View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6878_low_1 (Length: 658)

Name: NF6878_low_1
Description: NF6878
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6878_low_1
NF6878_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (18-651)||(18253422-18254049)
chr2 (28-398)||(34661288-34661670)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (28-395)||(14722780-14723159)
chr8 (93-397)||(12218812-12219127)
chr8 (28-269)||(28184818-28185062)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (28-398)||(31136237-31136619)
chr3 (93-397)||(7578089-7578403)
chr3 (220-398)||(1344395-1344582)
chr3 (35-208)||(1344921-1345098)
chr3 (98-398)||(9700990-9701300)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (28-398)||(7705214-7705596)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (124-398)||(55468429-55468713)
chr4 (98-320)||(27189553-27189776)
chr4 (184-242)||(9047882-9047940)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (197-398)||(48920539-48920749)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 18254049 - 18253422
Alignment:
Q  18 actatgtaccggaaacctgcactcaacatgattattgctcaaacgggcctagcaggtaacatcaccacaaaaatctaga--ggggatatgcaagaattca 115  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || |||| |  ||||||||||| |||||||    
T  18254049 actatgcaccggaagcctgcactcaacatgattattgctcaaactggcctaggaggtaacatcaccacagaagtctacaaaggggatatgcaggaattca 18253950  T
Q  116 agattcttaaagcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggccccatcatcaaagaagtgatttgaacacctcctctgacaagttggattaaagccaac 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18253949 agattcttaaagcttgtaaagttaacatcaaaccccctagggccccatcatcaaagaagtgatttggacacctcctttgacaagttggattaaagccaac 18253850  T
Q  216 actaatggagcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgtattagatgttttacctagtatctgg 315  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||    
T  18253849 actgatggaacatctacaaagaaccctaatagagcagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatgtgtattagatgttttacttagtatttgg 18253750  T
Q  316 gggagttatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttctcaaacttttggttggaactgctattgagattgct 415  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  18253749 gggagttatatgttgaattagtaactactatg-ctgctattgagattgctcacatcaatggtttctcaaacttttggttggaa---ctattgagattgct 18253654  T
Q  416 cacatcaatggaatcttcagaaaccatataacaaacttttggtctcaattataacttcnnnnnnnnnnnnngtgaaggaaaccattgaaa-ttttttatt 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  18253653 cacatcaatggaatcttcagaaaccatataacaaacttttggtctcaattataactt-------tttttttgtgaaggaaaccattgaaacttttttttt 18253561  T
Q  515 ttagaaagaaaccattgaaac--agatactcaattatatgatgttactacatgtttgcttaaatataaaatgagaagtgcacaaacnnnnnnncaaacca 612  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  18253560 ttaggaagaaaccattgaaacatagatactcaattatatgatgttactacatgtttgcttaaatataaaatgagaagtgcacaaacaaaaaaacaaacca 18253461  T
Q  613 aatattaggaaaatacagcacgtacgtttattcatctca 651  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  18253460 aatattaggaaaatacaacatgtacgtttattcatctca 18253422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 28 - 398
Target Start/End: Original strand, 34661288 - 34661670
Alignment:
Q  28 ggaaacctgcactcaacatgattattgctcaaacgggcctagcaggtaacatcaccacaaaaatcta--gaggggatatgcaagaattcaagattcttaa 125  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34661288 ggaagcctgtactcaacaagattattactcaaactggcctagcaggtaacatcaccacagaagtctacagaggggatatgcaagaattcaggattcttaa 34661387  T
Q  126 agcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggcccc-atcatcaaagaagtgatttgaacacctcctctgacaagttggattaaagccaacactaatgga 224  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||    
T  34661388 agcttttaaagtaaacattaaacccccaagggcccccatcatcaaagaagtgatttggacacctcctctgacaagttggattaaagcaaatacagatgga 34661487  T
