View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6875A_low_165 (Length: 259)

Name: NF6875A_low_165
Description: NF6875A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6875A_low_165
NF6875A_low_165
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (19-259)||(18867859-18868099)
chr8 (19-259)||(10686453-10686693)
chr8 (12-259)||(26299031-26299278)
chr8 (19-259)||(35743047-35743287)
chr8 (19-187)||(28892997-28893165)
chr8 (37-187)||(16755040-16755190)
chr8 (19-187)||(4815006-4815174)
chr8 (19-187)||(28330128-28330296)
chr8 (37-187)||(25682563-25682713)
chr8 (37-201)||(15946914-15947078)
chr8 (37-205)||(21039682-21039849)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (19-259)||(14739761-14740001)
chr6 (19-259)||(33333265-33333505)
chr6 (27-259)||(24433517-24433749)
chr6 (19-187)||(35203843-35204011)
chr6 (37-187)||(13880990-13881140)
chr6 (37-187)||(25943920-25944070)
chr6 (39-205)||(17692617-17692783)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (19-259)||(9226590-9226830)
chr4 (19-259)||(18858234-18858474)
chr4 (19-259)||(16626182-16626422)
chr4 (19-259)||(5145566-5145806)
chr4 (37-187)||(4567590-4567740)
chr4 (19-187)||(15314549-15314718)
chr4 (39-139)||(16634744-16634844)
chr4 (37-205)||(47564964-47565132)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (19-259)||(16498-16738)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (19-259)||(24263512-24263752)
chr7 (19-256)||(16882588-16882825)
chr7 (19-259)||(18411315-18411555)
chr7 (19-259)||(9187334-9187574)
chr7 (19-259)||(21986578-21986818)
chr7 (19-160)||(21643794-21643935)
chr7 (111-259)||(24272181-24272329)
chr7 (155-256)||(21642348-21642449)
chr7 (19-187)||(3322568-3322736)
chr7 (19-187)||(7072284-7072452)
chr7 (19-187)||(25407647-25407815)
chr7 (19-205)||(44012293-44012478)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (19-259)||(43594779-43595019)
chr5 (19-259)||(43627573-43627813)
chr5 (19-259)||(27447481-27447721)
chr5 (19-259)||(31399181-31399421)
chr5 (19-259)||(33789014-33789254)
chr5 (19-259)||(37558791-37559031)
chr5 (19-259)||(24557773-24558013)
chr5 (19-259)||(24598805-24599045)
chr5 (19-259)||(28835960-28836199)
chr5 (178-259)||(28805070-28805151)
chr5 (19-187)||(25447720-25447889)
chr5 (34-71)||(29103928-29103965)
chr5 (34-71)||(29267741-29267778)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (19-259)||(1308529-1308769)
chr3 (19-256)||(8514755-8514992)
chr3 (19-256)||(32478001-32478238)
chr3 (20-256)||(2674410-2674646)
chr3 (19-259)||(3325727-3325967)
chr3 (51-259)||(22170529-22170737)
chr3 (154-259)||(18144954-18145059)
chr3 (19-187)||(6305544-6305712)
chr3 (37-187)||(10096586-10096736)
chr3 (37-187)||(10203472-10203622)
chr3 (19-187)||(16459697-16459865)
chr3 (37-187)||(10610553-10610703)
chr3 (19-187)||(10899242-10899410)
chr3 (19-187)||(54190741-54190909)
chr3 (20-187)||(22623759-22623926)
chr3 (37-187)||(29911733-29911883)
chr3 (37-187)||(47880668-47880818)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (19-259)||(19346936-19347176)
chr2 (19-259)||(25393544-25393784)
chr2 (77-240)||(39485468-39485631)
chr2 (175-259)||(31058616-31058700)
chr2 (29-216)||(31133776-31133963)
chr2 (37-187)||(45569641-45569791)
chr2 (186-259)||(39485395-39485468)
chr2 (19-183)||(2738438-2738602)
chr2 (19-187)||(39684480-39684648)
chr2 (19-187)||(20052541-20052708)
chr2 (37-187)||(17934335-17934485)
chr2 (19-187)||(22715014-22715182)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (19-259)||(166-406)
scaffold0006 (19-259)||(8322-8562)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (19-259)||(41395909-41396137)
chr1 (146-259)||(19369001-19369114)
chr1 (19-187)||(9523961-9524129)
chr1 (37-187)||(2397035-2397185)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (19-222)||(34705-34908)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (19-187)||(924-1092)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (19-187)||(18559-18727)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 18867859 - 18868099
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18867859 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaatgttttcggagctttggcatatgcgca 18867958  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867959 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18868058  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868059 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 18868099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 10686453 - 10686693
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686453 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 10686552  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686553 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 10686652  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10686653 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 10686693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 26299278 - 26299031
Alignment:
Q  12 agatggacatcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcat 111  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299278 agatggccatcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttcggagctttggcat 26299179  T
Q  112 atgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgga 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299178 atgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgga 26299079  T
Q  212 atctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299078 atctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttga 26299031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 35743287 - 35743047
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743287 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 35743188  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  35743187 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtggaaattggaatctagt 35743088  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35743087 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 35743047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 28892997 - 28893165
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  28892997 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgccca 28893096  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  28893097 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 28893165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 16755190 - 16755040
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  16755190 tcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 16755091  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  16755090 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 16755040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 4815174 - 4815006
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||| |||||||  | | ||| ||    
T  4815174 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcagagctttaacgtttgccca 4815075  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  4815074 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 4815006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 28330128 - 28330296
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  28330128 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 28330227  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| ||||||||  ||||||||||    
T  28330228 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctaaaggtgtgaa 28330296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Original strand, 25682563 - 25682713
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  25682563 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 25682662  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||  |||||||||||    
T  25682663 tgatgctaaagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaa 25682713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 201
Target Start/End: Original strand, 15946914 - 15947078
