View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF6809_low_3 (Length: 463)
Name: NF6809_low_3
Description: NF6809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6809_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 29090457 - 29089997
Alignment:
| Q |
1 |
acaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcaaggatttgacccatttaacagcataacgaa |
100 |
Q |
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| T |
29090457 |
acaacaacacctttttatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcgaggatttgacccatttaacagcatgacgaa |
29090358 |
T |
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| Q |
101 |
tctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccatatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatccccatttag |
200 |
Q |
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| T |
29090357 |
tctttgaaatagacccttgtttatcctccctcaagccagatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccacatgtgaacataatccccatttag |
29090258 |
T |
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| Q |
201 |
gacgtgattgtcccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatcttaccatac |
300 |
Q |
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| T |
29090257 |
gacgtgattgtcccaagaactcatcatgttatgcagatatcgaatcataacatcatttgccttggcattatccaccgttaccgttaatatcttaccatac |
29090158 |
T |
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| Q |
301 |
aacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgtagcttca |
400 |
Q |
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| T |
29090157 |
aacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgcagcttca |
29090058 |
T |
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| Q |
401 |
attca-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttgatgtcca |
460 |
Q |
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| T |
29090057 |
attcacgatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttgatgtcca |
29089997 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 5936162 - 5935702
Alignment:
| Q |
1 |
acaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcaaggatttgacccatttaacagcataacgaa |
100 |
Q |
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| T |
5936162 |
acaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatctcatgaacttttccaatctagatagcgaggatttaacccatttaacaacatgacgaa |
5936063 |
T |
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| Q |
101 |
tctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccatatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatccccatttag |
200 |
Q |
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| T |
5936062 |
tctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccagatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatccccatttag |
5935963 |
T |
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| Q |
201 |
gacgtgattgtcccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatcttaccatac |
300 |
Q |
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| T |
5935962 |
gacgtgattgtcccaagaactcatcatgttatgcagatatcgaatcataacatcatttgccttggcattatccaccgttatcgttaatatcttaccatac |
5935863 |
T |
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| Q |
301 |
aacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgtagcttca |
400 |
Q |
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| T |
5935862 |
aacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccatgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgcagcttca |
5935763 |
T |
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| Q |
401 |
attca-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttgatgtcca |
460 |
Q |
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| T |
5935762 |
attcacgatcaacaaaatgaacgatgaaactcatgtaatttaagttttgatttgatgtcca |
5935702 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Original strand, 5933302 - 5933762
Alignment:
| Q |
1 |
acaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcaaggatttgacccatttaacagcataacgaa |
100 |
Q |
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| T |
5933302 |
acaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatctcataaacttttccaatctagatggcgaggatttaacccatttaacagcatgacgaa |
5933401 |
T |
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| Q |
101 |
tctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccatatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatccccatttag |
200 |
Q |
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| T |
5933402 |
tctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccagatttcacaataaggtttactacatgtgtgcaacaccgcatgtgaacataatccccatttag |
5933501 |
T |
|
| Q |
201 |
gacgtgattgtcccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatcttaccatac |
300 |
Q |
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| T |
5933502 |
gacgtgattgtcccaataactcatcatattatgcagatatcgaatcataacatcatttgccttggcattatccaccgttaccgttaatatcttaccatac |
5933601 |
T |
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| Q |
301 |
aacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgtagcttca |
400 |
Q |
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| T |
5933602 |
aagccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccatgtgacctatgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgcagcttca |
5933701 |
T |
|
| Q |
401 |
attca-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttgatgtcca |
460 |
Q |
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| T |
5933702 |
attcacgatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttgatgtcca |
5933762 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Original strand, 4316308 - 4316753
Alignment:
| Q |
1 |
acaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcaaggatttgacccatttaacagcataacgaa |
100 |
Q |
| |
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| T |
4316308 |
acaacagcacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcgaggatttgacccatttaacagcatgacgaa |
4316407 |
T |
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| Q |
101 |
tctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccatatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatccccatttag |
200 |
Q |
| |
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| T |
4316408 |
tctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccagatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaatataatccccatttag |
4316507 |
T |
|
| Q |
201 |
gacgtgattgtcccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatcttaccatac |
300 |
Q |
| |
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| T |
4316508 |
gacgtgattgtcccaagaactcatcatgttatgcaaatattgaatcataacatcatttgccttggcattatccaccgttaccgttaatatcttaccatac |
4316607 |
T |
|
| Q |
301 |
aacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgtagcttca |
400 |
Q |
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| T |
4316608 |
aacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtct---------cctgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgcagcttca |
4316698 |
T |
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| Q |
401 |
attca-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
454 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
4316699 |
attcacgatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
4316753 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 16046366 - 16045906
Alignment:
| Q |
1 |
acaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcaaggatttgacccatttaacagcataacgaa |
100 |
Q |
| |
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| T |
16046366 |
acaacaacacctttgtatgaaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcgaggatttgacccatttaactgcatgacgaa |
16046267 |
T |
|
| Q |
101 |
tctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccatatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatccccatttag |
200 |
Q |
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|
| T |
16046266 |
tctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccagattttacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatccccatttag |
16046167 |
T |
|
| Q |
201 |
gacgtgattgtcccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatcttaccatac |
300 |
Q |
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| T |
16046166 |
gacgtgattgtcccaagaactcatcatgttatgcagatatcgaatcataacatcatttgtcttggcattacccaccgttaccgttaatatcttaccatac |
16046067 |
T |
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| Q |
301 |
aacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgtagcttca |
400 |
Q |
| |
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| T |
16046066 |
aaccctcaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacttgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgcagcttca |
16045967 |
T |
|
| Q |
401 |
attca-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttgatgtcca |
460 |
Q |
| |
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||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
16045966 |
attcacgatcagcaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttgatgtcca |
16045906 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 205 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 10143093 - 10142850
Alignment:
| Q |
205 |
tgattgtcccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatcttaccatacaacc |
304 |
Q |
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| T |
10143093 |
tgattgccccacaaactcatcatgttatgaaggtatcgaatcataacttcatttgacttgacattgtccaccgttaccgttaagattttaccgttcaacc |
10142994 |
T |
|
| Q |
305 |
cccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgtagcttcaattc |
404 |
Q |
| |
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| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||| || ||||| || |
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| T |
10142993 |
ctcaattccttaaatatgtgtcaacatatttacccaacatatcttcggtgtgacccatgatttgacaaaagttgataattttctcgtgcagtttcaactc |
10142894 |
T |
|
| Q |
405 |
a-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagtttt |
447 |
Q |
| |
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| || |||||||||||| ||| |||||| ||| |||| |||| |
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| T |
10142893 |
accattaacaaaatgaacaatcagactcatataacttaaatttt |
10142850 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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