View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6868A_low_85 (Length: 317)

Name: NF6868A_low_85
Description: NF6868A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6868A_low_85
NF6868A_low_85
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (10-307)||(49952974-49953272)
chr4 (10-307)||(39974683-39974981)
chr4 (8-254)||(281813-282059)
chr4 (54-306)||(13228533-13228783)
chr4 (116-188)||(42757638-42757706)
chr4 (268-307)||(281775-281814)
chr4 (216-306)||(50814634-50814725)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (10-307)||(21588784-21589082)
chr8 (93-306)||(13756376-13756590)
chr8 (93-307)||(42797318-42797532)
chr8 (93-306)||(23141828-23142042)
chr8 (93-164)||(10901475-10901546)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (10-307)||(36095949-36096247)
chr3 (169-307)||(12746103-12746241)
chr3 (54-158)||(50331954-50332056)
chr3 (197-306)||(50332063-50332173)
[»] scaffold0159 (1 HSPs)
scaffold0159 (54-306)||(33240-33492)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (54-306)||(5788867-5789119)
chr2 (54-306)||(3395448-3395698)
chr2 (216-306)||(41754529-41754620)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (54-279)||(1599549-1599773)
chr6 (93-262)||(26894788-26894957)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (186-307)||(33014000-33014122)
chr5 (54-306)||(38015928-38016177)
chr5 (10-147)||(33013852-33013989)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (93-306)||(43387132-43387344)
[»] scaffold0380 (2 HSPs)
scaffold0380 (170-299)||(14373-14503)
scaffold0380 (54-113)||(14538-14595)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (93-226)||(50251-50384)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (121-211)||(17510279-17510369)
chr7 (121-211)||(17542845-17542935)
chr7 (121-211)||(17474795-17474885)
chr7 (121-211)||(17578329-17578419)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 10 - 307
Target Start/End: Original strand, 49952974 - 49953272
Alignment:
Q  10 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttatt 109  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49952974 tgagattgacataacagttacatccaaaatcttatgacattataagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatgccattcaatgtgttatt 49953073  T
Q  110 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 209  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49953074 ttaatccacacttgacacattaacatctctcaattaaatatgagactcttcgtgtccgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 49953173  T
Q  210 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcg-aacattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 307  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49953174 aagcgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgaaacattgcagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 49953272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 10 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 39974981 - 39974683
Alignment:
Q  10 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttatt 109  Q
    |||||| ||||||| |||||||| || ||||||| || ||||  ||||||  |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39974981 tgagattgacatcacagttacattcaaaatcttaagagattatgagtcattccactgatatgttattcaatatctattatatggcattcaatatgttatt 39974882  T
Q  110 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 209  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39974881 ttaacccacacttgacacattaccatctctcaattaaatacgatactctttgtgtccgcgatccaccaccacgaagcacttccactccccaaaaatgttg 39974782  T
Q  210 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 307  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39974781 aagcgtatatgatatcaccattggaacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacacaggtgagaatgatgtc 39974683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 282059 - 281813
Alignment:
Q  8 aatgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgtta 107  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  282059 aatgagattgacatcacagttacatccaaaatctcaagacattatgagtcatctcactaatatgttgttcaatatatattatatggaattcaatgtgtta 281960  T
Q  108 ttttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgt 207  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  281959 ttttaacccacacttgacacattaacatctctcaattaaatacgagactcttcgtgtccgcgatccaccaccacacagcacttccgctccacaaaaatgt 281860  T
Q  208 tgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacac 254  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  281859 tgaagcgtatatgatatcaccattgggacttacgggggagacaacac 281813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 54 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 13228783 - 13228533
Alignment:
Q  54 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 153  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  13228783 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctccattaagtatgag 13228686  T
Q  154 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 253  Q
    ||| || ||||||| ||||||||||||  || |||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||  |||||  |||||| |||||    
T  13228685 actttttgtgtctgcgatccaccaccaaaaaccacttatgctccccaaaaatgttgaagcggatatgatatcaccattgaaactta-tggggagccaaca 13228587  T
Q  254 cttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 306  Q
    ||||||||| || |  ||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  13228586 cttgtgtgaatcaacgcattgcagaaagagcaatcacacaagtgaaaatgatgt 13228533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 188
Target Start/End: Original strand, 42757638 - 42757706
Alignment:
Q  116 cacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcac 188  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42757638 cacaattgacacattaacatctctctattaa----gagactctccgtgtctgtgatccaccaccaagaagcac 42757706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 268 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 281814 - 281775
Alignment:
