View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6865A_low_306 (Length: 223)

Name: NF6865A_low_306
Description: NF6865A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6865A_low_306
NF6865A_low_306
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (5-223)||(18040558-18040774)
chr5 (5-223)||(31297943-31298156)
chr5 (5-223)||(19393080-19393293)
chr5 (5-195)||(3212629-3212815)
chr5 (5-195)||(9700480-9700663)
chr5 (25-195)||(33929441-33929606)
chr5 (5-222)||(37462458-37462671)
chr5 (85-165)||(7864436-7864516)
chr5 (85-165)||(12702975-12703055)
chr5 (85-165)||(12763990-12764070)
chr5 (85-165)||(9810734-9810814)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (5-223)||(4490404-4490619)
chr7 (5-223)||(47172118-47172331)
chr7 (7-223)||(21894276-21894488)
chr7 (5-223)||(47575738-47575951)
chr7 (5-223)||(6913761-6913974)
chr7 (5-223)||(46197961-46198174)
chr7 (86-223)||(34129804-34129939)
chr7 (85-217)||(42828302-42828432)
chr7 (85-223)||(47165803-47165939)
chr7 (5-222)||(33231900-33232113)
chr7 (5-222)||(34284043-34284256)
chr7 (5-155)||(42995832-42995979)
chr7 (5-209)||(19035613-19035813)
chr7 (5-209)||(20718823-20719023)
chr7 (5-209)||(29489071-29489271)
chr7 (5-155)||(38435287-38435434)
chr7 (5-222)||(20763493-20763706)
chr7 (5-74)||(41056462-41056532)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (30-223)||(3053206-3053398)
chr6 (5-223)||(13459133-13459346)
chr6 (85-182)||(3053399-3053496)
chr6 (7-211)||(1362354-1362553)
chr6 (5-195)||(1931233-1931417)
chr6 (5-208)||(33976581-33976780)
chr6 (85-196)||(28229465-28229573)
chr6 (85-223)||(5753963-5754099)
chr6 (85-165)||(33318089-33318169)
chr6 (5-222)||(12581736-12581949)
chr6 (5-151)||(3090317-3090460)
chr6 (5-222)||(248004-248217)
chr6 (85-152)||(8614136-8614203)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (5-223)||(12170353-12170566)
chr3 (5-217)||(8239391-8239600)
chr3 (5-223)||(5254655-5254868)
chr3 (5-223)||(54795408-54795622)
chr3 (7-223)||(39798743-39798954)
chr3 (5-223)||(52464339-52464555)
chr3 (5-223)||(36169869-36170077)
chr3 (88-217)||(32754686-32754813)
chr3 (109-223)||(11381715-11381827)
chr3 (109-223)||(42616657-42616769)
chr3 (85-165)||(15316176-15316256)
chr3 (5-222)||(916791-917004)
chr3 (5-222)||(44074660-44074873)
chr3 (5-74)||(42616934-42617003)
chr3 (5-73)||(11381481-11381549)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (5-223)||(47722466-47722678)
chr4 (5-223)||(742706-742919)
chr4 (5-223)||(29345494-29345709)
chr4 (5-223)||(15518496-15518709)
chr4 (5-223)||(41985654-41985871)
chr4 (5-223)||(9096831-9097045)
chr4 (5-217)||(35831266-35831473)
chr4 (5-204)||(19588493-19588688)
chr4 (26-152)||(15651410-15651531)
chr4 (5-222)||(10261272-10261485)
chr4 (5-222)||(21562970-21563183)
chr4 (5-222)||(24079342-24079555)
chr4 (5-222)||(43330491-43330704)
chr4 (5-222)||(51450557-51450770)
chr4 (5-155)||(26871032-26871179)
chr4 (5-222)||(26926214-26926427)
chr4 (165-196)||(9096707-9096738)
[»] scaffold0051 (1 HSPs)
scaffold0051 (5-223)||(63078-63290)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (5-223)||(21728431-21728645)
chr1 (5-223)||(18109355-18109568)
chr1 (5-223)||(43256953-43257166)
chr1 (5-223)||(50397367-50397580)
chr1 (5-223)||(28568122-28568336)
chr1 (5-217)||(49223638-49223850)
chr1 (88-217)||(45003948-45004074)
chr1 (85-209)||(36680455-36680577)
chr1 (88-195)||(12246237-12246341)
chr1 (85-203)||(16032528-16032644)
chr1 (88-217)||(17670520-17670647)
chr1 (5-73)||(18092058-18092126)
chr1 (109-223)||(18092292-18092403)
chr1 (25-74)||(12246374-12246423)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (5-223)||(29431723-29431938)
chr8 (5-223)||(6302873-6303086)
chr8 (5-223)||(37027373-37027585)
chr8 (5-223)||(42063063-42063276)
chr8 (5-223)||(44937947-44938160)
chr8 (5-223)||(23968789-23969002)
chr8 (5-195)||(39202015-39202200)
chr8 (26-152)||(2961933-2962054)
chr8 (5-195)||(23620284-23620465)
chr8 (88-195)||(22947188-22947292)
chr8 (5-217)||(41905239-41905438)
chr8 (5-222)||(20664866-20665079)
chr8 (5-155)||(12250915-12251062)
chr8 (5-155)||(39444145-39444292)
chr8 (5-222)||(30550232-30550445)
chr8 (5-222)||(44214982-44215195)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (5-223)||(14750832-14751046)
chr2 (5-223)||(6345126-6345339)
chr2 (5-223)||(14325610-14325823)
chr2 (7-223)||(15085001-15085213)
chr2 (5-223)||(1995338-1995551)
chr2 (85-223)||(28500024-28500159)
chr2 (25-195)||(35286751-35286915)
chr2 (88-217)||(28380889-28381016)
chr2 (88-217)||(45398020-45398147)
chr2 (5-222)||(3709038-3709251)
chr2 (5-222)||(11868165-11868378)
chr2 (5-222)||(35359558-35359771)
chr2 (6-56)||(28499964-28500014)
[»] scaffold0283 (1 HSPs)
scaffold0283 (5-223)||(9287-9500)
[»] scaffold0010 (2 HSPs)
scaffold0010 (5-209)||(50709-50906)
scaffold0010 (5-209)||(58242-58439)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (8-214)||(155959-156161)
[»] scaffold0038 (1 HSPs)
scaffold0038 (85-196)||(29963-30071)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (88-217)||(99894-100021)
[»] scaffold0095 (1 HSPs)
scaffold0095 (5-155)||(714-861)
[»] scaffold0088 (1 HSPs)
scaffold0088 (5-155)||(54833-54980)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 144; Significance: 7e-76; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 18040774 - 18040558
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||          |||||||||||| |||||||    
T  18040774 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtagttg--aaaaaaatttgatgcatgtgagttattt 18040677  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    || |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18040676 taatttttgtgagtaatcctaaagttgtaacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccatacgaaagttgattgtgtaaattt 18040577  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  18040576 gttttggtcatattattga 18040558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 31298156 - 31297943
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  31298156 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 31298059  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  31298058 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 31297962  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  31297961 gttttggtcatatcattga 31297943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 19393080 - 19393293
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||          |||||| ||||| |||||||    
T  19393080 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttaacttctggtactgtagttg--aaaaaaaattgatgtatgtgagttattt 19393177  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    ||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  19393178 tagtttttgcgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 19393274  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  19393275 gttttggtcatatcattga 19393293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 5 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 3212815 - 3212629
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||  |||| || |||||||||          ||||||||||||||||||||    
T  3212815 tgatgattgaattttagatcatggtaagattttgacacaattgttattttaccttctagtactgtagttg--aaaataaattgatgcatgtgggttattt 3212718  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattg 195  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3212717 tagtttttgttagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttggtttatttttttc--ctatatcattgagccatacgaaagttgattg 3212629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 5 - 195
Target Start/End: Original strand, 9700480 - 9700663
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||          |||||||||||| |||||||    
T  9700480 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctcgtactgtagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 9700576  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattg 195  Q
    ||| |||| |||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||     |||||||||||||||||| ||||||    
T  9700577 taggttttttgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatatttggtttattctttcctat----acattgagccgtacgaaagctgattg 9700663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 195
Target Start/End: Original strand, 33929441 - 33929606
Alignment:
Q  25 atggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattct 124  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||          || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33929441 atggtaaggttttgacacaattgttattttaggttctggtagtgtagttg--attttttttttatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcct 33929538  T
Q  125 aaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattg 195  Q
    |||| | ||||| |||| |||||||||||||| ||| |   |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33929539 aaagttgtaacagtttttatatttggtttattatttcc---tatatcattgagtcgtacgaaagttgattg 33929606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Original strand, 37462458 - 37462671
