View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6855_low_5 (Length: 692)

Name: NF6855_low_5
Description: NF6855
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6855_low_5
NF6855_low_5
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (1-676)||(94508-95182)
[»] scaffold0611 (1 HSPs)
scaffold0611 (5-673)||(6121-6786)
[»] scaffold0873 (1 HSPs)
scaffold0873 (22-670)||(116-764)
[»] scaffold0343 (1 HSPs)
scaffold0343 (22-670)||(17655-18306)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (22-670)||(21456302-21456953)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (10-670)||(17986517-17987177)
chr4 (57-670)||(17159051-17159675)
chr4 (509-670)||(6700643-6700804)
chr4 (290-442)||(6700406-6700552)
[»] scaffold0549 (1 HSPs)
scaffold0549 (10-418)||(10837-11245)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (23-414)||(19380734-19381137)
chr5 (36-523)||(19383642-19384141)
chr5 (57-180)||(18387942-18388065)
chr5 (57-180)||(26194356-26194479)
chr5 (249-442)||(26194109-26194296)
chr5 (249-442)||(18388125-18388312)
chr5 (589-685)||(19383480-19383576)
chr5 (263-442)||(33947477-33947650)
chr5 (520-670)||(18388342-18388492)
chr5 (509-670)||(26193857-26194018)
chr5 (509-670)||(33947741-33947902)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (240-670)||(21459095-21459513)
chr8 (57-180)||(21990139-21990262)
chr8 (249-442)||(21989892-21990079)
chr8 (509-670)||(21989640-21989801)
chr8 (509-670)||(9326880-9327041)
chr8 (509-670)||(21204726-21204887)
chr8 (509-670)||(21332212-21332373)
chr8 (290-442)||(21204978-21205124)
chr8 (290-442)||(21331975-21332121)
chr8 (64-180)||(21458910-21459038)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (240-670)||(45022807-45023225)
chr2 (485-670)||(9505507-9505692)
chr2 (263-442)||(18659339-18659512)
chr2 (485-670)||(18659579-18659764)
chr2 (290-442)||(9505759-9505905)
chr2 (64-180)||(45022622-45022750)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (238-670)||(24923622-24924036)
chr6 (57-442)||(16906122-16906498)
chr6 (57-180)||(18167422-18167545)
chr6 (57-180)||(31364995-31365118)
chr6 (57-180)||(24924118-24924241)
chr6 (249-442)||(31365178-31365365)
chr6 (249-442)||(18167605-18167792)
chr6 (516-670)||(18199558-18199712)
chr6 (520-670)||(18167822-18167972)
chr6 (509-670)||(31365456-31365617)
chr6 (509-670)||(16906589-16906750)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (238-670)||(6430782-6431196)
chr3 (57-180)||(8981116-8981239)
chr3 (57-180)||(16409033-16409156)
chr3 (57-206)||(6430577-6430726)
chr3 (249-442)||(8981299-8981486)
chr3 (249-442)||(16409216-16409403)
chr3 (485-670)||(9545558-9545743)
chr3 (485-670)||(16409470-16409655)
chr3 (263-442)||(9545318-9545491)
chr3 (509-670)||(8981577-8981738)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (57-180)||(16134194-16134317)
chr7 (57-180)||(32106632-32106755)
chr7 (57-180)||(46505319-46505442)
chr7 (249-442)||(32106815-32107002)
chr7 (249-442)||(46505502-46505689)
chr7 (249-442)||(16133947-16134134)
chr7 (485-670)||(5383633-5383818)
chr7 (485-670)||(8509426-8509611)
chr7 (485-670)||(16133695-16133880)
chr7 (485-670)||(26350017-26350202)
chr7 (485-670)||(46505747-46505932)
chr7 (263-442)||(8509186-8509359)
chr7 (263-424)||(44905516-44905671)
chr7 (263-442)||(5383885-5384058)
chr7 (240-359)||(9537097-9537217)
chr7 (263-442)||(26350269-26350442)
chr7 (509-670)||(6542901-6543062)
chr7 (485-670)||(44905756-44905941)
chr7 (529-609)||(32107113-32107193)
chr7 (290-424)||(6542664-6542792)
chr7 (64-180)||(9537274-9537402)
chr7 (534-662)||(9536894-9537021)
chr7 (230-276)||(2993902-2993948)
chr7 (129-167)||(2994025-2994063)
[»] scaffold0277 (3 HSPs)
scaffold0277 (485-640)||(21048-21203)
scaffold0277 (238-442)||(21270-21468)
scaffold0277 (57-166)||(21564-21673)
[»] scaffold0005 (4 HSPs)
scaffold0005 (487-670)||(311672-311855)
scaffold0005 (238-361)||(311999-312122)
scaffold0005 (57-131)||(312238-312312)
scaffold0005 (135-180)||(312177-312222)
[»] scaffold0254 (2 HSPs)
scaffold0254 (509-670)||(9733-9894)
scaffold0254 (290-442)||(9985-10131)
[»] scaffold0213 (2 HSPs)
scaffold0213 (26-118)||(20280-20372)
scaffold0213 (375-439)||(20634-20698)


Alignment Details
Target: scaffold0043 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 95182 - 94508
Alignment:
Q  1 atgagtctcccaagaatacaagtgccagaccttcctctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaagg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||    
T  95182 atgagtctcccaagaatacaagtgtcagacctccctctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttggaaaggagatttttcaagaagg 95083  T
Q  101 aagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgag 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  95082 aagctctcagttcaaagctctgcttggagaagaa-atgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccattgag 94984  T
Q  201 gttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||  | ||||||| |||||| |||| |    
T  94983 gttcatgaagtgatacctcaagctgctaaagaaaactctgttgatcagaataagagacttgaagaaaatactgagtatgatactcagaatgttaatgatg 94884  T
Q  301 acactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgt 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  94883 acactcaagaggtggctgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaacagggtttgatctgaatgt 94784  T
Q  401 tgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  94783 tgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtctcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatttgcagctcagaatgttgaaacc 94684  T
Q  501 actgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgctt 600  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  94683 actgctgctcataacgttgaagtgtctaaagctcagaatgttgaagatgttcaaatcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaacacgctt 94584  T
Q  601 caaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaattga 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  94583 caaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaattga 94508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0611 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0611
Description:

Target: scaffold0611; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 673
Target Start/End: Original strand, 6121 - 6786
Alignment:
Q  5 gtctcccaagaatacaagtgccagaccttcctctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagc 104  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6121 gtctcccaagaatacaagtgctagacctccctctccatcagctgtaaaactattctcttaagtctccaaacttgcaaaggagattgttcaagaaggaagc 6220  T
Q  105 tctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttc 204  Q
    | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  6221 tttcagtacaaagccctgcttcgagaagatgatgctcaaaaggttgatgatgcatctagtcaagaagaagctgagattgctaaggaggccactaaggttc 6320  T
Q  205 atgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacac 304  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||| ||||||||||| |||||    
T  6321 atgaagtgaaacctcaagctgctaaagaaaactcttttgatcaggataagagagttgaagaaaatactgagtttgatgctcagaatgttgatgatgacac 6420  T
Q  305 tcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaa 404  Q
    ||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6421 tcaagagatggctgaattcttggtttcaaatatgagtattgaagaagcagttcaagaagaacaaatggatttctcaacaaggtttgatctgaatgttgaa 6520  T
Q  405 gacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactg 504  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  6521 gacatcaacactgactt---caatgaagtgtttctagaagacaaagaaacagctcaaattgttcaggaaacatctgcaacacagaatgttgaagccaatg 6617  T
Q  505 ctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaa 604  Q
      |||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  6618 gagctcaggacgttgaaatgtctgcagcccagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagataatcaagagcttaatgatcaacacgcttcaaa 6717  T
Q  605 tgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaat 673  Q
    ||||||| | |||| ||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6718 tgaacccttccaagatgaacaactgtcagcagatccaccgcctctggcctcaggatctttgccctcaat 6786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0873 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0873
