View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6864A_low_487 (Length: 227)

Name: NF6864A_low_487
Description: NF6864A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6864A_low_487
NF6864A_low_487
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (1-227)||(9101182-9101408)
chr3 (2-227)||(9029068-9029294)
chr3 (1-227)||(8746908-8747134)
chr3 (1-223)||(9023404-9023626)
chr3 (1-227)||(9026108-9026334)
chr3 (33-227)||(9034606-9034800)
chr3 (52-227)||(9015428-9015602)
chr3 (65-195)||(9108812-9108942)
chr3 (44-189)||(8957118-8957263)
chr3 (43-179)||(8965272-8965408)
chr3 (49-179)||(8962563-8962693)
chr3 (49-225)||(9019290-9019466)
chr3 (47-189)||(8755581-8755723)
chr3 (58-185)||(9112118-9112245)
chr3 (42-179)||(8988340-8988477)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 9101182 - 9101408
Alignment:
Q  1 gctatgaagttcttccccttcttgagggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9101182 gctatgaagttcttccccttctttatggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctg 9101281  T
Q  101 atcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatga 200  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9101282 atgctggagctgctggttctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatga 9101381  T
Q  201 ttgcacttattttcttgtggatttcat 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  9101382 ttgcacttattttcttgtggatttcat 9101408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Original strand, 9029068 - 9029294
Alignment:
Q  2 ctatgaagttcttccccttcttgagggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctga 101  Q
    |||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  9029068 ctatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctga 9029167  T
Q  102 tcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgat-ga 200  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  9029168 tgctggagctgctggatctattacaagttcagcggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatgga 9029267  T
Q  201 ttgcacttattttcttgtggatttcat 227  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  9029268 ttccacttattttcttgtggatttcat 9029294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 8746908 - 8747134
Alignment:
Q  1 gctatgaagttcttccccttcttgagggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8746908 gctatgaagttcttctccttctttttcgtcttcatcttcgccgccaccctggcctctgcccaagacctcagtccctcgttggctccagcaccaggtcctg 8747007  T
Q  101 atcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatga 200  Q
    ||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  8747008 atgttggagctgttggatctgttacaaattcagtggctatgattggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaaaatgatga 8747107  T
Q  201 ttgcacttattttcttgtggatttcat 227  Q
    || |||| |||||||||||||||||||    
T  8747108 ttccactcattttcttgtggatttcat 8747134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 9023404 - 9023626
Alignment:
Q  1 gctatgaagttcttccccttcttgagggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctg 100  Q
    ||||| ||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  9023404 gctataaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgcccaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctg 9023503  T
Q  101 atcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatga 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9023504 atgctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatggtcggaatttcggttgtattgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatga 9023603  T
Q  201 ttgcacttattttcttgtggatt 223  Q
    || |||| |||||||||||||||    
T  9023604 ttccactcattttcttgtggatt 9023626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 9026108 - 9026334
Alignment:
Q  1 gctatgaagttcttccccttcttgagggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  9026108 gctatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggttctg 9026207  T
Q  101 atcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatga 200  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  9026208 atgctggagttgctggatctgttacaagttcagtggcaatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgatcgccatcttcaaacactaaaaacataatga 9026307  T
Q  201 ttgcacttattttcttgtggatttcat 227  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  9026308 ttccacttattttcttgtggatttcat 9026334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 33 - 227
Target Start/End: Original strand, 9034606 - 9034800
Alignment:
Q  33 catcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttca 132  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||     
T  9034606 catcttcgctgccatcgtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccggcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctgttgcaagttcg 9034705  T
Q  133 gtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatgattgcacttattttcttgtggatttcat 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9034706 gtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatgatttcacttattttcttgtggacttcat 9034800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 227
Target Start/End: Original strand, 9015428 - 9015602
Alignment:
Q  52 gcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagttt 151  Q
    ||||| || ||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||| | ||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||| | |||||||    
