View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6847_high_1 (Length: 738)

Name: NF6847_high_1
Description: NF6847
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6847_high_1
NF6847_high_1
[»] chr6 (33 HSPs)
chr6 (71-434)||(13890692-13891052)
chr6 (1-424)||(14027023-14027446)
chr6 (99-422)||(13860714-13861037)
chr6 (99-415)||(13943024-13943340)
chr6 (27-390)||(14017058-14017424)
chr6 (39-428)||(14112469-14112858)
chr6 (99-433)||(14086645-14086982)
chr6 (1-434)||(13470608-13471041)
chr6 (546-729)||(13470373-13470556)
chr6 (546-728)||(13890458-13890640)
chr6 (546-729)||(13872601-13872784)
chr6 (5-328)||(13872930-13873253)
chr6 (531-729)||(14027496-14027697)
chr6 (531-728)||(14112889-14113089)
chr6 (1-180)||(13873150-13873329)
chr6 (531-709)||(13943390-13943571)
chr6 (546-729)||(14017470-14017656)
chr6 (546-729)||(14049298-14049484)
chr6 (546-709)||(14087053-14087216)
chr6 (71-182)||(14027021-14027132)
chr6 (531-729)||(13860464-13860668)
chr6 (1-109)||(13890942-13891050)
chr6 (71-181)||(13873221-13873331)
chr6 (1-107)||(14017107-14017213)
chr6 (1-107)||(14112503-14112609)
chr6 (627-729)||(14000428-14000530)
chr6 (27-109)||(13860955-13861037)
chr6 (27-107)||(13943024-13943104)
chr6 (99-182)||(13471004-13471087)
chr6 (27-109)||(14086645-14086727)
chr6 (27-115)||(13470999-13471087)
chr6 (99-182)||(14112457-14112540)
chr6 (1-109)||(13873077-13873185)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 33)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 71 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 13891052 - 13890692
Alignment:
Q  71 gagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagaga 170  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  13891052 gagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaaagattgcggctaagatcaagaaattgcaagttggagaga 13890953  T
Q  171 tctccaagttgatgaggaatcaaaccacccagatcattgccagaaatattcaagtatttcaaatggtaaagagactcaaattgaataggaatttgacctt 270  Q
    | ||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||     
T  13890952 tttccaagttga---ggaatcaaaccatccagatcattgccggaaattttcaagtatttcaaatggtaaagtgactcaaattgaataggaatttgtcctc 13890856  T
Q  271 caaaacggcaataagaaagatcaaggtatctaaggtttcttaaagatccaaagaaaccagggacataactccttctaaaattatttccgctgaggttcaa 370  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||||    
T  13890855 caaaaccgcaataagaaagatcaaggtatcttaggtttcttaaagatccaaagaaacctgggacatgactccctctaaaattatttctgttgaggttcaa 13890756  T
Q  371 atattgtaactgttgcaactgcataagtgacttgtggatatcacccatgatataaaatttattg 434  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13890755 atattgtaactgttgcaactccatcaatgacttgtggatatcacccatgatataaaatttattg 13890692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 424
Target Start/End: Original strand, 14027023 - 14027446
Alignment:
Q  1 gatcaagaaaatgcaatttggagagatttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14027023 gatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaataattgatgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatt 14027122  T
Q  101 tccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccaccc 200  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |     
T  14027123 tccaagttgacatggaatgcttccttccaaataattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagacctccaagttgatgaggaatcaaaccatct 14027222  T
Q  201 agatcattgccagaaatattcaagtatttcaaatggtaaagagactcaaattgaataggaatttgaccttcaaaacggcaataagaaagatcaaggtatc 300  Q
    |||  ||||   |||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  14027223 agaagattgttggaaagattcaagtatttcaaatgtgaaagagactccaattgaataggaatttgtcctccaaaatgacaatatgaaagatcaaggtatc 14027322  T
Q  301 taaggtttcttaaagatccaaagaaaccagggacataact-ccttctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaactgttgcaactgcataagtg 399  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||  | | | || | ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||    
T  14027323 ttaggtttcttaaagatccaaagaaacctagtatagaattgccttc-aaaattatttctactgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccatcaatg 14027421  T
Q  400 acttgtggatatcacccatgatata 424  Q
    ||||||||||||||||  |||||||    
T  14027422 acttgtggatatcaccactgatata 14027446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 99 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 13861037 - 13860714
Alignment:
Q  99 tttccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccac 198  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13861037 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaaaaattgtagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccat 13860938  T
Q  199 ccagatcattgccagaaatattcaagtatttcaaatggtaaagagactcaaattgaataggaatttgaccttcaaaacggcaataagaaagatcaaggta 298  Q