Q  225 gcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgtattagatgttttacctagtatctgggggag---- 320  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||| |||||  ||||||||||||||        
T  34661488 gcagctacaaagaaccctaatagagcagctgcaggaggaatcttcagaaattctgatagcttatgtgttggatgctttactcagtatctgggggagcata 34661587  T
Q  321 -----ttatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttctcaaacttttggttggaa 398  Q
          ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  34661588 gtgcactatatgccgaactagtagctgctatgactgctattgagatagctcacatcgatggtttctcaaatttttggttggaa 34661670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 28 - 395
Target Start/End: Original strand, 14722780 - 14723159
Alignment:
Q  28 ggaaacctgcactcaacatgattattgctcaaacgggcctagcaggtaacatcaccacaaaaatcta--gaggggatatgcaagaattcaagattcttaa 125  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  14722780 ggaagcctgcactcaacatgattattgctcaaattggcctagcatgtaacatcaccacaaaagtctacagaggggatatgcaggaattcaggattcttaa 14722879  T
Q  126 agcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggcccc-atcatcaaagaagtgatttgaacacctcctctgacaagttggattaaagccaacactaatgga 224  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| |||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||  |||||    
T  14722880 agcttttaaagtaaacattaaaccccccaaggcccccatcatcaaagaagtgatttggacacctcctttgacaagttggattaaagcaaatacggatgga 14722979  T
Q  225 gcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgtattagatgttttacctagtatctgggggag---- 320  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||| |||||  ||||||||||||||        
T  14722980 gcagctacaaagaaccctaatagagcagctgcaggaggaatcttcagaaactctgatagtttatgtgttggatgctttactcagtatctgggggagcaaa 14723079  T
Q  321 -----ttatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttctcaaacttttggttg 395  Q
          |||||||||||||||||  || |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  14723080 atgcactatatgctgaattagtagttgttatgacggctattaagattgctcacatcaatggtttctcaaatttttggttg 14723159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 93 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 12219127 - 12218812
Alignment:
Q  93 tagaggggatatgcaagaattcaagattcttaaagcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggc-cccatcatcaaagaagtgatttgaacacctcct 191  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| || ||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||     
T  12219127 tagaggggatatgcaggaattcaggatactcaaaacttttaaagttaacatcaaacccccgagggctcccatcatcaaagaagtaatttggacacctccc 12219028  T
Q  192 ctgacaagttggattaaagccaacactaatggagcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgta 291  Q
     || ||  ||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12219027 ttgtcatcttggattaaagccaacactgatggtgaaactacaaagaaccctaatagagcagctgtaggaggcatcttcagaaactctgatagcatatgta 12218928  T
Q  292 ttagatgttttacctagtatct-gggggag---------ttatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttct 381  Q
    || | ||||| ||  | ||||| |||||||          ||| ||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  12218927 ttggttgtttcactaaatatctggggggagcatgatgctctatttgctgaactggtagctgctatgactgccattgagattgctcacattaatggtttct 12218828  T
Q  382 caaacttttggttgga 397  Q
      || |||||||||||    
T  12218827 ggaatttttggttgga 12218812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 28185062 - 28184818
Alignment:
Q  28 ggaaacctgcactcaacatgattattgctcaaacgggcctagcaggtaacatcaccacaaaaatct--agaggggatatgcaagaattcaagattcttaa 125  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| || ||    || |||||||||||||||| | || | |  |||||||| ||||||||||||| |||||| ||    
T  28185062 ggaaacttgcacttaacatgattattgcgcagacttctcttgcaggtaacatcaccaaagaagtttacagaggggacatgcaagaattcaggattctgaa 28184963  T
Q  126 agcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggc-cccatcatcaaagaagtgatttgaacacctcctctgacaagttggattaaagccaacactaatgga 224  Q
    | |||  || || ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||| || |||||  | || ||  |||||| |||||| ||||| |||||  |||||    
