View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6870A_low_38 (Length: 292)

Name: NF6870A_low_38
Description: NF6870A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6870A_low_38
NF6870A_low_38
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-286)||(2338383-2338668)
chr7 (1-281)||(2330527-2330807)
chr7 (1-250)||(2321913-2322162)
chr7 (4-217)||(3954500-3954713)
chr7 (1-237)||(1089254-1089490)
chr7 (1-286)||(1597007-1597292)
chr7 (1-253)||(1549892-1550144)
chr7 (1-286)||(1604981-1605266)
chr7 (1-286)||(1556679-1556964)
chr7 (1-237)||(1106594-1106830)
chr7 (1-284)||(1540636-1540919)
chr7 (4-215)||(3853238-3853449)
chr7 (21-251)||(1563970-1564200)
chr7 (73-237)||(2335141-2335308)
chr7 (113-253)||(2326313-2326455)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (6-276)||(18738524-18738794)
chr8 (6-276)||(18743488-18743758)
chr8 (1-276)||(18748455-18748730)
chr8 (1-253)||(18722826-18723078)
[»] scaffold0491 (1 HSPs)
scaffold0491 (1-276)||(5296-5571)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 2338383 - 2338668
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  2338383 gtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagtagtggcacttgaaactttaatgggaagacaccctggtgatatactatcatagcttcagttagcat 2338482  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  2338483 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgccgtagtagc 2338582  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgttgaagagtttcgtcacagagcttacaccgttaa 286  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||  ||||||   ||||||| ||| ||||| || |||| ||||    
T  2338583 atttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtcccagagattgcaccattaa 2338668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Original strand, 2330527 - 2330807
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330527 gtgagtgaaaagtgcgatgtatatagttttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 2330626  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||    
T  2330627 cgactcaagggatgaaattatgtgaagtattagaccaacgtctcccacttccaaataatgtaaaggttttactggacataattcgtgttgccgtagtagc 2330726  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgttgaagagtttcgtcacagagcttacacc 281  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||  ||||||   ||||||| |||| ||||||| ||||    
T  2330727 atttggatgcttaaatctcaacccttgcgctcgaccatcaatgaaaagtgtgtcacagagttttgtcatagagcttgcacc 2330807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 2321913 - 2322162
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321913 gtgagtgaaaagtgcgatgtatatagctttggagttgtggcacttgaaactttaatgggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 2322012  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   | | ||    
T  2322013 caactcaaggcattaagttatgtgaagtattagaccaacgtcttctacttccgaataatgtgatggttttacttgacataattcgtgttgccacaatagc 2322112  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtg 250  Q
    |||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||  |||||| ||||    
T  2322113 atttgcttgcttaaatctcaatcctttctctcgaccaacaatgaaatgtg 2322162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3954713 - 3954500
Alignment:
Q  4 agtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcatcga 103  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | |||||| | || |  || ||| ||||||||||||| ||| |||| |    
T  3954713 agtgaaaaatgtgatgtatatagttttggagtagtggcacttgaaattttagtgggaagatatcccgaggaaatattgtcatcacttcaattaacatcaa 3954614  T
Q  104 ctcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgcatt 203  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||     
T  3954613 ctcaagacatcaaattatgtgaagtattagaccaacgtctcccacttccaaatgatgtgaaagttttacttgacataattcatgttgttgtagtagcatc 3954514  T
Q  204 tgcatgcttaaatc 217  Q
    ||||||||||||||    
T  3954513 tgcatgcttaaatc 3954500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 1089254 - 1089490
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||  |||||| ||||||| ||||| | | |||    
T  1089254 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagttggaaggcaccctgaagatatattgtcatcccttcaatcaacat 1089353  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    |||| ||| | || ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |  |  | | | | ||||||||||| |||||| || || ||    
T  1089354 cgacacaaagtatcaaattatgtcaagtattagaccaacgtcttccacttccaagtaaagaaatagctatccatgacataattcatgttgccgtggtagc 1089453  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgacca 237  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  1089454 atttgcatgcttaaatctcaatcctcgttctcgacca 1089490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 1597007 - 1597292
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||| | | |||    
T  1597007 gtgaatgaaaagtgtgatgtatatagctttggcgtggtggcacttgaaactttagttggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcatcat 1597106  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    |||| ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||  ||| ||| | ||||||||| ||||||  |||| ||    
T  1597107 cgacacaaagtctcaaactatgtcaagtattagaccaacgtcttccacttccaaataatgagatagttatacgtcacataattcatgttgccatagttgc 1597206  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgttgaagagtttcgtcacagagcttacaccgttaa 286  Q
    |||||||||||||| | |  | ||||| |||||||||  ||||||  ||||||   | ||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  1597207 atttgcatgcttaactattgatcctcgttctcgaccaacaatgaaacgtgtgtcacaaagttttgtcaccgagcttacaccattaa 1597292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 1550144 - 1549892
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||  |||||||  |||||| || |||||||||| |   |||    
T  1550144 gtgaatgagaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaacattagttggaaagcaccctgaggatatattggcatcacttcaatctccat 1550045  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    |||| ||| | || ||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||  |  ||| ||| |||||||||||  ||||| || || ||    