    | |||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| | |||| |||||||||||||||    
T  13860937 ctagatgattccacgaaagattcaagtatttcaaatgcgaaagagactcaaattgaatatgaatttgtcctccaaaatgacaattagaaagatcaaggta 13860838  T
Q  299 tctaaggtttcttaaagatccaaagaaaccagggacataactccttctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaactgttgcaactgcataagt 398  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| || | |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  | |    
T  13860837 tcttaggtttcttaaagatccaaagaaacctggtagaatactctttctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccaccaat 13860738  T
Q  399 gacttgtggatatcacccatgata 422  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  13860737 gacttgtggatatcacccctgata 13860714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 99 - 415
Target Start/End: Original strand, 13943024 - 13943340
Alignment:
Q  99 tttccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccac 198  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  13943024 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaataattgttgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagtcgatgaggaatcaaaccat 13943123  T
Q  199 ccagatcattgccagaaatattcaagtatttcaaatggtaaagagactcaaattgaataggaatttgaccttcaaaacggcaataagaaagatcaaggta 298  Q
    | |||  ||||   |||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||   ||||| ||||||||||||||    
T  13943124 ctagaagattgtaggaaagattcaagtatttcaaatgtgaaagagactccaattgaataggaatttgtcctcgaaaataacaatatgaaagatcaaggta 13943223  T
Q  299 tctaaggtttcttaaagatccaaagaaaccagggacataact-ccttctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaactgttgcaactgcataag 397  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| || | | || | ||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  13943224 tcttaggtttcttaaagatccaaagaaacctggtatagaattgccttc-aaaattatttctactgaagttcaaatattgtaactgttgcaactccatcag 13943322  T
Q  398 tgacttgtggatatcacc 415  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13943323 tgacttgtggatatcacc 13943340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 27 - 390
Target Start/End: Original strand, 14017058 - 14017424
Alignment:
Q  27 tttccaagtggggatggaatgcttccttccattgca---ttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttgtgatggaatgcttc 123  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||||||||   ||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  14017058 tttccaagttgagatggaattcttccttccaaaccaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttc 14017157  T
Q  124 cttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccacccagatcattgccagaaatattcaa 223  Q
    | ||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||| ||||   |||| || |||    
T  14017158 catccaaatcattggtgttgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagtcgatgaggaatcacaccatctagatgattgttggaaagatccaa 14017257  T
Q  224 gtatttcaaatggtaaagagactcaaattgaataggaatttgaccttcaaaacggcaataagaaagatcaaggtatctaaggtttcttaaagatccaaag 323  Q
    ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |  ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14017258 gtatttcaaatgtgaaagagactccaattgaataggaatttgtcctccaagattgcaaattgaaagatcaaggtatcttaggtttcttaaagatccaaag 14017357  T
Q  324 aaaccagggacataact-ccttctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaactgttgcaact 390  Q
    ||||| || | | || | ||||| ||||||| |||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  14017358 aaacctggtatagaattgccttc-aaaattaattctactgaagttcaaatattgtaattgttgcaact 14017424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 39 - 428
Target Start/End: Original strand, 14112469 - 14112858
Alignment:
Q  39 gatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgt 138  Q
    ||||||||||||||||| |   |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |    
T  14112469 gatggaatgcttccttcaaaaccattgatgctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaaccattat 14112568  T
Q  139 ggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccacccagatcattgccagaaatattcaagtatttcaaatggta 238  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||| | |||  ||||   |||| ||| | ||||||||||||  |    
T  14112569 tgttgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagtcgattaggaatcacaccatctagacgattgttggaaagatttatgtatttcaaatgtga 14112668  T
Q  239 aagagactcaaattgaataggaatttgaccttcaaaacggcaataagaaagatcaaggtatctaaggtttcttaaagatccaaagaaaccagggacataa 338  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||| | ||  |||||   ||||  ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||  |||| ||      
T  14112669 aagagaccccaatggaataggaattcgtccgccaaaataacaatttgaaagatcaaggtttcttaggtttcttagagatccaaagaaacttgggatatct 14112768  T
Q  339 ct-ccttctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaactgttgcaactgcataagtgacttgtggatatcacccatgatataaaat 428  Q
