View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6864A_low_95 (Length: 349)

Name: NF6864A_low_95
Description: NF6864A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6864A_low_95
NF6864A_low_95
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-344)||(35938762-35939105)
chr7 (4-304)||(35981485-35981785)
chr7 (4-304)||(36002897-36003197)
chr7 (27-307)||(36221921-36222201)
chr7 (4-313)||(36217907-36218216)
chr7 (13-307)||(32727039-32727333)
chr7 (7-307)||(35957461-35957761)
chr7 (4-307)||(35976916-35977219)
chr7 (4-307)||(35998328-35998631)
chr7 (4-302)||(35946258-35946556)
chr7 (33-262)||(35951937-35952166)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (4-305)||(18125183-18125484)
chr1 (4-283)||(18117552-18117831)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (4-307)||(26328940-26329243)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 35939105 - 35938762
Alignment:
Q  1 acagtttatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939105 acagtttatctctgtttgtcaaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtca 35939006  T
Q  101 aggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaattta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35939005 aggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaataagtgggaatttgtaagagattctgagatatggaattta 35938906  T
Q  201 gaacaggtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatccca 300  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35938905 gaacagaagcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaatgccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatccca 35938806  T
Q  301 aagattacaccttccgcacttatagatgcagtattgctaaactt 344  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  35938805 aagattacaccttccgcgattatagatgcagtattgctaaactt 35938762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 4 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 35981785 - 35981485
Alignment:
Q  4 gtttatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 103  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| | || | ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  35981785 gtttatctctgtttgtcaaatgggcatttaaggaaggtgaagaaacaaaatatccaaatctagtggatatcggaaaagaaattgtgaaaaaatgtcgagg 35981686  T
Q  104 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaa 203  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||||||| ||||     
T  35981685 agttccactagctgtcaaaacattaggaagttccctgttttcaaagcttgatttaaataagtgggtatttgtaagggattctgagttatggaatctagag 35981586  T
Q  204 caggtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaag 303  Q
    |||  | || |||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  35981585 cagaagaaagatgatattttacctgccctgaagttaagttatgatcaaatgccatcctatttgaggcagtgttttgcttacttttccctctatcccaaag 35981486  T
Q  304 a 304  Q
    |    
T  35981485 a 35981485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 4 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 36003197 - 36002897
Alignment:
Q  4 gtttatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 103  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| | || | ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  36003197 gtttatctctgtttgtcaaatgggcatttaaggaaggtgaagaaacaaaatatccaaatctagtggatatcggaaaagaaattgtgaaaaaatgtcgagg 36003098  T
Q  104 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaa 203  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||||||| ||||     
T  36003097 agttccactagctgtcaaaacattaggaagttccctgttttcaaagcttgatttaaataagtgggtatttgtaagggattctgagttatggaatctagag 36002998  T
Q  204 caggtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaag 303  Q
    |||  | || |||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  36002997 cagaagaaagatgatattttacctgccctgaagttaagttatgatcaaatgccatcctatttgaggcagtgttttgcttacttttccctctatcccaaag 36002898  T
Q  304 a 304  Q
    |    
T  36002897 a 36002897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 27 - 307
Target Start/End: Original strand, 36221921 - 36222201
Alignment:
Q  27 gcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacat 126  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||    
T  36221921 gcatttaaagacggagaagaagaaaaatattcaaatctagtggagattggaaaagaaattgtgaaaaaatgtgctggagttccgctggctgtcaaaacat 36222020  T
Q  127 taggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacaggtgcaaaatgatattttacc 226  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||  |||||||   |||||| ||||| ||||||||   | ||  ||||||||||||    
T  36222021 taggaagttctctgttatcaaaatttgatttaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaacttagaacaaaagaaaggtgatattttacc 36222120  T
Q  227 tgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaagatta 307  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  36222121 tgcattaaaattaagctatgatgaaatgccatcctatttgaggcattgttttgcttatttttccttgtatcccaaagatta 36222201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 4 - 313
Target Start/End: Original strand, 36217907 - 36218216
Alignment:
Q  4 gtttatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 103  Q
    |||| |||||||||||  |||  ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||   ||    
T  36217907 gtttgtctctgtttgtgaaatgggcattcaaggatggagaagaagaaaaatatccaaatctagtggagattggaaaagaaattgtgaaaaaatgtgctgg 36218006  T
Q  104 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaa 203  Q
