View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6843_low_2 (Length: 441)

Name: NF6843_low_2
Description: NF6843
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6843_low_2
NF6843_low_2
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (10-430)||(175748-176168)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (10-430)||(14641124-14641544)
chr4 (10-294)||(26110568-26110852)
chr4 (137-405)||(10012268-10012535)
chr4 (137-405)||(10019409-10019676)
chr4 (330-406)||(10154177-10154253)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (10-430)||(29564417-29564837)
chr8 (133-406)||(24956620-24956893)
chr8 (133-406)||(18176218-18176491)
chr8 (126-361)||(44506524-44506755)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (50-429)||(131097-131476)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (75-430)||(7230690-7231045)
chr2 (12-395)||(7230301-7230684)
chr2 (133-427)||(21022761-21023055)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (10-430)||(4576455-4576878)
chr3 (126-405)||(9787400-9787679)
chr3 (126-361)||(3590116-3590351)
chr3 (133-351)||(19607112-19607333)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (133-427)||(32604723-32605017)


Alignment Details
Target: scaffold0005 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 176168 - 175748
Alignment:
Q  10 atggacatcagctttaggggtaccacatgaatctagtaacaaaaatgctattgatgatgtcccattagaaattattgaatcagaagaggatgatattatc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  176168 atggacaccagctttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatc 176069  T
Q  110 cctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaacta 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  176068 cctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaacta 175969  T
Q  210 tgagaaacaaatttgagcgattagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattc 309  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  175968 tgagaaacacatttgagcgattagttcaagcagcagaaggtcataataaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattc 175869  T
Q  310 aattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatgaagat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  175868 aattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagat 175769  T
Q  410 aatagaatcttactgatgtcc 430  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  175768 aatagaatcttactgatgtcc 175748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 430
Target Start/End: Original strand, 14641124 - 14641544
Alignment:
Q  10 atggacatcagctttaggggtaccacatgaatctagtaacaaaaatgctattgatgatgtcccattagaaattattgaatcagaagaggatgatattatc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641124 atggacaccagctttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatc 14641223  T
Q  110 cctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaacta 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641224 cctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaacta 14641323  T
Q  210 tgagaaacaaatttgagcgattagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattc 309  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641324 tgagaaacacatttgagcgattagttcaagcagcagaaggtcataataaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattc 14641423  T
Q  310 aattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatgaagat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14641424 aattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagat 14641523  T
Q  410 aatagaatcttactgatgtcc 430  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14641524 aatagaatcttactgatgtcc 14641544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 10 - 294
Target Start/End: Original strand, 26110568 - 26110852
Alignment:
Q  10 atggacatcagctttaggggtaccacatgaatctagtaacaaaaatgctattgatgatgtcccattagaaattattgaatcagaagaggatgatattatc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26110568 atggacaccagctttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgttattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatc 26110667  T
Q  110 cctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaacta 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  26110668 cctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagatcaaggttgggactgcaacaacga 26110767  T
Q  210 tgagaaacaaatttgagcgattagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgt 294  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26110768 tgagaaacacatttgagcgattagttcaagcagcagaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgtagcaacatctaatgt 26110852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 137 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 10012535 - 10012268
Alignment:
Q  137 aaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttgagcgattagttc 236  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||| || ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| || |||||| | |    
T  10012535 aaaagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacatagagtaaggcaaaggttgggactgcaccaactatgagaaaaacattagaacgattaatcc 10012436  T
Q  237 aagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatattgaa 336  Q
    ||| |||| ||  |||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||   |||| ||||||| |||||    ||| || ||||||| ||    
T  10012435 aagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctattccaacatgt-ttgcaatattaaa 10012337  T
Q  337 aagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatga 405  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||| ||     |||||||||||||||||| || ||| |||| |||||    
