View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6876A_low_446 (Length: 209)

Name: NF6876A_low_446
Description: NF6876A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6876A_low_446
NF6876A_low_446
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (5-204)||(23109883-23110082)
chr7 (5-205)||(47194950-47195150)
chr7 (5-204)||(31076536-31076735)
chr7 (29-126)||(44083454-44083551)
chr7 (6-99)||(19915980-19916073)
chr7 (125-193)||(19915917-19915985)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (5-204)||(6756621-6756820)
chr2 (5-204)||(21812574-21812771)
chr2 (5-204)||(7126035-7126225)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (11-204)||(49349034-49349227)
chr4 (5-204)||(1807736-1807935)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (5-204)||(27525390-27525589)
chr1 (5-193)||(45951544-45951732)
chr1 (5-193)||(24136149-24136337)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (5-204)||(34551401-34551601)
chr6 (30-193)||(26881032-26881195)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (11-196)||(41011947-41012130)
chr8 (5-78)||(9532072-9532145)
chr8 (5-52)||(5372960-5373007)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 5 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 23110082 - 23109883
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23110082 tgcacatacattgccttcacggagcacatgtttgaacaccaaacctaggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 23109983  T
Q  105 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaacaccaaac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23109982 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgtctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaagaccaaac 23109883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 5 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 47195150 - 47194950
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47195150 tgcacatacattgccttcacggagcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcgtaagcatgg 47195051  T
Q  105 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaacaccaaac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  47195050 aatgagtgagattgtctgtccataagtaagtttatgatctcagtggagtctgtctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaagaccaaac 47194951  T
Q  205 t 205  Q
    |    
T  47194950 t 47194950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 5 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 31076735 - 31076536
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31076735 tgcacatacattgccttcacggagcacatgtttgaacaccaaacatggaagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 31076636  T
Q  105 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaacaccaaac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  31076635 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtttgtctcacactcaacatgcaagaccgaattgtttatcaacaagaccaaac 31076536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 29 - 126
Target Start/End: Original strand, 44083454 - 44083551
Alignment:
Q  29 cacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatggaatgagtgagattgtctgtcca 126  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44083454 cacatgtttgaacaccaaacctggaatatgatccaacaaacttgttattttatctaataaagaaacataagcatggaatgagtgagattgtctgtcca 44083551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 6 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 19916073 - 19915980
Alignment:
Q  6 gcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataag 99  Q
    |||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19916073 gcacatacattgccttcatagagcacatgtttgaacaccaaacctgagagatgatccaacaaacttgtgattttagctagtaaagaagcataag 19915980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 125 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 19915985 - 19915917
Alignment:
Q  125 cataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaa 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19915985 cataagtaggtttatgatctcagtggagtctgtctcacactcaacatgcaacactgaattgtttatcaa 19915917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 5 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 6756820 - 6756621
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6756820 tgcacatacattgccttcacggagcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagttagtaaagaagcataagcatgg 6756721  T
Q  105 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaacaccaaac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6756720 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgtctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaagaccaaac 6756621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 5 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 21812771 - 21812574
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 104  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21812771 tgcacatacattgtcttcacggagcacatgtttgaacaccaaacttgggagatgatccaacaaacttattattttagctagtaaagaagcataagcatgg 21812672  T
Q  105 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaacaccaaac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||    
T  21812671 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgtctcacactcaacatgca--atcgaattgtttatcaacaagaccaaac 21812574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 5 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 7126225 - 7126035
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 104  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||         ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7126225 tgcacatacattgccttcacagagcacatgtttgaacaca--------gagatgatccaacaaacttgtgattttagctagtaaagaagcataagcatgg 7126134  T
Q  105 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaacaccaaac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7126133 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagt-tgtctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaagaccaaac 7126035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 3e-96; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 11 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 49349227 - 49349034
Alignment:
Q  11 tacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatggaatgag 110  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49349227 tacattgccttcacggagcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatggaatgag 49349128  T
Q  111 tgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaacaccaaac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  49349127 tgagattgtctgtccataagtaggtttttgatctcagtggagtctgtctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaagaccaaac 49349034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 5 - 204
Target Start/End: Original strand, 1807736 - 1807935
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||     
T  1807736 tgcacatacattgccttcacggagcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtagagaagcataagtatga 1807835  T
Q  105 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaacaccaaac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1807836 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgtctcacactcaatatgcaacaccgaattgtttatcaacaagaccaaac 1807935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 176; Significance: 5e-95; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 5 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 27525589 - 27525390
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27525589 tgcacatacattgccttcacggagcacatgtttgaacaccaaacttgggagatgatccaacaaacttgttattttagctattaaagaagcataagcatgg 27525490  T
Q  105 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaacaccaaac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27525489 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgtctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaagaccaaac 27525390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 5 - 193
Target Start/End: Original strand, 45951544 - 45951732
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 104  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45951544 tgcacatatattgccttcacggagcacatatttgaacgccaaacctgggagatgatctaacaaacttgtgattttagctagtaaagaagcataagcatgg 45951643  T
Q  105 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaa 193  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45951644 aaggagtgagattgtgtgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgtctcacactcaacatgcaacaccaaattgtttatcaa 45951732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 5 - 193
Target Start/End: Original strand, 24136149 - 24136337
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatgg 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24136149 tgcacatacattgccttcacggagcacatgtttgaacaccaaacttaggaggtgatccaacaaacttgtgattttagctagtaaagaagcataagcatgg 24136248  T
Q  105 aatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaa 193  Q
    ||  ||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24136249 aagaagtgagattatatgtccataaataggtttataatctcagtggagtatgtctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaa 24136337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 5 - 204
Target Start/End: Original strand, 34551401 - 34551601
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaa-gcataagcatg 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34551401 tgcacatacattgccttcacggagcacatgtttgaacatcaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaaagcataagcatg 34551500  T
Q  104 gaatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaacaccaaa 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  34551501 gaatgagtgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgtctcacactcaacatacaacaccaaattgtttatcaacaagaccaaa 34551600  T
Q  204 c 204  Q
    |    
T  34551601 c 34551601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 26881195 - 26881032
Alignment:
Q  30 acatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatggaatgagtgagattgtctgtccataa 129  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  26881195 acatgtttgaacaccaaacctgcgagatgatctaacaaacttgtgattttagctagtaaagaagtataagcatggaaggagtgagattgtccgtcaataa 26881096  T
Q  130 gtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaa 193  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  26881095 gtaggttaatgatctcagtggagtctatctcacactcaacatggaacaccgcattgtttatcaa 26881032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 151; Significance: 4e-80; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 11 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 41012130 - 41011947
Alignment:
Q  11 tacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattttagctagtaaagaagcataagcatggaatgag 110  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41012130 tacattgccttcacggagcac--gtttgaacaacaaacctgggagatgatctaacaaacttgttattttagctaataaagaagcataagcatggaatgag 41012033  T
Q  111 tgagattgtctgtccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgcctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaa 196  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41012032 tgagattgtctatccataagtaggtttatgatctcagtggagtctgtctcacactcaacatgcaacaccgaattgtttatcaacaa 41011947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 78
Target Start/End: Original strand, 9532072 - 9532145
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgggagatgatccaacaaacttgttattt 78  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9532072 tgcacatacattgccttcacggagcacatgtttgaacaccaaacctggaagatgatccaacaaacttgttattt 9532145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 52
Target Start/End: Original strand, 5372960 - 5373007
Alignment:
Q  5 tgcacctacattgccttcacggatcacatgtttgaacaccaaacctgg 52  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  5372960 tgcacatacattaccttcacggagcacatgtttgaacaccaaatctgg 5373007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University