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  37462458 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagtttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 37462554  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  37462555 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 37462651  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  37462652 ttgttttgatcatatcattg 37462671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 85 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 7864516 - 7864436
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctat 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  7864516 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttggttaattttttcctat 7864436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 85 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 12703055 - 12702975
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctat 165  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  12703055 ttgatgtatgtggtttattttagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacaattttcatatttggttaattttttcctat 12702975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 85 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 12764070 - 12763990
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctat 165  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  12764070 ttgatgcatgtggtttattttagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttggttaattttttcctat 12763990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 9810814 - 9810734
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctat 165  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  9810814 ttgatgtatgtggtttattttagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttggttaattttttcctat 9810734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 4490619 - 4490404
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||          ||||||||||||||||||||    
T  4490619 tgatgattgaattttagctcatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgaagttg-aaaaaaaaattgatgcatgtgggttattt 4490521  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4490520 tagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacgaaagttgattggtgtaaatt 4490424  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  4490423 tgtttttgtcatatcattga 4490404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 47172118 - 47172331
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||          |||||||||||| |||||||    
T  47172118 tgatgattgaattttagctcatggtaaggttttgacacaatttttattttagcttctggtactgtagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 47172214  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |   |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  47172215 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacaattttcatatttggtttattttttcc---tatatcattgagccgtacaaaagttgattggtgtaaatt 47172311  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  47172312 tgttttggtcatatcattga 47172331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Original strand, 21894276 - 21894488
Alignment:
Q  7 atgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttatttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||          ||||||||||||||| ||||||    
T  21894276 atgattgaattttagctcatggtaaggttttcacacaattgttattttagattctgatactgtagttg--aaaaaaaattgatgcatgtgggtaatttta 21894373  T
Q  107 gtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatttg 205  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  21894374 gtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttaatatttggtttattctgtcc---tatatcattgagccgtacgaaagttgattggtgtaaattta 21894470  T
Q  206 tttttgtcatattattga 223  Q
    |||||||||||| |||||    
T  21894471 tttttgtcatatcattga 21894488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 47575951 - 47575738
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  47575951 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 47575854  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  47575853 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 47575757  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  47575756 gttttggtcatatcattga 47575738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 6913974 - 6913761
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  6913974 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttaacttctggtactgtcgttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 6913877  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  6913876 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtcaaattt 6913780  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  6913779 gttttggtcatatcattga 6913761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 46197961 - 46198174
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||          ||||||||| ||| ||||||    
T  46197961 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctggtactatagttg---aaaaaaattgatgcatctggattattt 46198057  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  46198058 tagcttttgtgagtattcctaaagctgtaagagttttcataattggtttattctttt---ttatatcattgagccgtatgaaagttgattggtgtaaatt 46198154  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  46198155 tgttttggtcatatcattga 46198174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 86 - 223
Target Start/End: Original strand, 34129804 - 34129939
Alignment:
Q  86 tgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacga 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||| |   |||||||||||||| |||||    
T  34129804 tgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagctgaaacagttttcatatttggttaattttttcc---tatatcattgagccatacga 34129900  T
Q  186 aagttgatt-gtgtaaatttgtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  34129901 aagttgattggtgaaaatttgttttggtcatatcattga 34129939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 85 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 42828432 - 42828302
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacg 184  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||    
T  42828432 ttgatgcatgtgggttatattagtttttgtgagcaatcctaaagttgtaacagtttttatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacg 42828336  T
Q  185 aaagttgatt-gtgtaaatttgtttttgtcatat 217  Q
    |||||||||| |||||||||  |||| |||||||    
T  42828335 aaagttgattggtgtaaattatttttggtcatat 42828302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 85 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 47165939 - 47165803
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacg 184  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||| ||| ||| |   |||||||||||| | ||||    
T  47165939 ttgatgcatgtggattattttagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatatttggttaattttttcc---tatatcattgagtcatacg 47165843  T
Q  185 aaagttgatt-gtgtaaatttgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||| |||| || |||||    
T  47165842 aaagttgattggtaaaaatttgttttggtcacatcattga 47165803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 33232113 - 33231900
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  33232113 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 33232017  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  33232016 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 33231920  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  33231919 ttgttttgatcatatcattg 33231900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 34284256 - 34284043
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  34284256 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 34284160  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  34284159 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 34284063  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  34284062 ttgttttgatcatatcattg 34284043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 155
Target Start/End: Original strand, 42995832 - 42995979
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||          |||||||||||| |||||||    
T  42995832 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctcgtactatagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 42995928  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttat 155  Q
    ||| |||| ||||||||  ||||| | ||||| |||||||||||| |||||    
T  42995929 taggttttctgagtaatcataaagttgtaacagttttcatatttgatttat 42995979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 19035813 - 19035613
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  19035813 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 19035717  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  ||||||||||||| || |  |||||||||| ||||||||    
T  19035716 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagctgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 19035620  T
Q  203 ttgtttt 209  Q
    |||||||    
T  19035619 ttgtttt 19035613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 209
Target Start/End: Original strand, 20718823 - 20719023
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  20718823 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 20718919  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  ||||||||||||| || |  |||||||||| ||||||||    
T  20718920 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagctgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 20719016  T
