View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6865A_low_79 (Length: 324)

Name: NF6865A_low_79
Description: NF6865A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6865A_low_79
NF6865A_low_79
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (10-319)||(30049387-30049719)
chr8 (12-319)||(7162342-7162671)
chr8 (147-319)||(30045121-30045316)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-319)||(3945641-3945973)
chr4 (145-319)||(3941377-3941574)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (12-319)||(22365271-22365597)
chr3 (147-319)||(22361019-22361210)
chr3 (166-231)||(23397337-23397404)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (10-319)||(39949463-39949789)
chr7 (146-319)||(39953855-39954045)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-319)||(196311-196628)
chr5 (145-319)||(200690-200872)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (147-319)||(1330569-1330760)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 10 - 319
Target Start/End: Original strand, 30049387 - 30049719
Alignment:
Q  10 aaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaag 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049387 aaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaag 30049486  T
Q  110 caagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctt 209  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049487 caagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctt 30049586  T
Q  210 atgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatgacatc 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||    
T  30049587 atgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatc 30049686  T
Q  287 agctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049687 agctaagcataggctgagtcattacttagtatt 30049719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 12 - 319
Target Start/End: Original strand, 7162342 - 7162671
Alignment:
Q  12 aatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagca 111  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162342 aatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaaaaaaggcacttgctagtgccaagttcatggagctaagaagca 7162441  T
Q  112 agctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttat 211  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162442 agctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttat 7162541  T
Q  212 gtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgcac---------------------aagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagc 289  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||                     |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7162542 gtgtgtaatcattttaacttattttgttagtaaaactatgctgcacaagtaataaggttatctgcacaagttaagcaggtttatgtcatatgacatcagc 7162641  T
Q  290 taagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7162642 taagcataggctgagtcattactaagtatt 7162671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 147 - 319
Target Start/End: Original strand, 30045121 - 30045316
Alignment:
Q  147 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt------- 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  30045121 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 30045220  T
Q  240 ------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045221 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 30045316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 10 - 319
Target Start/End: Original strand, 3945641 - 3945973
Alignment:
Q  10 aaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaag 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945641 aaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaag 3945740  T
Q  110 caagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctt 209  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945741 caagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctt 3945840  T
Q  210 atgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatgacatc 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||    
T  3945841 atgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatc 3945940  T
Q  287 agctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945941 agctaagcataggctgagtcattacttagtatt 3945973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 145 - 319
Target Start/End: Original strand, 3941377 - 3941574
Alignment:
Q  145 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt----- 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  3941377 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 3941476  T
Q  240 --------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941477 aactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 3941574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 12 - 319
Target Start/End: Original strand, 22365271 - 22365597
Alignment:
Q  12 aatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagca 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365271 aatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagca 22365370  T
Q  112 agctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttat 211  Q
    ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365371 agctgggagtattccagataagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttat 22365470  T
Q  212 gtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaa 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||                   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22365471 gtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcataagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcaactaa 22365570  T
Q  293 gcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  22365571 gcataggctgagtcattactaagtatt 22365597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 147 - 319
Target Start/End: Original strand, 22361019 - 22361210
Alignment:
Q  147 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgtt------- 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  22361019 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaag 22361118  T
Q  240 ------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
                |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22361119 ctatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatt 22361210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 23397404 - 23397337
Alignment:
Q  166 aaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctta--tgtgtgtaattattttaactt 231  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||    
T  23397404 aaaacttttctgaatatttcgttgttaatgttactttattgcctatgtgtgtgtaatgattttaactt 23397337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 10 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 39949789 - 39949463
Alignment:
Q  10 aaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaag 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949789 aaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaag 39949690  T
Q  110 caagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctt 209  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949689 caagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgctt 39949590  T
Q  210 atgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgca----------------caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaa 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949589 atgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgcaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaa 39949490  T
Q  293 gcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
     |||||||||||| |||||| ||||||    
T  39949489 acataggctgagttattactaagtatt 39949463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 146 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 39954045 - 39953855
Alignment:
Q  146 gtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaag 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39954045 gtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaa 39953946  T
Q  246 attat-ctgca----------------caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    | ||| |||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||    
T  39953945 actatgctgcacaagtaaggttatctgcaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacatagactgagttattactaagtatt 39953855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 10 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 196628 - 196311
Alignment:
Q  10 aaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaag 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196628 aaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaag 196529  T
Q  110 caagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctt 209  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||| ||    
T  196528 caagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaa-----------ttatgttactttattgttt 196440  T
Q  210 atgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagct 290  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||                   |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  196439 atgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgcacgagttaagtaggtttacgtcatatgacatcagct 196340  T
Q  291 aagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  196339 aagcataggctgagtcattactaagtatt 196311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 145 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 200872 - 200690
Alignment:
Q  145 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  200872 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat-----------tatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaa 200784  T
Q  245 ga-------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
     |                   ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  200783 aactatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttacctcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatt 200690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 94; Significance: 7e-46; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 147 - 319
Target Start/End: Original strand, 1330569 - 1330760
Alignment:
Q  147 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaga 246  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  1330569 tgttgactaattgacctataaaacttgtctgaatactttattgtttatgttactctattgcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaa 1330668  T
Q  247 -------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
                       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| | ||||||    
T  1330669 ctatactgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagtataggttgagtcattagtaagtatt 1330760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University