Q  268 acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  281814 acattgcagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 281775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 216 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 50814725 - 50814634
Alignment:
Q  216 atatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 306  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| | ||| ||||| ||||| ||||||||    
T  50814725 atatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacacgagtgataatgatgt 50814634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 171; Significance: 8e-92; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 10 - 307
Target Start/End: Original strand, 21588784 - 21589082
Alignment:
Q  10 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttatt 109  Q
    |||||| ||||||| |||||||| || ||||||| || ||||  |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21588784 tgagattgacatcacagttacattcaaaatcttaagagattatgagtcatctcactgatatgttattcaatatctattatatgacattcaatgtgttatt 21588883  T
Q  110 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 209  Q
    |||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  21588884 ttaacccacccttgacacattaccatctctcaattaaatacgatactcttcgtgtccacgatccaccaccacgaagcactttcgctccccataattgttg 21588983  T
Q  210 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 307  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21588984 aagcgtatatgatatcaccattggaacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacacaggtgagaatgatgtc 21589082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 93 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 13756590 - 13756376
Alignment:
Q  93 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 192  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||| || |||   ||||||||||||| | |||||||    
T  13756590 gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatatctatattaagcatgagactctttgtatctactatccaccaccacggaccacttcc 13756491  T
Q  193 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 291  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| | || || |||| ||||||||| |||| |||||| ||||| | ||| |||||    
T  13756490 gctccccaaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgggacttatgtggaagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcagaaagagcaatcacac 13756391  T
Q  292 aagtgagaatgatgt 306  Q
    |||||| ||||||||    
T  13756390 aagtgataatgatgt 13756376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 93 - 307
Target Start/End: Original strand, 42797318 - 42797532
Alignment:
Q  93 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 192  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||  || ||||  ||||||||||||  | |||||||    
T  42797318 gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctttctattaagcatgagactctctgtatctgctatccaccaccacagaccacttcc 42797417  T
Q  193 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 291  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||| ||||||| | ||||  ||||||||||||| |||| |||||| ||||| | ||| |||||    
T  42797418 gctccccaaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgagacttac-gaggagcaaacacttgtgtgaatcgacacattgcagaaagagcaatcacac 42797516  T
Q  292 aagtgagaatgatgtc 307  Q
     ||||| |||||||||    
T  42797517 gagtgataatgatgtc 42797532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 93 - 306
Target Start/End: Original strand, 23141828 - 23142042
Alignment:
Q  93 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 192  Q
    |||||||||||||||||||||  || | ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||  || ||||  ||||||||||||| | |||||||    
T  23141828 gcattcaatgtgttattttaactcatacttgacacgttaacatctctctattaagcatgagactctctgtatctgctatccaccaccacggaccacttcc 23141927  T
Q  193 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 291  Q
    ||||||| ||||||||||||   ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| | ||| |||||    
T  23141928 gctccccgaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgagacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacac 23142027  T
Q  292 aagtgagaatgatgt 306  Q
     ||||| ||||||||    
T  23142028 gagtgataatgatgt 23142042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 164
Target Start/End: Original strand, 10901475 - 10901546
Alignment:
Q  93 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgt 164  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||    
T  10901475 gcattcaatgtgttattttaactcacatttgatacattaacatctctccattaagtacgagactctccgtgt 10901546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 36096247 - 36095949
Alignment:
Q  10 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttatt 109  Q
    |||||| ||||||  |||||||| || ||||||| || ||||  |||||||||| | |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  36096247 tgagattgacatcgcagttacattcaaaatcttaagagattatgagtcatctcattgatatgttattcaatatcaattatatggcattcaatgtattatt 36096148  T
Q  110 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 209  Q
    |||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||| | || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36096147 ttaacccacacttgacacattacaatctctcaattaaatacgatactcttcgtgtccgcgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 36096048  T
Q  210 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 307  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  36096047 aagcgtatatgatatcaccattgggacatacgggggatacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacaaaggtgagaatgatgtc 36095949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 169 - 307
Target Start/End: Original strand, 12746103 - 12746241
Alignment:
Q  169 gatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga- 267  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  12746103 gatccaccaccacaaagcatttccgctctccaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccattgggaattacaggggagacaacacttgtgtgattcgat 12746202  T
Q  268 acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 307  Q
    |||||| || | || ||| |||||||||||||||||||||    
