View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6808_high_4 (Length: 525)

Name: NF6808_high_4
Description: NF6808
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6808_high_4
NF6808_high_4
[»] scaffold0671 (1 HSPs)
scaffold0671 (11-504)||(1868-2361)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (11-504)||(37260150-37260644)
chr1 (152-217)||(6473884-6473948)
chr1 (152-217)||(22062122-22062186)
chr1 (175-218)||(20190431-20190474)
chr1 (152-217)||(20127181-20127245)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (11-504)||(11475386-11475879)
chr4 (19-295)||(34455690-34455968)
chr4 (152-237)||(17266675-17266760)
chr4 (152-217)||(15019260-15019324)
chr4 (152-217)||(39488127-39488191)
chr4 (173-217)||(9167295-9167339)
chr4 (173-217)||(15017640-15017684)
chr4 (173-214)||(34098832-34098873)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (11-490)||(16156783-16157263)
chr7 (11-504)||(21368483-21368976)
chr7 (40-495)||(22707560-22708001)
chr7 (173-217)||(9595434-9595478)
chr7 (173-217)||(9646397-9646441)
chr7 (173-214)||(32706452-32706493)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (11-504)||(18774142-18774637)
chr8 (11-295)||(16417394-16417678)
chr8 (180-500)||(17462373-17462696)
chr8 (11-184)||(17459695-17459868)
chr8 (303-504)||(17470404-17470607)
chr8 (173-294)||(18446160-18446280)
chr8 (467-504)||(17465064-17465101)
chr8 (173-217)||(20730984-20731028)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (11-504)||(13179725-13180223)
chr3 (11-504)||(13184383-13184881)
chr3 (11-504)||(33757808-33758301)
chr3 (173-294)||(16019451-16019571)
chr3 (152-215)||(5553584-5553646)
chr3 (176-217)||(22271244-22271285)
[»] scaffold0065 (1 HSPs)
scaffold0065 (11-504)||(33618-34113)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (11-504)||(22821135-22821630)
chr5 (173-294)||(11126413-11126533)
chr5 (152-217)||(244418-244482)
chr5 (173-237)||(29951844-29951909)
chr5 (173-217)||(29950227-29950271)
chr5 (173-217)||(4568361-4568405)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (11-295)||(288915-289199)
[»] scaffold0359 (1 HSPs)
scaffold0359 (11-318)||(8605-8913)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (11-295)||(21299234-21299520)
chr6 (155-287)||(12639454-12639586)
chr6 (401-504)||(12639333-12639436)
chr6 (47-138)||(9344211-9344302)
chr6 (152-217)||(18781863-18781927)
chr6 (152-217)||(20419616-20419680)
chr6 (173-217)||(18553447-18553491)
chr6 (173-217)||(20417550-20417594)
chr6 (173-217)||(30518282-30518326)
chr6 (173-217)||(20414903-20414947)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (11-289)||(44794703-44794983)
chr2 (11-156)||(21465107-21465252)
chr2 (11-132)||(44794592-44794716)
chr2 (152-217)||(6050200-6050264)
chr2 (152-217)||(15409909-15409973)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (11-187)||(127083-127263)
[»] scaffold0076 (1 HSPs)
scaffold0076 (152-217)||(54881-54945)
[»] scaffold0585 (1 HSPs)
scaffold0585 (152-217)||(850-914)
[»] scaffold0146 (1 HSPs)
scaffold0146 (152-217)||(6725-6789)
[»] scaffold0096 (1 HSPs)
scaffold0096 (152-217)||(22592-22656)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (173-217)||(33327-33371)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (173-217)||(136867-136911)
[»] scaffold0075 (1 HSPs)
scaffold0075 (152-217)||(25738-25802)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (173-217)||(4591-4635)


Alignment Details
Target: scaffold0671 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0671
Description:

Target: scaffold0671; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 2361 - 1868
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2361 atgaactaaaaatattgttaatgaaaaggtgtgccaaaaagaaacgaaaatcatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 2262  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2261 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaattggaatgcagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 2162  T
Q  211 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacnnnnnnnaacaaaaa 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  2161 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcactttttttaacaaaaa 2062  T
Q  311 ttaacttgttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattccttta 410  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2061 ttaacttgtcttttattcaattttcgtgtcctatatataggtaggagggacacttgctgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattccttca 1962  T
Q  411 gccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1961 gccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatacaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 1868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 37260644 - 37260150
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37260644 atgaactaaaaatattgtcaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 37260545  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 210  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37260544 tgattttgaattggtgtttaggctgattcgtggtttcaaacaagaattggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 37260445  T
Q  211 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac-nnnnnnnaacaaaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||    
T  37260444 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacttttttttaacaaaa 37260345  T
Q  310 attaacttgttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattccttt 409  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37260344 attaacttgtcttttattcaattttcgtgtcctatatataggtaggagggacacttgctgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattccttc 37260245  T
Q  410 agccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37260244 atccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatacaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 37260150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 6473948 - 6473884
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  6473948 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 6473884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 22062122 - 22062186
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  22062122 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 22062186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 175 - 218
Target Start/End: Original strand, 20190431 - 20190474
Alignment:
Q  175 ggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatggaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  20190431 ggacgccacactttctaatccaagaaactgataagtctatggaa 20190474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 20127245 - 20127181
