View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6873A_low_1 (Length: 709)

Name: NF6873A_low_1
Description: NF6873A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6873A_low_1
NF6873A_low_1
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (27-707)||(35938762-35939446)
chr7 (67-617)||(35981485-35982035)
chr7 (67-617)||(36002897-36003447)
chr7 (64-618)||(35976916-35977470)
chr7 (64-618)||(35998328-35998882)
chr7 (64-618)||(35957461-35958015)
chr7 (58-567)||(36217707-36218216)
chr7 (69-618)||(35946258-35946807)
chr7 (64-625)||(32727039-32727605)
chr7 (64-567)||(36221698-36222201)
chr7 (109-338)||(35951937-35952166)
chr7 (510-563)||(35954965-35955018)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (88-620)||(18117552-18118084)
chr1 (66-620)||(18125183-18125737)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (64-628)||(26328679-26329243)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 640; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 640; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 707
Target Start/End: Original strand, 35938762 - 35939446
Alignment:
Q  27 aagtttagcaatactgcatctataagtgcggaaggtgtaatctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatca 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35938762 aagtttagcaatactgcatctataatcgcggaaggtgtaatctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggcatttgatca 35938861  T
Q  127 tagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgcatctgttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttg 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35938862 tagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgcttctgttctaaattccatatctcagaatctcttacaaattcccacttatttaaatcaaattttg 35938961  T
Q  227 aaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtggaactccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttc 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35938962 aaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtggaactccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttc 35939061  T
Q  327 ttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagataaactgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagca 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939062 ttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagataaactgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagca 35939161  T
Q  427 atcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatcctactgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgat----catcattc 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||    
T  35939162 atcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcattctactgtgccaacttttatcaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatccatcattc 35939261  T
Q  523 catatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaagtttagatctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttcttgct 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939262 catatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaagtttagatctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttcttgct 35939361  T
Q  623 gagaaaaactaaccgttggagttggactagaagtaaatgtggaagcgaagcccgagttgattattttaataattatctgcctgat 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35939362 gagaaaaactaaccgttggagttggactagaagtaaatgtggaagcgaagcccgagttgattattttaataattatctgcctgat 35939446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 67 - 617
Target Start/End: Original strand, 35981485 - 35982035
Alignment:
Q  67 tctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgcatct 166  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||| || | |||    
T  35981485 tctttgggatagagggaaaagtaagcaaaacactgcctcaaataggatggcatttgatcataacttaacttcagggcaggtaaaatatcatctttcttct 35981584  T
Q  167 gttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtggaac 266  Q
    | |||| |||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  35981585 gctctagattccataactcagaatcccttacaaatacccacttatttaaatcaagctttgaaaacagggaacttcctaatgttttgacagctagtggaac 35981684  T
Q  267 tccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagataaa 366  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| | || | ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  35981685 tcctcgacattttttcacaatttcttttccgatatccactagatttggatattttgtttcttcaccttccttaaatgcccatttgacaaacagagataaa 35981784  T
Q  367 ctgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatccta 466  Q
    |  | || |  |||||| || |  || |||||||  ||||||   ||| |||| |||| ||| || ||||| ||||| ||||| |  ||||||| |||      
