View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6867A_low_244 (Length: 254)

Name: NF6867A_low_244
Description: NF6867A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6867A_low_244
NF6867A_low_244
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (1-248)||(21792122-21792369)
chr7 (1-234)||(21788340-21788573)
chr7 (1-234)||(21681761-21681994)
chr7 (8-231)||(15713741-15713964)
chr7 (1-231)||(21623304-21623534)
chr7 (3-234)||(21646856-21647091)
chr7 (68-234)||(21785584-21785750)
chr7 (1-234)||(21992293-21992526)
chr7 (1-234)||(21689524-21689757)
chr7 (68-233)||(21807970-21808135)
chr7 (74-234)||(21652253-21652413)
chr7 (1-231)||(21704754-21704984)
chr7 (4-233)||(21714297-21714526)
chr7 (1-234)||(21764173-21764406)
chr7 (2-234)||(21726008-21726240)
chr7 (2-234)||(21772073-21772305)
chr7 (3-234)||(21628238-21628469)
chr7 (1-231)||(21664209-21664442)
chr7 (68-231)||(21745710-21745873)
chr7 (4-40)||(21785520-21785556)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (105-235)||(25588-25718)
scaffold0182 (1-52)||(25421-25472)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (154-228)||(18192049-18192123)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 21792122 - 21792369
Alignment:
Q  1 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792122 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 21792221  T
Q  101 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 200  Q
       ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21792222 acgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatattgttcg 21792321  T
Q  201 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792322 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 21788340 - 21788573
Alignment:
Q  1 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21788340 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataacattgat 21788439  T
Q  101 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 200  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21788440 gaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcg 21788539  T
Q  201 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788540 tggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 21681761 - 21681994
Alignment:
Q  1 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  21681761 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgataacattgat 21681860  T
Q  101 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 200  Q
    ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  21681861 gaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatggatgttgttcg 21681960  T
Q  201 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681961 tggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 231
Target Start/End: Original strand, 15713741 - 15713964
Alignment:
Q  8 gagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  15713741 gagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgctgataacattgatgaactga 15713840  T
Q  108 agggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatgg 207  Q
    || |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15713841 agtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatgg 15713940  T
Q  208 atgttctttgttgcatatcttgga 231  Q
    ||| |||||| |||||||||||||    
T  15713941 atgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 21623304 - 21623534
Alignment:
Q  1 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||   ||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  21623304 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttcagaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgat 21623403  T
Q  101 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 200  Q
    || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  21623404 gaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctttggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcg 21623503  T
Q  201 tggatggatgttctttgttgcatatcttgga 231  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623504 tggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 3 - 234
Target Start/End: Original strand, 21646856 - 21647091
Alignment:
Q  3 taggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatga 102  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  21646856 taggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagataacattgatga 21646955  T
Q  103 tctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtg 202  Q
     |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  21646956 actgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatattgttcgtg 21647055  T
Q  203 g----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    |    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647056 gatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 68 - 234
Target Start/End: Original strand, 21785584 - 21785750
Alignment:
Q  68 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 167  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  21785584 gatctacacaaaaagattgccgataacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggta 21785683  T
Q  168 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785684 gccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 21992293 - 21992526
Alignment:
Q  1 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |   | ||     ||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  21992293 gttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacacaaaaagattatcgataacattgat 21992392  T
Q  101 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 200  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21992393 gaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 21992492  T
Q  201 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992493 tggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 21689524 - 21689757
Alignment:
Q  1 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||  ||||||||||||    
T  21689524 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgat 21689623  T
Q  101 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 200  Q
     | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||||||||| |    
T  21689624 aaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttgg 21689723  T
Q  201 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    |||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689724 tggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 68 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 21808135 - 21807970
Alignment:
Q  68 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 167  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21808135 gatctacacaaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggta 21808036  T
Q  168 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 233  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808035 gccttgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 74 - 234
Target Start/End: Original strand, 21652253 - 21652413
Alignment:
Q  74 cacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcg 173  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  21652253 cacaaaaagattgccgataaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttg 21652352  T
Q  174 aagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652353 aagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 21704754 - 21704984
Alignment:
Q  1 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  21704754 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgcagataacattgat 21704853  T
Q  101 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 200  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||| ||||||     
T  21704854 gaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtggatattgttca 21704953  T
Q  201 tggatggatgttctttgttgcatatcttgga 231  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704954 tggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Original strand, 21714297 - 21714526
Alignment:
Q  4 aggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgat 103  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  21714297 aggagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaa 21714396  T
Q  104 ctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgg 203  Q
    |||||||||||||||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  21714397 ctgaagggtcattttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtgg 21714496  T
Q  204 atggatgttctttgttgcatatcttggaga 233  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  21714497 atggatgttctttgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 21764173 - 21764406
Alignment:
Q  1 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||   | || || ||| |||||||||| |||||||| |||    
T  21764173 gttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatccagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcgat 21764272  T
Q  101 gatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcg 200  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  21764273 gaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctttcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcg 21764372  T
Q  201 tggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    |||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764373 tggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Original strand, 21726008 - 21726240
Alignment:
Q  2 ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatg 101  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  21726008 ttagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataacattgatg 21726107  T
Q  102 atctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgt 201  Q
    | |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21726108 aactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgt 21726207  T
Q  202 ggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726208 ggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Original strand, 21772073 - 21772305
Alignment:
Q  2 ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatg 101  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  21772073 ttagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataacattgatg 21772172  T
Q  102 atctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgt 201  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  21772173 aactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgt 21772272  T
Q  202 ggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772273 ggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 3 - 234
Target Start/End: Original strand, 21628238 - 21628469
Alignment:
Q  3 taggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatga 102  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21628238 taggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgctgataacattgatga 21628337  T
Q  103 tctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtg 202  Q
     |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21628338 actgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtg 21628437  T
Q  203 gatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 234  Q
    |||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628438 gatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 21664209 - 21664442
Alignment:
Q  1 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||   |||||||| |||    
T  21664209 gttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagatttttgataacatcgat 21664308  T
Q  101 gatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgt 197  Q
    || |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  21664309 gaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgtcgtggatattgt 21664408  T
Q  198 tcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 231  Q
    ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664409 tcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 68 - 231
Target Start/End: Original strand, 21745710 - 21745873
Alignment:
Q  68 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 167  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||       
T  21745710 gatctgcacaaaaagattgttgataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaat 21745809  T
Q  168 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 231  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745810 gccttgaagaaaagctgtcgtggatgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 40
Target Start/End: Original strand, 21785520 - 21785556
Alignment:
Q  4 aggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatac 40  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  21785520 aggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatac 21785556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 105 - 235
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  105 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  205 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 235  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 52
Target Start/End: Original strand, 25421 - 25472
Alignment:
Q  1 gttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacact 52  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25421 gttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 154 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  154 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 228  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University