View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6809_low_15 (Length: 239)

Name: NF6809_low_15
Description: NF6809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6809_low_15
NF6809_low_15
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (1-221)||(45283007-45283227)
chr7 (1-221)||(45294395-45294615)
chr7 (1-221)||(45303355-45303575)
chr7 (1-221)||(45274766-45274986)
chr7 (1-221)||(45271233-45271453)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 45283007 - 45283227
Alignment:
Q  1 caaaagcttgcgatcggaagcagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgacatca 100  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45283007 caaaagcttgcgatcagaagaagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgacatca 45283106  T
Q  101 aacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacatgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45283107 aacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacatgga 45283206  T
Q  201 attgctccttgatcttcttct 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  45283207 attgctccttgatcttcttct 45283227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 45294395 - 45294615
Alignment:
Q  1 caaaagcttgcgatcggaagcagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgacatca 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45294395 caaaagcttgcgatcagaagcagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgatatca 45294494  T
Q  101 aacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacatgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |    
T  45294495 aacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtcta 45294594  T
Q  201 attgctccttgatcttcttct 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  45294595 attgctccttgatcttcttct 45294615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 45303355 - 45303575
Alignment:
Q  1 caaaagcttgcgatcggaagcagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgacatca 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45303355 caaaagcttgcgatcagaagcagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgatatca 45303454  T
Q  101 aacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacatgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |    
T  45303455 aacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtcta 45303554  T
Q  201 attgctccttgatcttcttct 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  45303555 attgctccttgatcttcttct 45303575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 45274766 - 45274986
Alignment:
Q  1 caaaagcttgcgatcggaagcagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgacatca 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  45274766 caaaagcttgcgatcagaagcagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaaagaggtttgatatca 45274865  T
Q  101 aacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacatgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45274866 aacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaaccgcggtgatcttttgtacgctgtccaaactctgaacatgga 45274965  T
Q  201 attgctccttgatcttcttct 221  Q
    ||||||| ||||| |||||||    
T  45274966 attgctctttgattttcttct 45274986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 45271233 - 45271453
Alignment:
Q  1 caaaagcttgcgatcggaagcagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgacatca 100  Q
    ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  45271233 caaaagcttgcgaccagaagaagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaaggaggtttgatatca 45271332  T
Q  101 aacttcaagttgaattgctggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacatgga 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  45271333 aagttcaagttgaattgctggaggatgtcagacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacggctgtgaccttttgtacgctgtacaaactctgaacatgga 45271432  T
Q  201 attgctccttgatcttcttct 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  45271433 attgctccttgatcttcttct 45271453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University