View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6866A_low_366 (Length: 224)

Name: NF6866A_low_366
Description: NF6866A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6866A_low_366
NF6866A_low_366
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (15-209)||(30982826-30983020)
chr8 (15-209)||(34774045-34774239)
chr8 (15-209)||(30210870-30211064)
chr8 (15-209)||(193673-193866)
chr8 (15-209)||(721277-721470)
chr8 (15-209)||(882384-882577)
chr8 (19-209)||(44240408-44240596)
chr8 (45-87)||(31778710-31778752)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (15-209)||(29542037-29542231)
chr5 (15-209)||(42663663-42663857)
chr5 (15-187)||(3260553-3260725)
chr5 (19-209)||(27738172-27738360)
chr5 (19-209)||(33232743-33232931)
chr5 (19-206)||(7071641-7071826)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (15-209)||(24035817-24036011)
chr4 (15-209)||(24246833-24247027)
chr4 (19-209)||(56560794-56560982)
chr4 (15-140)||(49128013-49128138)
chr4 (15-128)||(39382635-39382748)
chr4 (24-209)||(52056607-52056790)
chr4 (22-146)||(51833992-51834116)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (15-209)||(51124986-51125180)
chr3 (15-209)||(52692828-52693022)
chr3 (15-209)||(38469469-38469663)
chr3 (15-177)||(1527826-1527988)
chr3 (15-129)||(47140966-47141080)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (15-209)||(14380393-14380587)
chr2 (15-209)||(31686536-31686730)
chr2 (15-209)||(31786936-31787130)
chr2 (15-181)||(40254824-40254990)
chr2 (22-209)||(13896285-13896470)
chr2 (22-209)||(14036902-14037087)
chr2 (19-148)||(2443152-2443280)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (15-209)||(5271222-5271416)
chr1 (15-209)||(50978542-50978736)
chr1 (15-209)||(7592921-7593115)
chr1 (15-209)||(51488091-51488285)
chr1 (15-181)||(38843631-38843797)
chr1 (19-209)||(46407774-46407962)
chr1 (15-149)||(27000007-27000141)
chr1 (19-218)||(35606607-35606804)
chr1 (20-151)||(27576190-27576321)
chr1 (15-121)||(15353534-15353640)
chr1 (15-47)||(26821785-26821817)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (15-209)||(30019506-30019700)
chr6 (19-209)||(21515312-21515500)
chr6 (19-151)||(31745937-31746070)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (15-180)||(31012212-31012377)
chr7 (15-177)||(25341193-25341355)
chr7 (19-151)||(41064827-41064959)
chr7 (19-116)||(12910305-12910400)
chr7 (42-93)||(40725766-40725817)
chr7 (19-51)||(47238773-47238805)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 30982826 - 30983020
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30982826 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 30982925  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30982926 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 30983020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 34774045 - 34774239
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34774045 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 34774144  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34774145 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 34774239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 30211064 - 30210870
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30211064 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 30210965  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  30210964 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcaaacgcgatccatctc 30210870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 193866 - 193673
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  193866 acatcatgaaaataaaa-ttacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattatcacaaaactaacataatgtgtattatagtact 193768  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  193767 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcatgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 193673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 721470 - 721277
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  721470 acatcatgaaaataaaa-ttacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattatcacaaaactaacataatgtgtattatagtact 721372  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  721371 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcatgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 721277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 882577 - 882384
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  882577 acatcatgaaaataaaa-ttacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattatcacaaaactaacataatgtgtattatagtact 882479  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  882478 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcatgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 882384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 44240596 - 44240408
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  44240596 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa 44240499  T
Q  119 tattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44240498 tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 44240408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 31778752 - 31778710
Alignment:
Q  45 aatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaa 87  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  31778752 aatagaatttaaagttcaatatagtactaaaatattattacaa 31778710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 29542037 - 29542231
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29542037 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 29542136  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29542137 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 29542231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 42663857 - 42663663
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42663857 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagattattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 42663758  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  42663757 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcggtccatctc 42663663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 187
Target Start/End: Original strand, 3260553 - 3260725
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3260553 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 3260652  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggatta 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3260653 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggatta 3260725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Original strand, 27738172 - 27738360
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  27738172 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa 27738269  T
Q  119 tattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27738270 tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 27738360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 33232931 - 33232743
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  33232931 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa 33232834  T
Q  119 tattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33232833 tattgatataataatttaaaaaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 33232743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 7071641 - 7071826
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||    
T  7071641 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatggtactaaaa 7071738  T
Q  119 tattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcat 206  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  7071739 tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattccggattatgtttcgaacgtgattcat 7071826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 24035817 - 24036011
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24035817 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 24035916  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24035917 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 24036011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 24247027 - 24246833
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24247027 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 24246928  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24246927 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 24246833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 56560982 - 56560794
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  56560982 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa 56560885  T
Q  119 tattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  56560884 tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 56560794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 49128138 - 49128013
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49128138 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 49128039  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagt 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  49128038 aaaatattgatataataatttaaagt 49128013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 128
Target Start/End: Original strand, 39382635 - 39382748
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39382635 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 39382734  T
Q  115 aaaatattgatata 128  Q
    ||||||||||||||    
T  39382735 aaaatattgatata 39382748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Original strand, 52056607 - 52056790
Alignment:
Q  24 aaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaatattg 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  52056607 aaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatggtattaaaatattg 52056704  T
Q  124 atataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  52056705 atataataatttaaagaacaatattaattattttgcatgtgctcaataatttgattgcagattatgtttcgaacgtgatccatctc 52056790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 146
Target Start/End: Original strand, 51833992 - 51834116
Alignment:
Q  22 gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaatat 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||    
T  51833992 gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaacagagtattaaaatataattacaaaactaatttaatgtgtatcataatactaaaatat 51834091  T
Q  122 tgatataataatttaaagtacaata 146  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  51834092 tgatataataatttaaagtaaaata 51834116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 51124986 - 51125180
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51124986 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 51125085  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51125086 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 51125180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 52693022 - 52692828
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52693022 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 52692923  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52692922 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 52692828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 38469663 - 38469469
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38469663 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 38469564  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  38469563 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgttttgaacgcgatccatctc 38469469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 1527988 - 1527826
