View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6855_high_1 (Length: 911)

Name: NF6855_high_1
Description: NF6855
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6855_high_1
NF6855_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-911)||(42184482-42185387)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 813; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 813; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 911
Target Start/End: Original strand, 42184482 - 42185387
Alignment:
Q  18 gaatggagatccaatttcccttggtgcttctaattcaagatggaaccctctgatgcataacaacaaacttggaatgaccaatgaaagttcttatcataat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184482 gaatggagatccaatttcccttggtgcttctaattcaggatggaaccctctgatgcataacaacaaacttggaatgaccaatgaaagttcttatcataat 42184581  T
Q  118 aacactgaatctcagtatctgaattcatttccactatataacagttctgaactagctcaacatgaaaaaccctttcctctcttacttaatccccttgttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184582 aacactgaatctcagtatctgaattcatttccactatataacagttctgaactagctcaacatgaaaaaccctttcctctcttacttaatccccttgttg 42184681  T
Q  218 ttccaatgcgaactctccaatctgagaaaccaagaggttttagtttcatt------------aatacagagacagtggagaaaaatgccaacacctccac 305  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  42184682 ttccaatgcaaactctccaatctgagaaaccaagaggttttagtttcattgatgcttggtctaatacagagacagtggaaaacaatgccaacaccaccac 42184781  T
Q  306 cacctccaacaatggttctgcatcagttggtaaattatccctttcatcacttgatctatcaatgggaggtagtgccgtgagtgaagaaatgagtactatt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184782 cacctccaacaatggttctgcatcagttggtaaattatccctttcatcacttgatctatcaatgggaggtagtgccgtgagtgaagaaatgagtactatt 42184881  T
Q  406 gaaatgaatgctgcgggtgacgatgatagtaataaaatagcattatcaaattggctcaattcagcacaaccttggttaggttcaacacccggtggtccac 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42184882 gaaatgaatgctgcgggtgacgatgatagtactaaaatagcattatcaaattggctcaattcagcacaaccttggttaggttcaacacctggtggtccac 42184981  T
Q  506 tagctgaagttctaaggccaagcaatgttacttccatcagtgatgcaacaaattctaatccatcctcacctctcacaacaacaaatcgtgtcgaatccat 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184982 tagctgaagttctaaggccaagcaatgttacttccatcagtgatgcaacaaattctaatccatcttcacctctcacaacaacaaatcgtgtcgaatccat 42185081  T
Q  606 tggcacttcaggaacaggaatggtatcctctccatctggtgttttgcataataaaacacttgcttcattttccgatagtagtggtaagagcagtccaaat 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  42185082 tggcacttcaggaacaggaatggtatcctctccatctggtgttttgcataataaaacacttgcttcattttctgatagtagtggtaatagcagtccaaat 42185181  T
Q  706 gttgcatcatcaagagctaattctgaaattgccttactcaataagtttaatcatatttcatatgtaaattaattaattagcaccttctgcttttaagttt 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42185182 gttgcatcatcaagagctaattctgaaattgccttactcaataagtttaatcatatttcatatgtaaattaattaattagcaccttctgattttaagttt 42185281  T
Q  806 catttaacctaagattattgttctgttctataatgtaatcttattgtgcttgcatatttatcaaaattcaactatgcattatagcctattgttcagtgat 905  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42185282 catttaacctaagattattgttctattctgtaatgtaatcttattgtgcttgcatatttatcaaaattcaactatgcattatagcctattgttcagtgat 42185381  T
Q  906 gtttgt 911  Q
    ||||||    
T  42185382 gtttgt 42185387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University