T  35981785 caatcctttggagaaagacctttcaaaagatacggaggaacatcacccatcatcgaagaaattgagttactacgtgtagtcaccaaaattttgcttccag 35981884  T
Q  467 ctgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaagttt 566  Q
    ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  ||||| ||||| |||||||||||||| |  ||||||||    
T  35981885 ctgcgccaactttgatcaaatctttcaactcaatccattttgcacgatcatcattccgcacatcatccaacacaagtaaaaacttttgtctggaaagttt 35981984  T
Q  567 agatctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttc 617  Q
    |  ||| | |||| ||   || ||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  35981985 atgtcttagacgagtttgtagttgctcaatatctaagttgttaaggttttc 35982035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 67 - 617
Target Start/End: Original strand, 36002897 - 36003447
Alignment:
Q  67 tctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgcatct 166  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||| || | |||    
T  36002897 tctttgggatagagggaaaagtaagcaaaacactgcctcaaataggatggcatttgatcataacttaacttcagggcaggtaaaatatcatctttcttct 36002996  T
Q  167 gttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtggaac 266  Q
    | |||| |||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  36002997 gctctagattccataactcagaatcccttacaaatacccacttatttaaatcaagctttgaaaacagggaacttcctaatgttttgacagctagtggaac 36003096  T
Q  267 tccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagataaa 366  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| | || | ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  36003097 tcctcgacattttttcacaatttcttttccgatatccactagatttggatattttgtttcttcaccttccttaaatgcccatttgacaaacagagataaa 36003196  T
Q  367 ctgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatccta 466  Q
    |  | || |  |||||| || |  || |||||||  ||||||   ||| |||| |||| ||| || ||||| ||||| ||||| |  ||||||| |||      
T  36003197 caatcctttggagaaagacctttcaaaagatacggaggaacatcacccatcatcgaagaaattgagttactacgtgtagtcaccaaaattttgcttccag 36003296  T
Q  467 ctgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaagttt 566  Q
    ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  ||||| ||||| |||||||||||||| |  ||||||||    
T  36003297 ctgcgccaactttgatcaaatctttcaactcaatccattttgcacgatcatcattccgcacatcatccaacacaagtaaaaacttttgtctggaaagttt 36003396  T
Q  567 agatctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttc 617  Q
    |  ||| | |||| ||   || ||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  36003397 atgtcttagacgagtttgtagttgctcaatatctaagttgttaaggttttc 36003447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 64 - 618
Target Start/End: Original strand, 35976916 - 35977470
Alignment:
Q  64 taatctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgca 163  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| || ||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |     
T  35976916 taatctttgggataaagggaaatataaacaaaacattgtctcatatatgatggcatttgatcatagcttaattttagcgcaggtaaaataccatctttct 35977015  T
Q  164 tctgttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtgg 263  Q
    | |||||||||||||| |||||||| || || |  |||||||||||  ||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  35977016 tttgttctaaattccacatctcagagtccctaacgaattcccacttgcttatatcaaagtttgagaagagagaacttcctaatgttctcacagctagcgg 35977115  T
Q  264 aactccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagat 363  Q
    ||| ||||| || ||||| |||||||| ||| | ||||  || |||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||  |||||||||||||||||    
T  35977116 aaccccttggcacttttttacaatttcttttccgatctctactagatttggatattttttttcttcgccttccttgaacgcccatttgacaaacagagat 35977215  T
Q  364 aaactgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatc 463  Q
    ||||  | || |  |||||| || |  || ||||| |  ||||||   ||| |||| |||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||| ||    
T  35977216 aaacaatcctttggagaaagacctttcaaaagatatggaggaacatcacccatcatcgaagcaattgagttactacgtgttgtcacgataattttgcttc 35977315  T
Q  464 ctactgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaag 563  Q
    ||  ||  |||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35977316 ctggtgcaccaacttttatcaaatctttcaattcaagccactttgcacgatcatcattccatacgtcatctaacacgactaaaaacttttgaccagaaag 35977415  T
Q  564 tttagatctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttct 618  Q
    |||   ||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35977416 tttttgtctgagacgacttactagttgcacaatatctaagttgttgatgttttct 35977470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 64 - 618
Target Start/End: Original strand, 35998328 - 35998882
Alignment:
Q  64 taatctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgca 163  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| || ||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |     
T  35998328 taatctttgggataaagggaaatataaacaaaacattgtctcatatatgatggcatttgatcatagcttaattttagcgcaggtaaaataccatctttct 35998427  T
Q  164 tctgttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtgg 263  Q
    | |||||||||||||| |||||||| || || |  |||||||||||  ||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  35998428 tttgttctaaattccacatctcagagtccctaacgaattcccacttgcttatatcaaagtttgagaagagagaacttcctaatgttctcacagctagcgg 35998527  T
Q  264 aactccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagat 363  Q
    ||| ||||| || ||||| |||||||| ||| | ||||  || |||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||  |||||||||||||||||    
T  35998528 aaccccttggcacttttttacaatttcttttccgatctctactagatttggatattttttttcttcgccttccttgaacgcccatttgacaaacagagat 35998627  T
Q  364 aaactgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatc 463  Q
    ||||  | || |  |||||| || |  || ||||| |  ||||||   ||| |||| |||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||| ||    
T  35998628 aaacaatcctttggagaaagacctttcaaaagatatggaggaacatcacccatcatcgaagcaattgagttactacgtgttgtcacgataattttgcttc 35998727  T
Q  464 ctactgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaag 563  Q
    ||  ||  |||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35998728 ctggtgcaccaacttttatcaaatctttcaattcaagccactttgcacgatcatcattccatacgtcatctaacacgactaaaaacttttgaccagaaag 35998827  T
Q  564 tttagatctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttct 618  Q
    |||   ||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35998828 tttttgtctgagacgacttactagttgcacaatatctaagttgttgatgttttct 35998882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 64 - 618
Target Start/End: Original strand, 35957461 - 35958015
Alignment:
Q  64 taatctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgca 163  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||  || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   |     
T  35957461 taatctttgggataaagggaaaaataagcaaaacattgtctcagatatgatggcatttgatcataacttaattttagcgcaggtaaaatatcattaatct 35957560  T
Q  164 tctgttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtgg 263  Q
    | |||||||||||||| |||||||| || || | ||||||||||||| ||| |||||| ||||| || ||||||||| |||| ||| |||| || |||||    
T  35957561 tttgttctaaattccacatctcagagtccctaacaaattcccacttacttatatcaaagtttgagaagagagaacttgctaaagttctcacggctagtgg 35957660  T
Q  264 aactccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagat 363  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||  ||  |||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||    
T  35957661 aaccccttggcattttttcacaatttcttttccaatctctacttgatttggataatttttttcttcgccttccttgaatgcccatttgacaaacagagat 35957760  T
Q  364 aaactgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatc 463  Q
    | ||  | || |  |||||| || | ||| | ||| |    ||||   ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||| ||    
T  35957761 atacaatcctttggagaaagaccttttaaaacataaggaaaaacatcacccatcattgaagcaattgagttactgcgtgttgtcacgataattttgcttc 35957860  T
Q  464 ctactgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaag 563  Q
    ||  ||  |||||||||| ||| ||  |||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  35957861 ctggtgcaccaacttttatcaattcgatcaattcaagccactttgcacgatcatcattccatacgtcatctaacacaactaaaaacttttgaccagaaag 35957960  T
Q  564 tttagatctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttct 618  Q
    |||   | | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35957961 tttttgtttgagacgacttactagctgcacaatatctaagttgttgatgttttct 35958015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 58 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 36218216 - 36217707
Alignment:
Q  58 aaggtgtaatctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcat 157  Q
    ||||| || ||||||||||| | ||||||| |||||||||| || ||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  36218216 aaggtatagtctttgggatacaaggaaaaacaagcaaaacattgtctcagatatgatggcatttgatcatagcttaattttaaagcaggtaaaatatcat 36218117  T
Q  158 tttgcatctgttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagc 257  Q
     || | |||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  36218116 ctttcttctgttctaaattccatatctcatggtctcttacaaataaccacttatctaaatcaaattttgagaacagagaacttcctaccgttctcacagc 36218017  T
Q  258 cagtggaactccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaac 357  Q
    ||| ||||||||   |||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||  |||| ||||||    