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1527988 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 1527889  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttca 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1527888 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttca 1527826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 129
Target Start/End: Original strand, 47140966 - 47141080
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47140966 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 47141065  T
Q  115 aaaatattgatataa 129  Q
    |||||||||||||||    
T  47141066 aaaatattgatataa 47141080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 14380587 - 14380393
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14380587 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 14380488  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14380487 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 14380393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 31686536 - 31686730
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31686536 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 31686635  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31686636 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 31686730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 31787130 - 31786936
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31787130 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 31787031  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31787030 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 31786936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 40254990 - 40254824
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40254990 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 40254891  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgc 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40254890 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgc 40254824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 13896470 - 13896285
Alignment:
Q  22 gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaatat 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  13896470 gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaatat 13896373  T
Q  122 tgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13896372 tgatataataatttaaagaacaatactaattattttgtctgtgctcaataattttattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 13896285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 14037087 - 14036902
Alignment:
Q  22 gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaatat 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  14037087 gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaatat 14036990  T
Q  122 tgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14036989 tgatataataatttaaagaacaatactaattattttgtctgtgctcaataattttattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 14036902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 148
Target Start/End: Original strand, 2443152 - 2443280
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||    
T  2443152 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaatatattattacaaaactaatttaatgtgtatcataatactaaaa 2443251  T
Q  119 tattgatataataatttaaagtacaatact 148  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2443252 tattgatataa-aatttaaagtacaatact 2443280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 5271222 - 5271416
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5271222 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 5271321  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5271322 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 5271416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 50978542 - 50978736
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50978542 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 50978641  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  50978642 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 50978736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 7592921 - 7593115
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7592921 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtacaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 7593020  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7593021 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 7593115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 51488091 - 51488285
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51488091 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 51488190  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51488191 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcatgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 51488285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 38843797 - 38843631
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38843797 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 38843698  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgc 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38843697 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgc 38843631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 46407962 - 46407774
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  46407962 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa 46407865  T
Q  119 tattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46407864 tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 46407774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 149
Target Start/End: Original strand, 27000007 - 27000141
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27000007 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 27000106  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatacta 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27000107 aaaatattgatataataatttaaagtacaatacta 27000141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 35606804 - 35606607
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  35606804 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa 35606707  T
Q  119 tattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctcagtcgacaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||| |||||| | ||||||    
T  35606706 tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcatgtgctcaataatttgattgcgggttatgtttcgaatgtgatccatctctgacgacaa 35606607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 20 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 27576321 - 27576190
Alignment:
Q  20 atgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaat 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  27576321 atgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaattttattacaaaactaatttaatgtgtatcatagtactaaaat 27576222  T
Q  120 attgatataataatttaaagtacaatactaat 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27576221 attgatataataatttaaagtacaatactaat 27576190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 15353640 - 15353534
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15353640 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 15353541  T
Q  115 aaaatat 121  Q
    |||||||    
T  15353540 aaaatat 15353534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 47
Target Start/End: Complemental strand, 26821817 - 26821785
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataat 47  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26821817 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataat 26821785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 30019700 - 30019506
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30019700 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 30019601  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30019600 aaaatattgatataataatttaaagtacaataataattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 30019506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Original strand, 21515312 - 21515500
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||  |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  21515312 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa 21515409  T
Q  119 tattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcatctc 209  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21515410 tattgatataataatttaaaaaacaataataattatattgactgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgatccatctc 21515500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 151
Target Start/End: Original strand, 31745937 - 31746070
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattatta-caaaactaacataatgtgtattatagtactaaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  31745937 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattaccaaaactaatttaatgtgtatcatagtactaaa 31746036  T
Q  118 atattgatataataatttaaagtacaatactaat 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31746037 atattgatataataatttaaagtacaatactaat 31746070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 180
Target Start/End: Original strand, 31012212 - 31012377
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31012212 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 31012311  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttcattg 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31012312 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattg 31012377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 177
Target Start/End: Original strand, 25341193 - 25341355
Alignment:
Q  15 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25341193 acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact 25341292  T
Q  115 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaatcattttgcctgtgctcaataatttca 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25341293 aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttca 25341355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 41064959 - 41064827
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  41064959 catgaaaataaaaattagaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaatttaatgtgtatcatagtactaaaa 41064860  T
Q  119 tattgatataataatttaaagtacaatactaat 151  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41064859 tattgatataataatttaaagtataatactaat 41064827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 12910400 - 12910305
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |  |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  12910400 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtact--aatattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaa 12910305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 40725817 - 40725766
Alignment:
Q  42 gataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaa 93  Q
    |||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||    
T  40725817 gataatagaatttatagtgtaatatagtactaaaatatcattacaaaactaa 40725766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 51
Target Start/End: Original strand, 47238773 - 47238805
Alignment:
Q  19 catgaaaataaaaattacaaatagataatagaa 51  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47238773 catggaaataaaaattacaaatagataatagaa 47238805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University