View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6789_low_6 (Length: 458)

Name: NF6789_low_6
Description: NF6789
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6789_low_6
NF6789_low_6
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-445)||(24782592-24783036)
chr8 (1-445)||(35197956-35198400)
chr8 (8-258)||(41997858-41998108)
chr8 (73-270)||(26619079-26619276)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (1-445)||(8057306-8057750)
chr1 (1-445)||(49574986-49575430)
chr1 (1-397)||(36027478-36027874)
chr1 (1-215)||(46021350-46021564)
chr1 (32-294)||(5306347-5306609)
chr1 (32-294)||(23947320-23947582)
chr1 (32-294)||(50954817-50955079)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (1-445)||(111257-111704)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (8-285)||(8033262-8033539)
chr7 (34-270)||(22944944-22945180)
chr7 (20-183)||(1610346-1610509)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (32-401)||(54814562-54814931)
chr3 (32-411)||(46426064-46426442)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (76-125)||(34567098-34567147)
chr2 (239-384)||(34566929-34567074)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 24783036 - 24782592
Alignment:
Q  1 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24783036 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 24782937  T
Q  101 gaaataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782936 gaaataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 24782837  T
Q  201 caaattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782836 caaattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 24782737  T
Q  301 tatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782736 tatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctt 24782637  T
Q  401 ttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782636 ttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 24782592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Original strand, 35197956 - 35198400
Alignment:
Q  1 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35197956 cttgttgcctttcattcttgccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 35198055  T
Q  101 gaaataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198056 gaaataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagatattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 35198155  T
Q  201 caaattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198156 caaattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 35198255  T
Q  301 tatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198256 tatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctt 35198355  T
Q  401 ttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198356 ttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 35198400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 41998108 - 41997858
Alignment:
Q  8 cctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataa 107  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||  |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||| || ||||| || |||||||    
T  41998108 cctttcattttggacatagaatacaccatctcttgagctacaataatattatgatggatactacgacccggaataaaactagattgataaggtgaaataa 41998009  T
Q  108 taccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattc 207  Q
    ||  ||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||    
T  41998008 tattatcaagcaaaggcttaatcctattaacaataactttagaaataattttataaataacattgcataaagaaataggtctaaattgagaaacaaaatc 41997909  T
Q  208 aggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaaga 258  Q
    ||| |||||||  ||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  41997908 aggcttatcaactttaggtatcataacaattagtgtattattaatagaaga 41997858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 73 - 270
Target Start/End: Original strand, 26619079 - 26619276
Alignment:
Q  73 acctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacatta 172  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||| ||| || || || ||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||    
T  26619079 acctggaataaaactaaactggtatggagaaataatacgatcaaacaaaggtttaatcctgttaacaatcactttagaaataattttatatataacatta 26619178  T
Q  173 cataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaagg 270  Q
    ||||| | |||||| ||||| ||| | |||||||  ||||| ||||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||| |||| || ||||||||    
T  26619179 cataatgaaataggcctaaactgataaacaaattatggtttctcaattttaggaatcatcacaataagggtattattaataaaagaaatgagagaagg 26619276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Original strand, 8057306 - 8057750
Alignment:
Q  1 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057306 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 8057405  T
Q  101 gaaataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057406 gaaataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 8057505  T
Q  201 caaattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057506 caaattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 8057605  T
Q  301 tatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057606 tatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctt 8057705  T
Q  401 ttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057706 ttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 8057750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Original strand, 49574986 - 49575430
Alignment:
Q  1 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49574986 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 49575085  T
Q  101 gaaataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575086 gaaataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 49575185  T
Q  201 caaattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575186 caaattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 49575285  T
Q  301 tatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575286 tatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctctt 49575385  T