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  20127245 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagcgataagtctatgga 20127181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 11475879 - 11475386
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11475879 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 11475780  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11475779 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcagacaagaaatggaatggagagtttagagacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 11475680  T
Q  211 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacnnnnnnnaacaaaaa 310  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  11475679 ccatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcactttttttaacaaaaa 11475580  T
Q  311 ttaacttgttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattccttta 410  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  11475579 ttaacttgtcttttattcaattttcgtgtcctatataaaggtaggagggacacttgctgaattacaaagaaatatgcaaataactcttaggattccttca 11475480  T
Q  411 gccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11475479 gccaaattaatctatcattatttcctaaagctgaagtaaattaacatgaatacaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 11475386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 34455968 - 34455690
Alignment:
Q  19 aaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaa-acgaaaattatgtattgggattaatttt-gacaatgatttgagttgaaaatgagaatttggttt 116  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||| |||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| || ||||||| ||    
T  34455968 aaaatattgtgaatgaaatgatgtgc-aaaaggaacatgaaaattatatattgggattaatttttgacaattgtttgagttgaaaacgataatttggatt 34455870  T
Q  117 tgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctat-g 215  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |    
T  34455869 tgaataggtgtttaggctgatttgtggattcaaacaagaaatggaatggagggtttagggacgccacactttctaatcgtagaaaatgataagtttgtgg 34455770  T
Q  216 gaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34455769 gaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcagttactcac 34455690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 152 - 237
Target Start/End: Original strand, 17266675 - 17266760
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga-atgaagatcaccacaagaaa 237  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||   || |||||||||||||||    
T  17266675 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcaccacaagaaa 17266760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 15019260 - 15019324
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  15019260 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 15019324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 39488127 - 39488191
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  39488127 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 39488191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 9167339 - 9167295
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9167339 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 9167295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Original strand, 15017640 - 15017684
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  15017640 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 15017684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 34098873 - 34098832
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||    
T  34098873 agggacgccacactttctaatccaataaagtgataagtctat 34098832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 16157263 - 16156783
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16157263 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaatgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 16157164  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16157163 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 16157064  T
Q  211 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac-nnnnnnnaacaaaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||    
T  16157063 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacttttttttaacaaaa 16156964  T
Q  310 attaacttgttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattccttt 409  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16156963 attaacttgtcttttattcaattttcgtgtcctatatataggtaggagggacacttgctgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattccttc 16156864  T
Q  410 agccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatg 490  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  16156863 cgccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatacaagaaatggttacacgacaaatcaatg 16156783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Original strand, 21368483 - 21368976
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21368483 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaggaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaattagaatt 21368582  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 210  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21368583 tagttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggatgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 21368682  T
Q  211 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacnnnnnnnaacaaaaa 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  21368683 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac-ttttttaacaaaaa 21368781  T
Q  311 ttaacttgttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaag-aaaaatgcaaataactcttaggattccttt 409  Q
    |||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  21368782 ttaacttcctttttattcaattttcgtgtcctatatataggtaggagggacacttgctgaattacaaagaaaaaatgcaaataactcttaagattccttc 21368881  T
Q  410 agccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21368882 agccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatacaaaaaatggtaacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 21368976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 40 - 495
Target Start/End: Original strand, 22707560 - 22708001
Alignment:
Q  40 tgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatttggttttgaattggtgtttaggctgattt 139  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22707560 tgtgccaaaaggaaaagaaaattatgtattgggattaattttgataatgatttgaat----aatgagaatttggttttgaattggtgtttaggttgattt 22707655  T
Q  140 gtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgg-aatgaagatcaccacaagaaag 238  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  22707656 gtggtttcaaacaagaaatgcaatagaaagtttagggacgcctcactttctaatcctagaaactgataagcctatggaaataaagatcaccacaagaaag 22707755  T
