaaagagattataggttggatcatatttgatggacaccaaaa 15076426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 327
Target Start/End: Original strand, 1618494 - 1618556
Alignment:
Q  265 gattttggcatggatgcaacaacaatatcactatctttggcatgaaaattattttgaaaagag 327  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  1618494 gattttggcatagaggcaataacaacatcactatctttagcttgaaaatcattttgaaaagag 1618556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University