View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6854_low_6 (Length: 669)

Name: NF6854_low_6
Description: NF6854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6854_low_6
NF6854_low_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (25-609)||(8522418-8523002)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (25-603)||(11117452-11118036)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (25-603)||(25523231-25523812)
chr6 (316-602)||(24140436-24140722)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (25-609)||(34240757-34241341)
chr5 (25-607)||(34232986-34233568)
chr5 (25-609)||(42117044-42117631)
chr5 (25-610)||(42122795-42123380)
chr5 (25-609)||(42128190-42128773)
chr5 (29-519)||(41617939-41618429)
chr5 (29-519)||(41572300-41572790)
chr5 (206-590)||(41713768-41714152)
chr5 (25-148)||(41714175-41714298)
chr5 (370-546)||(41444005-41444181)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (25-621)||(11994579-11995179)
chr2 (25-621)||(12247751-12248350)
chr2 (411-603)||(32682113-32682311)
chr2 (29-253)||(9423281-9423506)
chr2 (28-113)||(32682381-32682466)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 609
Target Start/End: Original strand, 8522418 - 8523002
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8522418 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 8522517  T
125 ttccatccaaatccaaatttctctttactgcaaaaaatgttggctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacata 224  Q
    |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8522518 ttccatccaaattcaaacttctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacata 8522617  T
225 actccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttc 324  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8522618 aatccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttc 8522717  T
325 aagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttc 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
8522718 aagactgttaagattggttaattccaaaggaatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttg 8522817  T
425 ggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtttcttg 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||    
8522818 ggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatctttggaatctcgccttcaaatttgtttcttg 8522917  T
525 acaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatcatagta 609  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
8522918 acaaatcaataattacaaagttgtttggaattttcactagtttcattttgttcccttttgtcgccacaatcacagaatcatagta 8523002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 25 - 603
Target Start/End: Original strand, 11117452 - 11118036
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |    
11117452 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcttattccaatcacaaatccacatgcatatccaattgccactgct 11117551  T
125 ttccatccaaatccaaatttctctttactgcaaaa--aa----tgttggctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | ||| |  ||    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||    
11117552 ttccatccaaatccaaatttctcttcattccaagaggaagagttgttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttctttgacaagggtaatc 11117651  T
219 cacataactccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaa 318  Q
    |||||||| |  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| ||| ||    
11117652 cacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaa 11117751  T
319 gacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatg 418  Q
    ||||||||||  |   | ||||||||||||   ||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
11117752 gacttcaagaaagcccaaattggttaattctgcaggaatcacactggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatg 11117851  T
419 gatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgt 518  Q
    || || ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||| | | || ||||||||||||||||||||    
11117852 gagttgggaatatgaccagtaagtctgttacgggaaagattaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttgtaatctctccttcaaatttgt 11117951  T
519 ttcttgacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatc 603  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||  |  ||||||||||||| | |||||||||||| |||||| |  ||||| ||||||||||    
11117952 ttcttgacaaatcaatacttactaactttattggaattttcaccagtgtcattttgttcccttttatttccacagtcacagaatc 11118036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 25 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 25523812 - 25523231
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||    
25523812 aaatatcatcacaagccatctaggctttccaactaaaaacatacaatatccaatgcctattccaatcagaaatccacatccatatccaattaccaccggt 25523713  T
125 ttccatccaaatccaaatttctctttactgcaaaaaat---gttggctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccac 221  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |   ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||  | ||||||||||| |||||||    
25523712 atccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaagtttttgttgggtgaaggtggagaatgttgttcaagtccacatctctttgacaagggaaatccac 25523613  T
222 ataactccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagac 321  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   ||||||||||||||| | | | ||||||||||||| || |||    
25523612 ataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtgttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgac 25523513  T
322 ttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggat 421  Q
    |||||||  ||| | |||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
25523512 ttcaagaaagtttaaattggttaattccgcaggaatcacaccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggat 25523413  T
422 ttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtttc 521  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||    
25523412 ttgggaatatgaccggtaagtctgttgtgggaaaggttaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttc 25523313  T
522 ttgacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatc 603  Q
    |||| |||||||||  ||||||  |  ||||||||||||| ||| ||||||   | |||||||| |||||| ||||||||||    
25523312 ttgaaaaatcaatagatacaaactttattggaattttcaccaatttcatttgaatcccttttgttgccacagtcacagaatc 25523231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 316 - 602
Target Start/End: Original strand, 24140436 - 24140722
Alignment:
316 caagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcct 415  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||     
24140436 caagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccg 24140535  T
416 atggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatt 515  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| || ||| | | ||||||||||||||||||||    
24140536 atggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccctttgagtgcatgaagctctccgatagcatttggaatctctccttcaaatt 24140635  T