Q  203 ttgtttt 209  Q
    |||||||    
T  20719017 ttgtttt 20719023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 209
Target Start/End: Original strand, 29489071 - 29489271
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  29489071 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 29489167  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||| | |  |||||||||| ||||||||    
T  29489168 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccctgcaaaaagttgattggtgtaaat 29489264  T
Q  203 ttgtttt 209  Q
    |||||||    
T  29489265 ttgtttt 29489271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 5 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 38435434 - 38435287
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||| |||| || || ||||||          |||||||||||| |||||||    
T  38435434 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacagttgttattttagcttctcgtactatagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 38435338  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttat 155  Q
    ||| |||| ||||||||  ||||| | ||||| |||||||||||| |||||    
T  38435337 taggttttctgagtaatcataaagttgtaacagttttcatatttgatttat 38435287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Original strand, 20763493 - 20763706
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  20763493 tgatgactgaattttaactgatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 20763589  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  ||||||||||| |||| |  |||||||||| ||||||||    
T  20763590 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgaaccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 20763686  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  20763687 ttgttttgatcatatcattg 20763706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 5 - 74
Target Start/End: Original strand, 41056462 - 41056532
Alignment:
Q  5 tgatgattgaatttt-agctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttg 74  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||  ||||||| || ||||||    
T  41056462 tgatgattgaatttttagctcatggtaaggtttttacacaattgttattttaacttctggtactatagttg 41056532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 112; Significance: 9e-57; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 30 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 3053398 - 3053206
Alignment:
Q  30 aatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagc 129  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  3053398 aatgttttgacacaattgttattttagcttatggtgctgtagttg--aaaaaaatttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaaac 3053301  T
Q  130 tataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatttgtttttgtcatattattga 223  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3053300 tgtaacagttttcatatttggtttattctttcctattatatcattgagccgtacgaaagttgattggtgtaaatttgttttggtcatattattga 3053206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 13459346 - 13459133
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  13459346 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 13459249  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  13459248 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 13459152  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  13459151 gttttggtcatatcattga 13459133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 85 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 3053496 - 3053399
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgta 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3053496 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttggtttattctttcctattatatcattgagccgta 3053399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 7 - 211
Target Start/End: Original strand, 1362354 - 1362553
Alignment:
Q  7 atgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttatttta 106  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||           |||||||||||||| ||||||    
T  1362354 atgattgacttttagctcatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctgatactgtagttgaaaaaaac---tgatgcatgtgggtaatttta 1362450  T
Q  107 gtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatttg 205  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||   |||| |  ||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  1362451 gtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttaatatttggttta---ttttgtcctatatcattaagccgtacaaaagttgattggtgtaaatttg 1362547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 5 - 195
Target Start/End: Original strand, 1931233 - 1931417
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||          |||||||||| |||||||||    
T  1931233 tgatgattgaattttagcttgtggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtagttg---aaaaaaattgatgcatgcgggttattt 1931329  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattg 195  Q
    || |||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||| |||||| ||| |   ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1931330 tattttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatatttgatttattatttcc---tatatcattgagcagtacgaaagttgattg 1931417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 5 - 208
Target Start/End: Original strand, 33976581 - 33976780
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||          ||||||||| || ||||| |    
T  33976581 tgatgactgaattttaactcatgataaagttttgacacaattgttattttagcttctggtacagtagttg---aaaataattgatgcatttgagttatat 33976677  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacg-aaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |   |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  33976678 tagtttttgtgaataatcctaaagctgtaacagttttcatatttggtttattctttcc---tatatcatcgagccgtacgaaaagttgattggtgtaaat 33976774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 85 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 28229573 - 28229465
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacg 184  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||    
T  28229573 ttgacgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacattttttatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacg 28229477  T
Q  185 aaagttgattgt 196  Q
    ||||||||||||    
T  28229476 aaagttgattgt 28229465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 85 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 5754099 - 5753963
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacg 184  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| ||| ||| ||| |   |||||||||||| | ||||    
T  5754099 ttgatgcatgttggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatatttagttaattttttcc---tatatcattgagtcatacg 5754003  T
Q  185 aaagttgatt-gtgtaaatttgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  5754002 aaagttgattggtgaaaatttgttttggtcatatcattga 5753963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 85 - 165
Target Start/End: Original strand, 33318089 - 33318169
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctat 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33318089 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttggttaatttttttctat 33318169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 12581949 - 12581736
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  12581949 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 12581853  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   || |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  12581852 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tagtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 12581756  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  12581755 ttgttttgatcatatcattg 12581736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 3090460 - 3090317
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||| || |||| || ||||||          ||||||||||||||||||||    
T  3090460 tgatgattgaattttagctcatg-taaggttttgatacaattgttattttagattttggtactatagttg--aaaacaaattgatgcatgtgggttattt 3090364  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggt 151  Q
    |||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||| |||||    
T  3090363 tagtttttgtgagtaatcataaaactgtaacaattttcatacttggt 3090317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Original strand, 248004 - 248217
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  248004 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 248100  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  248101 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 248197  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  248198 ttgttttgatcatatcattg 248217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 85 - 152
Target Start/End: Original strand, 8614136 - 8614203
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtt 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  8614136 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatatttggtt 8614203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 111; Significance: 3e-56; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 12170566 - 12170353
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||          ||||||||||||||||||||    
T  12170566 tgatgattgaattttagctcgtggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtaattg---aaaaaaattgatgcatgtgggttattt 12170470  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12170469 taatttttgtgagtaatgctaaagctgtaacagttttcatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacgaaagttgattggtgtaaatt 12170373  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  12170372 tgttttggtcatatcattga 12170353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 217
Target Start/End: Original strand, 8239391 - 8239600
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||          |||||||||||| |||||||    
T  8239391 tgatgattgaattttagctcatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtagttg-aatttttttttgatgcatgtgagttattt 8239489  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  8239490 tagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagtttttatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtaggaaagttgattggtataaatt 8239586  T
Q  204 tgtttttgtcatat 217  Q
    |||||| |||||||    
T  8239587 tgttttggtcatat 8239600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 5254868 - 5254655
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  5254868 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 5254771  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  5254770 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 5254674  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  5254673 gttttggtcatatcattga 5254655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 54795622 - 54795408
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||          |||||  ||||| |||||||    
T  54795622 tgatgattgatttttatctcatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtattgtagttg--aaaaaaaattgatatatgtgagttattt 54795525  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  54795524 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtatgaaagttgattggtgtaaatt 54795428  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||| |||| || |||||    
T  54795427 tgttttggtcacatcattga 54795408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 39798954 - 39798743
Alignment:
Q  7 atgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttatttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| || | ||||          |||||| |||||||||||||||    
T  39798954 atgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactatggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttatttta 39798857  T
Q  107 gtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaatttgt 206  Q
    ||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||||    
T  39798856 gtttttgtgggtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaatttgt 39798760  T
Q  207 ttttgtcatattattga 223  Q
    ||| ||||||| |||||    
T  39798759 tttggtcatatcattga 39798743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 52464555 - 52464339
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgtt---attttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggtta 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||   ||||||| || |||| ||| |||||          ||||||||| |||||||    
T  52464555 tgatgattgaattttagttcatggtaaggttttgacacaattgttgttattttagcttatggtactgcagttg---aaaaaaattgatgcatatgggtta 52464459  T
Q  102 ttttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaa 200  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52464458 ttttactttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacgaaagttgattggtgtaa 52464362  T
Q  201 atttgtttttgtcatattattga 223  Q
    ||| ||||| ||||||| |||||    
T  52464361 attagttttggtcatatcattga 52464339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 36170077 - 36169869
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||     |||||          ||||||||| ||||||||||    
T  36170077 tgatgattgaattttagctcctgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggt-----agttg---aaaaaaattgatgcatttgggttattt 36169986  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |   ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36169985 tattttttgtgagtaatcctaaagctataatagttttcatattttgtttattctttcc---tatatcatttagccgtacgaaagttgattggtgtaaatt 36169889  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    | |||| ||||||| |||||    
T  36169888 tattttggtcatatcattga 36169869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 88 - 217
Target Start/End: Original strand, 32754686 - 32754813
Alignment:
Q  88 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaa 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||| ||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||||||||    
T  32754686 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagtttttatatttgttttattctttcc---tatatcattgagccgtacgaaa 32754782  T
Q  188 gttgatt-gtgtaaatttgtttttgtcatat 217  Q
    ||||||| ||||||| || |||| |||||||    
T  32754783 gttgattggtgtaaaatttttttggtcatat 32754813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 109 - 223
Target Start/End: Original strand, 11381715 - 11381827
Alignment:
Q  109 ttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttga-ttgtgtaaatttgtt 207  Q
    ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  11381715 ttttgtgagtattcctaaagctgtaacaattttcatatttggtttattctt---tcttatatcattgagccgtacgaaagttgatttgtgtaaatttatt 11381811  T
Q  208 tttgtcatattattga 223  Q
    || ||||||| |||||    
T  11381812 ttggtcatatcattga 11381827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 109 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 42616769 - 42616657
Alignment:
Q  109 ttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatttgtt 207  Q
    |||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42616769 ttttgtgagtaatcttaaaggtgtaacaattttcatatttggtttattctt---tcttatatcattaagccgtacgaaagttgattggtgtaaatttgtt 42616673  T
Q  208 tttgtcatattattga 223  Q
    ||  |||||| |||||    
T  42616672 ttgctcatatcattga 42616657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 85 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 15316256 - 15316176
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctat 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  15316256 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttggttaattttttcctat 15316176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Original strand, 916791 - 917004
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| | ||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  916791 tgatgactcaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 916887  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  916888 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 916984  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  916985 ttgttttgatcatatcattg 917004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 44074873 - 44074660
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  44074873 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttttggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 44074777  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  44074776 tagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 44074680  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  44074679 ttgttttgatcatatcattg 44074660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 5 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 42617003 - 42616934
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttg 74  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  42617003 tgatgattgaattttagttcatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctggtactatagttg 42616934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 73
Target Start/End: Original strand, 11381481 - 11381549
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagtt 73  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||| ||||| ||||| ||||||| || |||||    
T  11381481 tgatgattgaattttaactcatggtaaggtttttacgcaattgttactttagcttctggtactatagtt 11381549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 8e-54; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 47722678 - 47722466
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||          ||||||||||||||||||||    
T  47722678 tgatgattgaattttagctcattgtaaggttttgacacaattgttattttagtttctggtactgtagttg----aaaaaattgatgcatgtgggttattt 47722583  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    || |||||||||| ||| |||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47722582 tattttttgtgagcaatcctaaagttgtaacagttttcgtatttggtttattctt---tcttatatcattgagccgtacgaaagttgattggtgtaaatt 47722486  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  47722485 tgttttggtcatatcattga 47722466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 742919 - 742706
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  742919 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaatttgatgtatgtgggttattt 742822  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  742821 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 742725  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  742724 gttttggtcatatcattga 742706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 29345709 - 29345494