    |||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||  |||| |||||||   |||||||||||||||||||    
T  36218007 agttccgctggctgtgagaacggtaggaagttctctgttctcaaaatttgatttagataagtggttatttgtaagagaccatgagatatggaatttagaa 36218106  T
Q  204 caggtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaag 303  Q
    |||  | || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| || |||||||||| ||||||| | ||||||||||    
T  36218107 cagaagaaagatgatattttacctgctttaaaattaagctatgatcaaatgccatcatatctgagacaatgttttgcttgtttttccttgtatcccaaag 36218206  T
Q  304 attacacctt 313  Q
    | || |||||    
T  36218207 actatacctt 36218216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 13 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 32727333 - 32727039
Alignment:
Q  13 tgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccact 112  Q
    |||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||| ||| | ||||  || ||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  32727333 tgtttgtcaaatgggcatttaaggaaggtgaagtagttaaatatccagatctcgtgcatattggcaaagaaattgtgaaaaaatgtgcaggggttccact 32727234  T
Q  113 ggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacaggtgcaa 212  Q
      |||||| ||||||| |||||||  | || |||||||  |||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  32727233 ttctgtgagaacattacgaagttccttattctcaaaatatgatttaaataagtggatatttgtgagagattctgagatatggaatttagaacagaagaaa 32727134  T
Q  213 aatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaagatta 307  Q
     ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  32727133 gatgatattttacctgcattgaagttaagctatgatcaaatgccatcctatttgaggcaatgttttgctttcttttccctttatcccaaagatta 32727039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 7 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 35957761 - 35957461
Alignment:
Q  7 tatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagt 106  Q
    |||||||||||||| |||  ||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||  ||  |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||    
T  35957761 tatctctgtttgtcaaatgggcattcaaggaaggcgaagaaaaaaattatccaaatcaagtagagattggaaaagaaattgtgaaaaaatgccaaggggt 35957662  T
Q  107 tccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacag 206  Q
    |||||| || |||| ||| |||| ||||||||| || ||||| || ||| ||| ||||||||||||| | || || |||||||| ||||||||||||||     
T  35957661 tccactagccgtgagaactttagcaagttctctcttctcaaactttgatataagtaagtgggaatttgttagggactctgagatgtggaatttagaacaa 35957562  T
Q  207 gtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaagatt 306  Q
      |   ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35957561 aagattaatgatattttacctgcgctaaaattaagttatgatcaaatgccatcatatctgagacaatgttttgcttatttttccctttatcccaaagatt 35957462  T
Q  307 a 307  Q
    |    
T  35957461 a 35957461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 4 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 35977219 - 35976916
Alignment:
Q  4 gtttatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 103  Q
    ||||||||||||||||| |||  || || |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||  |||| | ||| |||||||| ||||| || |||||    
T  35977219 gtttatctctgtttgtcaaatgggcgttcaaggaaggcgaagaaaaaaaatatccaaatctagtagagatcggaaaagaaattgtaaaaaagtgccaagg 35977120  T
Q  104 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaa 203  Q
     ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| || ||| |||  |||||||||||  | || || |||||||| ||||||||||||    
T  35977119 ggttccgctagctgtgagaacattaggaagttctctcttctcaaactttgatataagcaagtgggaattcgttagggactctgagatgtggaatttagaa 35977020  T
Q  204 caggtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaag 303  Q
    ||   | || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| || ||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  35977019 caaaagaaagatggtattttacctgcgctaaaattaagctatgatcaaatgccatcatatatgagacaatgttttgtttatatttccctttatcccaaag 35976920  T
Q  304 atta 307  Q
    ||||    
T  35976919 atta 35976916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 4 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 35998631 - 35998328
Alignment:
Q  4 gtttatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 103  Q
    ||||||||||||||||| |||  || || |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||  |||| | ||| |||||||| ||||| || |||||    
T  35998631 gtttatctctgtttgtcaaatgggcgttcaaggaaggcgaagaaaaaaaatatccaaatctagtagagatcggaaaagaaattgtaaaaaagtgccaagg 35998532  T
Q  104 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaa 203  Q
     ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| || ||| |||  |||||||||||  | || || |||||||| ||||||||||||    
T  35998531 ggttccgctagctgtgagaacattaggaagttctctcttctcaaactttgatataagcaagtgggaattcgttagggactctgagatgtggaatttagaa 35998432  T
Q  204 caggtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaag 303  Q
    ||   | || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| || ||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  35998431 caaaagaaagatggtattttacctgcgctaaaattaagctatgatcaaatgccatcatatatgagacaatgttttgtttatatttccctttatcccaaag 35998332  T
Q  304 atta 307  Q
    ||||    
T  35998331 atta 35998328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 35946556 - 35946258
Alignment:
Q  4 gtttatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 103  Q