T  36218016 cagcggaactccagcacattttttcacaatttcttttccaatctccactagatttggatatttttcttcttctccatccttgaatgcccatttcacaaac 36217917  T
Q  358 agagataaactgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattt 457  Q
    ||||| ||||  | ||||   ||||| || |  || | |||||| |||||||| ||| |||| |||||||  || || || ||||| ||||| || ||||    
T  36217916 agagacaaacaatcctctaacgaaagaccttccaaaacatacgaaggaacagtacccatcatggaagcaactgagttgctacgtgtggtcactataattt 36217817  T
Q  458 tgcatcctactgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgacc 557  Q
    | | ||||||||  |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||| | ||||||||| ||    
T  36217816 tacttcctactgcaccaactttgatcaaatcttccaactcaatccattttgcacgatcatcattccatacatcatctagcacgaggataaacttttggcc 36217717  T
Q  558 agaaagttta 567  Q
    ||| ||||||    
T  36217716 agatagttta 36217707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 69 - 618
Target Start/End: Original strand, 35946258 - 35946807
Alignment:
Q  69 tttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgcatctgt 168  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||||| || || |  || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| || | | |||    
T  35946258 tttgggaaaaagagaaaaataagcaaaacattgtcttagatatgatggcatttgatcataacttaattttagcgcaggtaagatatcatctttcttttgt 35946357  T
Q  169 tctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtggaactc 268  Q
    ||||||||||| |||||||| || || |  |||||||||||| ||| |||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |||| || |||||||| |    
T  35946358 tctaaattccacatctcagagtccctaacgaattcccacttacttatatcaaagtttgagaagagagaacttgctaatgttctcacggctagtggaaccc 35946457  T
Q  269 cttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagataaact 368  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| | |||   || ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||     
T  35946458 cttggcattttttcacaatttcttttcctatcgctactagatttggatactttttttcttcaccttccttgaatgcccatttgacaaacagagacaaaca 35946557  T
Q  369 gttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatcctact 468  Q
     |||| |  |||||| || |  || | ||| |  ||||||   ||| |||| |||||||| |  ||||||||||||||||| || ||||||| ||||  |    
T  35946558 attctttggagaaagaccttccaaaatatatggaggaacatcacccatcatcgaagcaattgcgttactgcgtgttgtcaccataattttgcttcctggt 35946657  T
Q  469 gtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaagtttag 568  Q
    |  |||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||      
T  35946658 gcaccaacttttatcaaatctttcaattcaagccactttgcacgatcatcattccatacgtcatctaacacgactaaaaacttttgaccagaaagttttt 35946757  T
Q  569 atctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttct 618  Q
     ||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  35946758 gtcttagacgacttactagttgcacaatatctaagttgttggtgttttct 35946807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 64 - 625
Target Start/End: Original strand, 32727039 - 32727605
Alignment:
Q  64 taatctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgca 163  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| || |     
T  32727039 taatctttgggataaagggaaaagaaagcaaaacattgcctcaaataggatggcatttgatcatagcttaacttcaatgcaggtaaaatatcatctttct 32727138  T
Q  164 tctgttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtgg 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||| ||||||| || |  ||||||| ||||||| ||||||  |||||    
T  32727139 tctgttctaaattccatatctcagaatctctcacaaatatccacttatttaaatcatattttgagaataaggaacttcgtaatgttctcacagaaagtgg 32727238  T
Q  264 aactccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaac-----a 358  Q
    ||| |||  |||||||||||||||||| ||  |||| | ||| |||| |||||||||  || |||||||||||||||||||  |||||||||||     |    
T  32727239 aacccctgcacattttttcacaatttctttgccaatatgcacgagatctggatatttaactacttcaccttccttaaatgcccatttgacaaacaaatta 32727338  T
Q  359 gagataaactgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgatttt 458  Q
     ||||||||  |   ||  |||||| || |  || |  |||||||||| ||| ||| ||||||||||||  || || || ||||| ||||| ||||||||    
T  32727339 aagataaacaatctcctagagaaagaccttccaaaacgtacgagggaatagtacccatcattgaagcaaatgagttgctacgtgtcgtcactatgatttt 32727438  T
Q  459 gcatcctactgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgacca 558  Q
    || |||| |||  || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||  || || |||||||| ||||||    
T  32727439 gcttcctgctgcaccgacttttatcaaatctatcaactcaatccattttgcacgatcatcattccatatatcgtctaggacaagcaaaaacttctgacca 32727538  T
Q  559 gaaagtttagatctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttcttgctgag 625  Q