     | ||||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||| || |||||||  || ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  14112769 ttgccttc-aaaattatttccactgaggttcaaatactttaattgctgcaactctatcagtgacttgtggatatcaccactgatataaaat 14112858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 99 - 433
Target Start/End: Original strand, 14086645 - 14086982
Alignment:
Q  99 tttccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccac 198  Q
    |||||||||||  ||||||| |||||||||||   ||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14086645 tttccaagttgatatggaatacttccttccaagtcattgttgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccat 14086744  T
Q  199 ccagatcattgccagaaatattcaagtatttcaaatggtaaagagactcaaattgaataggaatttga---ccttcaaaacggcaataagaaagatcaag 295  Q
    | |||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||  |||||| |||||||||||    
T  14086745 ctagataattccatgaaagattcaagtatttcaaatgcaaaagagactccaattgaataggaatttgatctccttcaaaattgcaatatgaaagatcaag 14086844  T
Q  296 gtatctaaggtttcttaaagatccaaagaaaccagggacataactccttctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaactgttgcaactgcata 395  Q
    |||||| |||||||| | ||||||||||||||  |||| || | | | |  ||||| |||||  || |||||||| || | ||| | |||||||| |||     
T  14086845 gtatcttaggtttctcagagatccaaagaaacttgggatatgattgccttgaaaatcatttctacttaggttcaagtactttaatttttgcaactccatc 14086944  T
Q  396 agtgacttgtggatatcacccatgatataaaatttatt 433  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||| ||||| ||||    
T  14086945 agtgagttgtggatatcaccccggatacaaaatctatt 14086982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 13471041 - 13470608
Alignment:
Q  1 gatcaagaaaatgcaatttggagagatttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||  ||||||  |    |||  ||  |||||||||| ||| || || | | |||||    
T  13471041 gatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggtatttttcctttaaaactatttcggtggagatcaagatattccatgtcgaagagatt 13470942  T
Q  101 tccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccaccc 200  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | |||| |     
T  13470941 tccaagttgagttggaatgcttccttccaaacgattgttcctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagtcgatgaggaataacaccatct 13470842  T
Q  201 agatcattgccagaaatattcaagtatttcaaatggtaaagagactcaaattgaataggaatttgaccttcaaaacggcaataagaaagatcaaggtatc 300  Q
    |||   |||   |||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |  ||||   ||||||||||||||||    
T  13470841 agacggttgtttgaaagattcaagtatttcaaatgagaaagagactcgaattgaataggaatttgtcctccaagattgcaacctgaaagatcaaggtatc 13470742  T
Q  301 taaggtttcttaaagatccaaagaaaccagggacataact-ccttctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaactgttgcaactgcataagtg 399  Q
    | |||||||||| ||||||||||| ||   ||| |||| | ||||| |||||||||||| |  ||||||||||| | ||| || ||||||| ||| | ||    
T  13470741 ttaggtttcttagagatccaaagatacttaggatataattgccttc-aaaattatttccaccaaggttcaaatactttaattgctgcaactccatcaatg 13470643  T
Q  400 acttgtggatatcacccatgatataaaatttattg 434  Q
    ||||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  13470642 acttgtggatatcaccactcatataaaatttattg 13470608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 546 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 13470556 - 13470373
Alignment:
Q  546 acatgaccagtgacgttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgctgtcgtccaagatgacaacatgccatagtcatcaacaagggcagcct 645  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13470556 acatgatcagtgaggttgctgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacaacatgccatagtcatcaataagggcagcct 13470457  T
Q  646 taaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaaggtctgctagcaacaccaaac 729  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||  | |||| ||||||||||||    
T  13470456 tgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgtatgcacctgacaactttttttgaacaaacaaaatatgcttgcaacaccaaac 13470373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 546 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 13890640 - 13890458
Alignment:
Q  546 acatgaccagtgacgttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgctgtcgtccaagatgacaacatgccatagtcatcaacaagggcagcct 645  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||   |||  ||||||    
T  13890640 acatgaccagtgaggttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgccgtcgtccaagatgacaacatgccatattcatcggtaagaccagcct 13890541  T
Q  646 taaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaaggtctgctagcaacaccaaa 728  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||||  |||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  13890540 tgaattgaagaagtgcatgcctctcactttgaatgcatttaacaacctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacaccaaa 13890458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 546 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 13872784 - 13872601