Description:

Target: scaffold0873; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 764 - 116
Alignment:
Q  22 gtgccagaccttcctctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccct 121  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  764 gtgccagacctccctctccatcagctttggagctattctctcaagtttccaaacttgcaaaggagattgttaaagaaggaagctctcagttcaaagtcct 665  T
Q  122 gcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  664 gcttggagaagatgatgctcagaaggacaatgatgcatctcttcaagaagaagctgagaatgctaagcaggccactgaggttcatgaaggtatacctcaa 565  T
Q  222 gctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaac 321  Q
    ||||| || |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| |    
T  564 gctgcaaatgaaaactcttttgatcaggatcaaagagttgaagaaaatactgagtttcacactcagaatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagc 465  T
Q  322 tcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgactt 421  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  464 tcttggcttcaaacatgaatattgaagaagatgttcaagatgaacaaatggatttctcaactgggattgatctgaatgttgaagattccaacactgactt 365  T
Q  422 caacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaa 521  Q
    ||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||  ||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||   || |  ||||||| ||||||    
T  364 caacaatgaagtgtttcaagatggtcaagaaacagctcagtatgttcataaaacaactgaagctcagaatgttgaagttcctccaactcagaatgttgaa 265  T
Q  522 gtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtg 621  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  264 gtctctaaagctcagaatgttgaagatgttcaagttatggctaatcaagatggtcaagcatttgatgatcaacatgcttcaaatgaaccccttcaaagtg 165  T
Q  622 gtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  164 gccagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0343 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0343
Description:

Target: scaffold0343; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 18306 - 17655
Alignment:
Q  22 gtgccagaccttcctctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccct 121  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  18306 gtgccagacctccctctccatcagctttggagctattctctcaagtttccaaacttgctaaggagattgttaaagaaggaagctctcagttcaaagtcct 18207  T
Q  122 gcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||    
T  18206 gcttggagaagatgatgctcagaaggacaatgatgcatctcttcaagaagaagctgagaatgctaagcaggccactgaagttcatgaaagtatacctcaa 18107  T
Q  222 gctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaac 321  Q
    | ||| || |||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||| | |||||||||    ||||||||||| | ||||     
T  18106 gatgctaaggaaaactcccttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgctcagattgttgatgatacaactcaagaggtagctgaat 18007  T
Q  322 tcttggcttcaaatatgagtat---tgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactga 418  Q
    |  | || ||||| ||||||||   |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  18006 tactagcctcaaacatgagtattgatgaagaagaagttcaagttgaacacatggatttctcaactgggattgatctaaatgttgaagatatcaacactga 17907  T
Q  419 cttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgtt 518  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||   || |  ||||||| |||    
T  17906 cttcaacaattaagtgtttcaagatggccaagaaacatctcagtatgttcagaaaacaactgaagctcagaatgttgaagttcctccaactcagaatgtt 17807  T
Q  519 gaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaag 618  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||   ||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  17806 gaagtctctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagttatggctaatcaagatgttcaagcatttgatgatcatcatgcttcaaatgaaccccttcaaa 17707  T
Q  619 gtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17706 gtggtcagctgtcagcagatctagcgcctctggccttaggatctttgccctc 17655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 670
Target Start/End: Original strand, 21456302 - 21456953
Alignment:
Q  22 gtgccagaccttcctctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccct 121  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||    
T  21456302 gtgccagacctccctctccatcagctttggagctattctctcaagtttccaatcttgctaaggagattgttaaagaaggaagttctcaattcaaagtcct 21456401  T
Q  122 gcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  21456402 gcttggagaagatgatgctcagaaggacaatgatacatctcttcaagaagaagctgagaatgctaagcaggccactgaggttcatgaaggtatacctcaa 21456501  T
Q  222 gctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaac 321  Q
    | ||| || |||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||| | |||||||||    ||||||||||| | ||||     
T  21456502 gatgctaaggaaaactcctttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgctcagattgttgatgatacaactcaagaggtagctgaat 21456601  T
Q  322 tcttggcttcaaatatgagtat---tgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactga 418  Q
    |  | || ||||| ||||||||   |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| || | ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  21456602 tactagcctcaaacatgagtattgatgaagaagaagttcaagttgaacacatggatttctcaactgggatggatctaaatgttgaagatatcaacactga 21456701  T
Q  419 cttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgtt 518  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||   || |  ||||||| |||    
T  21456702 cttcaacaatcaagtgtttcaagatggccaagaaacaactcagtatgttcagaaaacaactgaagctcagaatgttgaagttcctccaactcagaatgtt 21456801  T
Q  519 gaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaag 618  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  21456802 gaagtctctgaagctcagaatgttgaagaagttcaagttatggctaatcaagatgatcaagcatttgatgatcagcatgcttcaaatgaaccccttcaaa 21456901  T
Q  619 gtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21456902 gtggtcagctatcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 21456953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 10 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 17987177 - 17986517
Alignment:
Q  10 ccaagaatacaagtgccagaccttcctctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctca 109  Q
    |||||||||||||||  || | |||||||||||| |||  ||  ||||||||| || ||||||| ||||| || || ||| |||| ||||| || |||||    
T  17987177 ccaagaatacaagtgttagtctttcctctccatctgctccagccctattctctgaaatctccaaacttgctaaggaaattattcatgaaggcagttctca 17987078  T
Q  110 gttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaa 209  Q
    || ||| || ||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||| ||    
T  17987077 gtacaaggctctgcttggagaagttagtgctcagaaggttgatgaggcacctattccaaaagaagctgagattgccaagaagaccactgaggatcataaa 17986978  T
Q  210 gtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaag 309  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||| | ||||||||| |  |||||||    
T  17986977 gtgatacctcaagatgctaaggaaaactctcttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgctcagattgttgatgatgcaactcaag 17986878  T
Q  310 aggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacat 409  Q
    |||| | |||| |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||    
T  17986877 aggtagctgaattactggcctcaaacatgagtattgaagaagaagttcaagttgagcacatggatttctcaactgggattgatctgaatgttgaagatat 17986778  T
Q  410 caacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgct 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||   || |  ||    
T  17986777 caacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagatggccaagaaacagctcagtatgttcagaaaacaactgaagctcagaatgttgaagttcctccaact 17986678  T
Q  510 cagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaac 609  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||  |||||||||||||||    
T  17986677 cagaatgttgaagtctctgaagctcagaatgttgaagaagttcaagttatggctaatcaagatgatcaagcatttgatgatcagcatgcttcaaatgaac 17986578  T
Q  610 cccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17986577 cccttcaaagtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 17986517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 57 - 670
Target Start/End: Original strand, 17159051 - 17159675
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaa------------gatgatgctcaga 144  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||            |||||||||||||    