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| || | | || |||||    ||||| |||||||||||||| |||| ||| | | |||| || ||||| ||    
T  15946914 tcaagacacctatggatgtttggagtgggagactgccagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcatttgcacgtgtcaaacatgacaaact 15947013  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgt 201  Q
    |||  |||||| | |||| ||||| || ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||    
T  15947014 tgatgctagagttgtgaagtgtgtttttattggttatcttgaaggtgtgaaaggttacaagttgt 15947078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 205
Target Start/End: Original strand, 21039682 - 21039849
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||| ||||||| |||| ||| ||| |||  |||||||| ||    
T  21039682 tcaagacacctatggaggtttgtagtgggagaccggtagactactctaacttgaatgttttcagagctttagcatttgctcatgtcagacaagacaa-ct 21039780  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaa 205  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||    
T  21039781 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaa 21039849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 14739761 - 14740001
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739761 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 14739860  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739861 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 14739960  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739961 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 14740001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 33333265 - 33333505
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333265 catcaacgggaatagacttcaagatacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 33333364  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33333365 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatcaggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 33333464  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33333465 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 33333505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 27 - 259
Target Start/End: Original strand, 24433517 - 24433749
Alignment:
Q  27 ggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagc 126  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||   |||||| |||||||| ||   |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |    
T  24433517 ggaatagacttcaagacgcctattgaaaaatggagcgggaaaccagcaatttactcatctttgaaggttttcggagttttgacatatgcgcatatcaatc 24433616  T
Q  127 aagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatt 226  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||     
T  24433617 aatacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatctggaaggtgtgaagggttacaagttgtgtaaatttgaatctagtggaggatc 24433716  T
Q  227 aagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24433717 aaaagtcttgattagtagggatgttacctttga 24433749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 35204011 - 35203843
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  35204011 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 35203912  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  35203911 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 35203843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Original strand, 13880990 - 13881140
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  13880990 tcaagacacctatggaggtttggagtgggacaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 13881089  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  13881090 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 13881140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Original strand, 25943920 - 25944070
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| | |  | |||||| ||    
T  25943920 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtgagactagacaaact 25944019  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  25944020 tgatgctagagctgtgaaatgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 25944070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 39 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 17692783 - 17692617
Alignment:
Q  39 aagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttg 138  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||| ||||| || | ||| ||| |||  |||||||| ||||    
T  17692783 aagacacatatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggggctttagcgtttgctcatgtcagacaagacaaacttg 17692684  T
Q  139 agcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaa 205  Q
    |   ||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||    
T  17692683 atgttagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaggttgtggaa 17692617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 9226590 - 9226830
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226590 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 9226689  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226690 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 9226789  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9226790 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 9226830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 18858474 - 18858234
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858474 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 18858375  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858374 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18858275  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18858274 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 18858234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 16626182 - 16626422
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  16626182 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttctgagctttgacatatgcgca 16626281  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  16626282 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtatcttcattggttatccggaaggtctgaagggttacgagttgtggaaattggaatctagt 16626381  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626382 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttga 16626422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 5145806 - 5145566
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5145806 catcaacgacaatagacttcaagacacctatggaagtatggaatgggaaaccggcagactactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 5145707  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5145706 tatcaagaaagacaagcttgagactagagctttgaaatgtgtctttattcgttatccagaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 5145607  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5145606 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatattacctttga 5145566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Original strand, 4567590 - 4567740
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| || |||||   |||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| |||  || ||||| ||    
T  4567590 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagatcggcagactactctaatttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtcagacaggacaaact 4567689  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  4567690 tgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 4567740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 15314549 - 15314718
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggc-ggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgc 117  Q
    ||||||| || |||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||||  ||| |||||    ||||| |||||||||||||| || | | | |    
T  15314549 catcaaccgggatagatctcaagacacctatggatgtttggagtgggagaccggtaggactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgttttctc 15314648  T
Q  118 atatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    || ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | |||||  ||||||| |||||||||||    