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| ||||| | || ||||||          ||||||||||||||||||||    
T  29345709 tgatgattgaattttagctcatggtaagattctgacacaattgttattttagcttctgatactatagttg-aaaaaaaaattgatgcatgtgggttattt 29345611  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  29345610 tagcttttgtgagtattcctaaagctgtaagagttttcataattggtttattctttt---ttatatcattgagccgtatgaaagttgattggtgtaaatt 29345514  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  29345513 tgttttggtcatattattga 29345494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 15518496 - 15518709
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  15518496 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttaacttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 15518593  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  15518594 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 15518690  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  15518691 gttttggtcatatcattga 15518709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41985871 - 41985654
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgtt---attttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggtta 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||   ||||||| ||||||| |||||||||          |  ||||||||||||||    
T  41985871 tgatgattgaattttagttcatggtaaggttttgacacaattgttgttattttagcttctggtactgtagttgaaaaaaaaact--atgcatgtgggtta 41985774  T
Q  102 ttttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaa 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41985773 ttttagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagtttccatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacgaaagttgattggtgtaa 41985677  T
Q  201 atttgtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||||||| || |||| |||||    
T  41985676 atttgttttggtgatatcattga 41985654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 9097045 - 9096831
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||| |||          ||||||||||| ||||||||    
T  9097045 tgatgattgaattttagctcatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctagtactgtaattg--aaaaaaaattgatgcatgttggttattt 9096948  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| || ||  || |||||||| |||||||||| |   || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  9096947 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtatcagattgcatatttgatttattctttcc---taaatcattgagccttacgaaagttgattggtgtaaatt 9096851  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  9096850 tgtttttgtcatatcattga 9096831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 5 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 35831473 - 35831266
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||          ||||||||||||||||||||    
T  35831473 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacaattgttattttagtttctggtactatagttg---aaaaaaattgatgcatgtgggttattt 35831377  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||| ||| | |||||||| |||||||||| ||   | ||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  35831376 tagcttttgtgagtattcctaaagctgtaagagttttcataattggtttattatt---tcttatatttttgagccgtatgaaagttgattggtgtaaatt 35831280  T
Q  204 tgtttttgtcatat 217  Q
    | |||| |||||||    
T  35831279 tattttggtcatat 35831266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 5 - 204
Target Start/End: Original strand, 19588493 - 19588688
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||| | |||||||          ||||||||| || ||||| |    
T  19588493 tgatgactgaattttaactcatggtaaagttttgacacaattattattttagcttctggtacagtagttg---aaaataattgatgcatttgagttatat 19588589  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacg-aaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    |||||||||||| |||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |   |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  19588590 tagtttttgtgaataatcctaaagttgtaacagttttcatatttggtttattctttcc---tatatcatcgagccgtacgaaaagttgattggtgtaaat 19588686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 15651531 - 15651410
Alignment:
Q  26 tggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattcta 125  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15651531 tggtaatgttttgacacaattgttattttaccttctggtactgtagttg-----aaaaattgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatccta 15651437  T
Q  126 aagctataacaattttcatatttggtt 152  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||    
T  15651436 aagttgtaacaattttcatatttggtt 15651410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10261485 - 10261272
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  10261485 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 10261389  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  10261388 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 10261292  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  10261291 ttgttttgatcatatcattg 10261272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Original strand, 21562970 - 21563183
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  21562970 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 21563066  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  21563067 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 21563163  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  21563164 ttgttttgatcatatcattg 21563183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24079555 - 24079342
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  24079555 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 24079459  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  24079458 tagtttttgtgagtaattctaaagttgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 24079362  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  24079361 ttgttttgatcatatcattg 24079342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Original strand, 43330491 - 43330704
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  43330491 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 43330587  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  43330588 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 43330684  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  43330685 ttgttttgatcatatcattg 43330704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Original strand, 51450557 - 51450770
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  51450557 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 51450653  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  51450654 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 51450750  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  51450751 ttgttttgatcatatcattg 51450770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 26871179 - 26871032
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||          |||||||||||| |||||||    
T  26871179 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctcgtactatagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 26871083  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttat 155  Q
    ||| |||| ||||||||  ||||| | ||||| |||||||||||| |||||    
T  26871082 taggttttctgagtaatcataaagttgtaacagttttcatatttgatttat 26871032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 26926427 - 26926214
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  26926427 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 26926331  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  26926330 tagtttttgtgagtaatcccaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 26926234  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  26926233 ttgttttgatcatatcattg 26926214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 165 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 9096738 - 9096707
Alignment:
Q  165 ttatatcattgagccgtacgaaagttgattgt 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9096738 ttatatcattgagccgtacgaaagttgattgt 9096707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0051
Description:

Target: scaffold0051; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 63078 - 63290
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||||  |||| || |||||||||          ||||||||||||||||||||    
T  63078 tgatgattgaattttagctcgtggtaagattttgacacaattgttattttatcttctagtactgtagttg----aaaaaattgatgcatgtgggttattt 63173  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  63174 tattttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacgaaagttgattggtgtaaatt 63270  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  63271 tgttttggtcatatcattga 63290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 21728431 - 21728645
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgtttt-gacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttatt 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||          ||||||||||||| |||||    
T  21728431 tgatgattgaattttagctcatggtaaggtttttgacacaattgttattttagattctggtactgtagttg---aaaaaaattgatgcatgtggcttatt 21728527  T
Q  104 ttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |   | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  21728528 ttagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatatttggtttattctttcc---tgtatcattgagccgtacaaaagttgattggtgtaaat 21728624  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||||| ||||||| |||||    