T  17159051 ttctcttaagtctccaaacttgaaaaaaagattgttaaagaaggaagctctcagttcaaagctttgattggagaatcactaactgaagatgatgctcaga 17159150  T
Q  145 aggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttga 244  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||   ||||||| | |  |||||| || ||||||| ||||||||  |||||||||| ||   | ||||||  ||||||    
T  17159151 aggttaatgatgcatctcttcaagggaaagctgacaatattaagcaagctactgaggctcatgaaggtatacctcaagttgttgatgaaaactttgttga 17159250  T
Q  245 tcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtatt 344  Q
    | | ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||| || || || |||| ||| ||||| |||||||| |||  ||||    
T  17159251 taaagatcaaagagttgaagaaaatactgagaaggatactcagaatgttgatgaagatacccaggaagtggctgagctcttagcttcaaacatgtttatt 17159350  T
Q  345 gaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaag 444  Q
    || ||||| |||||||   |||| ||||| ||||||||| || ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  17159351 gatgaagatgttcaagttaaacatatggagttctcaactgggattgatctcaatattgaagatattaacactgactttaacaatgaagtgtttcaagatg 17159450  T
Q  445 acaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttga 544  Q
       ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||  ||| |||||||| ||||   || ||||||||||||||| ||  ||||  ||||| ||||||||    
T  17159451 gtcaagaaacag-tcagtatgttcaggaaacaacttaagcacagaatgtggaagtttctcctgctcagaacgttgcagcttctgctgctcaaaatgttga 17159549  T
Q  545 agatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcg 644  Q
    |||| ||   | |||| | |||||  ||| ||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||| ||||||||  |    
T  17159550 agatattttgggcatgaccaatcagaatggtcaagtgtttgatgatcagaatgcatcaaatgaacctcttcaaggtggccagttatcaacagatccaatg 17159649  T
Q  645 cctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
     || |||| |||||||||||||||||    
T  17159650 tctttggcttcaggatctttgccctc 17159675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Original strand, 6700643 - 6700804
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  6700643 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 6700742  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  6700743 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 6700804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 290 - 442
Target Start/End: Original strand, 6700406 - 6700552
Alignment:
Q  290 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 389  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  6700406 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 6700499  T
Q  390 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  6700500 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 6700552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0549 (Bit Score: 161; Significance: 2e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0549
Description:

Target: scaffold0549; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 10 - 418
Target Start/End: Original strand, 10837 - 11245
Alignment:
Q  10 ccaagaatacaagtgccagaccttcctctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctca 109  Q
    |||||||||||||||  || | |||||||||||| |||  ||  ||||||||| || ||||||| ||||| || || ||| |||| ||||| || |||||    
T  10837 ccaagaatacaagtgttagtctttcctctccatctgctccagccctattctctgaaatctccaaacttgctaaggaaattattcatgaaggcagttctca 10936  T
Q  110 gttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaa 209  Q
    || ||| || ||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||| ||    
T  10937 gtacaaggctctgcttggagaagttagtgctcagaaggttgatgaggcacctattccaaaagaagctgagattgccaagaagaccactgaggatcataaa 11036  T
Q  210 gtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaag 309  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||| | ||||||||| |  |||||||    
T  11037 gtgatacctcaagatgctaaggaaaactctcttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgctcagattgttgatgatgcaactcaag 11136  T
Q  310 aggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacat 409  Q
    |||| | |||| |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||    
T  11137 aggtagctgaattactggcctcaaacatgagtattgaagaagaagttcaagttgagcacatggatttctcaactgggattgatctgaatgttgaagatat 11236  T
Q  410 caacactga 418  Q
    |||||||||    
T  11237 caacactga 11245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 159; Significance: 3e-84; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 23 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 19381137 - 19380734
Alignment:
Q  23 tgccagaccttcctctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctg 122  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||    
T  19381137 tgccagacctccctctccatcagctttggagctgttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttaaagaaggaagctctcagttcaaagctttg 19381038  T
Q  123 cttggagaa------------gatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaag 210  Q
     ||||||||            |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||| ||||||||    
T  19381037 attggagaatcactaactgaagatgatgctcagaatgttaatgatgcatctcttcaagaggaagctgagaatgttaagcaagctactgaggctcatgaag 19380938  T
Q  211 tgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaaga 310  Q
      ||||||||||||||  |  ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  19380937 gtatacctcaagctgctgataaaaactctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatactgagaaggatactcagaatgttgatgaagatactcagga 19380838  T
Q  311 ggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatc 410  Q
     |||| ||| ||||| |||||||| |||   ||||||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||| || ||||||| ||| ||||||| |||    
T  19380837 agtggctgagctcttagcttcaaacatgttgattgaagaagatgttcaagttgaacatatggagttctcaactgggattgatctcaatattgaagatatc 19380738  T
Q  411 aaca 414  Q
    ||||    
T  19380737 aaca 19380734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 9e-75
Query Start/End: Original strand, 36 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 19384141 - 19383642
Alignment:
Q  36 tctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaa---- 131  Q
    |||||| ||||| | || || |||||||||||||||||||||  ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||        
T  19384141 tctccaccagctttggagctgttctctcaagtctccaagcttaaaagggagattgttaaagaaggaagctctcagttcaaagctttgattggagaatcac 19384042  T
Q  132 --------gatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagc 223  Q
            ||||||||| ||||||   || |||||||| ||||||  |||||||||| || |||||| || ||||||| ||| ||||  |||||||||||    
T  19384041 taactaaagatgatgctgagaaggaaaataatgcatctcttcaaggggaagctgagaatgttaagcaagctactgaggctcacgaaggtatacctcaagc 19383942  T
Q  224 tgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactc 323  Q
    |||  | |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| |||    
T  19383941 tgctgatgaaaactctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatactgagaaggatactcagaatgttgatgaagatactcaggaagtggctgagctc 19383842  T
Q  324 ttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttca 423  Q
    || |||||||| |||   ||||||||||| |||||||  ||||| ||||  ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  19383841 ttagcttcaaacatgttgattgaagaagatgttcaagttgaacatatggggttctcaactgggtttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttca 19383742  T
Q  424 acaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagt 523  Q
    ||||| || |||||||||| |   |||||||| || |   |||||||||||||  |  |||||||| ||||||||   ||||||||||||| ||||||||    
T  19383741 acaattaaatgtttcaagatggtcaagaaacatcttaatatgttcaggaaacaaataaagctcagattgttgaagtttctgctgctcagaatgttgaagt 19383642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Original strand, 18387942 - 18388065
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18387942 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 18388041  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  18388042 catctcttcaaaaagaagctgaga 18388065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 26194479 - 26194356