T  15314649 atgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgagttatcctgaaggtgtgaa 15314718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 39 - 139
Target Start/End: Original strand, 16634744 - 16634844
Alignment:
Q  39 aagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttg 138  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  | |||||   |||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| |||| || ||||| ||||    
T  16634744 aagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcaaactactctaatttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtcaaacaggacaaacttg 16634843  T
Q  139 a 139  Q
    |    
T  16634844 a 16634844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 205
Target Start/End: Original strand, 47564964 - 47565132
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| |||| | || |||||   |||||| ||||| |||||||| |||| ||| |||   |  || ||||| ||    
T  47564964 tcaagacacctatggacgtttggagtgggagaccgacagactactctaatttgaaagtttttggagctttagcatttgctcatgctagacaggacaaact 47565063  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaa 205  Q
    |||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||    
T  47565064 tgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaa 47565132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 16498 - 16738
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16498 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 16597  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16598 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 16697  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16698 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 16738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 24263512 - 24263752
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263512 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 24263611  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263612 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 24263711  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24263712 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 24263752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 16882825 - 16882588
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882825 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 16882726  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16882725 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 16882626  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctt 256  Q
    ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16882625 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctt 16882588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 18411555 - 18411315
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  18411555 catcaactgggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggtttttggagctttgacatatgcgca 18411456  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411455 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcatttgttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18411356  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411355 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttga 18411315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 9187334 - 9187574
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9187334 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcaaactactcatctttgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 9187433  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  9187434 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagctgtggaaattggaatctagt 9187533  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9187534 ggaggatcaaaagtcttgattagtatggatgttacctttga 9187574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 21986818 - 21986578
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  21986818 catcaacggcaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaatcggcagactactcatctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcaca 21986719  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986718 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatctggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 21986619  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21986618 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 21986578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 21643935 - 21643794
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21643935 catcaacgggtatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggctgattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 21643836  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgt 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21643835 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgt 21643794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 111 - 259
Target Start/End: Original strand, 24272181 - 24272329
Alignment:
Q  111 tatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24272181 tatgcgcatatcaagcaagacaagattgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattgg 24272280  T
Q  211 aatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272281 aatctagttgaggattaaaagtcttgattagtagggatgttacctttga 24272329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 155 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 21642449 - 21642348
Alignment:
Q  155 atgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  21642449 atgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctattggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacc 21642350  T
Q  255 tt 256  Q
    ||    
T  21642349 tt 21642348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 3322736 - 3322568
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  3322736 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 3322637  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    ||||| ||||||||| |||||  |||||||  |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  3322636 tatcaggcaagacaaacttgatgctagagcggtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 3322568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 7072284 - 7072452
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| || ||||||||||| |||| ||| ||    
T  7072284 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcatttgccca 7072383  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  7072384 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 7072452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 25407647 - 25407815
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| || ||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  25407647 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagacgggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctca 25407746  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  25407747 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 25407815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 44012478 - 44012293
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || ||||| || ||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||   |||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||    
T  44012478 catcaacagggatagatttgaagacacttatagaggtttggagtgggagaccggcagactactctaatttgaaagtttt-ggagctttagcatttgctca 44012380  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaa 205  Q
    | |||  || ||||| |||||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||    
T  44012379 tgtcagacaggacaaacttgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaa 44012293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 43595019 - 43594779
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43595019 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 43594920  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594919 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 43594820  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43594819 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 43594779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 43627813 - 43627573
