View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6868A_low_41 (Length: 387)

Name: NF6868A_low_41
Description: NF6868A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6868A_low_41
NF6868A_low_41
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (13-369)||(21792013-21792369)
chr7 (15-355)||(21788233-21788573)
chr7 (13-355)||(21681652-21681994)
chr7 (13-354)||(21807970-21808311)
chr7 (13-352)||(15713625-15713964)
chr7 (84-352)||(21623266-21623534)
chr7 (13-355)||(21646745-21647091)
chr7 (13-355)||(21785408-21785750)
chr7 (13-355)||(21652071-21652413)
chr7 (13-355)||(21628127-21628469)
chr7 (13-355)||(21689415-21689757)
chr7 (8-355)||(21992170-21992526)
chr7 (13-352)||(21704645-21704984)
chr7 (13-352)||(21664100-21664442)
chr7 (37-354)||(21714209-21714526)
chr7 (13-355)||(21725898-21726240)
chr7 (13-355)||(21771963-21772305)
chr7 (84-355)||(21764135-21764406)
chr7 (13-352)||(21745534-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (226-356)||(25588-25718)
scaffold0182 (13-173)||(25312-25472)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (275-349)||(18192049-18192123)
chr1 (46-169)||(18192223-18192346)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 13 - 369
Target Start/End: Original strand, 21792013 - 21792369
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792013 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagagaaaattttgagaagcattacatcccaaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 21792112  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792113 agatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgat 21792212  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    |||||||||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792213 aacattgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 21792312  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 369  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792313 tattgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 15 - 355
Target Start/End: Original strand, 21788233 - 21788573
Alignment:
Q  15 atacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | |||  | ||  ||||||| |||||||||| ||  ||||    
T  21788233 atacaaagggtggcagagtatctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcgcccaagttgttgtcggtaggtcctatccatcatgacaacacaa 21788332  T
Q  115 atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataa 214  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| |||||    
T  21788333 atttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataa 21788432  T
Q  215 cattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatg 314  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  21788433 cattgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatg 21788532  T
Q  315 ttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788533 ttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 13 - 355
Target Start/End: Original strand, 21681652 - 21681994
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||| ||| |||| ||| ||| || || |||||| ||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  21681652 agatacaaagggtgccacggtatgtcaaaaatagaacaaaatttaaggagcattacagccccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21681751  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||| |||    
T  21681752 agatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgat 21681851  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | |||||||    
T  21681852 aacattgatgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatgga 21681951  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681952 tgttgttcgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 13 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 21808311 - 21807970
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| | || | ||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||     
T  21808311 agatacaaagggtggctgagtatctcagaaatagaacaaatcttgagaagcattactcacccaagttggtatcaataggtcctatccatcatggaaatat 21808212  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||| |||||||  |     ||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21808211 aaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtggtctgcgaaatacatagaaaacagcggctttattctagaggatctacacaaaaagattgctgat 21808112  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21808111 aacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctgtcatgga 21808012  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 354  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808011 tgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Original strand, 15713625 - 15713964
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||||| ||||| | ||||| | || | ||| || |||||||| || |||||||||| || |||    
T  15713625 agatacaaagggtgccaggctatctcagaaaaagtaaaaattatgagatgcattacgcacctaagttggtttcaataggccctatccatcatgacaatac 15713724  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    ||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||| |||    
T  15713725 aaatctaaagtcaggggagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgctgat 15713824  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15713825 aacattgatgaactgaagtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatgga 15713924  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 352  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15713925 tgttgttcgtggatggatgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 84 - 352
Target Start/End: Original strand, 21623266 - 21623534
Alignment:
Q  84 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattc 183  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||   ||   |||    
T  21623266 tcaataggtcctatccatcatggcaatacaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttc 21623365  T
Q  184 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 283  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21623366 agaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctt 21623465  T
Q  284 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 352  Q
    ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623466 tggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 355
Target Start/End: Original strand, 21646745 - 21647091
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||| |||||| || |||||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||||| || | |    
T  21646745 agatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaacaaaatttgaggagcattacacccccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaatcc 21646844  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    ||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||  |||    
T  21646845 aaagctgaagataggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagat 21646944  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21646945 aacattgatgaactgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21647044  T
Q  313 tgttgttcgtgg----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    | ||||||||||    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647045 tattgttcgtggatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 355
Target Start/End: Original strand, 21785408 - 21785750
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||| | || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || | |    
T  21785408 agatacaaagggtgcaagagtatctaagaaataggaaaaactttgagaagcattactcacccaagttagtgtcaataggtcctatccatcatgacaatcc 21785507  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| || |  |   ||| ||     ||||| ||||||||||||||||||    
T  21785508 aaatctgaagacaggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatacctcgagaatataggccgcaatccacgcgatctacacaaaaagattgccgat 21785607  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21785608 aacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggtagccttgaagaaaagctgtcgtgga 21785707  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785708 tgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 13 - 355
Target Start/End: Original strand, 21652071 - 21652413
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||| || |||    
T  21652071 agatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaaacaattttgagaaacattacacccccaagtttgtttcaataggtcctatccatcatgacaatac 21652170  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    |||| || |   ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |     ||||   | ||||  ||||||||||||||||||    
T  21652171 aaatatgaaaccaggagaggagtataagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaacggctttattctagaggatcgacacaaaaagattgccgat 21652270  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    || ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21652271 aaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21652370  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652371 tgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 355
Target Start/End: Original strand, 21628127 - 21628469
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||| | |||| |||||| |||||||||| | || | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21628127 agatacaaagggtggccgatcatctcagaaataaaaaagattttgggaagtattactcacccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcagtac 21628226  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||| |||    
T  21628227 aaatctgaacataggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgctgat 21628326  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||    
