View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6819A_low_10 (Length: 463)

Name: NF6819A_low_10
Description: NF6819A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6819A_low_10
NF6819A_low_10
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (17-449)||(5172698-5173130)
chr4 (17-449)||(4842395-4842827)
chr4 (24-448)||(5159789-5160213)
chr4 (24-451)||(5182037-5182461)
chr4 (17-446)||(5195424-5195853)
chr4 (33-451)||(5213606-5214021)
chr4 (166-451)||(4856870-4857151)
chr4 (312-446)||(7142257-7142390)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 17 - 449
Target Start/End: Original strand, 5172698 - 5173130
Alignment:
Q  17 gacatagttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagc 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  5172698 gacatagttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaactggatatcagcaaaaacatgtttggggctaaacttcctgagtgtttaagt 5172797  T
Q  117 aacttaacaaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatcct 216  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| || ||| ||||||      
T  5172798 aacttaacaaacctcagaattcttgaccttagccataatctattcagtggaaattttccatccttcattagtaatctcacatccttgacattcttatcac 5172897  T
Q  217 tctttggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagt 316  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||| | | ||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| || || || |||||    
T  5172898 tctatgaaaattacatgcaaggatcattttcacttatcattttggctaatcactccaatcttcagcatctacatatttcatcgaaaaacagcactggagt 5172997  T
Q  317 acacattgaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcatt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5172998 acacattgaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtccctcattcttagaaattgcaacctaaacaaggacaaaggaagtgtcatt 5173097  T
Q  417 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173098 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 5173130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 17 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 4842827 - 4842395
Alignment:
Q  17 gacatagttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagc 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  4842827 gacatagttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggaagaactggatatcagcaaaaacatgtttggggctaaacttcctgagtgtttaagt 4842728  T
Q  117 aacttaacaaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatcct 216  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||      
T  4842727 aacttaacaaacctcagaattcttgaccttagccataatctgttcggtggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccttgacattcttatcac 4842628  T
Q  217 tctttggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagt 316  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||| | | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || || ||||  |||||    
T  4842627 tctatgaaaattacatgcaaggatcattttcacttatcaatttggctaatcactccaatcttcagcatctatatatttcatctaaaaacagtattggagt 4842528  T
Q  317 acacattgaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcatt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||    
T  4842527 acacattgaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtccctcattcttagaaattgcaacctaaacatgaagaaaggaagtgtcatt 4842428  T
Q  417 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4842427 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 4842395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 24 - 448
Target Start/End: Original strand, 5159789 - 5160213
Alignment:
Q  24 ttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagcaacttaa 123  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5159789 ttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaactggatatcagccagaacatgtttagtgctaaatttcctgagtgtttaagcaacttaa 5159888  T
Q  124 caaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttgg 223  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| |||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  5159889 caaacctcagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaagtttccatctttcattagcaatctcacatcactggcatacttatccttctatgg 5159988  T
Q  224 aaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacatt 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||| | || || | ||  |||||| |||||    
T  5159989 aaattacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcattccaatcttgaggttctatatatttcatcaaaaaacaatattggagtagacatt 5160088  T
Q  324 gaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctactt 423  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5160089 gaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaggacaaaggaagtgtcattcctactt 5160188  T
Q  424 ttctttcttatcaatataatttgat 448  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  5160189 ttctttcttatcaatacaatttgat 5160213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 24 - 451
Target Start/End: Original strand, 5182037 - 5182461
Alignment:
Q  24 ttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagcaacttaa 123  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5182037 ttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgtttagtgctaaacttccagagtgtttaagcaacttaa 5182136  T
Q  124 caaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttgg 223  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  5182137 caaaccttagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaattttccatctttcattagcaatctcacatcactggcatacttatccttctatgg 5182236  T
