View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6819A_low_3 (Length: 523)

Name: NF6819A_low_3
Description: NF6819A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6819A_low_3
NF6819A_low_3
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (80-520)||(5197200-5197641)
chr4 (80-520)||(5215345-5215786)
chr4 (80-520)||(5174459-5174894)
chr4 (80-496)||(5183825-5184242)
chr4 (80-520)||(4840628-4841063)
chr4 (30-495)||(4855078-4855544)
chr4 (80-520)||(5161518-5161961)
chr4 (407-496)||(7143688-7143776)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (409-447)||(32745008-32745046)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (409-447)||(4912000-4912038)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 80 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5197641 - 5197200
Alignment:
Q  80 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 178  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||| || || |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  5197641 taaatataaaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaat 5197542  T
Q  179 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 278  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197541 ctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 5197442  T
Q  279 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  5197441 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcctcttcttcattgtcattggattgggatgatggtggaggctcgacacgttcacactt 5197342  T
Q  379 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 478  Q
    | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5197341 tcgactgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttatcctcatcaaagtttgcaaactggcctatactaggtggtgttccagaaaggttg 5197242  T
Q  479 ttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggtt 520  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5197241 ttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggtt 5197200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 80 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5215786 - 5215345
Alignment:
Q  80 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 178  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||    |  |||| || |||| |||||||||| |||||||||| |    
T  5215786 taaatataaaaattacaatatccaaatatttgagacttcacttgaagtttcaacaggaataacagacactcttcaatacaatggaaacgttggaaaaatt 5215687  T
Q  179 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 278  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215686 ttacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgacgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 5215587  T
Q  279 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 378  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215586 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 5215487  T
Q  379 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 478  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5215486 ttgatagaggagtggtccacaaagaccgggattacctctgtaactgtcctcatcaaaacctccaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaagttg 5215387  T
Q  479 ttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggtt 520  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  5215386 ttgtatgatacattgaaggttgataaaaagttcaactgggtt 5215345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 80 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5174894 - 5174459
Alignment:
Q  80 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 178  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||      |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  5174894 taaaggtaaaaattacaatatccaaatatttgagactccacataaagtttaaac------tatggacactcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaat 5174801  T
Q  179 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 278  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  5174800 ctacgcataaacttactgatataataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaaaactgttatgagggccaacaatattgttatgtaagatg 5174701  T
Q  279 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 378  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  5174700 ctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactt 5174601  T
Q  379 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 478  Q
    | |||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174600 tcgattgacgaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 5174501  T
Q  479 ttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggtt 520  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5174500 ttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggtt 5174459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 80 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 5184242 - 5183825
Alignment:
Q  80 taaagataaatattacaatatccaaatattg-agactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 178  Q
    |||| ||||| | |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||| | |||||||||| |||||| |||    
T  5184242 taaatataaaaaatacagtatccaaatattttagactccacataaagtttcaacaggaactatggacactcatcaatataatggaaaagatggaaagaat 5184143  T
Q  179 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 278  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  5184142 ctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcccaacacagttatgaaggccaatagtattgtaatataagatg 5184043  T
Q  279 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 378  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5184042 ttatgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttgcttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 5183943  T
Q  379 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 478  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5183942 ttgatttaggagttgtccgcaaagaccgggattacctctgtagttgtactcatcaaagtttgcaaattgtcttgtgctaggtggtgttccagaaaggttg 5183843  T
Q  479 ttgtatgaaagattgaag 496  Q
    |||||||| | |||||||    
T  5183842 ttgtatgacacattgaag 5183825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 80 - 520
Target Start/End: Original strand, 4840628 - 4841063
Alignment:
Q  80 taaagataaatattacaatatccaaatattg-agactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 178  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||      |||||||| || | || |||||||||||||||||||||||    
T  4840628 taaagataaaaattacaatatccaaatattttagactccacataaagtttaaac------tatggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaat 4840721  T
Q  179 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 278  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  4840722 ctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggctaacaatattgttatgtaagatg 4840821  T
Q  279 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 378  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  4840822 ctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactt 4840921  T
Q  379 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 478  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4840922 tcgattgaggaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagagaggttg 4841021  T
Q  479 ttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggtt 520  Q
    |||||||| | ||||||| ||   |||||||||| |||||||    
T  4841022 ttgtatgacacattgaagatttctaaaaagttcaactgggtt 4841063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 30 - 495
Target Start/End: Original strand, 4855078 - 4855544
Alignment:
Q  30 aaaaggagttgaacatcaaatgtctcaacatcaaaatgtca-aaattata-ttaaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagt 126  Q
    |||||||| | || ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||| | ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  4855078 aaaaggagcttaaaatcaaatgtctcagcatcaaactgtctgaaattaaagttaaatataaaaattacaatacccaaatatttgagactccacataaagt 4855177  T
Q  127 ttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgt 226  Q
    |||||||||| ||| ||||| || | || ||||||||||||||||||||||  |||  | |||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4855178 ttcaacaggtactacggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaagatacctacaaacttactaatgtaataaaaccaggccaaacgccaacgt 4855277  T
Q  227 ggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttcctttt 326  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||    
T  4855278 ggattgatgca--acactgttatgaaggtcagtagtattgttatgtaagatggtgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctctt 4855375  T
Q  327 ctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtc 426  Q
    || ||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||    
T  4855376 cttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagatcgggattacctctgtagctgtc 4855475  T
Q  427 ctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgaaagattgaa 495  Q
    ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  4855476 ctcaatgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaa 4855544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 80 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5161961 - 5161518
Alignment:
Q  80 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 178  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||| || |||  ||||||||||||||||||||||     
T  5161961 taaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactccacgtaaagtttcaacaggtactacgtacactcttcagtacaatggaaaagttggaaaaaaa 5161862  T
Q  179 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 278  Q
       ||   |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  5161861 aatcgtgcaaacttactaatgtaataaaaccaagccatacgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgttatgtaagatg 5161762  T
Q  279 ctgt-gaaac-tccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacac 376  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  5161761 ctgtagaaacctccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacaccttcacac 5161662  T
Q  377 ttttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggt 476  Q
    ||| | | |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161661 tttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgtagctgtcctcaacgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggt 5161562  T
Q  477 tgttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggtt 520  Q
    |||||||||| |  ||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  5161561 tgttgtatgacacgttgaaggttgataaaaaggtcaactgggtt 5161518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 407 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 7143776 - 7143688
Alignment:
Q  407 ggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgaaagattgaag 496  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||  | | |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  7143776 ggattacctctgtagttgtccttaacaaagcctccgat-tgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtaagacacattgaag 7143688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 409 - 447
Target Start/End: Original strand, 32745008 - 32745046
Alignment:
Q  409 attacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactg 447  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32745008 attacctctatagttgttctcatcaaagtttgcaaactg 32745046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 409 - 447
Target Start/End: Original strand, 4912000 - 4912038
Alignment:
Q  409 attacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactg 447  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4912000 attacctctatagttgttctcatcaaagtttgcaaactg 4912038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University