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627813 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 43627714  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627713 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 43627614  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43627613 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 43627573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 27447721 - 27447481
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447721 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 27447622  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447621 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 27447522  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  27447521 ggaggatcaagagccttgataagtagggatgttacctttga 27447481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 31399181 - 31399421
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399181 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcgaattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 31399280  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31399281 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 31399380  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31399381 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 31399421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 33789254 - 33789014
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789254 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggtggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 33789155  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  33789154 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtggaaattggaatctagt 33789055  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33789054 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 33789014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 37558791 - 37559031
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558791 catcaacggggatagacttcaagacacttatggaggtatggagtgggaaaccggtggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 37558890  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558891 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 37558990  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  37558991 ggaggatcaagagtcgtgataagtagggatgttacctttga 37559031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 24557773 - 24558013
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24557773 catcaacgggaataaacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggcagattactcatcattgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 24557872  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24557873 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 24557972  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  24557973 ggaggatcaaaagtcttgattagcagggacgttacctttga 24558013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 24598805 - 24599045
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24598805 catcaacgggaataaacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggcagattactcatcattgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 24598904  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24598905 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 24599004  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  24599005 ggaggatcaaaagtcttgattagcagggacgttacctttga 24599045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 28836199 - 28835960
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  28836199 catcaacatgaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggtagattactcatctttgatggttttcggagctttg-catatgcgta 28836101  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28836100 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgagaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 28836001  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28836000 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttga 28835960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 178 - 259
Target Start/End: Original strand, 28805070 - 28805151
Alignment:
Q  178 aaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28805070 aaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgaaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 28805151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 25447720 - 25447889
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  25447720 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctca 25447819  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatcc-ggaaggtgtgaa 187  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| | ||||||||||    
T  25447820 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaaggtgtgaa 25447889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 34 - 71
Target Start/End: Original strand, 29103928 - 29103965
Alignment:
Q  34 acttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccg 71  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29103928 acttcaagagacctatggaggtatgaagtgggaaaccg 29103965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 34 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 29267778 - 29267741
Alignment:
Q  34 acttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccg 71  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29267778 acttcaagagacctatggaggtatgaagtgggaaaccg 29267741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 1308769 - 1308529
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308769 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 1308670  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308669 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 1308570  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308569 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttga 1308529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8514992 - 8514755
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514992 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 8514893  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8514892 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 8514793  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctt 256  Q
    ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8514792 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctt 8514755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 32478238 - 32478001
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478238 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 32478139  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32478138 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 32478039  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctt 256  Q
    ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32478038 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctt 32478001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 256
Target Start/End: Original strand, 2674410 - 2674646
Alignment:
Q  20 atcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcat 119  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674410 atcaacgagaataaacttctagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcat 2674509  T
Q  120 atcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2674510 atcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggataagagttgtggaaattggaatctagtg 2674609  T
Q  220 gaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctt 256  Q
    || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2674610 gaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctt 2674646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 3325727 - 3325967