    | |||||||  |||   |||||||   |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||    
T  32727539 gcaagtttatgtctttaacgactttgtagctgctcaatatcaaagttgttgatgttttcttggtgag 32727605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 64 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 36222201 - 36221698
Alignment:
Q  64 taatctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgca 163  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || |     
T  36222201 taatctttgggatacaaggaaaaataagcaaaacaatgcctcaaataggatggcatttcatcatagcttaattttaatgcaggtaaaatatcacctttct 36222102  T
Q  164 tctgttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtgg 263  Q
    | |||||||| ||||| ||||||   |||||||  |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  36222101 tttgttctaagttccaaatctcatggtctcttacgaatatccacttatttaaatcaaattttgataacagagaacttcctaatgttttgacagccagcgg 36222002  T
Q  264 aactccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagat 363  Q
    ||||||   |||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||  |||| ||||||| | |     
T  36222001 aactccagcacattttttcacaatttcttttccaatctccactagatttgaatatttttcttcttctccgtctttaaatgcccatttcacaaacaaatac 36221902  T
Q  364 aaactgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatc 463  Q
    |||| | ||||||  ||||| || |  || | |||||| |||||||| | | |||| |||||||| || ||||| | ||| ||||| |||| ||| | |     
T  36221901 aaacagctctcttgcgaaagaccttccaaaatatacgaaggaacagtactcatcatggaagcaattgagttactacatgtcgtcactatgactttacttt 36221802  T
Q  464 ctactgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaag 563  Q
    || ||   |||||||| | ||||| |  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||  | ||| | ||||||||||||||||||    
T  36221801 cttctccaccaactttgatcaaatttaacaactcaatccattttgcacggtcatcattccatatatcatctaggatgaggataaacttttgaccagaaag 36221702  T
Q  564 ttta 567  Q
    ||||    
T  36221701 ttta 36221698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 109 - 338
Target Start/End: Original strand, 35951937 - 35952166
Alignment:
Q  109 taggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgcatctgttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccact 208  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || |   |||||||||||||| ||  |||| ||||| | |||||||||||    
T  35951937 taggatgacatttgatcatagcttaatttcagggcaggtaaaatatcatctttctgttgttctaaattccaaatagcagagtctctgacaaattcccact 35952036  T
Q  209 tatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtggaactccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaag 308  Q
    || ||||||| || ||||| || || |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||| ||||||  || ||    
T  35952037 tacttaaatcgaagtttgagaagagggaacttcccaatgatttcacagccagtggaaccccttgacattttttcacagtatcttttccaatctctactag 35952136  T
Q  309 atttggatatttttcttcttcaccttcctt 338  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||||    
T  35952137 atttggatattttttttcttcgccatcctt 35952166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 510 - 563
Target Start/End: Original strand, 35954965 - 35955018
Alignment:
Q  510 acgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaag 563  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35954965 acgattatcattccatacatcatctaacacgagtaaaaagttttgaccagaaag 35955018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 88 - 620
Target Start/End: Original strand, 18117552 - 18118084
Alignment:
Q  88 taagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgcatctgttctaaattccatatctcag 187  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||||||    
T  18117552 taagcaaagcagtgccttaaataggatggcattttatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgcttttgttctaaagtccacatctcag 18117651  T
Q  188 aatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtggaactccttgacattttttcacaat 287  Q
    | ||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||  | |||||||| ||    ||||| ||||||||    
T  18117652 agtctcttgcaagttcccatttatttaaatcaaattttgaaaacagacagcttcctaatgttctcacgacgagtggaacccccgcgcatttcttcacaat 18117751  T
Q  288 ttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagataaactgttctctttagaaaggcca 387  Q
    ||| ||| | ||||  || |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||  |||| ||||||| |||||||| ||| ||  ||||||||||     
T  18117752 ttcttttcctatctcaactagatttggatatttgtcttcttcgccttccttgaatgcccatttcacaaacaaagataaacagttttcaatagaaaggcct 18117851  T
Q  388 tgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatcctactgtgccaacttttaccaaat 487  Q
    | ||| | ||| ||||||||||| ||| |||| || ||||| || || |||||||||||| | |||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||    