Q  239 gattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacnnnnnnnaacaaaaattaacttgttttttattaaatttccgtg 338  Q
    ||||||||         |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |       ||||||| | |||||  |||||||| ||||| ||||    
T  22707756 gattcttg---------atacaaggtccaattcataacctaaagagcaattactcgc--tttttaacaaaattcaacttaatttttattcaattttcgtg 22707844  T
Q  339 tcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattcctttagccaaattaatctatcattatttcctat 438  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  22707845 tcctatatataggtaggaatgacacttgccgaattacaaaggaaaaggcaaataacacttaagattccttcagcaaaattaatcaatcattatttcctat 22707944  T
Q  439 ggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatga 495  Q
    |||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22707945 ggctaaagtaaattaacatcaatataaaaaatggttacaagacaaatcaatgaatga 22708001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Original strand, 9595434 - 9595478
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9595434 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 9595478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Original strand, 9646397 - 9646441
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9646397 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 9646441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 32706493 - 32706452
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctat 214  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  32706493 agggacaccacactttctaatccaagaaagtgataagtctat 32706452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Original strand, 18774142 - 18774637
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaa-tgagaat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18774142 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaacaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaaatgagaat 18774241  T
Q  110 ttggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataag 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18774242 ttggttttgaattggtgtttaggctgatctgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataag 18774341  T
Q  210 tctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac-nnnnnnnaacaaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||    
T  18774342 tctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatactaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacttttttttaacaaa 18774441  T
Q  309 aattaacttgttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattcctt 408  Q
    ||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18774442 aattaacttgtcttttattccattttcgtgtcctatatataggtaggagggacacttgctgaattacaaagaaaaatgcaaatagctcttaggattcctt 18774541  T
Q  409 tagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18774542 cagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatacaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 18774637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 11 - 295
Target Start/End: Original strand, 16417394 - 16417678
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16417394 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgagattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 16417493  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16417494 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaatcaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 16417593  T
Q  211 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16417594 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac 16417678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 180 - 500
Target Start/End: Original strand, 17462373 - 17462696
Alignment:
Q  180 ccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatggaatgaagatcaccacaagaaa-ggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacct 278  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17462373 ccacactttctaatcctagaaaattataagtctatggaatgaagatcaccacaagaaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatcaagaacct 17462472  T
Q  279 aaagagcaattactcacnnnnnnnaacaaaaattaacttgt-tttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaa 377  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17462473 aaagagcaattactcactttttt-aacaaaaattaacttgcctttttattcaattttcgtgtcttatatataggtaggagggacacttgttgaattacaa 17462571  T
Q  378 agaaaa--atgcaaataactcttaggattcctttagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggtta 475  Q
    ||||||  |||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  17462572 agaaaaaaatgcaaataactcttaagattccttcaaccaaattaatctatcgttatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatacaagaaatggttt 17462671  T
Q  476 caagacaaatcaatgaatgagggtg 500  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    
T  17462672 caagacaaatcaatgaattagggtg 17462696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 11 - 184
Target Start/End: Original strand, 17459695 - 17459868
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17459695 atgatctaaaattattgttaatgaaagggtgtgccaaaaggaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 17459794  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccaca 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17459795 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatagaatggagagtttagggacgccaca 17459868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 303 - 504
Target Start/End: Original strand, 17470404 - 17470607
Alignment:
Q  303 aacaaaaattaacttgt-tttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaaga-aaaatgcaaataactcttag 400  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||     
T  17470404 aacaaaaattaacttgcctttttattcaatttttgtgtcctatatataggtaggagggacacttgctgaattacaaatataaaatgcaaataactcttaa 17470503  T
Q  401 gattcctttagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtg 500  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17470504 gattccttcagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatacaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtg 17470603  T
Q  501 gctg 504  Q
    ||||    
T  17470604 gctg 17470607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 173 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 18446280 - 18446160
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctat-ggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatcc 271  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||| |   ||||||||||    
T  18446280 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgggattgaggaccaccacaagaaaagattcttgatataatcaa-aattggtccaatcc 18446182  T
Q  272 agaacctaaagagcaattactca 294  Q
    |||||| ||||||||||| ||||    