T  21628327 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgtgga 21628426  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628427 tgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 355
Target Start/End: Original strand, 21689415 - 21689757
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||  | |||| |||||| ||||||||||||| ||     
T  21689415 agatacaaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagcattagaccccgaggttgatgtcaaaaggtcctatccatcatggcaataa 21689514  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||  |||    
T  21689515 atctctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgat 21689614  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||    
T  21689615 aacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtgga 21689714  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689715 tgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 355
Target Start/End: Original strand, 21992170 - 21992526
Alignment:
Q  8 aacagagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| | ||| | || |  || || ||||||||||| ||||||||||||    
T  21992170 aacacagatacaaagggtggcagagtatctcaaaaatagaaaagactttgagaagcactactcacccaaattggtgtcaataggtcctatccatcatggc 21992269  T
Q  108 agtacaa---------atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcaca 198  Q
    | |||||         ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  | | |   | ||     ||||| ||||    
T  21992270 aatacaagcaatgcaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacaca 21992369  T
Q  199 aaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaaga 298  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21992370 aaaagattatcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaaga 21992469  T
Q  299 aaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992470 aaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Original strand, 21704645 - 21704984
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||| | || | ||| || || |||||||| |||||||||| || | |    
T  21704645 agatacaaagggtgcaagagtatctcagaagtagaaaaaactttgagcagcattactcacccaagttagtgtcgataggtcctatccatcatgacaatcc 21704744  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||| |||    
T  21704745 aactctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgcagat 21704844  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||    
T  21704845 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtgga 21704944  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 352  Q
    | |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704945 tattgttcatggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Original strand, 21664100 - 21664442
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    |||||||||||||| || |  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || | |||  | ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  21664100 agatacaaagggtgccacacaatctcagaaacagaaaaaactttgagaagtattactcacccaagttcctgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21664199  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||   |||    
T  21664200 agatctgaagttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagatttttgat 21664299  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  21664300 aacatcgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgtcgt 21664399  T
Q  310 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 352  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664400 ggatattgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 37 - 354
Target Start/End: Original strand, 21714209 - 21714526
Alignment:
Q  37 tcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagta 136  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | |||||| ||| ||||||| |||||||||| || | |||||||| ||  ||||||||||||    
T  21714209 tcagaaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagtttgtgtcattaggtcctatccatcatgacaatccaaatctgaagaaaggagagaagta 21714308  T
Q  137 caagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcat 236  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  21714309 caaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtcat 21714408  T
Q  237 tttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctt 336  Q
    |||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21714409 tttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtggatggatgttctt 21714508  T
Q  337 tgttgcatatcttggaga 354  Q
    || | |||||||||||||    
T  21714509 tgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 355
Target Start/End: Original strand, 21725898 - 21726240
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    ||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  ||    
T  21725898 agatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcagaacac 21725997  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    |||||||   |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21725998 aaatctgatattagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctgat 21726097  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21726098 aacattgatgaactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtgga 21726197  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726198 tgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 355
Target Start/End: Original strand, 21771963 - 21772305
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    ||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  ||    
T  21771963 agatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcataacac 21772062  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    |||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21772063 aaatctgatattagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctgat 21772162  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21772163 aacattgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21772262  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772263 tgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 84 - 355
Target Start/End: Original strand, 21764135 - 21764406
Alignment:
Q  84 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattc 183  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | |   | ||    
T  21764135 tcaataggtcctatccatcatgacagatcagatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatc 21764234  T
Q  184 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 283  Q
       | || || ||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21764235 cagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctt 21764334  T
Q  284 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    |  |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764335 tcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Original strand, 21745534 - 21745873
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | ||| || ||| ||||||| |||||||||| || | |    
T  21745534 agatacaaagggtggtagaccatctcataaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagttggtgtcattaggtcctatccatcatgacaatcc 21745633  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 212  Q
    ||||||  ||  ||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| |||| || || |    || ||   | |||||||||||||||||||  |||    
T  21745634 aaatctaaagacaggagaagagtataagcttatgtgggcagcaaaatacctcgagaatacaggccacaatccacacgatctgcacaaaaagattgttgat 21745733  T
Q  213 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 312  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||   |||| |||||||||||||| ||||    
T  21745734 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaatgccttgaagaaaagctgtcgtgga 21745833  T
Q  313 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 352  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745834 tgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 226 - 356
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  226 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 325  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  326 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 356  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 173
Target Start/End: Original strand, 25312 - 25472
Alignment:
Q  13 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 112  Q
    ||||||||||||||||| | || | |||||||| |  ||||||   |||||| ||||  || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || ||     
T  25312 agatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataa 25411  T
Q  113 aaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcgaaaacact 173  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  25412 aaatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 275 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  275 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 349  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 18192346 - 18192223
Alignment:
Q  46 gaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttat 145  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| | || |  || |||||||| ||||| |||||||||||  |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||       
T  18192346 gaaaagattttgagaagcattactcgcccaaattggtatcaatgggtcctatccatcatggtcgcccaaatttggagttatgagagaagtacaagctaca 18192247  T
Q  146 gtgggcagcagaatacatcgaaaa 169  Q
    |||||||||| ||| | |||||||    
T  18192246 gtgggcagcaaaattcctcgaaaa 18192223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University