T  18117852 tttaaaacataggagggaacagtacccatcatcgatgcaattgagttgctgcgtgttgtcgccatgactttgcttcctactgtgccaactttaatcaaat 18117951  T
Q  488 ctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaagtttagatctcatacgacttacaag 587  Q
    |||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||  ||||| |||||||   ||    
T  18117952 ctttcaactcgatccattttacacaatcatcattccatatatcatctaacacaagtaaaaaccttttaccataaagtttacgtctcagacgactttgtag 18118051  T
Q  588 ctgcacaatatctaagttgttaatgttttcttg 620  Q
    |||| ||||||| || | ||| |||||||||||    
T  18118052 ctgctcaatatcaaaatggtttatgttttcttg 18118084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 66 - 620
Target Start/End: Original strand, 18125183 - 18125737
Alignment:
Q  66 atctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgcatc 165  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    |    
T  18125183 atctttaggataaagggagaaataagcaaagcattgccttaaataggatggcatttggtcatagctcaattttagtgcaggtaaaatatcatctttttgc 18125282  T
Q  166 tgttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtggaa 265  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||  |||  ||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  18125283 tgttttaaattccacagctcagaatctcttacaaatatccatgtatttaaatcaaattttgagaatagggaacttcctaatgttctaacagctagtggaa 18125382  T
Q  266 ctccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagataa 365  Q
    | ||||| |||||||||||||| || ||| | ||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||| ||||||||    
T  18125383 ccccttggcattttttcacaatctcttttcctatctctactagatttggatatttttcttcttcgccttccttgaatgcccatttgacaaatagagataa 18125482  T
Q  366 actgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatcct 465  Q
    ||  | ||    |||||| || || || | ||| ||||||||| | ||| |||| |||||||| || ||| | ||||||||||| || ||||||| ||||    
T  18125483 acaatccttcaaagaaagaccttgcaaaacatatgagggaacattacccatcatcgaagcaattgagttattacgtgttgtcaccataattttgcttcct 18125582  T
Q  466 actgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaagtt 565  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||     
T  18125583 cttgtgccaacttttatcaaatctttcaactcgatccactttgcacgatcatcattccatacatcatctaacacaagtaaaaacttttgacttgaaagtg 18125682  T
Q  566 tagatctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttcttg 620  Q
    |   | ||| | ||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  18125683 tttgtttcagaagacttactagttgcacaatatctaagttgatgatgttttcttg 18125737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 64 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 26329243 - 26328679
Alignment:
Q  64 taatctttgggatatagggaaaaataagcaaaacagtgcctcaagtaggatggtatttgatcatagcttaattttagtgcaggtaaaatatcattttgca 163  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||| ||       
T  26329243 taatctttgggaaaaagggaaaaataagcaaaacaatgtctcaaataggatggcatttgatcatagcttaacttaagcacaggtaaaatatcatctttgt 26329144  T
Q  164 tctgttctaaattccatatctcagaatctcttataaattcccacttatttaaatcaaattttgaaaacagagaacttcctaatgttttcacagccagtgg 263  Q
    | ||   |||||||||||| |  || || || |  || | |||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| || | |||    
T  26329143 tttgccttaaattccatatttgggagtccctgacgaacttccacttatctaaatcaaattttgagaagagtgaacttcctaacgttttcactgctaatgg 26329044  T
Q  264 aactccttgacattttttcacaatttcctttgcaatcttcacaagatttggatatttttcttcttcaccttccttaaatgctgatttgacaaacagagat 363  Q
    ||  ||| | ||||||||| | || || ||| |||||| |   |||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||     
T  26329043 aatccctcggcattttttcgctatatcttttccaatctccgatagatgtggatactttacttcttctccttccttaaatgcccatttgacaaagagagac 26328944  T
Q  364 aaactgttctctttagaaaggccatgtaatagatacgagggaacagtgcccgtcattgaagcaatcgatttactgcgtgttgtcacaatgattttgcatc 463  Q
    ||||  || ||   |||||| || | |||   ||||  |||||| || ||| |||| ||||||||| | ||||| ||||||||||| | |||||||| |     
T  26328943 aaacaattatccaaagaaagaccttttaaagtatacatgggaaccgttcccatcatcgaagcaatcaagttactacgtgttgtcactaagattttgcttt 26328844  T
Q  464 ctactgtgccaacttttaccaaatctttcaactcaatccattttgaacgatcatcattccatatgtcatctaacacgagtaaaaacttttgaccagaaag 563  Q
    ||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||    
T  26328843 ctactgcaccaacttttatcagatctttcaactcaatccattttgaacggttatcatcccatatatcatctaagacgagtacaaactttttacctgaaag 26328744  T
Q  564 tttagatctcatacgacttacaagctgcacaatatctaagttgttaatgttttcttgctgagaaa 628  Q
     |||  ||| | |||||| || |  ||| ||||||| ||||  | |||||||||||| |||||||    
T  26328743 cttatgtctaagacgactcactaattgctcaatatcaaagtgttcaatgttttcttggtgagaaa 26328679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University