516 tgtttcttgacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaat 602  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||  | |||||||||||||| | |||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||    
24140636 tgtttcttgacatatcgatacttacaaacttttttggaattttcaccagtgtcattttggtcccttttgttgccacagtcacagaat 24140722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 25 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 34241341 - 34240757
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
34241341 aaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaaggcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggt 34241242  T
125 ttccatccaaatccaaatttctctttactgcaaaaaatgttggctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacata 224  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
34241241 ttccatccaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacata 34241142  T
225 actccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttc 324  Q
    || ||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
34241141 accccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttc 34241042  T
325 aagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttc 424  Q
    ||||||||| | ||||||||||||   ||||||   ||| || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||      
34241041 aagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattga 34240942  T
425 ggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtttcttg 524  Q
    |||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||| || || ||| | | ||||||  |||| | ||| ||||||||||    
34240941 ggaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttg 34240842  T
525 acaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatcatagta 609  Q
    | ||||||||| ||||||| ||  |||||||||||   | |||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||||||||||    
34240841 agaaatcaatacttacaaacattgttggaattttcgtcagtgtcattttgatgccttttgtcgtcacagtcacagaatcatagta 34240757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 25 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 34233568 - 34232986
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
34233568 aaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaaggcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggt 34233469  T
125 ttccatccaaatccaaatttctctttactgcaaaaaatgttggctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacata 224  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
34233468 ttccatccaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacata 34233369  T
225 actccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttc 324  Q
    || ||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
34233368 accccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttc 34233269  T
325 aagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttc 424  Q
    ||||||||| | ||||||||||||   ||||||   ||| || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||      
34233268 aagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattga 34233169  T
425 ggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtttcttg 524  Q
    |||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||| || || ||| | | ||||||  |||| | ||| ||||||||||    
34233168 ggaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttg 34233069  T
525 acaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatcatag 607  Q
    | ||||||||| |||||||| |  |||||||||| || |||||||| ||| | |||||  | |||||| ||||||||||||||    
34233068 agaaatcaatacttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatccctttgtttgccacagtcacagaatcatag 34232986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 25 - 609
Target Start/End: Original strand, 42117044 - 42117631
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
42117044 aaatatcatcacaatccatctaggctttccaattaaaaacataaaatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactgct 42117143  T
125 ttccatccaaatccaaatttctctttactgcaaaa---aatgttggctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccac 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||     |||||||||||  || |||||| |||||||||||||| || |||||||| || |||||||    
42117144 ttccatccaaatccaaatttctcttcactgcaaaagctgttgttggctgaaattggagaatgatgttcaggtccacaaatctttgacaacggaaatccac 42117243  T
222 ataactccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagac 321  Q
    ||||  ||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||| ||| |||    | |||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||| ||||||    
42117244 ataaacccaagtttcctttgtaggaatcatttggaaatgtatcgaagtgcggctcttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagac 42117343  T
322 ttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggat 421  Q
    || ||||  ||  | ||||||||||||   ||| ||   |||||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||| || ||||||||| ||||||    
42117344 ttgaagaaagtctaaattggttaattctgcagggatcataccggtaagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggat 42117443  T
422 ttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtttc 521  Q
    || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || || |||||| | | |||||||||||| ||||||||||||     
42117444 ttgggaatatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgcatggaggtctccaatagcatttggaatctctccctcaaatttgtttt 42117543  T
522 ttgacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatcatagta 609  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||    
42117544 ttgacaaatcaataattacaaaaatgtttggaattttcaccaatgtcattttgctcccttttgtcgacacaatcacagaatcatagta 42117631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 25 - 610
Target Start/End: Original strand, 42122795 - 42123380
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
42122795 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcatattccaatcacaaatccacatccatatccaatcgccactggt 42122894  T
125 ttccatccaaatccaaatttctctttactgcaaaaaatgttggctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacata 224  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
42122895 ttccatccaaatctaaatttctcttcactccaagagttcttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttttttgacaagggtaatccacata 42122994  T
225 actccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttc 324  Q
    || |  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||    
42122995 accctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttc 42123094  T
325 aagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttc 424  Q
    ||||  |   | |||||||| |||   ||||||  || | || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||| ||| || ||||      
42123095 aagaaagcccaaattggttagttctgcaggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattgg 42123194  T
425 ggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtttcttg 524  Q
    |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||    