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26194479 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 26194380  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  26194379 catctcttcaaaaagaagctgaga 26194356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 249 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 26194296 - 26194109
Alignment:
Q  249 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  26194296 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 26194197  T
Q  349 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  26194196 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 26194109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 249 - 442
Target Start/End: Original strand, 18388125 - 18388312
Alignment:
Q  249 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| | | ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  18388125 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggaaaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 18388224  T
Q  349 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  18388225 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 18388312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 589 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 19383576 - 19383480
Alignment:
Q  589 atcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaattgatgtccatct 685  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||| || |||||    
T  19383576 atcagaatgcatcaaatgaacctcttcaaggtggccagctgtcagcagatccagtgcctttggcctcatgatctttgccctcagttgaggtacatct 19383480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 263 - 442
Target Start/End: Original strand, 33947477 - 33947650
Alignment:
Q  263 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 362  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  33947477 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 33947576  T
Q  363 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  33947577 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 33947650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 520 - 670
Target Start/End: Original strand, 18388342 - 18388492
Alignment:
Q  520 aagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaagg 619  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  | || ||     
T  18388342 aagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccaga 18388441  T
Q  620 tggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  18388442 tggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 18388492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 26194018 - 26193857
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  26194018 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 26193919  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  26193918 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 26193857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Original strand, 33947741 - 33947902
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  33947741 tcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 33947840  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  33947841 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 33947902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 133; Significance: 8e-69; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 240 - 670
Target Start/End: Original strand, 21459095 - 21459513
Alignment:
Q  240 gttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatga 339  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||  ||| |||||||||||||| ||||    
T  21459095 gttgatcaatatcaaagagttgaagaaaatactgagaagaatactcagaattttgatgaagatactcaggaagtgactgagctcttggcttcaaacatga 21459194  T
Q  340 gtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttca 439  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21459195 atattgaagaagatgttcaagatgaacatatggaattctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtatttca 21459294  T
Q  440 agaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaat 539  Q
    ||| |   ||||||||||         |||||||||| || ||||||||||||||||||    | |||||||||| |||  |||  |||  |||||||||    
T  21459295 agatggacaagaaacagc---------tcaggaaacaactacagctcagaatgttgaag---gttctgctcagaatgttacagttcctgctgctcagaat 21459382  T
Q  540 gttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatc 639  Q
    ||||||||| |||  |||||| |||||||  ||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| || ||  ||||||||||  ||||    
T  21459383 gttgaagatattcctgtcatgtctaatcagaatgttcaagaatttgatgatcagaatgcatcaaatgaacctcttccagatgtccagctgtcagttgatc 21459482  T
Q  640 cagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21459483 caatgcctttggcatcaggatctctgccctc 21459513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 21990262 - 21990139
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21990262 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 21990163  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  21990162 catctcttcaaaaagaagctgaga 21990139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 249 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 21990079 - 21989892
Alignment:
Q  249 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  21990079 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 21989980  T
Q  349 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  21989979 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 21989892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 21989801 - 21989640
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  21989801 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 21989702  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21989701 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 21989640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 9327041 - 9326880
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  9327041 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 9326942  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9326941 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9326880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 21204887 - 21204726
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  21204887 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 21204788  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21204787 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 21204726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Original strand, 21332212 - 21332373
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  21332212 tcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 21332311  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||    ||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21332312 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatccctttggcatcaggatctctgccctc 21332373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 290 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 21205124 - 21204978
Alignment:
Q  290 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 389  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  21205124 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggtttt 21205031  T
Q  390 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  21205030 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 21204978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 290 - 442
Target Start/End: Original strand, 21331975 - 21332121
Alignment:
Q  290 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 389  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  21331975 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 21332068  T
Q  390 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  21332069 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 21332121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 180
Target Start/End: Original strand, 21458910 - 21459038
Alignment:
Q  64 aagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaa------------gatgatgctcagaaggttga 151  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||| |||||| || ||||||||            || |||||||| ||| ||||    
