View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6874A_low_213 (Length: 230)

Name: NF6874A_low_213
Description: NF6874A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6874A_low_213
NF6874A_low_213
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-224)||(37701546-37701769)
chr5 (1-224)||(37393963-37394186)
chr5 (1-224)||(37531960-37532183)
chr5 (1-224)||(37593064-37593287)
chr5 (1-224)||(37638606-37638829)
chr5 (1-224)||(37710367-37710590)
chr5 (1-224)||(37402075-37402298)
chr5 (14-220)||(37383407-37383613)
chr5 (1-224)||(37822764-37822987)
chr5 (13-224)||(37427922-37428138)
chr5 (1-220)||(37434570-37434789)
chr5 (1-224)||(37695455-37695678)
chr5 (6-221)||(37439935-37440150)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-224)||(16846740-16846962)
chr4 (7-224)||(16844073-16844290)
chr4 (6-224)||(24218808-24219026)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 37701546 - 37701769
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37701546 aatgaggtggaagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 37701645  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||    
37701646 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagccgcgggaatctcacccgtc 37701745  T
201 atttggttccttgagaggtccaac 224  Q
    |   ||||||| ||||||||||||    
37701746 aaacggttcctggagaggtccaac 37701769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37394186 - 37393963
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||    
37394186 aatgcggtggaagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattcccttcataagaatcatttccaaatgtatcaaa 37394087  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
     ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| ||    
37394086 ttgttgacctgtaggtatgactccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagccacgggaatctcacccttc 37393987  T
201 atttggttccttgagaggtccaac 224  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
37393986 aattggttccttgagaggtccaac 37393963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 37531960 - 37532183
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||    
37531960 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaa 37532059  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||    
37532060 ctgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttc 37532159  T
201 atttggttccttgagaggtccaac 224  Q
    | |||||| | |||||||||||||    
37532160 aattggttgcatgagaggtccaac 37532183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 37593064 - 37593287
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||    
37593064 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaa 37593163  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||    
37593164 ctgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttc 37593263  T
201 atttggttccttgagaggtccaac 224  Q
    | |||||| | |||||||||||||    
37593264 aattggttgcatgagaggtccaac 37593287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 37638606 - 37638829
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||    
37638606 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaa 37638705  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||    
37638706 ctgttgacctttaggtatgattccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttc 37638805  T
201 atttggttccttgagaggtccaac 224  Q
    | |||||| | |||||||||||||    
37638806 aattggttgcatgagaggtccaac 37638829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 37710367 - 37710590
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||    
37710367 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatggaaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaa 37710466  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||    
37710467 ctgttgacctttaggtatgattccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttc 37710566  T
201 atttggttccttgagaggtccaac 224  Q
    | |||||| | |||||||||||||    
37710567 aattggttgcatgagaggtccaac 37710590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37402298 - 37402075
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||| |||    
37402298 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcattttcaaatgtattaaa 37402199  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
37402198 ctgttgacctttaggtatgattccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagcctcaggaatctcacccgtc 37402099  T
201 atttggttccttgagaggtccaac 224  Q
    | |||||| | |||||||||||||    
37402098 aattggttgcatgagaggtccaac 37402075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 37383613 - 37383407
Alignment:
14 atcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgta 113  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||    
37383613 atcttcatcagttttgcatgattttgacaatggaaatccacataacattgtatttccttcaaaggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgta 37383514  T
114 ggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttggttccttg 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||    
37383513 ggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaaagagagaaaattcaaatttgtcaaagccaaaggaatctcacccttcaattggttccttg 37383414  T
214 agaggtc 220  Q
    |||||||    
37383413 agaggtc 37383407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 37822764 - 37822987
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||    