T  28184962 aactttcaaggtgaacatcaaaccccccagggcacccataatcaaagaggtaatttgggctccaccgatgacaacttggatcaaagcaaacacagatgga 28184863  T
Q  225 gcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttc 269  Q
    ||| |||| ||  |||| || |||| ||||||| |||| ||||||    
T  28184862 gcagctaccaaacacccaaacagagcagctgcaggaggcatcttc 28184818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 180; Significance: 7e-97; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 28 - 398
Target Start/End: Original strand, 31136237 - 31136619
Alignment:
Q  28 ggaaacctgcactcaacatgattattgctcaaacgggcctagcaggtaacatcaccacaaaaatcta--gaggggatatgcaagaattcaagattcttaa 125  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  31136237 ggaagcctgcactcaacaagattattgctcaaactggcctagtaggtaacatcaccacagaagtctacagaggggatatgtaagaattcaggattcttaa 31136336  T
Q  126 agcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggcccc-atcatcaaagaagtgatttgaacacctcctctgacaagttggattaaagccaacactaatgga 224  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || ||  ||| |    
T  31136337 agcttttaaagtaaacattaaacccccaaggccccccatcatcaaagaagtgatttggacacctcctctgacaagttggattaaagaaaatacggatgaa 31136436  T
Q  225 gcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgtattagatgttttacctagtatctgggggag---- 320  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||| |||||  ||||||||||||||        
T  31136437 gcagctacaaagaaccccaatagagcagctacaggaggaatcttcagaaattctgatagcttatgtgttggatgctttactcagtatctgggggagcaaa 31136536  T
Q  321 -----ttatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttctcaaacttttggttggaa 398  Q
          ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31136537 atgcactatatgctgaattagtagctgctatgactgctattgagatagctcacatcaatggtttctcaaatttttggttggaa 31136619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 93 - 397
Target Start/End: Original strand, 7578089 - 7578403
Alignment:
Q  93 tagaggggatatgcaagaattcaagattcttaaagcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggc-cccatcatcaaagaagtgatttgaacacctcct 191  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||     
T  7578089 tagaggggatatgcaggaattcaggatactcaaagcttttaaagttaacattaaaccccccagggctcccatcatcaaagaagtaatttggacacctccc 7578188  T
Q  192 ctgacaagttggattaaagccaacactaatggagcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgta 291  Q
     || ||  ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7578189 ttgtcatcttggattaaagccaacactgatggtgcagctacaaagaaccctaacagagcagctgtaggaggcatcttcagaaactctgatagcatatgta 7578288  T
Q  292 ttagatgttttacctagtatctgggggag---------ttatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttctc 382  Q
    || | ||||| ||  | ||||||||||||          ||| || |||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||     
T  7578289 ttggttgtttcactaaatatctgggggagcatgatgctctatttgttgaactggtagctgctatgactgccattgagattgctcacattaatggtttctg 7578388  T
Q  383 aaacttttggttgga 397  Q
     || |||||||||||    
T  7578389 gaatttttggttgga 7578403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 220 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 1344582 - 1344395
Alignment:
Q  220 atggagcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgtattagatgttttacctagtatctggggga 319  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||  | |||||||||||    
T  1344582 atggagcagctacaaagaaccctaatagagcagctgtaggaggaatcttcagaaactatgatagcttatgtattggatgctttactcaatatctggggga 1344483  T
Q  320 gt---------tatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttctcaaacttttggttggaa 398  Q
    |          ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1344482 gaaaaatgcactatatgctgaattagtagctgctatgacggctattgagattgctcacatcaatggtttctcaaatttttggttggaa 1344395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 1345098 - 1344921
Alignment:
Q  35 tgcactcaacatgattattgctcaaacgggcctagcaggtaacatcaccacaaaaatct--agaggggatatgcaagaattcaagattcttaaagcttgt 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |    