Q  401 ttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575386 ttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 49575430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 36027874 - 36027478
Alignment:
Q  1 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027874 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 36027775  T
Q  101 gaaataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027774 gaaataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 36027675  T
Q  201 caaattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027674 caaattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 36027575  T
Q  301 tatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagct 397  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027574 tatagaatcagcaactgtgtcctaacatttttgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagct 36027478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 46021350 - 46021564
Alignment:
Q  1 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46021350 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 46021449  T
Q  101 gaaataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46021450 gaaataataccatcaagcaatggcttgattctgttgacaataaccttagagattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 46021549  T
Q  201 caaattcaggtttat 215  Q
    |||||||||||||||    
T  46021550 caaattcaggtttat 46021564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 32 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 5306609 - 5306347
Alignment:
Q  32 accatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattc 131  Q
    ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||  | | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| || || || |    
T  5306609 accatttcttgagccacaataatgttgtggtgtatgttacgacctggaataaaactagactggtatggagaaataatacgatcaagcaaaggtttaatcc 5306510  T
Q  132 tgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcat 231  Q
    |||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | |||||    
T  5306509 tgttaacaatcactttagaaataattttataaataacattacataatgaaataggcctaaactgagaaacaaattctggtttctcaattttaggaatcat 5306410  T
Q  232 cacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaa 294  Q
    |||||| || |||||||||||| |||| || |||||| |  | ||||||||||| || |||||    
T  5306409 cacaataagggtattattaataaaagaaatgagagaatgatttacccaaacctgtttgacaaa 5306347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 23947582 - 23947320
Alignment:
Q  32 accatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattc 131  Q
    ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||  | | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| || || || ||      
T  23947582 accatttcttgagccacaataatgttgtggtgtatgttacgacctggaataaaactagactggtatggagaaataatacgatcaaggaaaggtttaatct 23947483  T
Q  132 tgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcat 231  Q
    |||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | |||||    
T  23947482 tgttaacaatcactttagaaataattttataaataacattacataatgaaataggcctaaactgagaaacaaattctggtttctcaattttaggaatcat 23947383  T
Q  232 cacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaa 294  Q
    |||||| || |||||||||||| |||| || |||||| |  | ||||||||||| || |||||    
T  23947382 cacaataagggtattattaataaaagaaatgagagaatgatttacccaaacctgtttgacaaa 23947320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 294
Target Start/End: Original strand, 50954817 - 50955079
Alignment:
Q  32 accatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattc 131  Q
    ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||  | | |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| || || ||      
T  50954817 accatttcttgagccacaataatgttgtggtgtatgttacgacctagaataaaactagactggtatggagaaataatacgatcaagcaaaggtttaatca 50954916  T
Q  132 tgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcat 231  Q
    |||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | |||||    
T  50954917 tgttaacaatcactttagaaataattttatatataacattacataatgaaataggcctaaactgagaaacaaattctggtttctcaattttaggaatcat 50955016  T
Q  232 cacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaa 294  Q
    |||||| || |||||||||||| |||| || ||||||||  | ||||||||||| || |||||    
T  50955017 cacaataagggtattattaataaaagaaatgagagaaggatttacccaaacctgattgacaaa 50955079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Original strand, 111257 - 111704
Alignment:
Q  1 cttgttgcctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111257 cttgttgcctttcattctagccatggaatgtaccatctcctgagcgacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatgga 111356  T
Q  101 gaaataataccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111357 gaaataataccatcaagcaaaggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagaga 111456  T
Q  201 caaattcaggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111457 caaattcaggtttatcaatcttagggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaagggtaacccaaacctggttcacaaactggta 111556  T
Q  301 tatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaaatatagcg---gggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagct 397  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  111557 tatagaatcagcaactgtgtcccagcatttttgaaaaaatatagcgaaaaggtatccatcctctctcggcgccttgtgaggattcatatcaaaaagagct 111656  T
Q  398 cttttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111657 cttttacattcattaatttgaacatgtgcactcaaactatcatgatgt 111704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 8033539 - 8033262
Alignment:
Q  8 cctttcattctggccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataa 107  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||  |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || | | | ||||||||||| || ||||| || |||||||    
T  8033539 cctttcattttggacatagaatacaccatctcttgagctacaataatattatgatggatgctacgaaccggaataaaactagattgataaggtgaaataa 8033440  T
Q  108 taccatcaagcaacggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattc 207  Q