T  18446181 agaacc-aaagagcaattgctca 18446160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 467 - 504
Target Start/End: Original strand, 17465064 - 17465101
Alignment:
Q  467 aaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17465064 aaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 17465101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 20731028 - 20730984
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  20731028 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 20730984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Original strand, 13179725 - 13180223
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttg-agttgaaaa-tgagaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  13179725 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaacaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttggagttgaaaaatgagaa 13179824  T
Q  109 tttggtttt--gaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgat 206  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13179825 tttggttttttgaattggtgtttaggctgatctgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgat 13179924  T
Q  207 aagtctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac-nnnnnnnaac 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||    
T  13179925 aagtctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacttttttttaac 13180024  T
Q  306 aaaaattaacttgttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattc 405  Q
     ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13180025 gaaaattaacttgtcttttattcaattttcgtgtcctatatataggtaggagggacacttgctgaattacaaagaaaaatgcaaatagctcttaggattc 13180124  T
Q  406 ctttagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13180125 cttcagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatacaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 13180223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Original strand, 13184383 - 13184881
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttg-agttgaaaa-tgagaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  13184383 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaacaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttggagttgaaaaatgagaa 13184482  T
Q  109 tttggtttt--gaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgat 206  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13184483 tttggttttttgaattggtgtttaggctgatctgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgat 13184582  T
Q  207 aagtctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac-nnnnnnnaac 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||    
T  13184583 aagtctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacttttttttaac 13184682  T
Q  306 aaaaattaacttgttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaagaaaaatgcaaataactcttaggattc 405  Q
     ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13184683 gaaaattaacttgtcttttattcaattttcgtgtcctatatataggtaggagggacacttgctgaattacaaagaaaaatgcaaatagctcttaggattc 13184782  T
Q  406 ctttagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13184783 cttcagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatacaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 13184881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Original strand, 33757808 - 33758301
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  33757808 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaggaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatggtttgagttgaaaattataatt 33757907  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33757908 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 33758007  T
Q  211 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacnnnnnnnaacaaaaa 310  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |       ||||||||    
T  33758008 ctattgaatgaagatcaccacaagaaaggattctttatatgatcaatacaaggtccaatctagaacctaaagagcaattactcgc-ttttttaacaaaaa 33758106  T
Q  311 ttaacttg-ttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaag-aaaaatgcaaataactcttaggattcctt 408  Q
    ||||||||  |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||    
T  33758107 ttaacttgcctttttattcaattttcgtgtcatatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaagaaaaaatgcaaataactcttaagatt-ctt 33758205  T
Q  409 tagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  33758206 cagccaaattaatctatcagtatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatacaagaaatggttacaagacaaataaatgaatgagagtggctg 33758301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 173 - 294
Target Start/End: Original strand, 16019451 - 16019571
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatggaat-gaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatcc 271  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| |||||    
T  16019451 agggacactacactttctaatccaagaaagtgataagtctctgggattgaggatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaa-aattggtcaaatcc 16019549  T
Q  272 agaacctaaagagcaattactca 294  Q
    |||||| ||||||||||| ||||    
T  16019550 agaacc-aaagagcaattgctca 16019571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 152 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 5553646 - 5553584
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatg 215  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  5553646 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatg 5553584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 176 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 22271285 - 22271244
Alignment:
Q  176 gacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  22271285 gacgccacactttctaatcccagaaagtgataagtctatgga 22271244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Original strand, 33618 - 34113
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33618 atgaactaaaattattgttaatgaaagggtgtgccaaaaggaaacgaaaattatgcattgggattatttttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 33717  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33718 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatgaagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 33817  T
Q  211 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac-nnnnnnnaacaaaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||    
T  33818 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaatgtccaatccagaacctaaagagcaattactcacttttttttaacaaaa 33917  T
Q  310 attaacttgttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaag-aaaaatgcaaataactcttaggattcctt 408  Q
    ||||||||  |||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33918 attaacttcctttttattcaatttttgtgtcctatatatagataggagggacacttgctgaattacaaagaaaaaatgcaaataactcttaggattcctt 34017  T