T  21728625 ttgttttagtcatatcattga 21728645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 18109355 - 18109568
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  18109355 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 18109452  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  18109453 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 18109549  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  18109550 gttttggtcatatcattga 18109568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 43257166 - 43256953
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  43257166 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 43257069  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  43257068 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 43256972  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  43256971 gttttggtcatatcattga 43256953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 50397580 - 50397367
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  50397580 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 50397483  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  50397482 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 50397386  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  50397385 gttttggtcatatcattga 50397367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 28568336 - 28568122
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||          ||||||||||||||||||||    
T  28568336 tgatgattgatttttatctcatggtaaggttttgacacaattgttattttaacttctggtactgtagttg--aaaaaaaattgatgcatgtgggttattt 28568239  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  28568238 tagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtatgaaagttgattggtgtaaatt 28568142  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    | |||| |||| || |||||    
T  28568141 tcttttggtcacatcattga 28568122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 5 - 217
Target Start/End: Original strand, 49223638 - 49223850
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggtt---a 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||          || |||||||||||||   |    
T  49223638 tgatgattgaattttagctcatggtaaggttttgacgcaattgttattttagcttctggtactgtagttgattttttttttt-atgcatgtgggttttta 49223736  T
Q  102 ttttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaa 200  Q
    ||||  |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  49223737 tttttatttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttgatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgaacgaaagttgattggtgtaa 49223833  T
Q  201 atttgtttttgtcatat 217  Q
    ||||||||| |||||||    
T  49223834 atttgttttggtcatat 49223850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 88 - 217
Target Start/End: Original strand, 45003948 - 45004074
Alignment:
Q  88 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaa 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||    
T  45003948 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaatgttgtaacaatttttatatttggtttattcttt----ctatatcattgagccgtacgaaa 45004043  T
Q  188 gttgatt-gtgtaaatttgtttttgtcatat 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  45004044 gttgattggtgtaaatttgttttggtcatat 45004074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 85 - 209
Target Start/End: Original strand, 36680455 - 36680577
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacg 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||| |||||    
T  36680455 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaatgttgtaacaatttttatatttggtttattctttcc---tatatcattgagctgtacg 36680551  T
Q  185 aaagttgatt-gtgtaaatttgtttt 209  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  36680552 aaagttgattggtgtaaatttgtttt 36680577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 88 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 12246341 - 12246237
Alignment:
Q  88 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaa 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||    
T  12246341 atgcatgtgggttattttagtttttgttagtaatcctaaagttgtaacagtttttatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacgaaa 12246245  T
Q  188 gttgattg 195  Q
    ||||||||    
T  12246244 gttgattg 12246237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 85 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 16032644 - 16032528
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacg 184  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||| |||||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||||    
T  16032644 ttgatgcacgtgagttattttagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagtttttatattttgtttattctttcc---tatatcattgagccgtacg 16032548  T
Q  185 aaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  16032547 aaagttgattggtgtaaatt 16032528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 88 - 217
Target Start/End: Original strand, 17670520 - 17670647
Alignment:
Q  88 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaa 187  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||  |||| ||||    
T  17670520 atgcatgtgggctattttactttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagtttttatatttggtttattctttcc---tatatcattgaagcgtaagaaa 17670616  T
Q  188 gttgatt-gtgtaaatttgtttttgtcatat 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  17670617 gttgattggtgtaaatttgttttggtcatat 17670647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 73
Target Start/End: Original strand, 18092058 - 18092126
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagtt 73  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||    
T  18092058 tgatgattgaattttagctcatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactatagtt 18092126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 109 - 223
Target Start/End: Original strand, 18092292 - 18092403
Alignment:
Q  109 ttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatttgtt 207  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||    
T  18092292 ttttgtgagtattcctaaagctgtaacaatttttatatttggtttattctt---tcttataacattgagccg-acgaaagttgattggtgtaaatttttt 18092387  T
Q  208 tttgtcatattattga 223  Q
    |  ||||||| |||||    
T  18092388 tgggtcatatcattga 18092403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 12246423 - 12246374
Alignment:
Q  25 atggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttg 74  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  12246423 atggtaaggttttgacacaattgttattttaggttctggtagtgtagttg 12246374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 29431723 - 29431938
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||| |||          ||||||||||||||||||||    
T  29431723 tgatgattgaattttagttcatggtaaggttttgacacaatttttattttagcttctggtactgtatttg-aaaaaaaaattgatgcatgtgggttattt 29431821  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||    
T  29431822 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttgatttattcttttc---tatatcattgagccgtacaaaattcgattggtgtaaatt 29431918  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  29431919 tgttttggtcatatcattga 29431938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 6303086 - 6302873
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  6303086 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 6302989  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  6302988 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 6302892  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  6302891 gttttggtcatatcattga 6302873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 37027373 - 37027585
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  37027373 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg---aaaaaaattgatgtatgtgggttattt 37027469  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  37027470 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 37027566  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  37027567 gttttggtcatatcattga 37027585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 42063276 - 42063063
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  42063276 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaatttgatgtatgtgggttattt 42063179  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  42063178 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 42063082  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  42063081 gttttggtcatatcattga 42063063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 44937947 - 44938160
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  44937947 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 44938044  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  44938045 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 44938141  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  44938142 gttttggtcatatcattga 44938160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 23969002 - 23968789