    |||| |||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||   ||| | ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  35946556 gtttgtctctgtttgtcaaatgggcattcaaggaaggtgaagaaaaaaagtatccaaatctagtagcgataggaaaagaaattgtgaaaaaatgccaagg 35946457  T
Q  104 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaa 203  Q
     |||||||| || |||| |||||||| ||||||||| || ||||| || ||| ||| ||||||||||||  | || || |||||||| ||||||||||||    
T  35946456 ggttccactagccgtgagaacattagcaagttctctcttctcaaactttgatataagtaagtgggaattcgttagggactctgagatgtggaatttagaa 35946357  T
Q  204 caggtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaa 302  Q
    ||   | || ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  | || || ||||||||||||||||| || | |||||||    
T  35946356 caaaagaaagatgatatcttacctgcgctaaaattaagttatgatcaaatgccatcatatctaagacaatgttttgcttatttttctctttttcccaaa 35946258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 33 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 35952166 - 35951937
Alignment:
Q  33 aaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaaggagttccactggctgtgaaaacattaggaa 132  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||||||| ||  |||||| ||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  35952166 aaggatggcgaagaaaaaaaatatccaaatctagtagagattggaaaagatactgtgaaaaaatgtcaaggggttccactggctgtgaaatcattgggaa 35952067  T
Q  133 gttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaacaggtgcaaaatgatattttacctgcact 232  Q
    |||| || || ||||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||  || ||||||||||||||   | || |||||||||||||||| ||    
T  35952066 gttccctcttctcaaacttcgatttaagtaagtgggaatttgtcagagactctgctatttggaatttagaacaacagaaagatgatattttacctgccct 35951967  T
Q  233 aaaattaagctatgatcaaataccatccta 262  Q
     ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  35951966 gaaattaagctatgatcaaatgtcatccta 35951937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 18125484 - 18125183
Alignment:
Q  4 gtttatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 103  Q
    |||||||||| |||||| |||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||| | ||| || |||||||||||||| |||||    
T  18125484 gtttatctctatttgtcaaatgggcattcaaggaaggcgaagaagaaaaatatccaaatctagtagagataggaaaagagattgtgaaaaaatgccaagg 18125385  T
Q  104 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaa 203  Q
     |||||||| ||||| | ||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||  |||  |||| |||||||||||||| | ||||||||| ||    
T  18125384 ggttccactagctgttagaacattaggaagttccctattctcaaaatttgatttaaatacatggatatttgtaagagattctgagctgtggaatttaaaa 18125285  T
Q  204 caggtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaag 303  Q
    |||    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  18125284 cagcaaaaagatgatattttacctgcactaaaattgagctatgaccaaatgccatcctatttaaggcaatgctttgcttatttctccctttatcctaaag 18125185  T
Q  304 at 305  Q
    ||    
T  18125184 at 18125183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 4 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 18117831 - 18117552
Alignment:
Q  4 gtttatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 103  Q
    |||||||| |||||||  |||  ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||  |||| | ||| ||||||||||| |||||    ||    
T  18117831 gtttatctttgtttgtgaaatgggcattcaaggaaggcgaagaagacaaatatccaaatctagttgagataggaaaagaaattgtgaagaaatgcgcggg 18117732  T
Q  104 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaa 203  Q
     |||||||| |  |||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||  |||||| |||||||| |||| |||||||    
T  18117731 ggttccactcgtcgtgagaacattaggaagctgtctgttttcaaaatttgatttaaataaatgggaacttgcaagagactctgagatgtggactttagaa 18117632  T
Q  204 caggtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgctta 283  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  18117631 caaaagcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgataaaatgccatcctatttaaggcactgctttgctta 18117552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 64; Significance: 6e-28; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 4 - 307
Target Start/End: Original strand, 26328940 - 26329243
Alignment:
Q  4 gtttatctctgtttgtctaatcagcatttaaggaaggtgaagaagaaaaatatccaaatcttgtgaagattgcaaaggaaattgtgaaaaaatgtcaagg 103  Q
    |||| ||||| |||||| |||  |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||   | |||||| ||| || || | ||||||||| | |||    
T  26328940 gtttgtctctctttgtcaaatgggcatttaaggaaggagaagaagtaaagtatccacatctatcggagattggaaaagatatagcgaaaaaatgccgagg 26329039  T
Q  104 agttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaattcgatttaaataagtgggaatttataagagattctgagatatggaatttagaa 203  Q
      ||||| | || |||||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||| |||||||| | ||  | || || ||  | ||||||||||||       
T  26329040 gattccattagcagtgaaaacgttaggaagttcactcttctcaaaatttgatttagataagtggaagttcgtcagggactcccaaatatggaatttaagg 26329139  T
Q  204 caggtgcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgatcaaataccatcctacttgaggcactgttttgcttatttttccctatatcccaaag 303  Q
    ||     || |||||||||||||||  || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  26329140 caaaacaaagatgatattttacctgtgcttaagttaagctatgatcaaatgccatcctatttgagacattgttttgcttatttttccctttttcccaaag 26329239  T
Q  304 atta 307  Q
    ||||    
T  26329240 atta 26329243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University