View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF6871A_low_5 (Length: 476)
Name: NF6871A_low_5
Description: NF6871A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6871A_low_5 |
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| [»] chr6 (1 HSPs) |
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| [»] chr3 (3 HSPs) |
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| [»] chr4 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 29090465 - 29090003
Alignment:
| Q |
15 |
catcaagtacaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcaaggatttgacccatttaacagc |
114 |
Q |
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| T |
29090465 |
catcaagtacaacaacacctttttatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcgaggatttgacccatttaacagc |
29090366 |
T |
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| Q |
115 |
ataacgaatctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccatatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatcc |
214 |
Q |
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| T |
29090365 |
atgacgaatctttgaaatagacccttgtttatcctccctcaagccagatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccacatgtgaacataatcc |
29090266 |
T |
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| Q |
215 |
ccatttaggacgtgattgccccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatct |
314 |
Q |
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| T |
29090265 |
ccatttaggacgtgattgtcccaagaactcatcatgttatgcagatatcgaatcataacatcatttgccttggcattatccaccgttaccgttaatatct |
29090166 |
T |
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| Q |
315 |
taccatacaacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtg |
414 |
Q |
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| T |
29090165 |
taccatacaacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtg |
29090066 |
T |
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| Q |
415 |
tagcttcaattca-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
476 |
Q |
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| T |
29090065 |
cagcttcaattcacgatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
29090003 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 5936171 - 5935708
Alignment:
| Q |
14 |
acatcaagtacaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcaaggatttgacccatttaacag |
113 |
Q |
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| T |
5936171 |
acatcaagtacaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatctcatgaacttttccaatctagatagcgaggatttaacccatttaacaa |
5936072 |
T |
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| Q |
114 |
cataacgaatctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccatatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatc |
213 |
Q |
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| T |
5936071 |
catgacgaatctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccagatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatc |
5935972 |
T |
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| Q |
214 |
cccatttaggacgtgattgccccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatc |
313 |
Q |
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| T |
5935971 |
cccatttaggacgtgattgtcccaagaactcatcatgttatgcagatatcgaatcataacatcatttgccttggcattatccaccgttatcgttaatatc |
5935872 |
T |
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| Q |
314 |
ttaccatacaacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgt |
413 |
Q |
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| T |
5935871 |
ttaccatacaacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccatgatttggcaaaagttgatgattttcttgt |
5935772 |
T |
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| Q |
414 |
gtagcttcaattca-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
476 |
Q |
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| T |
5935771 |
gcagcttcaattcacgatcaacaaaatgaacgatgaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
5935708 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 476
Target Start/End: Original strand, 5933293 - 5933756
Alignment:
| Q |
14 |
acatcaagtacaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcaaggatttgacccatttaacag |
113 |
Q |
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| T |
5933293 |
acatcaagtacaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatctcataaacttttccaatctagatggcgaggatttaacccatttaacag |
5933392 |
T |
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| Q |
114 |
cataacgaatctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccatatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatc |
213 |
Q |
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| T |
5933393 |
catgacgaatctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccagatttcacaataaggtttactacatgtgtgcaacaccgcatgtgaacataatc |
5933492 |
T |
|
| Q |
214 |
cccatttaggacgtgattgccccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatc |
313 |
Q |
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| T |
5933493 |
cccatttaggacgtgattgtcccaataactcatcatattatgcagatatcgaatcataacatcatttgccttggcattatccaccgttaccgttaatatc |
5933592 |
T |
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| Q |
314 |
ttaccatacaacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgt |
413 |
Q |
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| T |
5933593 |
ttaccatacaagccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccatgtgacctatgatttggcaaaagttgatgattttcttgt |
5933692 |
T |
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| Q |
414 |
gtagcttcaattca-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
476 |
Q |
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| T |
5933693 |
gcagcttcaattcacgatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
5933756 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 476
Target Start/End: Original strand, 4316299 - 4316753
Alignment:
| Q |
14 |
acatcaagtacaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcaaggatttgacccatttaacag |
113 |
Q |
| |
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| T |
4316299 |
acatcaagtacaacagcacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcgaggatttgacccatttaacag |
4316398 |
T |
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| Q |
114 |
cataacgaatctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccatatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatc |
213 |
Q |
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| T |
4316399 |
catgacgaatctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccagatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaatataatc |
4316498 |
T |
|
| Q |
214 |
cccatttaggacgtgattgccccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatc |
313 |
Q |
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| T |
4316499 |
cccatttaggacgtgattgtcccaagaactcatcatgttatgcaaatattgaatcataacatcatttgccttggcattatccaccgttaccgttaatatc |
4316598 |
T |
|
| Q |
314 |
ttaccatacaacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgt |
413 |
Q |
| |
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| T |
4316599 |
ttaccatacaacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtct---------cctgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgt |
4316689 |
T |
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| Q |
414 |
gtagcttcaattca-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
476 |
Q |
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| T |
4316690 |
gcagcttcaattcacgatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
4316753 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 16046375 - 16045912
Alignment:
| Q |
14 |
acatcaagtacaacaacacctttgtatggaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcaaggatttgacccatttaacag |
113 |
Q |
| |
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|
| T |
16046375 |
acatcaagtacaacaacacctttgtatgaaattttctcatcagaagcacatatcatgaacttttccaatctagatggcgaggatttgacccatttaactg |
16046276 |
T |
|
| Q |
114 |
cataacgaatctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccatatttcacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatc |
213 |
Q |
| |
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| T |
16046275 |
catgacgaatctttgaaatagacccttgtttatcctccttcaagccagattttacaataaggtttaatacatgcgtgcaacaccgcatgtgaacataatc |
16046176 |
T |
|
| Q |
214 |
cccatttaggacgtgattgccccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatc |
313 |
Q |
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| T |
16046175 |
cccatttaggacgtgattgtcccaagaactcatcatgttatgcagatatcgaatcataacatcatttgtcttggcattacccaccgttaccgttaatatc |
16046076 |
T |
|
| Q |
314 |
ttaccatacaacccccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgt |
413 |
Q |
| |
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| T |
16046075 |
ttaccatacaaccctcaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacttgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgt |
16045976 |
T |
|
| Q |
414 |
gtagcttcaattca-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
476 |
Q |
| |
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| T |
16045975 |
gcagcttcaattcacgatcagcaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagttttgatttga |
16045912 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 227 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 10143093 - 10142850
Alignment:
| Q |
227 |
tgattgccccaagaactcatcatattatgcaaatatcgaatcatcacatcatttgccttggcattatccaccgtcaccgttaatatcttaccatacaacc |
326 |
Q |
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| T |
10143093 |
tgattgccccacaaactcatcatgttatgaaggtatcgaatcataacttcatttgacttgacattgtccaccgttaccgttaagattttaccgttcaacc |
10142994 |
T |
|
| Q |
327 |
cccaatccctcaaataagtgtcaacatatttacccaacatgtctcccgtgtgacccgtgatttggcaaaagttgatgattttcttgtgtagcttcaattc |
426 |
Q |
| |
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| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||| || ||||| || |
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|
| T |
10142993 |
ctcaattccttaaatatgtgtcaacatatttacccaacatatcttcggtgtgacccatgatttgacaaaagttgataattttctcgtgcagtttcaactc |
10142894 |
T |
|
| Q |
427 |
a-tatcaacaaaatgaacggtcaaactcatgtaatttaagtttt |
469 |
Q |
| |
|
| || |||||||||||| ||| |||||| ||| |||| |||| |
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| T |
10142893 |
accattaacaaaatgaacaatcagactcatataacttaaatttt |
10142850 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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