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  23969002 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttaacttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 23968905  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  23968904 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 23968808  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  23968807 gttttggtcatatcattga 23968789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 195
Target Start/End: Original strand, 39202015 - 39202200
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||          |||||||||||| |||||||    
T  39202015 tgatgattgaattttagatcatggtaaggttttgacacaattgttattttaccttctggtactgtagttg--aaaataaattgatgcatgtgagttattt 39202112  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattg 195  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |   |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39202113 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatatttggtttattttttcc---tatatcattgagccatacgaaagttgattg 39202200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 2962054 - 2961933
Alignment:
Q  26 tggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattcta 125  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2962054 tggtaatgttttgacacaattgttattttaccttctggtactgtagttg-----aaaaattgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatccta 2961960  T
Q  126 aagctataacaattttcatatttggtt 152  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||    
T  2961959 aagttgtaacaattttcatatttggtt 2961933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 5 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 23620465 - 23620284
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||          |||||||||||| |||||||    
T  23620465 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctcgtactgtagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 23620369  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattg 195  Q
    ||| |||| |||||||| |||||| | ||||| |||||  |||||||||||||||| ||||     |||||||||||||||||| ||||||    
T  23620368 taggttttatgagtaatcctaaagttgtaacagttttc--atttggtttattctttcctat----acattgagccgtacgaaagctgattg 23620284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 88 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 22947292 - 22947188
Alignment:
Q  88 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaa 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |   |||||| |||||| ||||||||    
T  22947292 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcataaagttgtaacaatttttatatttggtttattctttcc---tatatcgttgagctgtacgaaa 22947196  T
Q  188 gttgattg 195  Q
    ||||||||    
T  22947195 gttgattg 22947188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 217
Target Start/End: Original strand, 41905239 - 41905438
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||   |          ||||| ||  ||  ||||||    
T  41905239 tgatgattgaattttagctcatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtaacag--------ttttgatacaattg--ttattt 41905328  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
     ||||||||||| |||| |||||| |  ||||||||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  41905329 -agtttttgtgaataatcctaaagttgcaacaattttgatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacggaagttgattggtgtaaatt 41905424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 20665079 - 20664866
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  20665079 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 20664983  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  20664982 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 20664886  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  20664885 ttgttttgatcatatcattg 20664866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 12251062 - 12250915
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||          |||||||||||| |||||||    
T  12251062 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctcgtactatagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 12250966  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttat 155  Q
    ||| |||| ||||||||  ||||| | ||||| |||||||||||| |||||    
T  12250965 taggttttctgagtaatcataaagttgtaacagttttcatatttgatttat 12250915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 155
Target Start/End: Original strand, 39444145 - 39444292
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||          |||||||||||| |||||||    
T  39444145 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctcgtactatagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 39444241  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttat 155  Q
    ||| |||| ||||||||  ||||| | ||||| |||||||||||| |||||    
T  39444242 taggttttctgagtaatcataaagttgtaacagttttcatatttgatttat 39444292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 30550445 - 30550232
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  30550445 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 30550349  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  30550348 tagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 30550252  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  30550251 ttgttttgatcatatcattg 30550232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 44215195 - 44214982
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  44215195 tgatgactgaattttaactgatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 44215099  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  ||||||||||| |||| |  |||||||||| ||||||||    
T  44215098 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgaaccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 44215002  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  44215001 ttgttttgatcatatcattg 44214982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 14750832 - 14751046
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||          ||| ||||||  ||||||||    
T  14750832 tgatgattgaattttagctcatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggttctgtagttg--aaaaaaaattggtgcatgcaggttattt 14750929  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    || |||||||||||||| |||||| |  || | ||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14750930 tattttttgtgagtaatcctaaagttgcaagagttttcatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacgaaagttgattggtgtaaatt 14751026  T
Q  204 tgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  14751027 tgttttggtcatatcattga 14751046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 6345339 - 6345126
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  6345339 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 6345242  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  6345241 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 6345145  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  6345144 gttttggtcatatcattga 6345126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 14325823 - 14325610
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  14325823 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 14325726  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  14325725 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 14325629  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  14325628 gttttggtcatatcattga 14325610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15085213 - 15085001
Alignment:
Q  7 atgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttatttta 106  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| || || | |||||||||          ||||| ||||||||| ||||||    
T  15085213 atgattgaattttagttcatggtaaggttttcacacaattgttattttagattttgatactgtagttg--aaaaaaaattgatacatgtgggtaatttta 15085116  T
Q  107 gtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatttg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  15085115 gtttttgtgagtaattctaaagctgtaacagttttaatatttggtttattctgtcc---tatatcattgagccgtacgaaagttgattggtgtaaattta 15085019  T
Q  206 tttttgtcatattattga 223  Q
    |||||||||||| |||||    
T  15085018 tttttgtcatatcattga 15085001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1995551 - 1995338
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  1995551 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttaacttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 1995454  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |  ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  1995453 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctt---tcgtatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 1995357  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  1995356 gttttggtcatatcattga 1995338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 85 - 223
Target Start/End: Original strand, 28500024 - 28500159
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacg 184  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| ||||||||||||     
T  28500024 ttgatgtatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtaca 28500120  T
Q  185 aaagttgattgtgtaaatttgtttttgtcatattattga 223  Q
    |||||||||||   ||||||||||| ||||||| |||||    
T  28500121 aaagttgattggtgaaatttgttttggtcatatcattga 28500159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 35286915 - 35286751
