View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6819A_low_31 (Length: 393)

Name: NF6819A_low_31
Description: NF6819A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6819A_low_31
NF6819A_low_31
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-388)||(11747850-11748237)
chr2 (1-388)||(37016974-37017361)
chr2 (2-388)||(44335452-44335838)
chr2 (2-388)||(36628335-36628721)
chr2 (2-381)||(6003266-6003649)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-388)||(42610642-42611029)
chr8 (2-388)||(8592023-8592409)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-388)||(19422773-19423160)
chr5 (1-388)||(20087658-20088045)
chr5 (1-388)||(30823737-30824124)
chr5 (2-388)||(19681723-19682109)
chr5 (215-381)||(30664710-30664876)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (2-388)||(10228157-10228543)
chr4 (2-388)||(20171403-20171789)
chr4 (2-388)||(5056476-5056861)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (2-388)||(22025344-22025730)
chr6 (2-388)||(13050035-13050421)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-388)||(26524253-26524639)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (2-388)||(46487125-46487511)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 11748237 - 11747850
Alignment:
Q  1 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11748237 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtattttttttcaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 11748138  T
Q  101 tggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11748137 tggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgtt 11748038  T
Q  201 tgttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11748037 tgttggagctaccgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 11747938  T
Q  301 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11747937 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 11747850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Original strand, 37016974 - 37017361
Alignment:
Q  1 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37016974 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtattttttttcaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 37017073  T
Q  101 tggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37017074 tggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaattgcggagaaaatatgtctcggacataatatggttgtgtctgaaattatgtgtcggaatcccatgtt 37017173  T
Q  201 tgttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37017174 tgttggagctaccgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 37017273  T
Q  301 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37017274 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 37017361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 44335838 - 44335452
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44335838 caaatataaacatttttatgtactacaatggagaagttaaacaaaatgaatccggcatttttttccaaagtcagtataccaaaggttttaaagtgagcat 44335739  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||| | ||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  44335738 ggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaatagtggaaaagttatgtctcggagataacatggttgtgtctgaaattatatgtcggaatcccatgttt 44335639  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  44335638 gttggaactaccacaattcactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 44335539  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44335538 atatagagctttatgttatgtttgagatgaagaatccaacatctaatgttgagttaaattacccatcaagttctagtcaacaccaaa 44335452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 36628721 - 36628335
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36628721 caaatataaacatttttatgtactacaatggagaagttaaacaaaatgaatccggcatttttttccaaagtcagtataccaaaggttttaaagtgagcat 36628622  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||| | | | ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36628621 ggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaatagtgaaaaagttatgtctcggagataacatggttgtgtctgaaattatatgccggaatcccatgttt 36628522  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  36628521 gttggaactaccacaattcactaccaggcgttaagaataacagataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 36628422  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36628421 atatagagctttatgttatgtttgagatgacgaatccaacatctaatgttgagttaaattacccatcaagttctagtcaacaccaaa 36628335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 2 - 381
Target Start/End: Original strand, 6003266 - 6003649
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||| || || |        ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||    
T  6003266 caaatataaacgtttatgtgtactacaacggcgaagttaaacaaaatgaatctgggattttttttcaaagccagtacaccaaaggttttaaggtgagtat 6003365  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnn----gaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccat 197  Q
    || |||||||||||||||||||           |||| || || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||    
T  6003366 gggtagtacttacttgcatctcaaaaaaaaaaagaatagcagaaaaagtatgtatcggagataatatggttgtgtctgaaattttatgtcggaatcccat 6003465  T
Q  198 gtttgttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttg 297  Q
    ||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||| |||    
T  6003466 gtttgttggagctagcacaattcactaccaggcgttaagaataaccgataacgacgatgtcgagtttatgtttgacgtacataagattcacagttctttg 6003565  T
Q  298 tcctacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaa 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6003566 tcctacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaatcctgagttaaattacccatcaagttctagtcaa 6003649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 42611029 - 42610642
Alignment:
Q  1 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42611029 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattctggtattttttttcaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 42610930  T
