View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6864A_high_4 (Length: 461)

Name: NF6864A_high_4
Description: NF6864A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6864A_high_4
NF6864A_high_4
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (33-457)||(32633147-32633571)
chr8 (33-457)||(6310267-6310688)
chr8 (33-454)||(5549675-5550093)
chr8 (33-451)||(5607836-5608251)
chr8 (33-451)||(5627119-5627534)
chr8 (33-454)||(14404603-14405021)
chr8 (36-455)||(13164766-13165182)
chr8 (33-457)||(5571255-5571676)
chr8 (33-316)||(12177099-12177382)
chr8 (33-316)||(12421527-12421810)
chr8 (33-295)||(12188420-12188682)
chr8 (33-295)||(12432848-12433110)
chr8 (39-140)||(9394271-9394372)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (33-454)||(13832-14250)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (33-274)||(19492820-19493061)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 32633571 - 32633147
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633571 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 32633472  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633471 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 32633372  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||    
T  32633371 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaattttttttattaaa 32633272  T
Q  333 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 432  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32633271 gactgaatggtgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggtaatgtctt 32633172  T
Q  433 caatcaagtcagattcagtcctaac 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  32633171 caatcaagtcagattcagtcctaac 32633147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 33 - 457
Target Start/End: Original strand, 6310267 - 6310688
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  6310267 acatcatctattacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcattgatggtattaatttggaagtatcaatatcaagatcttccctgagta 6310366  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  6310367 acttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgatcccatgtctctttgatacttctgttaccttttctaagaagcaactgccttcatatttaaaagagac 6310466  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 332  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||         ||||||    
T  6310467 cctttgaaacatagcagcagcaagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttagatca---gattttattaaa 6310563  T
Q  333 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 432  Q
    || |||||| | | |||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||  ||||| |||||||  |||||| |||| | |||| |||    
T  6310564 gattgaatgctccaatagttttcatcaagtatgaaattacatggaagatcatttgtatactgttgatttaattttcctaatacagctctagtaatggctt 6310663  T
Q  433 caatcaagtcagattcagtcctaac 457  Q
    ||||||  |||||||||||||||||    
T  6310664 caatcatttcagattcagtcctaac 6310688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 33 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 5550093 - 5549675
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  ||||||    
T  5550093 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagta 5549994  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5549993 acttagaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagac 5549894  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 332  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||    
T  5549893 cctttgaaacatagcagtggcaagggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaactccaatgatttgaacttctgttgaatcaa---attttattaaa 5549797  T
Q  333 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 432  Q
    || |||||| | ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |  ||||| |||||||| |||||| ||| || |||||||     
T  5549796 gattgaatgctccgatagttttcatcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttaatacagctccggtaatgtctc 5549697  T
Q  433 caatcaagtcagattcagtcct 454  Q
    |||| || || |||||||||||    
T  5549696 caattaattcggattcagtcct 5549675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 33 - 451
Target Start/End: Original strand, 5607836 - 5608251
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  ||||||    
T  5607836 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagta 5607935  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5607936 acttacaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgactttttgatacttctgtcaccttctcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagac 5608035  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 332  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||        ||||||    
T  5608036 cctttgaaacatagcagtggcaagggttgtcttacctatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaa---attttattaaa 5608132  T
Q  333 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 432  Q
    || |||| | | | ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |  ||||| |||||||| | |||| |||||| ||||||||    
T  5608133 gattgaacgctccaatagttttcatcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctggtaatgtctt 5608232  T
Q  433 caatcaagtcagattcagt 451  Q
    |||| ||||  ||||||||    
T  5608233 caattaagttggattcagt 5608251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 33 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 5627534 - 5627119
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  ||||||    
T  5627534 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagta 5627435  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5627434 acttacaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgactttttgatacttctgtcaccttctcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagac 5627335  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 332  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||        ||||||    
T  5627334 cctttgaaacatagcagtggcaagggttgtcttacctatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaa---attttattaaa 5627238  T
Q  333 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 432  Q
    || |||| | | | ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |  ||||| |||||||| | |||| |||||| ||||||||    
T  5627237 gattgaacgctccaatagttttcatcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctggtaatgtctt 5627138  T
Q  433 caatcaagtcagattcagt 451  Q
    |||| ||||  ||||||||    
T  5627137 caattaagttggattcagt 5627119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 33 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 14405021 - 14404603
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||    
T  14405021 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatagatggtattagtttgggactgtcaatatcaagatcttcccttagta 14404922  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    |||| |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  14404921 acttggaaagaagtttgttgcacgcgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtcaccttttcaaacaagcagctgccttcatatttgaaagagaa 14404822  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 332  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||        |||||     
T  14404821 cctttgaaacagaatagaagcaagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaattccaatgatttgaacttgtgctgaatcaa---attttattaat 14404725  T
Q  333 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 432  Q
    || |||||| | | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |  ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  14404724 gattgaatgctccaatagttttcatcaagtataaaattacatgtaagatcatttgtgcattgctgatttaattttcctaatacaactctggtaatgtctt 14404625  T
Q  433 caatcaagtcagattcagtcct 454  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  14404624 caattaagtcagattcagtcct 14404603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 36 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 13165182 - 13164766
Alignment:
