View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6855_low_4 (Length: 755)
Name: NF6855_low_4
Description: NF6855
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6855_low_4 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 32854167 - 32853424
Alignment:
| Q |
1 |
aaagttgtggagaacaagttccagaaaggaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgctgttattgaagaaac |
100 |
Q |
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32854167 |
aaagttgtggagaacaagttccagaaaggaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgctgttattgaagaaac |
32854068 |
T |
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| Q |
101 |
aaaggacctcacaaaactctcacaatatgaattgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagccattggagaatgtt |
200 |
Q |
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| T |
32854067 |
aaaggacctcacaaaactctcacaatatgaactgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagccattggagaatgtt |
32853968 |
T |
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| Q |
201 |
tttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcggcaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacagaggtcatggaaggcatt |
300 |
Q |
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| T |
32853967 |
tttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcgacaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacagaggtcatggaaggcatt |
32853868 |
T |
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| Q |
301 |
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399 |
Q |
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| T |
32853867 |
atggatacaaaggaagaggaggagaaaggatacgaggtaattctaattcttattgctttattttgcaaaaaatctggacatgaatcaaaagattgtcgct |
32853768 |
T |
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| Q |
400 |
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499 |
Q |
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32853767 |
ttagatgtactagatgcaaaattcccaaccattcaagtagagattgttggcataagaagaaagaagatgatgaaagaataaagggaattaatttttctgc |
32853668 |
T |
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| Q |
500 |
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599 |
Q |
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32853667 |
agaagatgatgcaaataagttattctctactatgattaatgatcaaaaatctggtgagatgtggtttttagatagtggctgcagcaatcatgtaacaggg |
32853568 |
T |
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| Q |
600 |
aatcaaaccatatttgaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaaagggggttatagcag |
699 |
Q |
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| T |
32853567 |
aatcaaaccatatttgaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaaagggggttatagcag |
32853468 |
T |
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700 |
ttcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
743 |
Q |
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32853467 |
ttcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
32853424 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 707; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 37177302 - 37176560
Alignment:
| Q |
1 |
aaagttgtggagaacaagttccagaaaggaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgctgttattgaagaaac |
100 |
Q |
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37177302 |
aaagttgtggagaacaagttccagaaaagaaagtggttgagaaaatattgagaagccttccacaaaaatttgaacatgttgttgctgttattgaagaaac |
37177203 |
T |
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| Q |
101 |
aaaggacctcacaaaactctcacaatatgaattgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagccattggagaatgtt |
200 |
Q |
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aaaggacctcacaaaactctcacaatataaattgatgggttccttagaagctcatgaggaaagagtgaatagatacaacaatcagccattggagaatgtt |
37177103 |
T |
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| Q |
201 |
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300 |
Q |
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| T |
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tttcaagcaaagatgaatatccggagttccaactcgcgacaagaaggaagtggggactcatttcgtggacatccttccaacataggtcatggaaggcatt |
37177003 |
T |
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| Q |
301 |
atggatacaaaggaagaggaggagaaaggatacgaggtaattctaattcttattgctttatttgcaaaaaatctggacatgaatcaaaagattgtcgctt |
400 |
Q |
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| T |
37177002 |
atggatacaaaggaagaggaggagaaaggatacgaggtaattctaattcttattgctttatttgcaaaaaatctggacatgaatcaaaagattgtcgctt |
37176903 |
T |
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| Q |
401 |
tagatgtactagatgcaaaattcccaaccattcaagtagagattgttggcataagaagaaagaagatgatgaaagaataaagggaattaatttttctgca |
500 |
Q |
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tagatgtactagatgcaaaattcccaaccattcaagtagagattgttggcataagaagaaagaaaatgatgaaagaataaagggaattaatttttctgca |
37176803 |
T |
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501 |
gaagatgatgcaaataagttattctctactatgattaatgatcaaaaatctggtgagatgtggtttttagatagtggctgcagcaatcatgtaacaggga |
600 |
Q |
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aaagatgatgcaaataagttattctctactatgattaatgataaaaaatctggtgagatgtggtttttagatagtggttgtagcaatcatgtaacaggga |
37176703 |
T |
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601 |
atcaaaccatatttgaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaaagggggttatagcagt |
700 |
Q |
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| T |
37176702 |
atcaaaccatatttgaagagctaaataaaaattattcttctcatgttgaacttggtgatggaaaacatgttaaaattgaaggaaagggggttatagcagt |
37176603 |
T |
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| Q |
701 |
tcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
743 |
Q |
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37176602 |
tcatactagtcaaggcaacaaacaattcattcatgatgtccat |
37176560 |
T |
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