View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6876A_low_302 (Length: 242)

Name: NF6876A_low_302
Description: NF6876A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6876A_low_302
NF6876A_low_302
[»] scaffold0234 (2 HSPs)
scaffold0234 (23-228)||(11515-11720)
scaffold0234 (23-228)||(2624-2829)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (23-228)||(13248306-13248511)
chr3 (23-228)||(10572894-10573099)
chr3 (23-228)||(15601188-15601393)
chr3 (23-223)||(18510625-18510825)
chr3 (23-223)||(18522366-18522566)
chr3 (47-228)||(15351311-15351492)
[»] scaffold0433 (1 HSPs)
scaffold0433 (23-228)||(6806-7011)
[»] scaffold0213 (1 HSPs)
scaffold0213 (23-228)||(2998-3203)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (23-228)||(17684772-17684977)
chr6 (23-228)||(27381555-27381760)
chr6 (23-228)||(27471938-27472143)
chr6 (23-228)||(29315550-29315754)
chr6 (19-91)||(31258240-31258312)
chr6 (98-184)||(31258741-31258827)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (23-228)||(18268767-18268972)
chr4 (23-228)||(5713646-5713852)
chr4 (23-228)||(10621636-10621841)
chr4 (23-228)||(26970166-26970367)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (23-228)||(22171187-22171392)
chr8 (23-228)||(28554582-28554787)
chr8 (26-228)||(24642344-24642549)
chr8 (42-193)||(24797504-24797655)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (23-228)||(11536365-11536570)
chr7 (23-228)||(15152142-15152346)
chr7 (23-224)||(29327485-29327686)
chr7 (23-228)||(12750524-12750729)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (23-228)||(19707522-19707727)
chr5 (23-228)||(24695769-24695973)
[»] scaffold0390 (1 HSPs)
scaffold0390 (23-229)||(7237-7443)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (23-228)||(5226-5432)
[»] scaffold0203 (1 HSPs)
scaffold0203 (23-228)||(23829-24034)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (23-228)||(22657525-22657730)
chr1 (89-228)||(27278115-27278254)
chr1 (19-91)||(20470937-20471009)
chr1 (98-184)||(20470423-20470509)
[»] scaffold0705 (1 HSPs)
scaffold0705 (47-228)||(115-296)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (23-200)||(41661502-41661679)


Alignment Details
Target: scaffold0234 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: scaffold0234
Description:

Target: scaffold0234; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 11515 - 11720
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  11515 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatacaatactagcagataa 11614  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11615 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 11714  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  11715 tggtga 11720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 2624 - 2829
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  2624 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 2723  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2724 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 2823  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  2824 tggtga 2829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 13248511 - 13248306
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  13248511 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 13248412  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13248411 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 13248312  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  13248311 tggtga 13248306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 10572894 - 10573099
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||| ||||||||||||||    
T  10572894 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgactagatactatactagcagataa 10572993  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10572994 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactatcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 10573093  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  10573094 tggtga 10573099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 15601188 - 15601393
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  15601188 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 15601287  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15601288 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactatcaatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 15601387  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  15601388 tggtga 15601393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 18510825 - 18510625
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||    
T  18510825 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattgatcaagtgttagtatcaagcacactatgagcaacatactatactagcagataa 18510726  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  18510725 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttcttttaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaggtataaatttggatcat 18510626  T
Q  223 t 223  Q
    |    
T  18510625 t 18510625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 18522566 - 18522366
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||    
T  18522566 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattgatcaagtgttagtatcaagcacactatgagcaacatactatactagcagataa 18522467  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  18522466 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttcttttaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaggtataaatttggatcat 18522367  T
Q  223 t 223  Q
    |    
T  18522366 t 18522366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 47 - 228
Target Start/End: Original strand, 15351311 - 15351492
Alignment:
Q  47 aaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttggtagg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15351311 aaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagtagataaggaactctttcctatgttggtagg 15351410  T
Q  147 ttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcattggtga 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  15351411 ttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatagaaaagaaattgaattgtcaaaatatacattgggatcattggtga 15351492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 7011 - 6806
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  7011 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatacaatactagcagataa 6912  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6911 ggaactcttttctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactatcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 6812  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  6811 tggtga 6806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0213 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0213
Description:

Target: scaffold0213; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 3203 - 2998
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  3203 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatacaatactagcagataa 3104  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3103 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactatctatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 3004  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  3003 tggtga 2998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 17684772 - 17684977
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  17684772 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 17684871  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17684872 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaggaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 17684971  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  17684972 tggtga 17684977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 27381555 - 27381760
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||| ||||    
T  27381555 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcaaataa 27381654  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27381655 ggaactcttttctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 27381754  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  27381755 tggtga 27381760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 27471938 - 27472143
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||| ||||    
T  27471938 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcaaataa 27472037  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27472038 ggaactcttttctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 27472137  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  27472138 tggtga 27472143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29315754 - 29315550
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  29315754 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattgatcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 29315655  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||    
T  29315654 ggaactctttcttatgttggcaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatagaaaagaaattgaattgtcaaaata-acatttggatcat 29315556  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  29315555 tggtga 29315550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 91
Target Start/End: Original strand, 31258240 - 31258312
Alignment:
Q  19 aatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcac 91  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  31258240 aataccccactagcactaaaagtcaatcaaatattaactcaataactattgatcaagtgttagcatcaagcac 31258312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 184
Target Start/End: Original strand, 31258741 - 31258827
Alignment:
Q  98 ggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcg 184  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  31258741 ggcaagatactctactagcagacaaggagctctttcctatgttagtaagttatagttctttcaattttcacttttgatcttcaatcg 31258827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 18268972 - 18268767
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  18268972 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 18268873  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18268872 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaggaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 18268773  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  18268772 tggtga 18268767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 5713852 - 5713646
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaa-tactagcagata 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||    
T  5713852 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatacaaatactagcagata 5713753  T
Q  122 aggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatca 221  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  5713752 aggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaattatacatttggatca 5713653  T
Q  222 ttggtga 228  Q
    |||||||    
T  5713652 ttggtga 5713646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 10621636 - 10621841
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  10621636 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctatttgtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 10621735  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||    
T  10621736 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaattttcattttcgatcttctatagaaaagaaattgaattgtcaaaatatacatttggatcat 10621835  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  10621836 tggtga 10621841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 26970367 - 26970166
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  26970367 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatacaatactagcagataa 26970268  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    |||| |||||||||||||||  |||||||||||    
T  26970267 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactatcgatcttctatcga----aaatggaagtgtcaaagtatatatttggatcat 26970172  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  26970171 tggtga 26970166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 22171392 - 22171187
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  22171392 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 22171293  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||    
T  22171292 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtagacatttgcatcat 22171193  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  22171192 tggtga 22171187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 28554787 - 28554582
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||| |    
T  28554787 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactaaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactatgggcaagataatatactaggagatca 28554688  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  28554687 ggaactctttcttatgttggtaggttatacttctttcaatttccattttcgatcttcaatcgaaaagaaattgaagtgtcgaagtatacatttggatcat 28554588  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  28554587 tggtga 28554582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 26 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 24642549 - 24642344
Alignment:
Q  26 cactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactg----tgggcaagatacaatactagcagata 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||  ||||||||||||    
T  24642549 cactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattgatcaagtgttagcatcaagcacacttaatttgggcaagatactctactagcagata 24642450  T
Q  122 aggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatca 221  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  24642449 agaaactctt-cctatgttggtaggttataattcattcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaaatgtcaaagtatacatttggatca 24642351  T
Q  222 ttggtga 228  Q
    |||||||    
T  24642350 ttggtga 24642344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 42 - 193
Target Start/End: Original strand, 24797504 - 24797655
Alignment:
Q  42 caatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttg 141  Q
    |||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||| | || ||||||| || |||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  24797504 caattaaatattaacttaatatccattggccaagtgttagaatcaagaacactctaggaaagatactattctagtagataaggaactccttcctatgttg 24797603  T
Q  142 gtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaat 193  Q
    ||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24797604 gtatgatgcacttctttcaatttccactttcgatcttctatcaaaaagaaat 24797655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 11536365 - 11536570
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  11536365 tcccactagtactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 11536464  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||    
T  11536465 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatagaaaagaaattgaattgtcaaaatatacatttggatcat 11536564  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  11536565 tggtga 11536570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 15152346 - 15152142
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  15152346 tcccactagcattaaaagccaatcaaatatcaactcaatatctattggtcaagtgttagtatcaagcacactatgggcaagatactatactagcagataa 15152247  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15152246 ggaactctttc-tatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgattttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 15152148  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  15152147 tggtga 15152142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 23 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 29327686 - 29327485
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||    
T  29327686 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagtatcaagcacaccatgggcaagatactatactagcagataa 29327587  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  29327586 ggaaatctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcaatcttctatcgaaaagaaattaaagtgtcaaagtatacatttggatcat 29327487  T
Q  223 tg 224  Q
    ||    
T  29327486 tg 29327485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 12750729 - 12750524
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||| ||||||    
T  12750729 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactctgggcatgatactattctagtagataa 12750630  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||  ||||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  12750629 ggaaccctttcctatgttggtaggctacactactttcaatttacactttccattttctatcgaaaagaaattaaagtgtcaaagtatacatttggatcat 12750530  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  12750529 tggtga 12750524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 19707522 - 19707727
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||    
T  19707522 tcccattagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacattatgggcaagatattatactagcagataa 19707621  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  19707622 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcaaaaagaaattgaagtgtcaaagtatatatttggatcat 19707721  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  19707722 tggtga 19707727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 24695769 - 24695973
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  24695769 tcccactagcactaaa-gccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 24695867  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24695868 ggaactctttcctatgttggtaggttatacttcattcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 24695967  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  24695968 tggtga 24695973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0390
Description:

Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 23 - 229
Target Start/End: Original strand, 7237 - 7443
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  7237 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 7336  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  7337 ggaactctttcctatgttggtaggctatacttctttcaaattccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtatcaaagtgtacatttggatcat 7436  T
Q  223 tggtgat 229  Q
    |||||||    
T  7437 tggtgat 7443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 5432 - 5226
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||    
T  5432 tcccactagcactaaaagtcaatcaaatattaactcaatatatattggtcaagtgttagcatcaagcacactatgggcaagatactatgctagcagataa 5333  T
Q  123 ggaactttttcctatg-ttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatca 221  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5332 ggaactctttcctatgtttggtaggttatacttctttcaatttccaatttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatca 5233  T
Q  222 ttggtga 228  Q
    |||||||    
T  5232 ttggtga 5226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0203 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0203
Description:

Target: scaffold0203; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 23829 - 24034
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||    
T  23829 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactaaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagcagataa 23928  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23929 ggaactcttttctatgttggtaggttatacttgattcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagacattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 24028  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  24029 tggtga 24034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 8e-82; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 23 - 228
Target Start/End: Original strand, 22657525 - 22657730
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||    
T  22657525 tcccactagcactaaaagtcaatctaatattaactcaatatctattgatcaagtgttagcatgaagcacactatgggcatgatacaattctagtagataa 22657624  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcat 222  Q
    |||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22657625 ggaaccatttcctatgttggtaggttacactactttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcat 22657724  T
Q  223 tggtga 228  Q
    ||||||    
T  22657725 tggtga 22657730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 89 - 228
Target Start/End: Original strand, 27278115 - 27278254
Alignment:
Q  89 cacactgtgggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaa 188  Q
    |||||| |||||| ||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||    
T  27278115 cacactatgggcatgatactattctagtagataaggaactctttcctatgttgggaggttacacttctttcaatgtcccctttcaatcttctatcgaaaa 27278214  T
Q  189 gaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcattggtga 228  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27278215 gaaattgaagtgtcaaagtatacatttggatcattggtga 27278254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 20471009 - 20470937
Alignment:
Q  19 aatatcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcac 91  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  20471009 aataccccactagcactaaaagtcaatcaaatattaactcaataactattgatcaagtgttagcatcaagcac 20470937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 20470509 - 20470423
Alignment:
Q  98 ggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcg 184  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  20470509 ggcaagatactctactagcagacaaggagctctttcctatgttagtaagttatagttctttcaattttcacttttgatcttcaatcg 20470423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0705 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0705
Description:

Target: scaffold0705; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 47 - 228
Target Start/End: Original strand, 115 - 296
Alignment:
Q  47 aaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataaggaactttttcctatgttggtagg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  115 aaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactcttgacaagatactatactagtagataaggaactctttcctatgttggtagg 214  T
Q  147 ttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtgtcaaagtatgcatttggatcattggtga 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  215 ttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatagaaaagaaattgaattgtcaaaatatacattaggatcattggtga 296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 41661679 - 41661502
Alignment:
Q  23 tcccactagcactaaaagccaatcaaatattaactcaatatctattggtcaagtgttagcatcaagcacactgtgggcaagatacaatactagcagataa 122  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||   || |||| ||||||    
T  41661679 tcccactagcactaaaagtcaatcaaatattaactcaatatatattggtcaagtgtcagcatcaagcacactctgggtatgattttattctagtagataa 41661580  T
Q  123 ggaactttttcctatgttggtaggttatacttctttcaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtg 200  Q
    |||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41661579 ggaactatttcctaagttggtatgttacacttctttaaatttccactttcgatcttctatcgaaaagaaattgaagtg 41661502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University