T  21458910 aagtctccaagcttgcaaaggagattgttaaacaaggaagctcacagtttaaagccttgattggagaatctatgactaaagaggatgctcaaaagattga 21459009  T
Q  152 tgatgcatctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  21459010 tgatgcatctcctcaagaagaagctgaga 21459038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 133; Significance: 8e-69; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 240 - 670
Target Start/End: Original strand, 45022807 - 45023225
Alignment:
Q  240 gttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatga 339  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||  ||| |||||||||||||| ||||    
T  45022807 gttgatcaaaatcaaagagttgaagaaaatactgagaagaatactcagaattttgatgaagatactcaggaagtgactgagctcttggcttcaaacatga 45022906  T
Q  340 gtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttca 439  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45022907 atattgaagaagatgttcaagatgaacatatggaattctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtatttca 45023006  T
Q  440 agaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaat 539  Q
    ||| |   ||||||||||         |||||||||| || ||||||||||||||||||    | |||||||||| |||  |||  |||  |||||||||    
T  45023007 agatggacaagaaacagc---------tcaggaaacaactacagctcagaatgttgaag---gttctgctcagaatgttacagttcctgctgctcagaat 45023094  T
Q  540 gttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatc 639  Q
    ||| ||||| |||  |||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| || ||  ||||||||||  ||||    
T  45023095 gttaaagatattcctgtcatgtctaatcaaaatgttcaagaatttgatgatcagaatgcatcaaatgaacctcttccagatgaccagctgtcagttgatc 45023194  T
Q  640 cagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  45023195 caatgcctttggcatcaggatctctgccctc 45023225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 485 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 9505692 - 9505507
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| |  |||||| |||||| |||  |||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  9505692 tcagaatgttgaaacttctgctggtcagaatgttacagtgtctgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagctt 9505593  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9505592 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9505507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 263 - 442
Target Start/End: Original strand, 18659339 - 18659512
Alignment:
Q  263 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 362  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  18659339 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 18659438  T
Q  363 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||    
T  18659439 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaacagtgagttgtttcaaga 18659512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 485 - 670
Target Start/End: Original strand, 18659579 - 18659764
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  18659579 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 18659678  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  18659679 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 18659764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 290 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 9505905 - 9505759
Alignment:
Q  290 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 389  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  9505905 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 9505812  T
Q  390 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  9505811 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 9505759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 180
Target Start/End: Original strand, 45022622 - 45022750
Alignment:
Q  64 aagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaa------------gatgatgctcagaaggttga 151  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||| |||||| || ||||||||            || |||||||| ||| ||||    
T  45022622 aagtctccaagcttgcaaaggagattgttaaacaaggaagctcacagtttaaagccttgattggagaatctatgactaaagaggatgctcaaaagattga 45022721  T
Q  152 tgatgcatctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  45022722 tgatgcatctcctcaagaagaagctgaga 45022750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 238 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 24924036 - 24923622
Alignment:
Q  238 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 337  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||  ||||||||||||| ||||| || |||| |||  |||| |||||||||||    
T  24924036 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatactcaggatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagatcttagcttcaaatat 24923937  T
Q  338 gagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 437  Q
    ||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24923936 gaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 24923843  T
Q  438 caagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcaga 537  Q
    ||||| |   |||||||||||||||         || || ||  ||||||||||||||||||   | |||||||||| |||| |||  |||  |||||||    
T  24923842 caagatggacaagaaacagctcagg---------aagcaactaaagctcagaatgttgaagc---ttctgctcagaatgttgcagttcctgctgctcaga 24923755  T
Q  538 atgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcaga 637  Q
    |||||||| || |||  ||  || |||||||  ||| |||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  24923754 atgttgaaaatattcctgttttgtctaatcagaatgttcaagaacttgttgatcagaatgcatcaaatgaacctcttcaagatggccagctgtcagcaga 24923655  T
Q  638 tccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||  |||| |||| |||||||||||||||||    
T  24923654 tccaatgcctttggcttcaggatctttgccctc 24923622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 57 - 442
Target Start/End: Original strand, 16906122 - 16906498
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16906122 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 16906221  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagag 256  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||  |  || || |   ||||||    |||||  || ||||||| ||        ||| ||||||||||  |||| ||    
T  16906222 catctcttcaaaaagaagctgagaaagtcaatcaag---ctgaggaaagtgaagaaatccctcaagatgttgttcccaactctgttgatcaaaatcaaag 16906318  T
Q  257 agttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagtt 356  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |    
T  16906319 agttgaagaaaatattgagtttgatactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagct 16906418  T
Q  357 caagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    ||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  16906419 caagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 16906498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Original strand, 18167422 - 18167545
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18167422 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 18167521  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  18167522 catctcttcaaaaagaagctgaga 18167545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Original strand, 31364995 - 31365118
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31364995 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 31365094  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  31365095 catctcttcaaaaagaagctgaga 31365118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 24924241 - 24924118
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24924241 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctctcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgcttagaaggttgatgatg 24924142  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| |||||  |||| ||||||    
T  24924141 catctcttcaaagagaaactgaga 24924118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 249 - 442
Target Start/End: Original strand, 31365178 - 31365365
Alignment:
Q  249 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  31365178 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 31365277  T
Q  349 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31365278 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 31365365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 249 - 442