Alignment:
Q  546 acatgaccagtgacgttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgctgtcgtccaagatgacaacatgccatagtcatcaacaagggcagcct 645  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||   |||||| |||| ||||||    
T  13872784 acatggccagtgaggttgctgcaacgaattccataccattggcagcaatctgccgttgtccaagatgacaacatgccattcacatcaataaggccagcct 13872685  T
Q  646 taaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaaggtctgctagcaacaccaaac 729  Q
    | |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  13872684 tgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacgccaaac 13872601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 13873253 - 13872930
Alignment:
Q  5 aagaaaatgcaatttggagagatttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttcca 104  Q
    |||||| | ||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  13873253 aagaaatttcaagttggagagattttcaagttgggatggtatgcttccttccaaacgattgtagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccg 13873154  T
Q  105 agttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccacccagat 204  Q
    ||||  ||||||||||||||||| |||  ||||| | | ||||||| |||| | |  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  13873153 agtttagatggaatgcttccttctaaatgattgttgcttagatcaataaatcgaacattggagagatttccaagttgatgaggaatcaaaccatcgagat 13873054  T
Q  205 cattgccagaaatattcaagtatttcaaatggtaaagagactcaaattgaataggaatttgaccttcaaaacggcaataagaaagatcaaggtatctaag 304  Q
    ||||    |||| | |||| |||||||||||   |||||||||||||||||| | |||||  ||  |||| || |||   ||||| ||||||||||| |     
T  13873053 cattcgaggaaagactcaaatatttcaaatgcggaagagactcaaattgaattgaaatttttccaccaaagcgacaacgtgaaaggtcaaggtatcttat 13872954  T
Q  305 gtttcttaaagatccaaagaaacc 328  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||    
T  13872953 gtttcttagagaaccaaaaaaacc 13872930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 531 - 729
Target Start/End: Original strand, 14027496 - 14027697
Alignment:
Q  531 aggtcgagcatagaaacatgaccagtgacgttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgctgtcgtccaagatgacaacatgccatagtcat 630  Q
    ||||||||||||   ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |  |    
T  14027496 aggtcgagcataagtacatggccagtgatattgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatcttctgttgtccaagatgacaacatgccaaatttgt 14027595  T
Q  631 caacaagggcagccttaaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaa---ggtctgctagcaacaccaa 727  Q
    |||||||| ||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| ||||||   |||||||| ||||||||||    
T  14027596 caacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaaactggtctgcttgcaacaccaa 14027695  T
Q  728 ac 729  Q
    ||    
T  14027696 ac 14027697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 531 - 728
Target Start/End: Original strand, 14112889 - 14113089
Alignment:
Q  531 aggtcgagcatagaaacatgaccagtgacgttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgctgtcgtccaagatgacaacatgc---catagt 627  Q
    ||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    ||||      
T  14112889 aggtcgagcataattacatgacaagtgacgttgctgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgacagcatgttgtcataca 14112988  T
Q  628 catcaacaagggcagccttaaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaaggtctgctagcaacaccaa 727  Q
    |||||  |||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  14112989 catcagtaaggccagccttgaattgtagaagtgcctgcctctcactttgtatgcacctaacagcctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacaccaa 14113088  T
Q  728 a 728  Q
    |    
T  14113089 a 14113089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 13873329 - 13873150
Alignment:
Q  1 gatcaagaaaatgcaatttggagagatttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||   ||||||   |||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  13873329 gatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgggatggaatccttccttccaaatcattgtttttgagatgaagaaatttcaagttggagagatt 13873230  T
Q  101 tccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagtt 180  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  13873229 ttcaagttgggatggtatgcttccttccaaacgattgtagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccgagtt 13873150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 531 - 709
Target Start/End: Original strand, 13943390 - 13943571
Alignment:
Q  531 aggtcgagcatagaaacatgaccagtgacgttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgctgtcgtccaagatgacaaca---tgccatagt 627  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||   || |||| |    
T  13943390 aggtcgagcataattacatgaccagtgacgttgctgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacagcatgttgtcatatt 13943489  T
Q  628 catcaacaagggcagccttaaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaag 709  Q
    |||||| |||| |||| || ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  13943490 catcaataaggccagctttgaattgtagaagtgcttgcctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaag 13943571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 546 - 729
Target Start/End: Original strand, 14017470 - 14017656
Alignment:
Q  546 acatgaccagtgacgttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgctgtcgtccaagatgacaacatgccatagtcatcaacaagggcagcct 645  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||  ||    
T  14017470 acatgaccagtgaggttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatcttctgttgtccaagatgacaacatgccaaactcatcaacaaggccatact 14017569  T
Q  646 taaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaa---ggtctgctagcaacaccaaac 729  Q
    | || || || ||||||| |||||||||||  || || || ||||||||||||||| ||| ||   |||||||| | ||||||||||    
T  14017570 tgaactgtagaagtgccttcctctcactttgaatacatctaacaacctcttttgaacaaataagttggtctgcttgaaacaccaaac 14017656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 546 - 729
Target Start/End: Original strand, 14049298 - 14049484
Alignment:
Q  546 acatgaccagtgacgttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgctgtcgtccaagatgacaacatgccatagtcatcaacaagggcagcct 645  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||||| ||||||||||| || | ||||||| |||| ||| ||    
T  14049298 acatggccagtgatattgctgcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaaaatgacaacatgtcaaattcatcaataaggccagact 14049397  T
Q  646 taaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaa---ggtctgctagcaacaccaaac 729  Q
    | ||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||   |||||||| ||||||||||||    
T  14049398 tgaattgcagaagtgcctgtctctcactttgtatgcacctgacaacctcttttgagcaaacaagctggtctgcttgcaacaccaaac 14049484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 546 - 709
Target Start/End: Original strand, 14087053 - 14087216
Alignment:
Q  546 acatgaccagtgacgttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgctgtcgtccaagatgacaacatgccatagtcatcaacaagggcagcct 645  Q
    ||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||   ||||  |||||||||||    
T  14087053 acatggccagtgaggttgttgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacagcatgccatatggatcagtaagggcagcct 14087152  T
Q  646 taaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaag 709  Q
    |||||||||| |||||   ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  14087153 taaattgaagaagtgctgtcctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaag 14087216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 71 - 182
Target Start/End: Original strand, 14027021 - 14027132
Alignment:
Q  71 gagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagaga 170  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14027021 gagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaataattgatgctgagatcaagaaattgcaagttggagaga 14027120  T
Q  171 tctccaagttga 182  Q
    | ||||||||||    
T  14027121 tttccaagttga 14027132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 531 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 13860668 - 13860464
Alignment:
Q  531 aggtcgagcatagaaacatgaccagtgacgttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgctgtcgtccaagatgacaaca---tgccatagt 627  Q
    ||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||   || ||||      
T  13860668 aggtcgagcataattacatgaccagttacgttgctgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacagcatgttgtcataca 13860569  T
Q  628 catcaacaagggcagccttaaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaa---ggtctgctagcaacac 724  Q
    |||||  |||| ||||||| ||||| || || |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||   |||| ||| |||||||    
T  13860568 catcagtaaggccagccttgaattgtagaagcgcctgcctctcactttgtatgcacctaacaaactcttttgaacaaacaagctggtcagcttgcaacac 13860469  T
Q  725 caaac 729  Q
    |||||    
T  13860468 caaac 13860464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 13891050 - 13890942
Alignment:
Q  1 gatcaagaaaatgcaatttggagagatttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13891050 gatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaaagattgcggctaagatcaagaaattgcaagttggagagatt 13890951  T
Q  101 tccaagttg 109  Q
    |||||||||    
T  13890950 tccaagttg 13890942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 71 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 13873331 - 13873221
Alignment:
Q  71 gagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagaga 170  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||  ||||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  13873331 gagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgggatggaatccttccttccaaatcattgtttttgagatgaagaaatttcaagttggagaga 13873232  T