37822764 aatgaggtggccgatcttcctcatttttgcatgatttagacaatggaaatccacataacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaa 37822863  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||    
37822864 ctgttgacctttaggtatgattccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttc 37822963  T
201 atttggttccttgagaggtccaac 224  Q
    | |||||| | |||||||||||||    
37822964 aattggttgcatgagaggtccaac 37822987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Original strand, 37427922 - 37428138
Alignment:
13 gatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgt 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
37427922 gatcttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtatcaaactgttggccggt 37428021  T
113 aggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc--att---tggt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||  | ||||||||||| |||  |||   ||||    
37428022 aggtatgattccctcaaggtggttttgtgagagattcaagaatgataggaaattcaaattttccaaagcggtgggaatctcacctgtcaaattaaatggt 37428121  T
208 tccttgagaggtccaac 224  Q
    |||||||||||||||||    
37428122 tccttgagaggtccaac 37428138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 37434570 - 37434789
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
37434570 aatgtggtggcagatctttctcgtttttgcatgatttagacaatgggaatccacataacattgtatttccttcataggaatcattttcaaatgtagcaaa 37434669  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
     ||||| || |||||||||| ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||    
37434670 ttgttgacccgtaggtatgactccctcaaggtggttgtttgaaaggttcaagaatgataggaaattcaaatttgtcaaagccacaggaatttcacccgtc 37434769  T
201 atttggttccttgagaggtc 220  Q
    |  |||||  ||||||||||    
37434770 aactggttttttgagaggtc 37434789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 37695455 - 37695678
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||    
37695455 aatgtggtggtagatcttcatcatttttgcataatctagacaatgggaatccacataacatagtattcccttcataggaatcatttccaaacgtattaaa 37695554  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
37695555 ctgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagttttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctctcccgtc 37695654  T
201 atttggttccttgagaggtccaac 224  Q
    | |||||| | |||||||||||||    
37695655 aattggttacatgagaggtccaac 37695678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Original strand, 37439935 - 37440150
Alignment:
6 ggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgtt 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
37439935 ggtggaagatcttcctcatttttgcatggcttagacaatggatatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtaccaaactgtt 37440034  T
106 ggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttg 205  Q
    | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||  |  ||||| ||||| |||| |||    
37440035 gacctgcaggtatgattccctcatggtggttttgtgaaaggtttaagacagagaggaaattcaaatttgtcaaagtcacgggaatttcaccggtcaattg 37440134  T
206 gttccttgagaggtcc 221  Q
    ||| ||||||||||||    
37440135 gtttcttgagaggtcc 37440150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16846962 - 16846740
Alignment:
1 aatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||    
16846962 aatgtggtggcagatcttcctcatttttt-atgatttagacgatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaatcatttccaaatgtagaaaa 16846864  T
101 ctgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtc 200  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
16846863 ttgttgacctgtaggtatgactccctcaaggtggttttttgaaaggttcaagaaagaaaggaaattcaaatttgtcaaagccacaggaatctctcccgtc 16846764  T
201 atttggttccttgagaggtccaac 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
16846763 atttggttccttgagaggtccaac 16846740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 7 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16844290 - 16844073
Alignment:
7 gtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttg 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||||    
16844290 gtggcagatcttcctcatttttgcatgaattagagaatggcaatccacacaacattgtattcccttgataggaatcatttccaaatgtattaaattgttg 16844191  T
107 gcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttgg 206  Q
     ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||| ||||||   | ||||||| ||||||| ||||    
16844190 acctgtaggtatgattcctttaaagtggttttgtgaaaggtttaagaaagaaaggaaattcaaatttgccaaagcctcaagaatctctcccgtcaattgg 16844091  T
207 ttccttgagaggtccaac 224  Q
    || | |||||||||||||    
16844090 ttgcatgagaggtccaac 16844073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 6 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24219026 - 24218808
Alignment:
6 ggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgtt 105  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||    
24219026 ggtggccgatcttcatcatttttgcatgattttgacaatggaaatccacataacattgcatttccttcataggaatcatttccaaatgtgttaaattgtt 24218927  T
106 ggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagcaataggaatctcacccgtcatttg 205  Q
    |||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  |||  |     
24218926 ggccggtaggtatgattcccttgagatggttttgtgaaaggtttaaaaaagagaggaaattcaaatttgtcaaagccataggaatcttaccactcaagtt 24218827  T
206 gttccttgagaggtccaac 224  Q
    ||| |||||||||||||||    
24218826 gtttcttgagaggtccaac 24218808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University