    ||  ||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||    
T  8033439 tattatcaagcaaaggcttaatcctattaacaataactttagaaataattttataaataacattgcataaagaaataggtctaaattgagaaacaaaatc 8033340  T
Q  208 aggtttatcaatcttacggatcatcacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctg 285  Q
    ||| |||||||  ||| | ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||  | |||||||||||    
T  8033339 aggcttatcaactttaggtatcataacaatcagtgtattattaatagaagagatgagagaaggatttacccaaacctg 8033262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 34 - 270
Target Start/End: Original strand, 22944944 - 22945180
Alignment:
Q  34 catctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattctg 133  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||  ||||||||| ||||| || ||     
T  22944944 catctcttgagctacaataatattatgatggatgctacgacccggaataaaactagattgataaggtgaaataatattatcaagcaaaggcttaatccta 22945043  T
Q  134 ttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcatca 233  Q
    || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||| | ||||| |    
T  22945044 ttaacaataactttagaaataattttataaataacattgcataaagaaataggtctaaattgagaaacaaaatcaggcttatcaactttaggtatcataa 22945143  T
Q  234 caatgagagtattattaatagaagatataagagaagg 270  Q
     ||| || ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  22945144 aaatcagtgtattattaatagaagagatgagagaagg 22945180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 1610509 - 1610346
Alignment:
Q  20 gccatggaatgtaccatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagca 119  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||  |||| |||||| || || ||||| |||||||| || ||||| | ||    
T  1610509 gccatggaatgtaccatcttctgagccacaatgatattatggtggattgttcgtcctgaaataaagctagattgataaggagaaatgattccatctaaca 1610410  T
Q  120 acggcttgattctgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaat 183  Q
    | || |||||||| || ||||||||||||| ||| || |||||| |  ||||||| ||||||||    
T  1610409 aaggtttgattctattaacaataaccttagtaatgatgttataagtcccattacacaaagcaat 1610346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 32 - 401
Target Start/End: Original strand, 54814562 - 54814931
Alignment:
Q  32 accatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattc 131  Q
    |||||||| | ||||| ||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||      
T  54814562 accatctctttagccataataatattgtggtgaatgcttcgacctggaataaaactagactggtatggagaaataattctatcaagcaaaggcttaatca 54814661  T
Q  132 tgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcat 231  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |  | ||||||  ||||||| || ||||||||||||||||| |  ||  | |||||    
T  54814662 tgttaacaatgaccttagaaattattttatatataccattacaaagggaaataggcttaaattgtgaaacaaattcaggtttatctaattttggaatcat 54814761  T
Q  232 cacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtatatagaatcagcaactgtgtcccaacatttt 331  Q
     ||||  | ||||||||||||| |||| |||| ||||||  | ||||||||||||||  |||| |   | |  |||||| |||| |||||||||| ||      
T  54814762 aacaagcaaagtattattaataaaagagataaaagaaggatttacccaaacctggttggcaaatttaaaaagggaatcaacaacggtgtcccaacgttgc 54814861  T
Q  332 tgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctcttt 401  Q
    |||||||| | ||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||| | ||||||||    
T  54814862 tgaaaaaagacagcagggtagccatcctctccaggagccttatgagggctcatgtcaaataaagctcttt 54814931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 32 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 46426442 - 46426064
Alignment:
Q  32 accatctcctgagccacaataatattatggtggatacttctacctggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggcttgattc 131  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| | ||||||||| ||||| || |    
T  46426442 accatctctttagccacaataatattgtggtgaatgcttcgacctggaataaaactagactggtatggaaaaataattctatcaagcaaaggcttaatcc 46426343  T
Q  132 tgttgacaataaccttagaaattatcttataaataacattacataaagcaataggtctaaattgagagacaaattcaggtttatcaatcttacggatcat 231  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |  | |||||| ||||||||  | ||||||| ||||||||| |  ||    |||||    
T  46426342 tgttaacaatcaccttagaaattattttatagataacattacaaagggaaataggcctaaattgttaaacaaatttaggtttatctaattttgtaatcat 46426243  T
Q  232 cacaatgagagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtatatagaatcagcaactgtgtcccaacatttt 331  Q
     ||||  | ||||||||||||| |||| |||| ||||||  | ||||||||||||||  |||| |   | |  ||||||||||| || ||||||||||      
T  46426242 tacaagcaaagtattattaataaaagagataaaagaaggatttacccaaacctggttggcaaatttaaaaagggaatcagcaacggt-tcccaacattgc 46426144  T
Q  332 tgaaaaaatatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcatgtcaaaaagagctcttttacattcatt 411  Q
    |||||||| | ||| || || ||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||| | | ||||||| || |||||    
T  46426143 tgaaaaaagacagcaggctagccatcctctccaggagccttatgagggctcatgtcaaataaatctcttttgcactcatt 46426064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 76 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 34567147 - 34567098
Alignment:
Q  76 tggaataaaactggactgatatggagaaataataccatcaagcaacggct 125  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34567147 tggaataaaattagactggtatggagaaataataccatcaagcaacggct 34567098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 34567074 - 34566929
Alignment:
Q  239 agagtattattaatagaagatataagagaaggggtaacccaaacctggttcacaaactggtatatagaatcagcaactgtgtcccaacatttttgaaaaa 338  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||| ||||  ||||| |||| ||||||||| ||||||| |  || |||| ||  |||| |||||||| ||  || |    
T  34567074 agagtattattaatgtaagagataagaaaaggattaaccaaaacatggttcacatactggtacaatgactcagaaatagtgttccaacattattagaaga 34566975  T
Q  339 atatagcggggtacccatcctctcccggcgccttgtgaggattcat 384  Q
    | | ||| |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||    
T  34566974 aaagagcagggtacccgtcttctccgggcgtcttatgaggattcat 34566929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University