View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6865A_low_340 (Length: 209)

Name: NF6865A_low_340
Description: NF6865A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6865A_low_340
NF6865A_low_340
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (6-209)||(3067572-3067775)
chr8 (9-209)||(3055555-3055755)
chr8 (9-209)||(3071211-3071411)
chr8 (6-209)||(3034690-3034893)
chr8 (9-209)||(3040546-3040746)
chr8 (63-209)||(3042789-3042935)
chr8 (63-188)||(3063557-3063682)
chr8 (82-175)||(25125373-25125466)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 6 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 3067775 - 3067572
Alignment:
Q  6 aggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttggga 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067775 aggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttggga 3067676  T
Q  106 gagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatg 205  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067675 gagaataagaggccaacacgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatg 3067576  T
Q  206 caga 209  Q
    ||||    
T  3067575 caga 3067572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 209
Target Start/End: Original strand, 3055555 - 3055755
Alignment:
Q  9 ttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagag 108  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| || ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      
T  3055555 ttggaccatagtgtggtctaaacctgataatatatgtaattatattgctaatgaagggagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagtt 3055654  T
Q  109 aataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcag 208  Q
     ||||||| |||||||||| ||||| |||| | ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||    
T  3055655 gataagagaccaacatgtcagtgtccaaaacgatactcactggttgatcctgatgatccacttggtagctgcaagccagacttcatacaaggatgtgcag 3055754  T
Q  209 a 209  Q
    |    
T  3055755 a 3055755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 9 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 3071411 - 3071211
Alignment:
Q  9 ttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagag 108  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||  ||  | |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||     
T  3071411 ttggactacagtgtggtctcatcctaaaaatatatgtcaatatattgttagttcaggtagtggtgtttgtggatataataccatctgcactttgggagat 3071312  T
Q  109 aataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcag 208  Q
     ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||    
T  3071311 gataagagaccaacatgtcggtgtccaaaacgttactcactgcttgatcctgatgatccacatggtagctgcaagccagatttcatacaaggatgtgcag 3071212  T
Q  209 a 209  Q
    |    
T  3071211 a 3071211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 6 - 209
Target Start/End: Original strand, 3034690 - 3034893
Alignment:
Q  6 aggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttggga 105  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||  |||| ||  ||    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |    
T  3034690 aggttggaccacagtgtggtctaagcctgataatatatgtacttatattgttagtgcaggtagtggtgtttgtggatataatagcttatgcactttggaa 3034789  T
Q  106 gagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatg 205  Q
    |   ||||||| || | ||||| ||||| |||| | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||    
T  3034790 gttgataagagaccgaaatgtcagtgtccaaaacgatactcgctggttgatcctgaagatccatttggtagctgcaagccagacttcatacaaggatgtg 3034889  T
Q  206 caga 209  Q
    ||||    
T  3034890 caga 3034893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 9 - 209
Target Start/End: Original strand, 3040546 - 3040746
Alignment:
Q  9 ttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagag 108  Q
    |||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||  ||    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||     
T  3040546 ttggactacagtgtggtctcatcctcgaaatatatgtcattattttgttactgaaggtagtggtgtttgtggatataatagcatatgcactttgggagat 3040645  T
Q  109 aataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcag 208  Q
     ||| ||| ||| ||| |||||||| | | ||||||||||| || ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||  || |||| |||| |||||    
T  3040646 gatacgagaccagcatttcggtgtccagatagttactcactagttgatcctgactatccttatggtagctgcaagccagatttcgtacaaggatgtgcag 3040745  T
Q  209 a 209  Q
    |    
T  3040746 a 3040746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 63 - 209
Target Start/End: Original strand, 3042789 - 3042935
Alignment:
Q  63 aggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgac 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| | ||     
T  3042789 aggtagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagttgataagtgaccaacatgtcagtgtccaaaaagttactcactggttgatgccgat 3042888  T
Q  163 gatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcaga 209  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||| || |||| || |||| ||||||    
T  3042889 gatccacttggtacttgcgagccaaacttcatgcaaggatgtgcaga 3042935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 63 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 3063682 - 3063557
Alignment:
Q  63 aggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgac 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||| ||||| ||||| ||||   ||||||||| | |||||| |     
T  3063682 aggtagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagatgataagagaccaaaatgtcagtgtccaaaacagtactcactgattgatcctaat 3063583  T
Q  163 gatccatttggtagctgcaagccaga 188  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  3063582 gatccatatggcagctgcaagccaga 3063557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 82 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 25125466 - 25125373
Alignment:
Q  82 tataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggta 175  Q
    |||||||||| ||||||||||||||   ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||    
T  25125466 tataatagcttctgcactttgggagttgataagagaccaacatgtcagtgtccaaaaagttactcactggttgatcccgatgatccacttggta 25125373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University