Q  101 tggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42610929 tggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgtt 42610830  T
Q  201 tgttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42610829 tgttggagctaccgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 42610730  T
Q  301 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42610729 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 42610642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 8592409 - 8592023
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8592409 caaatataaacatttttgtgtactacaatggagaagttaaacaaaatgaatccgtcatttttttccaaagtcagtataccaaaggttttaaagtgagcat 8592310  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||| | ||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  8592309 ggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaatagtggaaaagttatgtctcggagataacatggttgtgtctgaaattatatgtcggaatcccatgttt 8592210  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  8592209 gttggaactaccacaattcactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 8592110  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8592109 atatagagctttatgttatgtttgagatgaagaatccaacatctaatgtttagttaaattacccatcaagttctagtcaacaccaaa 8592023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 19423160 - 19422773
Alignment:
Q  1 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19423160 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaaaaaaatgattccggtattttttttcaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 19423061  T
Q  101 tggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19423060 tggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgtt 19422961  T
Q  201 tgttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19422960 tgttggagctaccgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 19422861  T
Q  301 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19422860 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 19422773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 20088045 - 20087658
Alignment:
Q  1 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20088045 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggtgaagttaaacaaaatgattccggtattttttttcaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 20087946  T
Q  101 tggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20087945 tggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgtcggaatcccatgtt 20087846  T
Q  201 tgttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20087845 tgttggagctaccgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 20087746  T
Q  301 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20087745 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 20087658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Original strand, 30823737 - 30824124
Alignment:
Q  1 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30823737 tcaaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtattttttttcaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagca 30823836  T
Q  101 tggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30823837 tggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaattgcggagaaaatatgtctcggacataatatggttgtgtctgaaattatgtgtcggaatcccatgtt 30823936  T
Q  201 tgttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30823937 tgttggagctaccgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcc 30824036  T
Q  301 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30824037 tacatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 30824124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 19682109 - 19681723
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19682109 caaatataaacatttttatgtactacaatggagaagttaaacaaaatgaatccgacatttttttccaaagtcagtataccaaaggttttaaagtgagcat 19682010  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||| | ||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19682009 ggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaatagtggaaaagttatgtctcggagataacatggttgtgtctgaaattatatgccggaatcccatgttt 19681910  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  19681909 gttggaactaccacaattcactaccaggcgttaagaataacagataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 19681810  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19681809 atatagagctttatgttatgtttgagatgaagaatccaacatctaatgttgagttaaattacccatcaagttctagtcaacaccaaa 19681723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 215 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 30664876 - 30664710
Alignment:
Q  215 caatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcctacatagagcttta 314  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  30664876 caattcactaccaggcgttaagactaaccgataacgacgatgtcgagtttatgtttgacgtacataagagtcacagttctttgtcctacatagagcttta 30664777  T
Q  315 tgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaa 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30664776 tgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaatcttgagttaaattacccatcaagttctagtcaa 30664710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Original strand, 10228157 - 10228543
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10228157 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgaatccggtattttttttcaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 10228256  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  10228257 ggctagtacttacttgcatctcaaaagaagaattgcggaaaaagtatgtctcgaagataatatggttgtgtctgaaattatgtgtcggaatcctatgttt 10228356  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| ||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10228357 gttggaactaccacaattcattaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 10228456  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  10228457 atatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccatcgagttctagtcaacaccaaa 10228543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Original strand, 20171403 - 20171789