Q  224 aaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacatt 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || |||   ||||| | ||||    
T  5182237 aaattacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcactcaaatcttcagcatctatatatttcaccggaaaacagt---ggagttctcatt 5182333  T
Q  324 gaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctactt 423  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  5182334 gaaactgaaaagacaaagtggtttcccaaatttcaattgaagacactcattcttagaaattgcaacctaaacaaggagaaaggaggtgtcattcctactt 5182433  T
Q  424 ttctttcttatcaatataatttgatatt 451  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5182434 ttctttcatatcaatataatttgatatt 5182461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 17 - 446
Target Start/End: Original strand, 5195424 - 5195853
Alignment:
Q  17 gacatagttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagc 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| || |||||||||    
T  5195424 gacatagttaattatgacaggactatgcaattttaaggatttggtagaactggatatcagcaaaaacatgtttagtgctaaacttccagattgtttaagc 5195523  T
Q  117 aacttaacaaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatcct 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5195524 aacttaacaaacctcagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaattttccatctttcattagcaatctcacatcactggcatacttatcct 5195623  T
Q  217 tctttggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagt 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||| | || || | ||  |||||    
T  5195624 tctatggaaattacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcattccaatcttgaggttctatatatttcatcaaaaaacaatattggagt 5195723  T
Q  317 acacattgaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcatt 416  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  5195724 agacattgaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtcacttattgttagaaattgcaacctaaacaaggacgaaggaagtgtcatt 5195823  T
Q  417 cctacttttctttcttatcaatataatttg 446  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5195824 cctacttttctttcatatcaatataatttg 5195853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 33 - 451
Target Start/End: Original strand, 5213606 - 5214021
Alignment:
Q  33 acaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagcaacttaacaaacctca 132  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||||| || || |||||| |||||||||||   ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5213606 acaggactatgcaaattgaaggatttggtagagctagatatcagctataacatgtttagcgcgcaacttcccgagtgtttaagcaacttaacaaacctga 5213705  T
Q  133 gagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttggaaattacat 232  Q
      |||||||| ||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5213706 atgttcttgaacttagctataatttgttcagtggaaattttccatccttcattagtaatctcacatcactggcatacttatccctctttggaaattacat 5213805  T
Q  233 gcaaggatcattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacattgaaactgaa 332  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  |||| || |  || | | ||||||||||||||    
T  5213806 gcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcactccaatctccagcatctatatatttcatc--acaa-agcattggtgcaaacattgaaactgaa 5213902  T
Q  333 aaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctacttttctttctt 432  Q
    || ||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5213903 aagacaaagtggttacccaaatttcaattgaagacactcattcttagaaattgcaacttaaacaaggacaaaggaagtgtcattcctacttttctttcat 5214002  T
Q  433 atcaatataatttgatatt 451  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  5214003 atcaatatagtttgatatt 5214021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 166 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 4857151 - 4856870
Alignment:
Q  166 gaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccaccttggctaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4857151 gaaattttccatccttcactaccaatctcacatctcttgcatact-atccatctatggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccactttggctaa 4857053  T
Q  266 tcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacattgaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaag 365  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || |||   ||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4857052 tcactcaaatcttcagcatctatatatttcaccggaaaacagt---ggagttctcattgaaactgaaaagacaaagtggtttcccaaatttcaattgaag 4856956  T
Q  366 tcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctacttttctttcttatcaatataatttgatatt 451  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  4856955 acactcattcttagaaattgcaacctaaacatggacgaaggaagtgtcattcctacttttctttcatatcaatataatttggtatt 4856870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 312 - 446
Target Start/End: Original strand, 7142257 - 7142390
Alignment:
Q  312 ggagtacacattgaaactgaaaaaacaaaatggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtg 411  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |  |  |||| ||  ||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||    
T  7142257 ggagtacacgttgaaactgaaaatacaaagtggtttcctagatttcaactacatacacttatg-ttaaaaattgcaaccaaaacatggacaaaggaaatg 7142355  T
Q  412 tcattcctacttttctttcttatcaatataatttg 446  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||    
T  7142356 tcattcctagttttttttcatatcaacataatttg 7142390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University