Q  171 tctccaagttg 181  Q
    | | |||||||    
T  13873231 ttttcaagttg 13873221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Original strand, 14017107 - 14017213
Alignment:
Q  1 gatcaagaaaatgcaatttggagagatttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||   |||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  14017107 gatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccatccaaatcattggtgttgagatcaagaaattgcaagttggagagatc 14017206  T
Q  101 tccaagt 107  Q
    |||||||    
T  14017207 tccaagt 14017213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Original strand, 14112503 - 14112609
Alignment:
Q  1 gatcaagaaaatgcaatttggagagatttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatt 100  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||   |||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  14112503 gatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaaccattattgttgagatcaagaaattgcaagttggagagatc 14112602  T
Q  101 tccaagt 107  Q
    |||||||    
T  14112603 tccaagt 14112609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 627 - 729
Target Start/End: Original strand, 14000428 - 14000530
Alignment:
Q  627 tcatcaacaagggcagccttaaattgaaggagtgcctgcctctcactttctatgcacctgacaacctcttttgaagaaacaaggtctgctagcaacacca 726  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||| |||||| || |||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  14000428 tcatcaataaggccagccttgaattgaagaagtgctttcctctcactttgtatgcatctaacaacctcctttgaataaacaaagtctgcttgcaacacca 14000527  T
Q  727 aac 729  Q
    |||    
T  14000528 aac 14000530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 27 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 13861037 - 13860955
Alignment:
Q  27 tttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttg 109  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  13861037 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaaaaattgtagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagttg 13860955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 107
Target Start/End: Original strand, 13943024 - 13943104
Alignment:
Q  27 tttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagt 107  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  13943024 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaataattgttgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagt 13943104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 13471087 - 13471004
Alignment:
Q  99 tttccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagttga 182  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||||||  ||| | | |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  13471087 tttccaagttgagatggaatatttccttccaaattattatagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 13471004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 27 - 109
Target Start/End: Original strand, 14086645 - 14086727
Alignment:
Q  27 tttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttg 109  Q
    ||||||||| |  ||||||| ||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  14086645 tttccaagttgatatggaatacttccttccaagtcattgttgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagttg 14086727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 27 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 13471087 - 13470999
Alignment:
Q  27 tttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttgtgatgg 115  Q
    ||||||||| | ||||||||  |||||||||    ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  13471087 tttccaagttgagatggaatatttccttccaaattattatagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatgg 13470999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 99 - 182
Target Start/End: Original strand, 14112457 - 14112540
Alignment:
Q  99 tttccaagttgtgatggaatgcttccttccaaaaaattgtggttgagatcaagaaattgcaagttagagagatctccaagttga 182  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||  ||||  | |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||    
T  14112457 tttccaatttgagatggaatgcttccttcaaaaccattgatgctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttga 14112540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 13873185 - 13873077
Alignment:
Q  1 gatcaagaaaatgcaatttggagagatttccaagtggggatggaatgcttccttccattgcattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||   ||||||||||||||||| |    ||||| ||| ||||||| |||| | |  ||||| |||||    
T  13873185 gatcaagaaattgcaagttggagagatttccgagtttagatggaatgcttccttctaaatgattgttgcttagatcaataaatcgaacattggagagatt 13873086  T
Q  101 tccaagttg 109  Q
    |||||||||    
T  13873085 tccaagttg 13873077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University