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20171403 caaatataaacatttttatgtactacaaaggagaagttaaacaaaatgaatccggcatttttttccaaagtcagtataccaaaggttttaaagtgagcat 20171502  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||| | ||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20171503 ggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaatagtggaaaagttatgtctcggagataacatggttgtgtctgaaattatatgccggaatcccatgttt 20171602  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  20171603 gttggaactaccacaatgcactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 20171702  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20171703 atatagagctttatgttatgtttgagatgaagaatccaacatctaatgttaagttaaattacccatcaagttctagtcaacaccaaa 20171789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Original strand, 5056476 - 5056861
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |        ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  5056476 caaatataaacgtttttatgtactacaatggagaagttaaacaaaatgaatccgacattttttc-caaagtcagtataccaaaggtttgaaagtgagcat 5056574  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5056575 ggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaatagtggaaaaattatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatatgccggaatcccatgttt 5056674  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  5056675 gttggaactaccacaattcactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatttcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 5056774  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5056775 atatagagttttatgttacatttgacatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccatcaagttctagtcaacaccaaa 5056861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 22025730 - 22025344
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22025730 caaatataaacatttttatgtactacaatggagaagttaaacaaaatgaatccggcatttttttccaaagtcagtataccaaaggttttaaagtgagcat 22025631  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||| | ||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  22025630 ggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaatagtggaaaagttatgtctcggagataacatggttgtgtctgaaattatatgtcggaatcccatgttt 22025531  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  22025530 gttggaactaccacaattcactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 22025431  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22025430 atatagagctttatgttatgtttgagatgaagaatccaacatctaatgttgagttaaattacccatcaagttctagtcaacaccaaa 22025344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 13050421 - 13050035
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |        ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  13050421 caaatataaacatttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgaatccggcattttttttcaaagtcagtataccaaaggtttaaaagtgagcat 13050322  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    |||||| |||||||||||||||       |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||    
T  13050321 ggctaggacttacttgcatctcaaaaaaagaatagcggaaaaagtatgtctcggagataatatggtcgtgtctgaaattatatgtcggaatctcatgttt 13050222  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| |||   |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  13050221 gttggaactagcacaattcactaccaggcgttaagaataaatgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 13050122  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  13050121 atatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaatttcgagttaaattactcatcaagttctagtcaacaccaaa 13050035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 26524639 - 26524253
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26524639 caaatataaacatttttatgtactacaatggagaagttaaacaaaatgaatccggcatttttttccaaagtcagtataccaaaggttttaaagtgagcat 26524540  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||| | ||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  26524539 ggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaatagtggaaaagttatgtctcggagataacatggttgtgtctgaaattatatgtcggaatcccatgttt 26524440  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  26524439 gttggaactaccacaattcactaccaggcgttaagaataacagataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 26524340  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  26524339 atatagagctttatgttatgtttgagatgaagaatccaacatctaatcttgagttaaataacccatcaagttctagtcaacaccaaa 26524253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 46487511 - 46487125
Alignment:
Q  2 caaatataaacgtttttgtgtactataatggagaagttaaacaaaatgattccggtannnnnnnncaaagtcagtataccaaaggttttaaagtcagcat 101  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46487511 caaatataaacatttttatgtactacaatggagaagttaaacaaaatgaatccgacatttttttccaaagtcagtataccaaaggttttaaagtgagcat 46487412  T
Q  102 ggctagtacttacttgcatctcnnnnnnngaattgcggagaaaatatgtctcggagataatatggttgtgtctgaaattatgtgccggaatcccatgttt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||| | ||| ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  46487411 ggctagtacttacttgcatctcaaaaaaagaatagtggaaaagttatgtcttggagataacatggttgtgtctgaaattatatgtcggaatcccatgttt 46487312  T
Q  202 gttggagctactgcaatccactaccaggcgttaagaataactgataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcatagttcgttgtcct 301  Q
    |||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  46487311 gttggaactaccacaattcactaccaggcgttaagaataacagataacgacgatgtcgagtttatgtttaacgtacataaaagtcacagttctttgtcct 46487212  T
Q  302 acatagagctttatgttacgtttgagatgaagaatccaacatctaattttgagttaaattacccctcaagttctagtcaacaccaaa 388  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46487211 atatagagctttatgttatgtttgagatgaagaatccaacatctaatgttgagttaaattacccatcaagttctagtcaacaccaaa 46487125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University