T  10012336 aagtgcaaaggaagaaggacttttggatgggaaacaatttagttatgctttagaaatggttaaggatga 10012268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 137 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 10019676 - 10019409
Alignment:
Q  137 aaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttgagcgattagttc 236  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||| || ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| || |||||| | |    
T  10019676 aaaagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacatagagtaaggcaaaggttgggactgcaccaactatgagaaaaacattagaacgattaatcc 10019577  T
Q  237 aagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatattgaa 336  Q
    ||| |||| ||  |||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||   |||| ||||||| |||||    ||| || ||||||| ||    
T  10019576 aagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctattccaacatgt-ttgcaatattaaa 10019478  T
Q  337 aagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatga 405  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||| ||     |||||||||||||||||| || ||| |||| |||||    
T  10019477 aagtgcaaaggaagaaggacttttggatgggaaacaatttagttatgctttagaaatggttaaggatga 10019409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 330 - 406
Target Start/End: Original strand, 10154177 - 10154253
Alignment:
Q  330 tattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatgaa 406  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||  |||||||  |  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||    
T  10154177 tattgaaaagtgcaaaggatgatggatttttgaatggttaacaatttagttatgctttagaaatgcttaaagatgaa 10154253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 430
Target Start/End: Original strand, 29564417 - 29564837
Alignment:
Q  10 atggacatcagctttaggggtaccacatgaatctagtaacaaaaatgctattgatgatgtcccattagaaattattgaatcagaagaggatgatattatc 109  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29564417 atggacaccagctttaggggtgccacatgaatctagtggcaaaaatgatattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatc 29564516  T
Q  110 cctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaacta 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  29564517 cctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaacaaggttgggactgcaacaacaa 29564616  T
Q  210 tgagaaacaaatttgagcgattagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattc 309  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29564617 tgagaaacacatttgagcgattagttcaagcaacagaaagtcataataaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattc 29564716  T
Q  310 aattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatgaagat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29564717 aattcctgattgtgttacaatattgaaaagtacgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagat 29564816  T
Q  410 aatagaatcttactgatgtcc 430  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  29564817 aatagaatcgtactgatgtcc 29564837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 133 - 406
Target Start/End: Original strand, 24956620 - 24956893
Alignment:
Q  133 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttgagcgatta 232  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || | |||||| |||||||| ||| | |||||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||| |||    
T  24956620 aaagaaaagaaaggtttcaccatatattggagtgaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacttcaacaattatgagaaaaacatttgagcggtta 24956719  T
Q  233 gttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 332  Q
    ||| |||||||  |||||||||||||| |||| |||||  ||||||| || || ||| |||| | |||| | || || ||||| ||||| |||| | |||    
T  24956720 gttgaagcagctgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagattgcgttaaattat 24956819  T
Q  333 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatgaa 406  Q
    |||||||||| |||||  | ||   |||||||  || |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||    
T  24956820 tgaaaagtgcaaaggattatggttttttgaatggtcaacaatttagttatgctttagaaatgcttaaagatgaa 24956893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 133 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 18176491 - 18176218
Alignment:
Q  133 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttgagcgatta 232  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| |||||||| ||| | |||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||| |||    
T  18176491 aaagaaaagaaaagtttcaccagctattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacaacaacaactatgagaagaacatttgagcggtta 18176392  T
Q  233 gttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 332  Q
    ||| |||||||  |||||||||||||| |||| |||||  |||||||||| || ||| |||| | |||| | || || ||||  ||||| |||| | |||    
T  18176391 gttgaagcagccgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcagccacctctcatgtccatggagagtactctattctagattgcgttaaattat 18176292  T
Q  333 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatgaa 406  Q
    |||||||||| ||||| || ||   |||||||  || |||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||    
T  18176291 tgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagtcatgctttagaaatgcttaaagatgaa 18176218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 126 - 361
Target Start/End: Original strand, 44506524 - 44506755
Alignment:
Q  126 aatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttga 225  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||     || ||||||||  |||||| ||||| | ||||||||||||||| || |||||||||| | ||| ||    