T  12746203 acattgcag-agaagcaatcacacaagtgagaatgatgtc 12746241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 54 - 158
Target Start/End: Original strand, 50331954 - 50332056
Alignment:
Q  54 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 153  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  50331954 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctctattaagcatgaa 50332051  T
Q  154 actct 158  Q
    |||||    
T  50332052 actct 50332056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 306
Target Start/End: Original strand, 50332063 - 50332173
Alignment:
Q  197 cccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcg-aacattgtagaaaaaacaaccacacaagt 295  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||  |||||| ||||| | ||| ||||| |||    
T  50332063 cccaaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgtcacattgcagaaagagcaatcacacgagt 50332162  T
Q  296 gagaatgatgt 306  Q
    || ||||||||    
T  50332163 gataatgatgt 50332173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0159 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0159
Description:

Target: scaffold0159; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 54 - 306
Target Start/End: Original strand, 33240 - 33492
Alignment:
Q  54 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  |||||  |||||    
T  33240 agtcatctcacttatatgttgttcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacatttgacacattaacatctcttcattaagtatgag 33337  T
Q  154 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 253  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||| | ||| ||||||  |||||| |||||    
T  33338 actctctgtgtctgcgatccaccaccacgaaccacttccgcttcccaaaaatgttgaagcgggtatgatatcaacattgagactta-tggggagccaaca 33436  T
Q  254 cttgtgtgatt--cga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 306  Q
    ||||||||| |   || |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  33437 cttgtgtgaatgatgacacattgcagaaagagcaatcacacaagtgagaatgatgt 33492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 54 - 306
Target Start/End: Original strand, 5788867 - 5789119
Alignment:
Q  54 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  |||||  |||||    
T  5788867 agtcatctcacttatatgttgttcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacatttgacacattaacatctcttcattaagtatgag 5788964  T
Q  154 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 253  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||| | ||| ||||||  |||||| |||||    
T  5788965 actctctgtgtctgcgatccaccaccacgaaccacttccgcttcccaaaaatgttgaagcgggtatgatatcaacattgagactta-tggggagccaaca 5789063  T
Q  254 cttgtgtgatt--cga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 306  Q
    ||||||||| |   || |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  5789064 cttgtgtgaatgatgacacattgcagaaagagcaatcacacaagtgagaatgatgt 5789119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 54 - 306
Target Start/End: Original strand, 3395448 - 3395698
Alignment:
Q  54 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 153  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   |||||||| ||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  3395448 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaaagtgttattttaactcacacctgacacattaacatctctccattaagtatgag 3395545  T
Q  154 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 253  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||  || |||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||    
T  3395546 actctttgtgtctgcgatccaccaccaaaaaccacttatgctccccaaaaatgttgaagcggatatgatatcaccattggaactta-tggggagacaaca 3395644  T
Q  254 cttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 306  Q
    ||||||||| |||| || ||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  3395645 cttgtgtgaatcgacacgttgcagaaagagcaatcacacaagtgaaaatgatgt 3395698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 216 - 306
Target Start/End: Original strand, 41754529 - 41754620
Alignment:
Q  216 atatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 306  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| | ||| ||||| ||||| ||||||||    
T  41754529 atatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacacgagtgataatgatgt 41754620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 54 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 1599773 - 1599549
Alignment:
Q  54 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 153  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1599773 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctctattaagcatgag 1599676  T
Q  154 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 253  Q
    |||||  || ||||  ||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |    
T  1599675 actctctgtatctgctatccaccaccacataccacttccgctcccaaaaaatgttgaagcatatatgatatcacctttgggacttatgggggagccaata 1599576  T
Q  254 cttgtgtgattcga-acattgtagaaa 279  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||    
T  1599575 cttgtgtgaatcgacacattgcagaaa 1599549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 93 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 26894957 - 26894788
Alignment:
Q  93 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 192  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||| |||| | ||||||||||||| |||||  |||||||| | ||||||||  ||||||||||| ||| |||||||    
T  26894957 gcatccaatgtgttattttaaatcacacttgatatattaacatctctccattaagtatgagactatccgtgtctgcaatccaccaccatgaaccacttcc 26894858  T
Q  193 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtga 262  Q
     |||||| |||||||||||||| |||| ||||||   |||||||||| |||| || ||||| ||||||||    
T  26894857 actcccctaaaatgttgaagtggatattatatcattattgggacttatggggtagccaacagttgtgtga 26894788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 186 - 307
Target Start/End: Original strand, 33014000 - 33014122
Alignment:
Q  186 cacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaaca 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  33014000 cacttccgctccccaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccattgggacttacatgggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaaca 33014099  T