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325727 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaactagaagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 3325826  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  3325827 tatcaagcaagacatgcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtgaaaattggaatctagt 3325926  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325927 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttga 3325967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 51 - 259
Target Start/End: Original strand, 22170529 - 22170737
Alignment:
Q  51 gaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctt 150  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170529 gaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctt 22170628  T
Q  151 tgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgt 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  22170629 tgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgt 22170728  T
Q  251 tacctttga 259  Q
    |||||||||    
T  22170729 tacctttga 22170737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 154 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 18145059 - 18144954
Alignment:
Q  154 aatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttac 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||| |||||||| |||||    
T  18145059 aatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctggtggaggatcaaatgtcttgataagtagggacgttac 18144960  T
Q  254 ctttga 259  Q
    ||||||    
T  18144959 ctttga 18144954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 6305544 - 6305712
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  6305544 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 6305643  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  6305644 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 6305712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 10096736 - 10096586
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  10096736 tcaagacacctatggaggtttggagtgggacaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 10096637  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10096636 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 10096586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 10203622 - 10203472
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  10203622 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 10203523  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10203522 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 10203472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 16459697 - 16459865
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||||||    
T  16459697 catcaacagggatagatctcaacacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgcgca 16459796  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||  |||||||||||    
T  16459797 tgtcatgcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaa 16459865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 10610703 - 10610553
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||| |||  |||||||| ||    
T  10610703 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctcatgtcagacaagacaaact 10610604  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10610603 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 10610553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 10899242 - 10899410
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    || || |||||| ||||||| |||| ||| ||    
T  10899242 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttaaaagttttcagagctttagcatttgctca 10899341  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10899342 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 10899410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 54190741 - 54190909
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    || || |||||||||||||| || | ||| ||    
T  54190741 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttaaaagttttcggagctttagcgtttgctca 54190840  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  54190841 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 54190909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 22623926 - 22623759
Alignment:
Q  20 atcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcat 119  Q
    |||||| || |||||  |||| |||||||||||| | |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| |||    
T  22623926 atcaacagggatagatctcaaaacacctatggagttttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctcat 22623827  T
Q  120 atcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
     ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  22623826 gtcaggcaagacaaacttgatgctagagctatgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 22623759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 29911883 - 29911733
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    |||||  | ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  29911883 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaaatcttcggagctttagcgtttgctcatgtcaggcaagacaaact 29911784  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  29911783 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 29911733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 47880818 - 47880668
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| || |||||   |||||| ||||| |||||||| |||| |||  || |||  || ||||| ||    
T  47880818 tcaagacacctatgtaggtttggagtgggagaccggcagactactctaatttgaaagtttttggagctttagcatttgcttatgtcagacaggacaaact 47880719  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| || ||||| |||||||||||    
T  47880718 tgattctagagctgtgaagtgtattttcatgggatatcctgaaggtgtgaa 47880668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 19347176 - 19346936
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347176 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 19347077  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  19347076 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtgaaaattggaatctagt 19346977  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19346976 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttga 19346936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 25393784 - 25393544
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  25393784 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcatctttgaaggtttacggagctttggcatatgcaca 25393685  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393684 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 25393585  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393584 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 25393544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 77 - 240
Target Start/End: Original strand, 39485468 - 39485631
Alignment:
Q  77 ttactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccg 176  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485468 ttactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccg 39485567  T
Q  177 gaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgatta 240  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  39485568 gaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgatta 39485631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 175 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 31058700 - 31058616
Alignment:
Q  175 cggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31058700 cggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggagggtcaaaagtcttgattagtaggtatgttacctttga 31058616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 216
Target Start/End: Original strand, 31133776 - 31133963
Alignment:
Q  29 aatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaa 128  Q
    ||||||||| |||||||| ||  ||| || |||||||||  |||  || |||||  |||||||| ||||||  ||||| || |||  |||||||||| ||    
T  31133776 aatagactttaagacaccaataaaggcatagagtgggaagtcggaagactactcaactttgaagattttcgaggctttagcgtatctgcatatcaagtaa 31133875  T