T  9015428 gcctcggctcaagacctcagcccctcgttgtctccggcaccaggtcctgatgccggagcagctggatatgttacaaattcagtgactatggttggagttt 9015527  T
Q  152 caattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatgattgcacttattttcttgtggatttcat 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9015528 caattgtattgtcaatgctcgccatcttcaaacactaaaaa-attatgattccacttattttcttgtggatttcat 9015602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 65 - 195
Target Start/End: Original strand, 9108812 - 9108942
Alignment:
Q  65 acctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtc 164  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  9108812 acctcagtccctcattggctccagcatcaggtcctgatgtcggagctgccggatctgttacaagttcagtggccatgatcggagcttcaattgtcttgtc 9108911  T
Q  165 aatgctcgccatctttaagcactaaaaacat 195  Q
    |||||| ||  |||| ||| |||||||||||    
T  9108912 aatgcttgcactcttgaagaactaaaaacat 9108942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 44 - 189
Target Start/End: Original strand, 8957118 - 8957263
Alignment:
Q  44 ccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgat 143  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  8957118 ccaccgtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttagctccagcacccggtcctgacgctggagctgccggatttgttacaagttctgtggctatgat 8957217  T
Q  144 cggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaa 189  Q
    ||||| |||||||||  |||||||| ||||||| || ||| |||||    
T  8957218 cggagcttcaattgtgctgtcaatggtcgccattttcaagaactaa 8957263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 43 - 179
Target Start/End: Original strand, 8965272 - 8965408
Alignment:
Q  43 gccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatga 142  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||  |||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||    
T  8965272 gccacagtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgacgctggagctgccggatctgttacaagttctatggcaatga 8965371  T
Q  143 tcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctt 179  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  8965372 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatctt 8965408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 49 - 179
Target Start/End: Original strand, 8962563 - 8962693
Alignment:
Q  49 gtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggag 148  Q
    |||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  8962563 gtggcctcggcccaagaccttagtccctcgttagctccagcaccaggtcctgatgctggagttgccggatctgttgcaggttctgtggctatgatcggag 8962662  T
Q  149 tttcaattgtattgtcaatgctcgccatctt 179  Q
     |||||||||  | ||||||||||| |||||    
T  8962663 cttcaattgtgctttcaatgctcgctatctt 8962693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 225
Target Start/End: Original strand, 9019290 - 9019466
Alignment:
Q  49 gtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggag 148  Q
    |||||||| || ||| |||| |||||||| |  ||||| |||||||| ||||||  ||| |||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9019290 gtggcctcggctcaagaccttagtccctcatccgctccggcaccaggtcctgatgttggggcttgtggatctgttacgagttcagttgctatgatcggag 9019389  T
Q  149 tttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatgattgcacttattttcttgtggatttc 225  Q
     ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||| ||||   |||| ||||||| |||||||||    
T  9019390 cttcaattgtgttgtcaatgcttgccatcttgaagaactgaaaacatcatgaacccactaattttctggtggatttc 9019466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 47 - 189
Target Start/End: Original strand, 8755581 - 8755723
Alignment:
Q  47 ccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcgg 146  Q
    ||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| | || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||    
T  8755581 ccgtggcttcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagatcctgatgccggtgctgctggatctgttacaaattcagttgctatgattgg 8755680  T
Q  147 agtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaa 189  Q
    || ||| ||| | ||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  8755681 agcttcgattattttgtctatgctcgccatcttcaagaactaa 8755723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 58 - 185
Target Start/End: Original strand, 9112118 - 9112245
Alignment:
Q  58 gcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattg 157  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| | ||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||| |||| ||  ||||    
T  9112118 gcccaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaatccagtggctatgatgggagctttgattg 9112217  T
Q  158 tattgtcaatgctcgccatctttaagca 185  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||    
T  9112218 tgttgtcaatgcttgctatctttaagca 9112245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 179
Target Start/End: Original strand, 8988340 - 8988477
Alignment:
Q  42 cgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatg 141  Q
    |||| |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||   |||||||||  | |||| ||||||||  |||||||||    
T  8988340 cgccgccgtagcctcggcccaagaccttagtccctcgttgtctccagcaccaggtcctgacgttggagctgccagttctgctacaagttatgtggctatg 8988439  T
Q  142 atcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctt 179  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  8988440 atcggagcttcaatcgtactgtcaatgctcgctatctt 8988477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University