T  44506524 aatcaaaaaataaaagaaaggtttcaccaa----ggatgagaaagcaacaaagagtaaggcaaaggttgggactgcaccagctatgagaaaaacattaga 44506619  T
Q  226 gcgattagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgtt 325  Q
     |||||||| |||| |||| ||  |||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||   |||| ||||||| |||||    ||||||    
T  44506620 acgattagtccaagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctattccaacatgtgtt 44506719  T
Q  326 acaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttg 361  Q
     ||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  44506720 gcaatattaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttg 44506755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 429
Target Start/End: Original strand, 131097 - 131476
Alignment:
Q  50 aaaaatgctattgatgatgtcccattagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggttt 149  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131097 aaaaatgctattgatgatgtgccactagaaattattgaatcagaagaggatgatattatacctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggttt 131196  T
Q  150 caccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttgagcgattagttcaagcagcaaaagg 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131197 caccagatatgggtgagaaagttacaaagtgtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatttgagcgattagttcaagcagcaaaagg 131296  T
Q  250 tcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggag 349  Q
    ||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  131297 tcataatgaaattaagaagaatgaaattgcagcaacatctaatgttcgtggacaatattcaattcttgattgtgttacaatattgaaaagtacgaaggag 131396  T
Q  350 gaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatgaagataatagaatcttactgatgtc 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131397 gaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgcttaaagatgaagataatagaatcttactgatgtc 131476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 75 - 430
Target Start/End: Original strand, 7230690 - 7231045
Alignment:
Q  75 tagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttac 174  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230690 tagaacttattgaatcagaagaggatgatattatccctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttac 7230789  T
Q  175 aaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttgagcgattagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaa 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  7230790 aaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacacatttgagcgattagttcaagcatcagaatgtcataatgaaattgagaaggccgaa 7230889  T
Q  275 attgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaat 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230890 attgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaat 7230989  T
Q  375 ttagttatgctttggagatgtttaaagatgaagataatagaatcttactgatgtcc 430  Q
    |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230990 ttagttatactttggtgatgcttaaagatgaagataatagaatcttactgatgtcc 7231045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 12 - 395
Target Start/End: Original strand, 7230301 - 7230684
Alignment:
Q  12 ggacatcagctttaggggtaccacatgaatctagtaacaaaaatgctattgatgatgtcccattagaaattattgaatcagaagaggatgatattatccc 111  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230301 ggacaccagctttagggatgccacatgaatctagtggaaaaaatgctattgatgatgtgtcactagaacttattgaatcagaagaggatgatattatccc 7230400  T
Q  112 tatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230401 tatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaaaaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatg 7230500  T
Q  212 agaaacaaatttgagcgattagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaa 311  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230501 agaaacacatttgagcgattagttcaagcatcagaatgtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaa 7230600  T
Q  312 ttcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgt 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7230601 ttcctgattgtgttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggtgatgt 7230684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 133 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 21023055 - 21022761
Alignment:
Q  133 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttgagcgatta 232  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||| | |||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||| |||    
T  21023055 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacaacaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 21022956  T
Q  233 gttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 332  Q
    ||| ||||||   |||||||||||||| |||| |||||  ||||||| || || ||| |||| | |||| | || || ||||| | ||| |||| | |||    
T  21022955 gtttaagcagttgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagtttgcgttaaattat 21022856  T
Q  333 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatgaagataatagaatcttactgatg 427  Q
    |||||||||| ||||| || ||   |||||||  || |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| | ||| || || ||||||||    
T  21022855 tgaaaagtgcaaaggatgatggttttttgaatggtcaacaatttagttatgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatg 21022761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 10 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 4576878 - 4576455
Alignment:
Q  10 atggacatcagctttaggggtaccacatgaatctagtaacaaaaatgctattgatgatgtcccattagaaattattgaatcagaagaggatgatattatc 109  Q
