View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6873A_low_2 (Length: 674)

Name: NF6873A_low_2
Description: NF6873A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6873A_low_2
NF6873A_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-651)||(39887895-39888537)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 651
Target Start/End: Original strand, 39887895 - 39888537
Alignment:
Q  9 attatactggaccattgttttgttggcttgttaagaaatcaaacaagatttcatttcttgaaactcttgtagattgaaaaaggtactgatgaatgggaga 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39887895 attatattggaccattgttttgttggcttgttaagaaatcaaacaagatttcatttcttgaaactcttgtagattgaaaaagatactgatgaatgggaga 39887994  T
Q  109 agattgcaagggaagcagcaagaacaataccgggaagagaaaacggtggaaattgtgacataaaaaatctaagcagaggttcaaaggtatatcttcctgt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39887995 agattgcaagggaagcagcaagaacaataccgggaagagaaaacggtggaaattgtgacataaaaaatctaagcagaggttcaaaggtatatcttcctgt 39888094  T
Q  209 ttttgtagaaggcgcaaatctcagcacaggtgatatgcttttctcacagggtgatggtgaggtctcattatgtggtgcaatagaaatgagtggtttcttg 308  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39888095 ttttgtagaaggagcaaatctcagcacaggtgacatgcatttctcacagggtgatggtgaggtctcattatgtggtgcaatagaaatgagtggtttcttg 39888194  T
Q  309 gaactcaagttagtataaaacttaaattaattcaaatcttagaaaacttgttccttccatacaattatgttaataataccctcttttttgtgtgccataa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39888195 gaactcaagttagtataaaacttaaattaattcaaatcttagaaaacttgttccttccatacaattatgttaataataccctcttttttgtgtgccataa 39888294  T
Q  409 tcaggcttgaaattataaggggaggaatgaaagagtaccttacaccaatgggccccactccccttcatgtaaatccaatatttgagataggccctgttga 508  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39888295 tcaggtgtgaaattataaggggaggaatgaaagagtaccttacaccaatgggccccactccccttcatgtaaatccaatatttgagataggccctgttga 39888394  T
Q  509 accaagattctcagagtggttagtgtttgaggggattagtgtggatgaaagtgggagacaacactacctagatgcaagtgttgcatacaaacgagcagta 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39888395 accaagattctcagagtggttagtgtttgagggcattagtgtggatgaaagtgggagacaacactacctagatgcaagtgttgcatacaaacgagcagta 39888494  T
Q  609 ctcaatgctattgactacatatccaagtttgggtactcaaaag 651  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39888495 ctcaatgctattgactacatatccaagtttgggtactcaaaag 39888537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University