View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6854_high_1 (Length: 1174)

Name: NF6854_high_1
Description: NF6854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6854_high_1
NF6854_high_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (136-1158)||(44546958-44547976)
chr3 (21-71)||(44546843-44546893)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 886; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 886; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 136 - 1158
Target Start/End: Original strand, 44546958 - 44547976
Alignment:
Q  136 ataattaatgtggaaagcttggtaatatgcaatcttatatttgtcaannnnnnnnnnnnctaatagtccacattttatctttcttttatgatgtgtatgt 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44546958 ataattaatgtggaaagcttggtaatatgcaatcttaaatttgtcaatttttcttttttctaatagtccacattttatctttcttttatgatgtgtatgt 44547057  T
Q  236 actatctattcgaatgccattgcttccagtcagcccatcggtaaccgttggatcgagaccaaatggttcagatcttgatcccatctaacagttagcgatg 335  Q
    |||||    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547058 actat----tcgaatgtcattgcttccagtcagcccatcggtaaccgttggatcgagaccaaatggttcagatcttgatcccatctaacagttagcgatg 44547153  T
Q  336 caccgattgtgtgaatgtcggggg-ctgtcgaggcaatttgcttttgtacttatttggttggatttgtatgcactcaagtcatatgcacgcagttggaac 434  Q
    ||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547154 cactgattgtgtga-tgtcggggggctgtcaaggcaatttgcttttgtacttatttggttggatttgtatgcactcaagtcatatgcacgcagttggaac 44547252  T
Q  435 attggcaggcgttgaatcaagatgctataagtttatttttcactgtttcaatctaaaccctaaaatattgagattgaaatctagaatgtccaacttttat 534  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547253 attggcaggcgttgaatcaagatgctataagtttatttttcactgttttaatctaaaccctaaaatattgagattgaaatctagaatgtccaacttttat 44547352  T
Q  535 caaacgtcgagtgcatgcgatccaaattggtacttttctgctcgattttgtttttgttggccgtttgtgttgcttcttaattgaaggatgaacttttttg 634  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44547353 caaacgtcgagtgcatgcgatccaaattggtacttttctggtcgattttgtttttgttggccgtctgtgttgcttcctaattgaaggatgaacttttttg 44547452  T
Q  635 gtaggataatgaagtcaatccaaggaaagtggcagaatttagagaaaaactcatgaaagaaattaacaggccttactgtgaggaagaacataagaaacta 734  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547453 gtaggataatgaagtcaatccaaggaaagtggcagaatttagagaaaaactcatgaaagaaattaacaggccttactgtgaggaagaacataagaaacta 44547552  T
Q  735 tcaagagaaattaatgctcgaacaccggtccaaaaatacagagatctgcgtgggagtagcaaaacctataagggagatcatgatggaaagtcttttcttg 834  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547553 tcaagagaaattaatgctcgaacaccggtccaaaaatacagagatctgcgtgggagtagcaaaacctataagggagatcatgatggaaagtcttttcttg 44547652  T
Q  835 atcatcatcttggtaagtaggatttggccattctcttaattagtaatagcattcaacttgttgtgtttgcaattgcattgctataactttaataagnnnn 934  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  44547653 atcatcatcttggtaagtaggatttggccatcctcttaattagtaatagcatacaacttgttgtgtttgcaattgcattgctataactttaataagttta 44547752  T
Q  935 nnngtctacgcttatgtgaagttactgttttcactttgaatatggatcagttcaaaccactttgaaaatgtgatgcaacaattttcccaattgggacgaa 1034  Q
       ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44547753 tttgtctatgcttatgtgaagttactgttttcactttgaatatggatcagttcaaaccactttgaaaatgtgatgcaacaattttcccaattgggacgga 44547852  T
Q  1035 tactggctttgttattttgaaattttgcaactgagatatgtgcttcatgttgtagatcttctaaaggaattagaagcagctcgtgatgatttccccaaag 1134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547853 tactggctttgttattttgaaattttgcaactgagatatgtgcttcatgttgtagatcttctaaaggaattagaagcagctcgtgatgatttccccaaag 44547952  T
Q  1135 ttttgcgtctcctgcgtggatttt 1158  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  44547953 ttttgcgtctcctgcgtggatttt 44547976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 21 - 71
Target Start/End: Original strand, 44546843 - 44546893
Alignment:
Q  21 gaacgatgtgaatgaggaagaaggtgtttcagctgtgaaagctacatttgt 71  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44546843 gaacgatgtgaatgaggaagaaggtgtttcagctgtgaaagctacatttgt 44546893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University