View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6868A_low_88 (Length: 312)

Name: NF6868A_low_88
Description: NF6868A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6868A_low_88
NF6868A_low_88
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (8-312)||(5002717-5003021)
chr3 (8-303)||(18454395-18454690)
chr3 (8-303)||(52279872-52280167)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-309)||(14870449-14870750)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (8-311)||(7984619-7984922)
chr1 (8-302)||(17506951-17507245)
[»] scaffold0112 (1 HSPs)
scaffold0112 (8-311)||(39337-39640)
[»] scaffold1580 (1 HSPs)
scaffold1580 (8-302)||(728-1022)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (8-303)||(32970027-32970322)
chr8 (8-303)||(38976285-38976580)
chr8 (8-303)||(39007383-39007678)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 8 - 312
Target Start/End: Original strand, 5002717 - 5003021
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5002717 ttggtgttgaagtatctaggaacactgaagtgactggtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 5002816  T
Q  108 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5002817 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 5002916  T
Q  208 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtgttctc 307  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5002917 gctttagttaaaactgatgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgttctc 5003016  T
Q  308 cagga 312  Q
    |||||    
T  5003017 cagga 5003021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 18454690 - 18454395
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 107  Q
    |||| |||||||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| |||| || | |||||||    
T  18454690 ttggagttgaagtgtctaggaaccctaaagtgactggtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatttcttagagagtcctgatgcatctga 18454591  T
Q  108 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||  |||| ||||| || |||||||||| |||||| ||||| | |||     
T  18454590 ggaagaagagggatcaagaaagaggaagctgaataggtttaagttgggcaataacaatgaccctgtagtatttgaggaggttcagatatttgcaagtggt 18454491  T
Q  208 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtgt 303  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  18454490 gttttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcaaagcaagacaaatgtgtacctagagaaaaatgagaagaaaagaattgtggtgaagtgt 18454395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 52280167 - 52279872
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 107  Q
    |||| |||||||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| |||| || | |||||||    
T  52280167 ttggagttgaagtgtctaggaaccctaaagtgactggtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatttcttagagagtcctgatgcatctga 52280068  T
Q  108 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||  |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| | |||     
T  52280067 ggaagaagagggatcaagaaagaggaagctgaataggtttaagttgggcaataacaatgaccctgtagtatttgaggagggtcagatatttgcaagtggt 52279968  T
Q  208 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtgt 303  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||  |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  52279967 gttttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcaaagcaagacaaatgtgtacctacagaaaaatgagaagaaaagaattgtggtgaagtgt 52279872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 8 - 309
Target Start/End: Original strand, 14870449 - 14870750
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14870449 ttggtgttgaagtatctaggaacactgaagtgactggtttagaagactttgaagatgatcatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 14870548  T
Q  108 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14870549 ggaagaagagggatcaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtagtgattgaggagggtcagatctttgccactggg 14870648  T
Q  208 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtgttctc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14870649 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcagaacaaaaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgttctc 14870748  T
Q  308 ca 309  Q
    ||    
T  14870749 ca 14870750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Original strand, 7984619 - 7984922
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||| ||| | ||||||||||||| | |||||||    
T  7984619 ttggtgttgaagaatctaggaaccctgaagtgactggtttagaagactttgaagatgaggacgaagactcggatatactagaaagtcttgatgcatctga 7984718  T
Q  108 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 207  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  7984719 ggtagaagagggatcaagaaggaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtagtctttgaggagggtcagatctttgccactggt 7984818  T
Q  208 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtgttctc 307  Q
      |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||     
T  7984819 cttttagttaaagctgttgtgagggagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgctctt 7984918  T
Q  308 cagg 311  Q
    ||||    
T  7984919 cagg 7984922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 17507245 - 17506951
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctag-aaagtcttggttcatctg 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||| || || |||| ||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||| |||| | || |||||||     
T  17507245 ttggtcttgaagtatctaggaaccctgaagtgactagtgtggatgactttgaagatgagaatg-agagtcagatgttctagaaaaggcatgtttcatct- 17507148  T
Q  107 aggaaga-agagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactg 205  Q
    | ||||| |  |  || |||||| |  |||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||| ||||  | |||||||| ||||    
T  17507147 aagaagataatgctatcaagaaaaa--aaactgcaaaggtttaagttgggtattaataatgaacctgtgatatttgagaaggggaaaatctttgcaactg 17507050  T
Q  206 gggctttagt--taaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtg 302  Q
      |  |||||   |||| || ||||| ||| |||| ||||||  | | ||||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  17507049 ttgggttagtaaaaaaaatgttgtgaaagaatatgctttgcagcataggaagaatgtgtgcctcaagaaaaatgagaagaaaagaattgtggtgaagtg 17506951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0112 (Bit Score: 176; Significance: 8e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0112
Description:

Target: scaffold0112; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 39640 - 39337
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 107  Q
    |||||||||||  ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| | |||||||||| || | |||||||    
T  39640 ttggtgttgaacaatctaggaaccctgaagtgactggtttggaagactttgaagatgaggatgaagtctcagatatactagaaagtcctgatgcatctga 39541  T
Q  108 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 207  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  39540 ggaagaagagagatcaagaaggaggaaaatgaataggtttaagttggttattaacaatgaacctgtagtatttgaggagggtcagatctttgccactggt 39441  T
Q  208 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtgttctc 307  Q
      |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||    
T  39440 cttttagttaaaactgatgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgctatc 39341  T
Q  308 cagg 311  Q
    ||||    
T  39340 cagg 39337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1580 (Bit Score: 171; Significance: 8e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold1580
Description:

Target: scaffold1580; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 1022 - 728
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 107  Q
    |||||||||||  ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||| | ||||||||||||| |  ||||||    
T  1022 ttggtgttgaacaatctaggaaccctgaagtgactggtttggaagactttgaagatgaggatgaagtctgagatatactagaaagtcttgatgtatctga 923  T
Q  108 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 207  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  922 ggaagaagagagatgaagaaggaggaaactgaataggtttaagttgggtattaacaatgaacctgtagtatttgaggagggtcagatctttgccactggt 823  T
Q  208 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtg 302  Q
      ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  822 cttttagttaaaactgaggtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctcgagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtg 728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 156; Significance: 7e-83; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 303
Target Start/End: Original strand, 32970027 - 32970322
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| |||| || | |||||||    
T  32970027 ttggtgttgaagtgtctaggaaccctcaagtgactggtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatttcttagagagtcctgatgcatctga 32970126  T
Q  108 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  32970127 ggaagaagagggatcaagaaagaggaaactgaataggtttaagttaggcactaacaatgaccctgtagtatttgaggagggtcagatctttgcaactggt 32970226  T
Q  208 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtgt 303  Q
      |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  32970227 cttttaattaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagagcaagacaaatgtgtacctagagaaaaatgagaagaaacgaattgtggtgaagtgt 32970322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 8 - 303
Target Start/End: Original strand, 38976285 - 38976580
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 107  Q
    |||| |||||||| |||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| |||| || | |||||||    
T  38976285 ttggagttgaagtgtctaggaaccctaaagtgactagtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatttcttagagagtcctgatgcatctga 38976384  T
Q  108 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||  |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| | |||     
T  38976385 ggaagaagagggatcaagaaagaggaagctgaataggtttaagttgggcaataacaatgaccctgtagtatttgaggagggtcagatatttgcaagtggt 38976484  T
Q  208 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtgt 303  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||  |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  38976485 gttttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcaaagcaagacaaatgtgtacctacagaaaaatgagaagaaaagaattgtggtgaagtgt 38976580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 8 - 303
Target Start/End: Original strand, 39007383 - 39007678
Alignment:
Q  8 ttggtgttgaagtatctaggaacattgaagtggctggtttggaagactttgaaaatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 107  Q
    |||| |||||||| |||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| |||| || | |||||||    
T  39007383 ttggagttgaagtgtctaggaaccctaaagtgactagtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatttcttagagagtcctgatgcatctga 39007482  T
Q  108 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||  |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| | |||     
T  39007483 ggaagaagagggatcaagaaagaggaagctgaataggtttaagttgggcaataacaatgaccctgtagtatttgaggagggtcagatatttgcaagtggt 39007582  T
Q  208 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcataacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgttgtcaagtgt 303  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||  |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  39007583 gttttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcaaagcaagacaaatgtgtacctacagaaaaatgagaagaaaagaattgtggtgaagtgt 39007678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University