Target Start/End: Original strand, 18167605 - 18167792
Alignment:
Q  249 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| | | ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  18167605 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggaaaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 18167704  T
Q  349 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  18167705 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 18167792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 516 - 670
Target Start/End: Original strand, 18199558 - 18199712
Alignment:
Q  516 gttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttc 615  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||  ||| | |||   |||||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  18199558 gttgaagtttctgctgctcagaatgttgaagatattcctgtcatgactaatcagaatgttaaagtatttgatgatcagaatgcatctaatgaacctcttc 18199657  T
Q  616 aaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |  | || |||| |||||||||||||||||    
T  18199658 aaggtggccagctgtcagcagatctaatggctttggcttcaggatctttgccctc 18199712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 520 - 670
Target Start/End: Original strand, 18167822 - 18167972
Alignment:
Q  520 aagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaagg 619  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  | || ||     
T  18167822 aagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccaga 18167921  T
Q  620 tggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  18167922 tggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 18167972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Original strand, 31365456 - 31365617
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  31365456 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 31365555  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  31365556 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 31365617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Original strand, 16906589 - 16906750
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  16906589 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 16906688  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  16906689 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 16906750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 238 - 670
Target Start/End: Original strand, 6430782 - 6431196
Alignment:
Q  238 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 337  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||  ||||||||||||| ||||| || |||| |||  |||| |||||||||||    
T  6430782 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatactcaggatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagatcttagcttcaaatat 6430881  T
Q  338 gagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 437  Q
    ||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6430882 gaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacagtgaagtgttt 6430975  T
Q  438 caagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcaga 537  Q
    ||||| |   ||||||||||||| |         || || ||  ||||||||||||||||||   | |||||||||| |||| |||  |||  |||||||    
T  6430976 caagatggacaagaaacagctcaag---------aagcaactaaagctcagaatgttgaagc---ttctgctcagaatgttgcagttcctgctgctcaga 6431063  T
Q  538 atgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcaga 637  Q
    |||||||| || |||  ||| || |||||||  ||| ||||||  ||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |    
T  6431064 atgttgaaaatattcctgtcttgtctaatcagaatgttcaagaatttgttgatcagaatgcatcaaatgaacctcttcaagatggccagctgtcagcata 6431163  T
Q  638 tccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||  |||| |||| |||||||||||||||||    
T  6431164 tccaatgcctttggcttcaggatctttgccctc 6431196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Original strand, 8981116 - 8981239
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8981116 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 8981215  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  8981216 catctcttcaaaaagaagctgaga 8981239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Original strand, 16409033 - 16409156
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16409033 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaatgttgatgatg 16409132  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  16409133 catctcttcaaaaagaagctgaga 16409156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 57 - 206
Target Start/End: Original strand, 6430577 - 6430726
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6430577 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgcagaaggaagctctcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 6430676  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgagattgctaagcaggccactgaggttcat 206  Q
    ||||| |||||  |||| ||||||    |||||| | |||||||||||||    
T  6430677 catctcttcaaagagaaactgagaagattaagcaagtcactgaggttcat 6430726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 249 - 442
Target Start/End: Original strand, 8981299 - 8981486
Alignment:
Q  249 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  8981299 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 8981398  T
Q  349 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  8981399 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 8981486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 249 - 442
Target Start/End: Original strand, 16409216 - 16409403
Alignment:
Q  249 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 348  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||| || || || |||| ||| ||||| ||||| |||||||  |||||||    
T  16409216 gatcatagagttgaagaaaatattgagtttgatactcagaatgttgatgaagaaacccaggaagtggctgagctcttagcttctaatatgaacattgaag 16409315  T
Q  349 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  16409316 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagaaatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 16409403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 485 - 670
Target Start/End: Original strand, 9545558 - 9545743
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  9545558 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 9545657  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9545658 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9545743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 485 - 670
Target Start/End: Original strand, 16409470 - 16409655
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| |  |||||| |||||| | || |||||||||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  16409470 tcagaatgttgaaacttctgctggtcagaatgctgcagtgtctgaagcccataatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagctt 16409569  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| || | ||||||||| |||||||    
T  16409570 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttgacatcaggatctctgccctc 16409655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 263 - 442
Target Start/End: Original strand, 9545318 - 9545491
Alignment:
Q  263 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 362  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  9545318 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 9545417  T
Q  363 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  9545418 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 9545491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Original strand, 8981577 - 8981738
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  8981577 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 8981676  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  8981677 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 8981738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 88; Significance: 6e-42; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 16134317 - 16134194
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16134317 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 16134218  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  16134217 catctcttcaaaaagaagctgaga 16134194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Original strand, 32106632 - 32106755
