View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6854_low_5 (Length: 676)

Name: NF6854_low_5
Description: NF6854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6854_low_5
NF6854_low_5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-659)||(17725280-17725935)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 659
Target Start/End: Original strand, 17725280 - 17725935
Alignment:
Q  4 tcaatgaattgcttgatgaacaacatcaattcttttgatggttctgaatttggatcaagagtgaagaacccatgctgttgtccttcaaattctacatact 103  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17725280 tcaatgaattgcttgatgaccaacatcaattcttttgatggttctgaatttggatcaatagtgaagaacccatgctgttgtccttcaaattctacatact 17725379  T
Q  104 ctatatttttaccccaattcttaagccttcttacataatcatctgtcctatctttaagcaaatcattttctccaaccaccacaagaattgggtcaagatc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17725380 ctatatttttaccccaattcttaagccttcttgcataatcctctgtcctatctttaagcaaatcattttctccaaccaccacaagaattgggtcaagatc 17725479  T
Q  204 aatttcctcaagactcttacttcttggtccaaatggattcacaagtgggtgatcagtatcttctccaatgggtatagaaagcctccaatacctgttcaat 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17725480 aatttcctcaagactcttacttcttggtccaaatggattcacaagtgggtgatcagtatcttctccaatgggtatagaaagcctccaatacctgttcaat 17725579  T
Q  304 attaaggcataataacaaatcaatgttctattctatacacactataagtttgaaattaattttatattgtttacttcctttatggtactcatactttaaa 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17725580 attaaggcataataacaaatcaatgttctattctatacacactataagtttgacattaattttatattgtttacttcctttatggtactcatactttaaa 17725679  T
Q  404 ttgacggcgtgtttgatatctgacacatatcgttcaatactaatacacatgatttgattcaatcacttcaaaaaattaaattattattggtgtcggatat 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17725680 ttgacggcgtgtttgatatctgacacatatcgttcaatactactacacatgatttgattcaatcacttcaaaaaattaaattattattggtgtcggatat 17725779  T
Q  504 gacatgtcttggtgccggatatgtaaacacgacacctatgcatgattacgtctaatcatgtcattttattttaaattgtttagtaccagtaccatgtccg 603  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17725780 gacatgtcttggtgtcggatatgtaaacacgacacctgtgcatgattacgtctaatcatgtcattttattttaaattgtttagtaccagtaccatgtccg 17725879  T
Q  604 atgtttgtgtctgagtttgtaattcattgctcataactaaatgattataaaatatt 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17725880 atgtttgtgtctgagtttgtaattcattgctcataactaaatgattataaaatatt 17725935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University