T  1550044 cgacacaaagtatcaaattatgtcaagtattagaccaacgtattccacttccaaataatgaaatagttatacgtgacataattcaagttgccgtggtagc 1549945  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgt 253  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  1549944 atttgcatgtttaaatctcaatcctcgctctcgaccaacaatgaaatgtgtgt 1549892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 1604981 - 1605266
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||  |||||| ||||||||||||| | |   |    
T  1604981 gtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaagctttagttggaaggcaccctgaggatatattgtcatcacttcaatcaaatt 1605080  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatg-tgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcg 199  Q
    |||| ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || | ||| ||| ||||||||||| |||||| || || |    
T  1605081 cgacacaaagtgtcaaactatgtcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataacgatgta-gttatacgtgacataattcatgttgccgtggttg 1605179  T
Q  200 catttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgttgaagagtttcgtcacagagcttacaccgttaa 286  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  ||||||  ||||||   | ||||| ||||| ||||| ||||| ||||    
T  1605180 catttgcatgcttaaatatcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaacgtgtgtcacaaagttttgtcacggagctcacaccattaa 1605266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 1556964 - 1556679
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| ||||| || || ||||||||||||||| | ||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||| | |||    
T  1556964 gtgaatgaaaagtgtgatgcatatagttttggtgttgtagcacttgaaactttagttggaaggcatcctggagatttactgtcatcacttcagtcaacat 1556865  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    |||| | | |  | ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  ||| ||| ||||||||||| |||||  || || ||    
T  1556864 cgacacgaagtgtcaaactatgtcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataatgacatagttatacgtgacataattcatgttgtcgtggttgc 1556765  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgttgaagagtttcgtcacagagcttacaccgttaa 286  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||  ||||||  ||||||   | ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  1556764 atttgcatgcttaaatatcaatcctcattctcgaccaacaatgaaacgtgtgtcacaaagttttgtcactgaacttacaccattaa 1556679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 1106594 - 1106830
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||  |||||| ||||||||||||| | |   |    
T  1106594 gtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaagctttagttggaaggcaccctgaggatatattgtcatcacttcaatcaaatt 1106693  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    || | ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |     ||| ||| ||||||||||| |||||| || || ||    
T  1106694 cgccacaaagtgtcaaactatgtcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataacgacgtagttatacgtgacataattcatgttgccgtggttgc 1106793  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgacca 237  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  1106794 atttgcatgcttaaatatcaatcctcgttctcgacca 1106830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 1540919 - 1540636
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||| | | |||    
T  1540919 gtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtgacacttgaaactttagttggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaacat 1540820  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    ||||   | |  | ||| || || ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |  ||| ||| ||||||||||| |||| |  | || ||    
T  1540819 cgacaagaagtgtcaaactacgtcaagtattagaccaacgtcttccacttccaaataatgacatagttatacgtgacataattcatgtttccctggtagc 1540720  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgttgaagagtttcgtcacagagcttacaccgtt 284  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||  ||||||  ||||||   | ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  1540719 atttgcatgcttaaatggcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaacgtgtgtcacaaagttttgtcaccgagcttacaccgtt 1540636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 4 - 215
Target Start/End: Original strand, 3853238 - 3853449
Alignment:
Q  4 agtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcatcga 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||| ||||  || ||| ||||||||||||| ||| |||| |    
T  3853238 agtgaaaagtgtgatgtatatagttttggggtaatggcacttgaaattttattgggaagacatcctgaggaaatattgtcatcacttcaattaacatcaa 3853337  T
Q  104 ctcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgcatt 203  Q
    |||||| ||| ||| || |||||||| ||||| | ||||||| || ||||||||||| || ||||| |||| |||| ||||  |||||||| || |||||    
T  3853338 ctcaagacatcaaactacgtgaagtactagacaaacgtctccaacgtccaaataatgagatggtttcacttcacattattcaggttgctgtcgtagcatt 3853437  T
Q  204 tgcatgcttaaa 215  Q
    |||||| |||||    
T  3853438 tgcatgtttaaa 3853449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 1564200 - 1563970
Alignment:
Q  21 atatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcatcgactcaaggcatgaaatta 120  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||||||| | |||||  | ||||| |||||| ||||||||||||| | | ||||||| ||| | || ||||||    
T  1564200 atatagttttggtgtagtgacacttgaaactttagttggaaggaaacctggagatatattgtcatcacttcaatcaacatcgacacaaagtatcaaatta 1564101  T
Q  121 tgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgcatttgcatgcttaaatctca 220  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |  |  ||| ||| ||||||||||| |||||| || || ||||||||| | ||||||||||    
T  1564100 tgtcaagtattagaccaacgtcttcgacttccaaataacgaaatagttatacgtgacataattcatgttgccgtggtagcatttgcaagtttaaatctca 1564001  T
Q  221 accctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgt 251  Q
    | ||||| |||||||||  |||||| |||||    
T  1564000 atcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgt 1563970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 73 - 237
Target Start/End: Original strand, 2335141 - 2335308
Alignment:
Q  73 gatatactgtcatcacttcagttagcatcgactcaaggcatgaaatta---tgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttt 169  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||| ||||  ||||||||||||   |||||||||||||| || | || || | ||||||||||||||| |||||    
T  2335141 gatatattgtcatcacttcaatttgcatcaactctcggcatgaaattattatgtgaagtattagaacaacatcccctatttccaaataatgtgatggttt 2335240  T
Q  170 tacttgacataattcgtgttgctgtagtcgcatttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgacca 237  Q
    |||||||||||||||||||||   | || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  2335241 tacttgacataattcgtgttgtcattgtagcatttgcatgcttaaatctcaatccttgctcttgacca 2335308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 113 - 253
Target Start/End: Original strand, 2326313 - 2326455
Alignment:
Q  113 tgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgac--ataattcgtgttgctgtagtcgcatttgcatgc 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||  |||| |||||||||| |    
T  2326313 tgaagttatgtgaagtattagaccaacgtctcccacttctgaataatatgatggttttacttgacatataattcgtgttgccttagtagcatttgcatac 2326412  T
Q  211 ttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgt 253  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||  |||||| |||||||    
T  2326413 ttaaatctcaatcctttctctcgaccaacaatgaaatgtgtgt 2326455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 18738794 - 18738524
Alignment:
Q  6 tgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcatcgact 105  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||| | | |||||||     
T  18738794 tgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagttggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaacatcgaca 18738695  T
Q  106 caaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgcatttg 205  Q
    ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |  ||| ||| ||||||||||| || ||| || || |||||||    
T  18738694 caaagtctcaaactatgtcaagtattagaccaccgtcttccacttccaaataatgacatagttatacgtgacataattcatgctgccgtggtagcatttg 18738595  T
Q  206 catgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgttgaagagtttcgtcacagagctt 276  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||||||||  |||||| ||||||| | | ||||| ||||| ||||||    
T  18738594 catgcttaaatgtcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcgcaaagttttgtcaccgagctt 18738524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 18743758 - 18743488
Alignment:
Q  6 tgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcatcgact 105  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||| | | |||||||     
T  18743758 tgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagttggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaacatcgaca 18743659  T
Q  106 caaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgcatttg 205  Q
    ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |  ||| ||| ||||||||||| || ||| || || |||||||    
T  18743658 caaagtctcaaactatgtcaagtattagaccaccgtcttccacttccaaataatgacatagttatacgtgacataattcatgctgccgtggtagcatttg 18743559  T
Q  206 catgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgttgaagagtttcgtcacagagctt 276  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||||||||  |||||| ||||||| | | ||||| ||||| ||||||    
T  18743558 catgcttaaatgtcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcgcaaagttttgtcaccgagctt 18743488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 18748730 - 18748455
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||| | | |||    
T  18748730 gtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagctggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaacat 18748631  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    |||| ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| ||| | ||||||||| | |||| || || ||    
T  18748630 cgacacaaagtgtcaaactatgtcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataatgaaatggttatacgtaacataattcattttgccgttgttgc 18748531  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgttgaagagtttcgtcacagagctt 276  Q
     ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  |||||| ||||||| | | ||||| ||||| ||||||    
T  18748530 ctttgcatgcttaaatgtcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcgcaaagttttgtcaccgagctt 18748455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 18723078 - 18722826
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||| | | |||    
T  18723078 gtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagctggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaacat 18722979  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    | || ||| |  | ||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| ||| | ||||||||| | |||| || || ||    
T  18722978 caacacaaagtgtcaaactatatcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataatgaaatggttatacgtaacataattcattttgccgttgttgc 18722879  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgt 253  Q
     ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  |||||| |||||||    
T  18722878 ctttgcatgcttaaatgtcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtgt 18722826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 5571 - 5296
Alignment:
Q  1 gtgagtgaaaagtgtgatgtatatagctttggagtagtggcacttgaaactttaataggaagacaccctggtgatatactgtcatcacttcagttagcat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||| | | |||    
T  5571 gtgaatgaaaagtgtgatgtatatagttttggtgtagtggcacttgaaactttagctggaaggcaccctggggatttattgtcatcacttcaatcaacat 5472  T
Q  101 cgactcaaggcatgaaattatgtgaagtattagaccagcgtctcccacttccaaataatgtgaaggttttacttgacataattcgtgttgctgtagtcgc 200  Q
    |||| ||| |  | ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| ||| | ||||||||| | |||| || || ||    
T  5471 cgacacaaagtgtcaaactatgtcaagtattagaccagcgtcttccacttccaaataatgaaatggttatacgtaacataattcattttgccgttgttgc 5372  T
Q  201 atttgcatgcttaaatctcaaccctcgctctcgaccagaaatgaagtgtgtgttgaagagtttcgtcacagagctt 276  Q
     ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  |||||| ||||||| | | ||||| ||||| ||||||    
T  5371 ctttgcatgcttaaatgtcaatcctcgttctcgaccaacaatgaaatgtgtgtcgcaaagttttgtcaccgagctt 5296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University