Q  129 gacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatcta 216  Q
    |||||||||||  || ||| | |||||||| |||||||||||||||| ||  ||||| |  | |||||||||||||||||||||||||    
T  31133876 gacaagcttgatgctggagttgtgaaatgtttcttcattggttatccagagcgtgtgcacagttacaagttgtggaaattggaatcta 31133963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Original strand, 45569641 - 45569791
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||||||| ||||||||| ||    
T  45569641 tcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatatcaggcaagacaaact 45569740  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  45569741 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 45569791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 186 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 39485468 - 39485395
Alignment:
Q  186 aaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39485468 aagggttacaagttgtggaaattggaatctagtgaaggatcaaaaatcttgattagtagagatgttacctttga 39485395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 183
Target Start/End: Original strand, 2738438 - 2738602
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  2738438 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagatcggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 2738537  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtg 183  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||    
T  2738538 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtg 2738602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 39684480 - 39684648
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||  || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  39684480 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggaagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 39684579  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  39684580 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 39684648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 20052708 - 20052541
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||| ||||||| || | ||| ||    
T  20052708 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttc-gagctttagcgtttgctca 20052610  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  20052609 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 20052541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Original strand, 17934335 - 17934485
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| || ||||||||||| |||| ||| ||| |||  |||||||| ||    
T  17934335 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcatttgcccatgtcagacaagacaaact 17934434  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||  | |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  17934435 tgatgctagatatgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 17934485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 22715182 - 22715014
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | | | ||    
T  22715182 catcaacagggatagatctcaacacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgttttctca 22715083  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||  |||||||||||    
T  22715082 tgtcattcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaa 22715014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 406 - 166
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  406 catcaacaggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaagcggcagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 307  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  306 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 207  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  206 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttga 166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8562 - 8322
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8562 catcaacaggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaagcggcagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 8463  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8462 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 8363  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8362 ggaggatcaaaagtcttaattagtagggatgttacctttga 8322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 41396137 - 41395909
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396137 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaacccgcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 41396038  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||             | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396037 tatcaagcaagacaagct------------gtggaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 41395950  T
Q  219 ggaggattaagagtcttgattagtagggatgttacctttga 259  Q
     |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  41395949 tgaggatcaagagtcttagttagtagggatgttacctttga 41395909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 146 - 259
Target Start/End: Original strand, 19369001 - 19369114
Alignment:
Q  146 agctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggattaagagtcttgattagtagg 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  19369001 agctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattagaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagg 19369100  T
Q  246 gatgttacctttga 259  Q
    ||||||||||||||    
T  19369101 gatgttacctttga 19369114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 9523961 - 9524129
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  9523961 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 9524060  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  9524061 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 9524129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 2397185 - 2397035
Alignment:
Q  37 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 136  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |  || |||||    ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| ||||| ||    
T  2397185 tcaaaacacctatggaggtttggagtgggagaccagtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtcaagcaggacaaact 2397086  T
Q  137 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||| |||||||    
T  2397085 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaagtgtgaa 2397035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 34908 - 34705
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||    |   ||||| ||| |||||||| ||  || |||||||||||||||    
T  34908 catcaacgggaataaacttcaggatacctatggaagtatggagtgggaaactaatgttctactcatctatgaaggttctctaagatttggcatatgcgca 34809  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 218  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  34808 tatcaagcaagacaagcttaaggctagagctgtgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctggt 34709  T
Q  219 ggag 222  Q
    ||||    
T  34708 ggag 34705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 1092 - 924
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  1092 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgccca 993  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | | | ||||||||| |||||  |||||||| | |||||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  992 tgttaggcaagacaaacttgatgctagagctgtaaaatgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Original strand, 18559 - 18727
Alignment:
Q  19 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 118  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  | |||||   |||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  18559 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggaggccggcaaactactctaatttgaaagttttcggagctttagcgtttgccca 18658  T
Q  119 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 187  Q
    | | |  || ||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||| ||||||    
T  18659 tgttagacaggacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaagctgtgaa 18727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University