42123195 ggaataggaccattgagtctgttatgggaaaggttaagccctatgagtgcatgtagctttccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttg 42123294  T
525 acaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatcatagtag 610  Q
    ||| ||||||| |||||||  | ||||||||||| || | |||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||| |||||    
42123295 acatatcaatacttacaaacttttttggaattttaacgagtgtcattttggttccttttgttgccacggtcacagaatcagagtag 42123380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 25 - 609
Target Start/End: Original strand, 42128190 - 42128773
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
42128190 aaatatcataacaagccatctagacttttcaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaatcgccactggt 42128289  T
125 ttccatccaaatccaaatttctctttactgcaaaaaatgttggctga-aggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacat 223  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |  ||||| |  | |  ||| ||||  ||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||    
42128290 ttccatccaaatctaaatttctcttcactccaagagttgttgtcaaagaattgtggaat--tgttcaggtccacaattctttgacaagggaaatccacat 42128387  T
224 aactccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagactt 323  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||    
42128388 aaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaagatctaagactt 42128487  T
324 caagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggattt 423  Q
    |||||      | |||| |||||||   ||||||  || | || | || |||||| || ||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
42128488 caagaaaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgagagatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattt 42128587  T
424 cggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtttctt 523  Q
     |||||| | ||  | ||| |||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||| | | | |||||| |||||||||||||||||||||    
42128588 tggaatagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctattagtgcatgaagctcaccaaaatcatttggaatatctccttcaaatttgtttctt 42128687  T
524 gacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatcatagta 609  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
42128688 gacaaatcaataattacaaagatatttggaattttcaccaatgtccttttgttcccttttgtcgccacaatcatagaatcatagta 42128773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 29 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 41618429 - 41617939
Alignment:
29 atcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggtttcc 128  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
41618429 atcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcctattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 41618330  T
129 atccaaatccaaatttctctttactgcaaaaaatgttggctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactc 228  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||| || | | | |||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| |||||  |    
41618329 atccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcc 41618230  T
229 caagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaaga 328  Q
    ||||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| |    
41618229 caagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaata 41618130  T
329 ctgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaa 428  Q
    | ||| |||||| |||||||  |||||||| |||| || |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  ||||    
41618129 ccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaa 41618030  T
429 tatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtt 519  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||| |||||||| |   |||||||||||||||| |||||    
41618029 taggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgtt 41617939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 29 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 41572790 - 41572300
Alignment:
29 atcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggtttcc 128  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||| | || |||||| |||||||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
41572790 atcatcacaagccatctaggctttccggttaacaacacaaaacatccaaggcctattccaataaccattccacatccatatccaatagccactggtttcc 41572691  T
129 atccaaatccaaatttctctttactgcaaaaaatgttggctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataactc 228  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||| || | | | |||||||||||||||| ||||  | ||||||||||| ||||| |||||  |    
41572690 atccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcc 41572591  T
229 caagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaaga 328  Q
    ||||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| ||| |    
41572590 caagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaata 41572491  T
329 ctgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaa 428  Q
    | ||| |||||| |||||||  |||||||| |||| || |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  ||||    
41572490 ccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaa 41572391  T
429 tatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtt 519  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||| |||||||| |   |||||||||||||||| |||||    
41572390 taggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgtt 41572300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 206 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 41714152 - 41713768
Alignment:
206 gacaagggtaatccacataactccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattat 305  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||    
41714152 gacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttat 41714053  T
306 tggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgt 405  Q
    | |||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||| |  | ||||||   ||| || | ||||||||| || |||||||| |||||||||| | |    
41714052 tagaaagatccaagacttcaagaaagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttat 41713953  T
406 caagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctct 505  Q
    ||||||||| |||||||  ||||| ||||| || ||| ||||||  ||||||||||||||| |||   |||||||||| |||||||| |||||||||||     
41713952 caagtttcccatggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccctttgagatcatgaagctctccaataacatctggaatctcc 41713853  T
506 ccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgcca 590  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| ||   ||||||| |||||||||||||    
41713852 ccatcaaatttatttcttgaaaaatcaatacttgcaaagatttttggaattttcacaagtggggttttgtttccttttgtcgcca 41713768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 25 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 41714298 - 41714175
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
41714298 aaatatcatgacaagccatctaggctttccgatcaaaaacatgtaatacccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactgct 41714199  T