Alignment:
Q  25 atggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattct 124  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||          || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35286915 atggtaaggttttgacacaattgttattttaggttctggtagtgtagttg---atttttttttatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcct 35286819  T
Q  125 aaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattg 195  Q
    |||| | ||| | |||| |||||||||| ||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35286818 aaagttgtaatagtttttatatttggttcattctttcc---tatatcattgagccgtacgaaagttgattg 35286751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 88 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 28381016 - 28380889
Alignment:
Q  88 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaa 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| |   ||||||| |||||||||| |||    
T  28381016 atgcatgtgggttattttagtttttgtaagtaatcctaaagttgtaacagtttttatatttggtttattctttcc---tatatcactgagccgtacaaaa 28380920  T
Q  188 gttgat-tgtgtaaatttgtttttgtcatat 217  Q
     |||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  28380919 tttgatcggtgtaaatttgttttggtcatat 28380889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 88 - 217
Target Start/End: Original strand, 45398020 - 45398147
Alignment:
Q  88 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaa 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||| |||    
T  45398020 atgcatgtgggttattttagtttttgtaagtaatcctaaagttgtaacagtttttatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacaaaa 45398116  T
Q  188 gttga-ttgtgtaaatttgtttttgtcatat 217  Q
     ||||   ||||||||||||||| |||||||    
T  45398117 tttgaccggtgtaaatttgttttggtcatat 45398147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Original strand, 3709038 - 3709251
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  3709038 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 3709134  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  3709135 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 3709231  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  3709232 ttgttttgatcatatcattg 3709251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 11868378 - 11868165
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  11868378 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 11868282  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  11868281 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 11868185  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  11868184 ttgttttgatcatatcattg 11868165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 35359771 - 35359558
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||          ||||||||| |   ||||||    
T  35359771 tgatgactgaattttaactgatggtaaggttttgacacaattgttattttagcttctggtacaggagttg---aaaataattgatgcatttcaattattt 35359675  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtac-gaaagttgatt-gtgtaaat 202  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   |  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||    
T  35359674 tagtttttgtgagtaatcctaaagctgtaacagttttcatattttatttattctt---tcgtatatcattgagccgtgcaaaaagttgattggtgtaaat 35359578  T
Q  203 ttgtttttgtcatattattg 222  Q
    |||||||  |||||| ||||    
T  35359577 ttgttttgatcatatcattg 35359558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 6 - 56
Target Start/End: Original strand, 28499964 - 28500014
Alignment:
Q  6 gatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttag 56  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  28499964 gatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttag 28500014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0283 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0283
Description:

Target: scaffold0283; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Original strand, 9287 - 9500
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||    
T  9287 tgatgattgaattttagctcatgataaggttttgacacaattgttattttagcttctggtactgtggttg--aaaaaaaattgatgtatgtgggttattt 9384  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgattgtgtaaattt 204  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  9385 tagtttttgtgagtaatcataaagccataacaattttcatatttggtttattctttcc---tatatgattgagccgtacaaaagttgattggtgaaattt 9481  T
Q  205 gtttttgtcatattattga 223  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  9482 gttttggtcatatcattga 9500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 209
Target Start/End: Original strand, 50709 - 50906
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||          |||||||||||| |||||||    
T  50709 tgatgattgaatttt--cacatggtaatgttttgacacaattgttattttagcttttggtactgtagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 50803  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |   ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  50804 tagtttttgtgagtaatcctaaagctttaacaattttcatatttggtttatttttacc---tatatcattgagccgtacgtaagctgattggtgtaaatt 50900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 209
Target Start/End: Original strand, 58242 - 58439
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||          |||||||||||| |||||||    
T  58242 tgatgattgaatttt--cacatggtaatgttttgacacaattgttattttagcttttggtactgtagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 58336  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatt 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |   ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  58337 tagtttttgtgagtaatcctaaagctttaacaattttcatatttggtttatttttacc---tatatcattgagccgtacgtaagctgattggtgtaaatt 58433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 8 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 156161 - 155959
Alignment:
Q  8 tgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattttag 107  Q
    ||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||          ||||| | |||||||||||||||    
T  156161 tgattgatttttatttcatggtaaggttttgacacaattgttattttaacttctggtactgtagttg--aaaaaaaattgatacgtgtgggttattttag 156064  T
Q  108 tttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaagttgatt-gtgtaaatttgt 206  Q
    |||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  156063 tttttgtgagtaatcctaaagttgtaacagttttcatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtatgaaagttgattagtgtaaatttgt 155967  T
Q  207 ttttgtca 214  Q
    ||| ||||    
T  155966 tttggtca 155959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 85 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 30071 - 29963
Alignment:
Q  85 ttgatgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacg 184  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||    
T  30071 ttgacgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaacattttttatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacg 29975  T
Q  185 aaagttgattgt 196  Q
    ||||||||||||    
T  29974 aaagttgattgt 29963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 88 - 217
Target Start/End: Original strand, 99894 - 100021
Alignment:
Q  88 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttattcttttctattatatcattgagccgtacgaaa 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||   |||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||| |||    
T  99894 atgcatgtgggttattttagtttttgtgagtaatcctaaagttgtaatcgtttttatatttggtttattctttcc---tatatcattgagccgtacaaaa 99990  T
Q  188 gttgatt-gtgtaaatttgtttttgtcatat 217  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||||    
T  99991 gttgattggtataaatttgttttggtcatat 100021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0095 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0095
Description:

Target: scaffold0095; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 155
Target Start/End: Original strand, 714 - 861
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||          |||||||||||| |||||||    
T  714 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacaattgttattttagcttctcgtactatagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 810  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttat 155  Q
    ||| |||| ||||||||  ||||| | ||||| |||||||||||| |||||    
T  811 taggttttctgagtaatcataaagttgtaacagttttcatatttgatttat 861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0088 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0088
Description:

Target: scaffold0088; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 5 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 54980 - 54833
Alignment:
Q  5 tgatgattgaattttagctcatggtaatgttttgacacaaatgttattttagtttctggttctgtagttgcnnnnnnnnnttgatgcatgtgggttattt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||| |||| || || ||||||          |||||||||||| |||||||    
T  54980 tgatgattgaattttagctcatggtaagattttgacacatttgttattttagcttctcgtactatagttg---aaaaaaattgatgcatgtgagttattt 54884  T
Q  105 tagtttttgtgagtaattctaaagctataacaattttcatatttggtttat 155  Q
    ||| |||| ||||||||  ||||| | ||||| |||||||||||| |||||    
T  54883 taggttttctgagtaatcataaagttgtaacagttttcatatttgatttat 54833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University