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32106632 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaacccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 32106731  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  32106732 catctcttcaaaaagaagctgaga 32106755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Original strand, 46505319 - 46505442
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46505319 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttgaagaaggaagctcgcagttcaaaaccttgattggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 46505418  T
Q  157 catctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  46505419 catctcttcaaaaagaagctgaga 46505442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 249 - 442
Target Start/End: Original strand, 32106815 - 32107002
Alignment:
Q  249 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  32106815 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 32106914  T
Q  349 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  32106915 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 32107002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 249 - 442
Target Start/End: Original strand, 46505502 - 46505689
Alignment:
Q  249 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  46505502 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 46505601  T
Q  349 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  46505602 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactagatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 46505689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 249 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 16134134 - 16133947
Alignment:
Q  249 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  16134134 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 16134035  T
Q  349 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  16134034 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 16133947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 485 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 5383818 - 5383633
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  5383818 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 5383719  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  5383718 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 5383633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 485 - 670
Target Start/End: Original strand, 8509426 - 8509611
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  8509426 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 8509525  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  8509526 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 8509611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 485 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 16133880 - 16133695
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  16133880 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 16133781  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  16133780 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 16133695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 485 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 26350202 - 26350017
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  26350202 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 26350103  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  26350102 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 26350017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 485 - 670
Target Start/End: Original strand, 46505747 - 46505932
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  46505747 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 46505846  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  46505847 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 46505932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 263 - 442
Target Start/End: Original strand, 8509186 - 8509359
Alignment:
Q  263 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 362  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  8509186 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 8509285  T
Q  363 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  8509286 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 8509359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 263 - 424
Target Start/End: Original strand, 44905516 - 44905671
Alignment:
Q  263 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 362  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  44905516 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 44905615  T
Q  363 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaa 424  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  44905616 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaa 44905671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 263 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 5384058 - 5383885
Alignment:
Q  263 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 362  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  5384058 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 5383959  T
Q  363 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |      |||| ||||||||| | || ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  5383958 g------tggagttctcaactggattcgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 5383885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 240 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 9537217 - 9537097
Alignment:
Q  240 gttgatcaggatcagagagttgaagaaaa-tactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatg 338  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| || ||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||| |||    
T  9537217 gttgatcaagatcaaagagttgaagaaaaatattgagtttgatactcataatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaacatg 9537118  T
Q  339 agtattgaagaagaagttcaa 359  Q
    || | ||||||||||| ||||    
T  9537117 agcactgaagaagaagctcaa 9537097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 263 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 26350442 - 26350269
Alignment:
Q  263 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 362  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| ||| |||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  26350442 agaaaatactgagtttggtactcagaatattgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 26350343  T
Q  363 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  26350342 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 26350269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Original strand, 6542901 - 6543062
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  6542901 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 6543000  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  6543001 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 6543062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 485 - 670
Target Start/End: Original strand, 44905756 - 44905941
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| |||||| || ||| |||  |||||||||||    
T  44905756 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatgactgatcgagacaatcaagagctt 44905855  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |||| |||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  44905856 gatgctcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 44905941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 529 - 609
Target Start/End: Original strand, 32107113 - 32107193
Alignment:
Q  529 aagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaac 609  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  32107113 aagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaac 32107193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 290 - 424
Target Start/End: Original strand, 6542664 - 6542792
Alignment:
Q  290 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 389  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  6542664 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggtttt 6542757  T
Q  390 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaa 424  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  6542758 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaa 6542792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 9537402 - 9537274
Alignment:
Q  64 aagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaa------------gatgatgctcagaaggttga 151  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||| |||||| || ||||||||            || |||||||| ||| ||||    
T  9537402 aagtctccaagcttgcaaaggagattgttaaacaaggaagctcacagtttaaagccttgattggagaatctatgactaaagaggatgctcaaaagattga 9537303  T
Q  152 tgatgcatctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  9537302 tgatgcatctcctcaagaagaagctgaga 9537274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 534 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 9537021 - 9536894
Alignment:
Q  534 cagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcag 633  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||  |||| |||||||||| || || |  ||| ||||||| ||    
T  9537021 cagaatgatgaagatgttcat-tcatggctgatcaagacaatctagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaactccctccaaatggccagctgttag 9536923  T
Q  634 cagatccagcgcctctggcctcaggatct 662  Q
      ||||||  |||| |||| |||||||||    
T  9536922 ttgatccaatgcctttggcatcaggatct 9536894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 230 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 2993948 - 2993902
Alignment:
Q  230 agaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgaga 276  Q
    ||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2993948 agaaaactctcttgttcaagatcagagagttgaagaaaatactgaga 2993902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 129 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 2994063 - 2994025
Alignment:
Q  129 gaagatgatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaa 167  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  2994063 gaagatgatgttcagaaggttgatgatgcatctcttcaa 2994025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 3)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 485 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 21203 - 21048
Alignment:
Q  485 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 584  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||  | |||||||||    
T  21203 tcagaatgttgaaacctctgctgctcagaatgttgctgtgtctgaagcccagaatgatgaagatgttcatgccatggctgatcaagacaaccaagagctt 21104  T
Q  585 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatcc 640  Q
    || |||||  |||| |||||||||| || || || ||| ||||||||||| |||||    
T  21103 gacgatcagcatgcctcaaatgaactccctctagatggccagctgtcagctgatcc 21048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 238 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 21468 - 21270
Alignment:
Q  238 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 337  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || ||| ||| |||||||||||||| ||||| || |||| |||  |||| || ||||||||    
T  21468 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatattcagaatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagatcttagcctcaaatat 21369  T
Q  338 gagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 437  Q
    ||  ||||||||||||  |||||| |      |||  ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  21368 gaacattgaagaagaaactcaagacg------tggtgttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattaacttcaacagtgaagtgttt 21275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 57 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 21673 - 21564
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaagatgatgctcagaaggttgatgatg 156  Q
    |||||| || |||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  21673 ttctctgaaatctccaagcttgcaaaggaaattattaaagaaggaagctctcagttcaaaaccttgattggggaagatgatgctcagaaggttgatgagg 21574  T
Q  157 catctattca 166  Q
    ||||| ||||    
T  21573 catctcttca 21564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 4)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 487 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 311855 - 311672
Alignment:
Q  487 agaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttga 586  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  311855 agaatgttgaaacttctgctgctcagaatgttgcagtgactgaagcccagaatgatgaagatgttcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttga 311756  T
Q  587 tgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    ||||||  |||| |||||||||| || || || ||| || |||||||  |||||   |||| |||| ||| ||||| |||||||    
T  311755 tgatcagcatgcctcaaatgaactccctccagatggccaactgtcagttgatcccatgcctttggcatcatgatctctgccctc 311672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 238 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 312122 - 311999
Alignment:
Q  238 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 337  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||  |||| || |||| ||| ||||| |||||||| ||    
T  312122 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatactcagaatgttgatgaagaagctcaggaagtggctgagctcttagcttcaaacat 312023  T
Q  338 gagtattgaagaagaagttcaaga 361  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||    
T  312022 gagcattgaagaagaagctcaaga 311999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 312312 - 312238
Alignment:
Q  57 ttctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagccctgcttggagaa 131  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| || ||||| |||||| || ||||||||    
T  312312 ttctctgaagtctccaagcttgcaaaggagattgttaaacaaggaagttcacagttgaaagccttgattggagaa 312238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 312222 - 312177
Alignment:
Q  135 gatgctcagaaggttgatgatgcatctattcaagaagaagctgaga 180  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  312222 gatgctcaaaagattgatgatgcatctcctcaagaagaagctgaga 312177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 509 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 9894 - 9733
Alignment:
Q  509 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 608  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  9894 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 9795  T
Q  609 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 670  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9794 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 290 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 10131 - 9985
Alignment:
Q  290 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 389  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  10131 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 10038  T
Q  390 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 442  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  10037 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 9985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0213 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 2)
Name: scaffold0213
Description:

Target: scaffold0213; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 118
Target Start/End: Original strand, 20280 - 20372
Alignment:
Q  26 cagaccttcctctccatcagctgtagaactattctctcaagtctccaagcttgcaaaagagattgttcaagaaggaagctctcagttcaaagc 118  Q
    |||||||||||||||| ||||| | || || |||||||||||||| || ||||| || ||||||||| |||||||||||| ||| || |||||    
T  20280 cagaccttcctctccaccagctttggacctcttctctcaagtctctaaacttgccaaggagattgttaaagaaggaagctgtcaattgaaagc 20372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0213; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 375 - 439
Target Start/End: Original strand, 20634 - 20698
Alignment:
Q  375 ttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttca 439  Q
    ||||||||| |||||||||| ||  |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20634 ttctcaactgggtttgatctcaacattgaagatctcaacactgacttcaaaaatgaagtgtttca 20698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University