View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6869A_low_37 (Length: 327)

Name: NF6869A_low_37
Description: NF6869A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6869A_low_37
NF6869A_low_37
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (6-315)||(30049387-30049719)
chr8 (6-313)||(7162342-7162671)
chr8 (6-178)||(30045121-30045316)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (6-315)||(3945641-3945973)
chr4 (6-180)||(3941377-3941574)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (6-313)||(22365271-22365597)
chr3 (6-178)||(22361019-22361210)
chr3 (94-159)||(23397337-23397404)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (6-315)||(39949463-39949789)
chr7 (6-179)||(39953855-39954045)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (6-315)||(196311-196628)
chr5 (6-180)||(200690-200872)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-178)||(1330569-1330760)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 6 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 30049719 - 30049387
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatat----gacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact---------------- 85  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
T  30049719 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagtttt 30049620  T
Q  86 ---aacaaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcc 182  Q
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049619 actaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcc 30049520  T
Q  183 tccttaaaacttttttgaaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcag 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049519 tccttaaaacttttttgaaatactcctagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcag 30049420  T
Q  283 aactgcagtgctgcagttttacatctccatttt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049419 aactgcagtgctgcagttttacatctccatttt 30049387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 6 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 7162671 - 7162342
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaactt---------------------gtgcag-ataatctta 83  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||                     |||||| ||| | |||    
T  7162671 aatacttagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctgcttaacttgtgcagataaccttattacttgtgcagcatagtttta 7162572  T
Q  84 ctaacaaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcct 183  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162571 ctaacaaaataagttaaaatgattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcct 7162472  T
Q  184 ccttaaaacttttttgaaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcaga 283  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162471 ccttaaaacttttctggaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactagcaagtgccttttttaaaatgtctgccaattgttcttcaga 7162372  T
Q  284 actgcagtgctgcagttttacatctccatt 313  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7162371 actgcagtgctgcaattttacatctccatt 7162342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 30045316 - 30045121
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatat----gacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact---------------- 85  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
T  30045316 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagtttt 30045217  T
Q  86 ---aacaaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 178  Q
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045216 actaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 30045121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 6 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 3945973 - 3945641
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatat----gacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact---------------- 85  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
T  3945973 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagtttt 3945874  T
Q  86 ---aacaaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcc 182  Q
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945873 actaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcc 3945774  T
Q  183 tccttaaaacttttttgaaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcag 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945773 tccttaaaacttttttgaaatactcctagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcag 3945674  T
Q  283 aactgcagtgctgcagttttacatctccatttt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945673 aactgcagtgctgcagttttacatctccatttt 3945641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 6 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 3941574 - 3941377
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatat----gacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact---------------- 85  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
T  3941574 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagtttt 3941475  T
Q  86 ---aacaaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 180  Q
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941474 actaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 3941377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 6 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 22365597 - 22365271
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact-------------------a 86  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||                   |    
T  22365597 aatacttagtaatgactcagcctatgcttagttgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataaccttacttatgcagcatagttttacta 22365498  T
Q  87 acaaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctcct 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365497 acaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctcct 22365398  T
Q  187 taaaacttttttgaaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaact 286  Q
    |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365397 taaaacttatctggaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaact 22365298  T
Q  287 gcagtgctgcagttttacatctccatt 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  22365297 gcagtgctgcaattttacatctccatt 22365271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 22361210 - 22361019
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact-------------------a 86  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||                   |    
T  22361210 aatacttagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataaccttacttgtgcagcatagctttacta 22361111  T
Q  87 acaaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361110 acaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 22361019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 94 - 159
Target Start/End: Original strand, 23397337 - 23397404
Alignment:
Q  94 aagttaaaataattacacgca--taagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagtttt 159  Q
    |||||||||| ||||||| ||  || ||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||    
T  23397337 aagttaaaatcattacacacacataggcaataaagtaacattaacaacgaaatattcagaaaagtttt 23397404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 6 - 315
Target Start/End: Original strand, 39949463 - 39949789
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttg----------------tgcag-ataatcttactaac 88  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| ||| | ||||||||    
T  39949463 aatacttagtaataactcagcctatgtttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaac 39949562  T
Q  89 aaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctcctta 188  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949563 aaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtataaagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctcctta 39949662  T
Q  189 aaacttttttgaaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgc 288  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949663 aaacttttctggaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaactgc 39949762  T
Q  289 agtgctgcagttttacatctccatttt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  39949763 agtgctgcagttttacatctccatttt 39949789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 6 - 179
Target Start/End: Original strand, 39953855 - 39954045
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttg----------------tgcag-ataatcttactaac 88  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| ||| | ||||||||    
T  39953855 aatacttagtaataactcagtctatgtttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaac 39953954  T
Q  89 aaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 179  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953955 aaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtataaagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 39954045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 6 - 315
Target Start/End: Original strand, 196311 - 196628
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttact-------------------a 86  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||                   |    
T  196311 aatacttagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacgtaaacctacttaactcgtgcagataaccttacttgtgcagcatagttttacta 196410  T
Q  87 acaaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctcct 186  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196411 acaaaacaagttaaaatgattacacacataaacaataaagtaacataa-----------ttcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactcctcct 196499  T
Q  187 taaaacttttttgaaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaact 286  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196500 taaaacttttttgaaatactcctagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttcagaact 196599  T
Q  287 gcagtgctgcagttttacatctccatttt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  196600 gcagtgctgcagttttacatctccatttt 196628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 6 - 180
Target Start/End: Original strand, 200690 - 200872
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataa-------------------tcttacta 86  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||                   | ||||||    
T  200690 aatacttagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgaggtaaacctacttaacttgtgcagataaccttacttgtgcagcatagttttacta 200789  T
Q  87 acaaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 180  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200790 acaaaacaagttaaaatgattacacacataaacaataaagtaacata-----------attcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 200872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 1330760 - 1330569
Alignment:
Q  6 aatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataa-------------------tcttacta 86  Q
    |||||| | |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   | ||||||    
T  1330760 aatacttactaatgactcaacctatactttgctgatgtcatatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagtatagttttacta 1330661  T
Q  87 acaaaacaagttaaaataattacacgcataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 178  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1330660 acaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaatagagtaacataaacaataaagtattcagacaagttttataggtcaattagtcaaca 1330569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University