125 ttccatccaaatccaaatttctct 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
41714198 ttccatccaaatccaaatttctct 41714175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 370 - 546
Target Start/End: Original strand, 41444005 - 41444181
Alignment:
370 catatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 469  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||| | || | |||| ||||| | |||||  |||||   ||| |||||| | || ||||||||||| || ||||||    
41444005 catatttgaggagagatccattgattcgatgtttatcaaatttccaaaggattgaggaatcgcaccagtaagtttattgtgggaaaggttgagtcctatg 41444104  T
470 attgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagat 546  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||    
41444105 attgcatgaagctcaccaataacatttggaatgtctccttcaaatttgtttcctgaaaaatcaatacttacaaagat 41444181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 25 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 11995179 - 11994579
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
11995179 aaatatcatcacaagccatctaggctttccaattaaaaacatacaatatccgaggcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactggt 11995080  T
125 ttccatccaaatccaaatttctctttactgcaaaaaatgttg---gctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccac 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  ||||  |||||   | |||||||| |||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||| |||    
11995079 ttccatccaaatccaaatttctcttcactcgaaaagctgttgttgggtgaaggtggagaacgttgttcaggtccgcacttctttgacaagggaaattcac 11994980  T
222 ataactccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattg-aattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaaga 320  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| || | | || || |||||  |||||||||||||||| ||| | ||||||||||  || || |    
11994979 ataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcggaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaa 11994880  T
321 cttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatgga 420  Q
    || |||||  |   | |||||||||||     |||||  || | || | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||    
11994879 ctgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatgga 11994780  T
421 tttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgttt 520  Q
    ||| |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
11994779 tttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgttt 11994680  T
521 cttgacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatcatagtaggttgcaattg 620  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
11994679 cttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatagtagggtgcaattg 11994580  T
621 a 621  Q
    |    
11994579 a 11994579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 25 - 621
Target Start/End: Original strand, 12247751 - 12248350
Alignment:
25 aaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggt 124  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
12247751 aaatatcatcacaagccatctaggctttccaattaaaaacatacaatatccgaggcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccaccggt 12247850  T
125 ttccatccaaatccaaatttctctttactgcaaaaaatgttggc---tgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccac 221  Q
    ||||||||||||||||||||| | |  || |||||  |||||     |||||||  ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
12247851 ttccatccaaatccaaatttcgcgtcgctccaaaagctgttgttaagtgaaggttgagaatattgttcaggtccacacttctttgacaagggaaatccac 12247950  T
222 ataactccaagtttccttcataggaatcatttgtaaaagtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagac 321  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| || | ||| || |||||  |||||||||||||||| ||| | ||||||||||  || || ||    
12247951 ataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaac 12248050  T
322 ttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaattgcaccggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggat 421  Q
    | |||||  |   | |||||||||||     |||||  || | || | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| ||||||    
12248051 tgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggat 12248150  T
422 ttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataacgtctggaatctctccttcaaatttgtttc 521  Q
    || |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
12248151 ttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttc 12248250  T
522 ttgacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatcatagtaggttgcaattga 621  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
12248251 ttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgtcattttgttcccttttgatgccacaatcacagaatcatagtagggtgcaattga 12248350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 411 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 32682311 - 32682113
Alignment:
411 ttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgatt------gcatgaagctcaccaataacgtctggaatctc 504  Q
    |||| |||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| |||||      ||||||||||| |||||| | | |||||||||    
32682311 ttcccatggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctctgattctgagtgcatgaagctccccaatagcatttggaatctc 32682212  T
505 tccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcacaaatgtcattttgttaccttttgtcgccacaatcacagaatc 603  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||| ||| | ||||||||||    
32682211 tccttcaaatctgtttcttgacaaatcaatacttacaaagtttcttggaattttcactagtgtcattttgctcccttttgtccccatagtcacagaatc 32682113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 9423506 - 9423281
Alignment:
29 atcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggtttcc 128  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||| || |||||| |||| |||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||    
9423506 atcatcacaggccatctaggctttccaattaacagcatacaacatccaaggccttttccaagcaccattccacatccatatccaattgccactgatttcc 9423407  T
129 atccaaatccaaatttctctttactgcaa---aaaatgttggctgaaggtgtagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataa 225  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||   ||  |||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||||  |  || ||||||| ||||  |||||    
9423406 atccaaatccaaatttctcttcattgcaatataatttgttgggtgaagttgtagaatttcgtttaggtccacatttcatttacaagggaaatc--cataa 9423309  T
226 ctccaagtttccttcataggaatcattt 253  Q
    | || |||||||||||||  ||||||||    
9423308 cccccagtttccttcataaaaatcattt 9423281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 28 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 32682466 - 32682381
Alignment:
28 tatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccgtatccaa 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
32682466 tatcatcacaagccatctaggctttccaattaaaaacataaagtatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaa 32682381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University