Q  36 tcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagtaact 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||    ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  13165182 tcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcctgatcatggatggtattactttgagagtggtaatatcaaggtcttcccctagtaact 13165083  T
Q  136 tagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagaccct 235  Q
    | |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |   ||||||| ||    
T  13165082 tggaaagaagtttgttgcatgtgtcattgattccatgcttttctgattgttctgtcacattttctaagaagcaatggccttcatagtgagaagagactct 13164983  T
Q  236 ttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaagac 335  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||        ||||||||     
T  13164982 ttgaaacatggcagcagcaagggttgtcttgcctgtgccccccattccccaaactccaatgatttgaacttctgatgaatcaa---tttttattaaagat 13164886  T
Q  336 tgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtcttcaa 435  Q
    | |||| | |  || |||||||||||||||||| || | ||||| ||| ||| ||||  |||||| |||||||  ||||||||||||  |||||||||||    
T  13164885 ttaatgctccagtaattttcatcgagtatgaaactatatgtaagttcaattgcgtaccggtgatttaattttcctaatacaactctgataatgtcttcaa 13164786  T
Q  436 tcaagtcagattcagtccta 455  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  13164785 tcaagtcagattcagtccta 13164766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 33 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 5571676 - 5571255
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||  ||||||  ||||||||||| |||||    
T  5571676 acatcatctaatacaatgaaagatttcatatgtctgagtcttctcttgatcatggctgggattactttgggagtgtcaatacgaagatcttcccctagta 5571577  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    |||| |||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||     
T  5571576 acttggaaagaagtttgttgcacgtgtaattgattccatgcttttttgaaacttctgtcaccctttctaagaagcaattgccttcatatttgaaagagaa 5571477  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 332  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||        ||||||    
T  5571476 cctttgaaacatagcagcagcaagagttgtcttaccagtgcctcccattccccaaagtccaatgatttgaactgttgttgaatcaa---attttattaaa 5571380  T
Q  333 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 432  Q
    ||  ||| |   | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||| | |||||| |||||||||||| |  |||| | |||||| ||||||||    
T  5571379 gatcgaacggcccaatagttttcatcaagtatcaaattacatgtaagttcatctctgtactggtgattcaatttccctaataaagctctggtaatgtctt 5571280  T
Q  433 caatcaagtcagattcagtcctaac 457  Q
    |||||| || |||||||||||||||    
T  5571279 caatcatgttagattcagtcctaac 5571255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 33 - 316
Target Start/End: Original strand, 12177099 - 12177382
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12177099 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12177198  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||| ||    
T  12177199 acttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaggaagcaactaccttcatacatggaagatac 12177298  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatc 316  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||  ||  ||||||| |||||||    
T  12177299 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaatagttctaacttctcttgaatc 12177382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 33 - 316
Target Start/End: Original strand, 12421527 - 12421810
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12421527 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12421626  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||| ||    
T  12421627 acttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaggaagcaactaccttcatacatggaagatac 12421726  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatc 316  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||  ||  ||||||| |||||||    
T  12421727 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaatagttctaacttctcttgaatc 12421810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 33 - 295
Target Start/End: Original strand, 12188420 - 12188682
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12188420 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12188519  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
     ||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || |||| ||    
T  12188520 gcttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaagaagcaactaccttcatatctggaagatac 12188619  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaat 295  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  12188620 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaat 12188682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 33 - 295
Target Start/End: Original strand, 12432848 - 12433110
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12432848 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12432947  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
     ||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || |||| ||    
T  12432948 gcttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaagaagcaactaccttcatatctggaagatac 12433047  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaat 295  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  12433048 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaat 12433110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 140
Target Start/End: Original strand, 9394271 - 9394372
Alignment:
Q  39 tctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagtaacttag 138  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||| | ||| |||| ||||||||||| ||  |||||| |||||||||||  || ||||||||    
T  9394271 tctagtacaatgaaagctttcatgtgtttgagtctttacataaccatagatgatattactttgggagtgtcaataccaagatcttccgctattaacttag 9394370  T
Q  139 aa 140  Q
    ||    
T  9394371 aa 9394372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 33 - 454
Target Start/End: Original strand, 13832 - 14250
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||    
T  13832 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatagatggtattagtttgggactgtcaatatcaagatcttcccttagta 13931  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    |||| |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  13932 acttggaaagaagtttgttgcacgcgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtcaccttttcaaacaagcagctgccttcatatttgaaagagaa 14031  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 332  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||        |||||     
T  14032 cctttgaaacagaatagaagcaagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaattccaatgatttgaacttgtgctgaatcaa---attttattaat 14128  T
Q  333 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatgtctt 432  Q
    || |||||| | | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |  ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  14129 gattgaatgctccaatagttttcatcaagtataaaattacatgtaagatcatttgtgcattgctgatttaattttcctaatacaactctggtaatgtctt 14228  T
Q  433 caatcaagtcagattcagtcct 454  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  14229 caattaagtcagattcagtcct 14250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 33 - 274
Target Start/End: Original strand, 19492820 - 19493061
Alignment:
Q  33 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 132  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| |||| ||||||||  |||||| | |  |  || |||| || ||||||||  ||||    
T  19492820 acatcatctagtacaatgaaagctttcattcctttgagtcttctaatgaccatggatgacattactataggcgtgtcgatattaacatcttccccgagta 19492919  T
Q  133 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 232  Q
    |  | |||| |||||| ||  |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||  | |||| ||| ||| ||||||     
T  19492920 atgtggaaacaagttttttataagtgaaattgattccattcctttttgattcttctgccaccttttctaagaagcaggtaccttgatatttgcaagagaa 19493019  T
Q  233 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcc 274  Q
      ||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  19493020 attttgaaacatagcagcaacaatggctgtcttacctatgcc 19493061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University