    ||||||| ||||||| ||||| | || ||||||||||  |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  4576878 atggacaccagctttgggggtgcgacgtgaatctagtggcaaaaatgatattgatgacgtgccattagaaattattgaatctgaagaggatgatgttatc 4576779  T
Q  110 cctatggaaagtaacaaatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaacta 209  Q
    | ||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  4576778 cttatgggaaataaccaatcaagaaagaaaagaaatgtttcaccagatatgggtgtgaaagttacaaagggtaagacaaaggctgggactacaacaacta 4576679  T
Q  210 tgagaaacaaatttgagcgattagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattc 309  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4576678 tgagaatcacatttgagcgattagttcaagcagcagaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattc 4576579  T
Q  310 aattcctgattgtg---ttacaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatgaa 406  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  4576578 aattcctgattgtgttattacaatattgaaatgtgcgaaggaggaaggacatttgaatagtcgacaatttagttatgctttggagaagcttaaagatgaa 4576479  T
Q  407 gataatagaatcttactgatgtcc 430  Q
    ||||||||||| ||||||||||||    
T  4576478 gataatagaattttactgatgtcc 4576455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 126 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 9787679 - 9787400
Alignment:
Q  126 aatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttga 225  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| | ||| ||    
T  9787679 aatcaaaaaataaaagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacaaagagtaagacaaaggttgggactgcaccagctatgagaaaaacattaga 9787580  T
Q  226 gcgattagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgtt 325  Q
     |||||||| |||| |||| ||  |||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||   |||| ||||||| |||||    ||||||    
T  9787579 acgattagtccaagtagcagaaaatcataatgaacttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctattccaacatgtgtt 9787480  T
Q  326 acaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatga 405  Q
     ||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||| ||     |||||||||||||||||| || ||| |||| |||||    
T  9787479 tcaatattaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttggatgggaaacaatttagttatgctttagaaatggttaaggatga 9787400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 126 - 361
Target Start/End: Original strand, 3590116 - 3590351
Alignment:
Q  126 aatcaagaaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttga 225  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||  | ||| | ||||||||||||||| || |||||||||| | ||| ||    
T  3590116 aatcaaaaaatataagaaaggtttcaccaaatatggatgagaaagcaacaaataggaaggcaaaggttgggactgcaccagctatgagaaaaacattaga 3590215  T
Q  226 gcgattagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgtt 325  Q
     |||||||| |||| |||| ||  |||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||   |||| ||||||| ||| |    ||||||    
T  3590216 acgattagtccaagtagcagaaaatcataatgaagttgaaaaggctgaaattgaagcaacatctcatgtcaatggaaaatattctatttcaacatgtgtt 3590315  T
Q  326 acaatattgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttg 361  Q
     ||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  3590316 gcaatattaaaaagtgcaaaggaagaaggacttttg 3590351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 133 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 19607333 - 19607112
Alignment:
Q  133 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggt---gagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttgagcga 229  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||   |   |||||||| |||||||| ||| | |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||     
T  19607333 aaagtaaagaaaggtttcaccagatattaattgagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacgacaacaactatgagaaacacatttgagcgg 19607234  T
Q  230 ttagttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaa 329  Q
    |||  | ||||| |  |||||||||||||| |||| |||||  ||||||| |  || |||||||| | || |||||| || ||||| || |   ||| |     
T  19607233 ttaactgaagcatctgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggtcacctctaatgtccatgtacaatactctattccagactacattaaat 19607134  T
Q  330 tattgaaaagtgcgaaggagga 351  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  19607133 tattgaaaagtgcaaaggagga 19607112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 83; Significance: 4e-39; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 133 - 427
Target Start/End: Original strand, 32604723 - 32605017
Alignment:
Q  133 aaagaaaagaaaggtttcaccagatatgggtgagaaagttacaaagggtaagaccaaggttgggactgcaacaactatgagaaacaaatttgagcgatta 232  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||| | |||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||| |||    
T  32604723 aaagaaaagaaaggtttcaccaaatattggagagaaagtgacaaagggaaaggcaaaggttgggacaacaacaactatgagaaaaacatttgagcggtta 32604822  T
Q  233 gttcaagcagcaaaaggtcataatgaaattgagaaggccgaaattgcagcaacatctaatgttcttggacaatattcaattcctgattgtgttacaatat 332  Q
    ||| ||||||   |||||||||||||| |||| |||||  ||||||| || || ||| |||| | |||| | || || ||||| || || |||| | |||    
T  32604823 gttaaagcagatgaaggtcataatgaagttgaaaaggctcaaattgcggccacctctcatgtccatggagagtactctattccagaatgcgttaaattat 32604922  T
Q  333 tgaaaagtgcgaaggaggaaggacatttgaataatcgacaatttagttatgctttggagatgtttaaagatgaagataatagaatcttactgatg 427  Q
    |||||||||| |||||  | ||   |||||||  || |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| | ||| || || ||||||||    
T  32604923 tgaaaagtgcaaaggataatggttttttgaatggtcaacaatttagttatgctttagaaatgcttaaagatgaacaaaatcgagtcctactgatg 32605017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University