Q  285 accacacaagtgagaatgatgtc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  33014100 accacacaagtgagaatgatgtc 33014122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 54 - 306
Target Start/End: Original strand, 38015928 - 38016177
Alignment:
Q  54 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 153  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || ||  |||||    
T  38015928 agtcatctcacttatatgttgctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctccatcaagtatgag 38016025  T
Q  154 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 253  Q
    ||| || |||||   |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||  |||||| || ||    
T  38016026 actttt-gtgtccacgatccaccaccacgaaccacttccgttccacaaaaatgttgaagcggatatgatatcgccattgggactta-tggggagccagca 38016123  T
Q  254 cttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 306  Q
    ||||||||| |||| | |||| ||||| | ||| ||||||||| | ||||||||    
T  38016124 cttgtgtgaatcgatatattgcagaaagagcaatcacacaagtaataatgatgt 38016177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 147
Target Start/End: Original strand, 33013852 - 33013989
Alignment:
Q  10 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttatt 109  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||   ||||| |||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  33013852 tgagattgacatcacaattacatccaagttcttaagacattatgagtcatctcactaatatgttgttcaatatatattatatgaaattcaatgtgttatt 33013951  T
Q  110 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaa 147  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  33013952 ttaacccacacttgacacattagcatctctcaattaaa 33013989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 93 - 306
Target Start/End: Original strand, 43387132 - 43387344
Alignment:
Q  93 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 192  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||  ||||  | |||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||      
T  43387132 gcattcaatgtgtaattttaactcacacttgacacattaacatctctctgttaagtacgagactctccgtgtctgcgatcca-caccacgaaccactttt 43387230  T
Q  193 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 291  Q
    |||||| ||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||||||| | || ||| |||||||||| ||| |||||    
T  43387231 gctcccaaaaaatgttgaaacggatatgatatcaccattgggactta-tggggatccaacacttgtgtgaattgacacaatgtagaaaaagcaatcacac 43387329  T
Q  292 aagtgagaatgatgt 306  Q
    |||||| ||| ||||    
T  43387330 aagtgaaaataatgt 43387344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0380
Description:

Target: scaffold0380; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 170 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 14503 - 14373
Alignment:
Q  170 atccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-a 268  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||  |||||| || |||| |||||||||||||| || | |    
T  14503 atccaccatcacgaaccacatccgctcctcaaaaatgttgaagcggatatgatatcaccattaagacttatggaggagccaacacttgtgtgaatcaaca 14404  T
Q  269 cattgtagaaaaaacaaccacacaagtgaga 299  Q
    ||||| |||||   ||| |||||||||||||    
T  14403 cattgaagaaagggcaatcacacaagtgaga 14373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 54 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 14595 - 14538
Alignment:
Q  54 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaa 113  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||    
T  14595 agtcatctcatttatatgttgttcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaa 14538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 226
Target Start/End: Original strand, 50251 - 50384
Alignment:
Q  93 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 192  Q
    |||||||| ||||||||||||   ||| |||||| |||||  |||||| |||||  | ||||||||   |||| | |||||||||| ||||| ||||||     
T  50251 gcattcaacgtgttattttaactgacacttgacatattaaattctctccattaagtacgagactctctatgtccgcgatccaccactacgaaccacttct 50350  T
Q  193 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatca 226  Q
    |||||| ||||| ||||||| | |||||||||||    
T  50351 gctcccaaaaaacgttgaagcggatatgatatca 50384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 211
Target Start/End: Original strand, 17510279 - 17510369
Alignment:
Q  121 ttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaa 211  Q
    |||||||||||||||||||| | |||   | |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||| || |||||| |||||||||||    
T  17510279 ttgacacattaacatctctccagtaagtgtcagactctttgtgcctgtgatcgaccaccaagaaccactcccactcccctaaaatgttgaa 17510369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 17542935 - 17542845
Alignment:
Q  121 ttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaa 211  Q
    |||||||||||||||||||| | |||   | |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||| || |||||| |||||||||||    
T  17542935 ttgacacattaacatctctccagtaagtgtcagactctttgtgcctgtgatcgaccaccaagaaccactcccactcccctaaaatgttgaa 17542845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 121 - 211
Target Start/End: Original strand, 17474795 - 17474885
Alignment:
Q  121 ttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaa 211  Q
    |||||||||||||||||||| | |||   | |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||| || | |||| |||||||||||    
T  17474795 ttgacacattaacatctctccagtaagtgtcagactctttgtgcctgtgatcgaccaccaagaaccactcccacacccctaaaatgttgaa 17474885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 121 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 17578419 - 17578329
Alignment:
Q  121 ttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaa 211  Q
    |||||||||||||||||||| | |||   | |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||| || | |||| |||||||||||    
T  17578419 ttgacacattaacatctctccagtaagtgtcagactctttgtgcctgtgatcgaccaccaagaaccactcccacacccctaaaatgttgaa 17578329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University