Q  409 tagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34018 cagccaaattaatccatcattatttcctaaggctggagtaaattaacatgaatacaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 34113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 504
Target Start/End: Original strand, 22821135 - 22821630
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  22821135 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaggaaacgaaaattatgtattgggattaattttggcaatgaattgagttgaaaatgagaatt 22821234  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22821235 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttaggaacgccacactttctaatcttagaaaatgataagt 22821334  T
Q  211 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacnnnnnnnaacaaaaa 310  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  22821335 ctatggaatgaagttcaccccaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac-ttttttaacaaaaa 22821433  T
Q  311 ttaacttg--ttttttattaaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgttgaattacaaag-aaaaatgcaaataactcttaggattcct 407  Q
    ||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  22821434 ttaacttgccctttttattcaatttccgtgtcctatatataggtaggagggacacttgccgaattaaaaagaaaaaatgcaaataactcttaagattcct 22821533  T
Q  408 ttagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 504  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22821534 tcagccaaattaatctatcattatttcctatggttgaagtaaattaacatgaatacaacaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtggctg 22821630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 173 - 294
Target Start/End: Original strand, 11126413 - 11126533
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatggaat-gaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatcc 271  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||     
T  11126413 agggatgccacactttctaatccaagaaagtggtaagtctatgggattgaggatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaa-aattggtccaatca 11126511  T
Q  272 agaacctaaagagcaattactca 294  Q
    |||||| ||||||||||| ||||    
T  11126512 agaacc-aaagagcaattgctca 11126533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 244418 - 244482
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  244418 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 244482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 29951909 - 29951844
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga-atgaagatcaccacaagaaa 237  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||   || |||||||||||||||    
T  29951909 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcaccacaagaaa 29951844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 29950271 - 29950227
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  29950271 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 29950227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 4568405 - 4568361
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  4568405 agggacgccacactttctaatccaaaaaagtgataagtctatgga 4568361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 285; Significance: 1e-159; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 11 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 289199 - 288915
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  289199 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 289100  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  289099 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagt 289000  T
Q  211 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  288999 ctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac 288915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0359 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: scaffold0359
Description:

Target: scaffold0359; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 11 - 318
Target Start/End: Original strand, 8605 - 8913
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaa-tgagaat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8605 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaacaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaaatgagaat 8704  T
Q  110 ttggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataag 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8705 ttggttttgaattggtgtttaggctgatatgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataag 8804  T
Q  210 tctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcacnnnnnnnaacaaaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  8805 tctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcactttttttaacaaaa 8904  T
Q  310 attaacttg 318  Q
    |||||||||    
T  8905 attaacttg 8913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 11 - 295
Target Start/End: Original strand, 21299234 - 21299520
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaa--tgagaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  21299234 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaacaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaaaatgagaa 21299333  T
Q  109 tttggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21299334 tttggttttgaattggtgtttaggctgatctgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataa 21299433  T
Q  209 gtctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21299434 gtctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatactaggtccaatccagaacctaaagagcaattactcac 21299520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 155 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 12639586 - 12639454
Alignment:
Q  155 aaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12639586 aaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatagaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatc 12639487  T
Q  255 aatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaa 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12639486 aatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaa 12639454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 401 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 12639436 - 12639333
Alignment:
Q  401 gattcctttagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacatgaatagaagaaatggttacaagacaaatcaatgaatgagggtg 500  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12639436 gatttcttcagccaaattaatctatcattatttcctatggctgaagtaaattaacataaatacaagaaatagttacaagacaaatcaatgaatgagggtg 12639337  T
Q  501 gctg 504  Q
    ||||    
T  12639336 gctg 12639333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 47 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 9344302 - 9344211
Alignment:
Q  47 aaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatttggttttgaattggtgtttaggctgatt 138  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9344302 aaaagaaacgaaaattatgtattaggattgattttgacgatgatttgagttgaaaacgagaatttggttttgaattggtgttttggctgatt 9344211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 18781927 - 18781863
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  18781927 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 18781863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 20419616 - 20419680
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  20419616 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 20419680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 18553491 - 18553447
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  18553491 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 18553447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Original strand, 20417550 - 20417594
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  20417550 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 20417594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Original strand, 30518282 - 30518326
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  30518282 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 30518326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Original strand, 20414903 - 20414947
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||    
T  20414903 agggacgccacactttctaatctaagaaagtgataagtctatgga 20414947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 11 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 44794983 - 44794703
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaa--tgagaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  44794983 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaacaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaaaatgagaa 44794884  T
Q  109 tttggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44794883 tttggttttgaattggtgtttaggctgatctatggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataa 44794784  T
Q  209 gtctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatacaaggtccaatccagaacctaaagagcaatt 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44794783 gtctatggaatgaagatcaccacaagaaaggattcttgatatgatcaatactaggtccaatccagaacctaaagagcaatt 44794703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 11 - 156
Target Start/End: Original strand, 21465107 - 21465252
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21465107 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaatgagaatt 21465206  T
Q  111 tggttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaa 156  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21465207 tgattttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaa 21465252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 11 - 132
Target Start/End: Original strand, 44794592 - 44794716
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttg---aaaatgaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  44794592 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaacaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttgagttgaaaaaaatgaga 44794691  T
Q  108 atttggttttgaattggtgtttagg 132  Q
    |||||||||||||||| | ||||||    
T  44794692 atttggttttgaattgctctttagg 44794716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 6050200 - 6050264
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  6050200 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 6050264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 15409973 - 15409909
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  15409973 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 15409909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 11 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 127263 - 127083
Alignment:
Q  11 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaaaaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgattt-gagttg-aaaatgagaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  127263 atgaactaaaaatattgttaatgaaagggtgtgccaacaagaaacgaaaattatgtattgggattaattttgacaatgatttggagttgaaaaatgagaa 127164  T
Q  109 tttgg--ttttgaattggtgtttaggctgatttgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactt 187  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  127163 tttggttttttgaattggtgtttaggctgatctgtggtttcaaacaagaaatggaatggagagtttagggacgccacactt 127083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0076 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0076
Description:

Target: scaffold0076; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 54945 - 54881
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  54945 aagaaatggaatggata-tatagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 54881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0585 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0585
Description:

Target: scaffold0585; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 850 - 914
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  850 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0146
Description:

Target: scaffold0146; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 6789 - 6725
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  6789 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 6725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0096 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0096
Description:

Target: scaffold0096; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 22592 - 22656
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  22592 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 22656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 33371 - 33327
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  33371 agggacgccacactttctaatccaagaaattgataagtctatgga 33327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 136911 - 136867
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  136911 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 136867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 152 - 217
Target Start/End: Original strand, 25738 - 25802
Alignment:
Q  152 aagaaatggaatggagagtttagggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  25738 aagaaatggaatggatagac-agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtatatgga 25802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 217
Target Start/End: Original strand, 4591 - 4635
Alignment:
Q  173 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  4591 agggatgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 4635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University