T  1345098 tgcactcaacatgattattgctcaaactggcctagcaggtaacatcaccacagaagtctacagaggggatatgcaggaattcaggattgttaaagctttt 1344999  T
Q  133 aaagttaacatcaaa-acccctag-ggccccatcatcaaagaagtgatttgaacacctcctctgacaagttggattaa 208  Q
    ||||| ||||| |||  |||| || | ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  1344998 aaagtaaacattaaacccccccagtgcccccatcatcaaagatgtgatttggacccctcctctgacaatttggattaa 1344921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 98 - 398
Target Start/End: Original strand, 9700990 - 9701300
Alignment:
Q  98 gggatatgcaagaattcaagattcttaaagcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggc-cccatcatcaaagaagtgatttgaacacctcctctgac 196  Q
    |||| ||||| ||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  || |    
T  9700990 gggacatgcaggaattcaggatactcaaagcttttaaagttaacattaaaccccccagggctcccatcatcaaagaagtaatttggacacctcccttgtc 9701089  T
Q  197 aagttggattaaagccaacactaatggagcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgtattaga 296  Q
    |  ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||  |||||||||||| ||||  | |||| ||||||||||||| |||||||||||||| | |     
T  9701090 atcttggattaaagccaacactgatggtgcagctacaaattaccctaatagagcagctataggaggcatcttcagaaactttgatagcatatgtactggt 9701189  T
Q  297 tgttttacctagtatctgggggag---------ttatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttctcaaact 387  Q
    ||||| ||  | ||||||||||||          ||| ||||||| ||||| ||  ||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||  || |    
T  9701190 tgtttcactcaatatctgggggagcatgatgctctatttgctgaactagtagctattatgattgccattgagattgctcacattaatggtttcttgaatt 9701289  T
Q  388 tttggttggaa 398  Q
    |||||||||||    
T  9701290 tttggttggaa 9701300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 28 - 398
Target Start/End: Original strand, 7705214 - 7705596
Alignment:
Q  28 ggaaacctgcactcaacatgattattgctcaaacgggcctagcaggtaacatcaccacaaaaatcta--gaggggatatgcaagaattcaagattcttaa 125  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7705214 ggaagcctgtactcaacaagattatttctcaaactggcctagctggtaacatcaccacagaagtctacagaggggatatgcaagaattcaggattcttaa 7705313  T
Q  126 agcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggcccc-atcatcaaagaagtgatttgaacacctcctctgacaagttggattaaagccaacactaatgga 224  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||    
T  7705314 agcttttaaagtaaacattaaacccccaagggcccccatcatcaaagaagtgatttggacacctcctctgacaagttggattaaagcaaatacggatgga 7705413  T
Q  225 gcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgtattagatgttttacctagtatctgggggag---- 320  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||| |||||  ||||||||||||||        
T  7705414 gcagctacaaagaaccccaatagagcagctgcaggaggaatcttcagaaattctgatagcttatgtgttggatgctttactcagtatctgggggagcaaa 7705513  T
Q  321 -----ttatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttctcaaacttttggttggaa 398  Q
          |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||| |||||||    
T  7705514 atgcaatatatgctaaattagtagctgctatgtctgctattgagatagctcacatcaatggtttctctaatttttagttggaa 7705596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 124 - 398
Target Start/End: Original strand, 55468429 - 55468713
Alignment:
Q  124 aaagcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggc-cccatcatcaaagaagtgatttgaacacctcctctgacaagttggattaaagccaacactaatg 222  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  || ||  ||||||||||||||||||| |||    
T  55468429 aaagcttttaaagttaacattaaaccccccagggctcccatcatcaaagaagtaatttggacacctcccttgtcatcttggattaaagccaacactgatg 55468528  T
Q  223 gagcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgtattagatgttttacctagtatctgggggag-- 320  Q
    | ||| |||||||||||||||| |||| ||||| | |||| |||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||| || || ||||||||||||      
T  55468529 gtgcagctacaaagaaccctaacagagcagctgtaggaggcatcttcagaaactcagatatcatatgtattggttgtttcacttaatatctgggggagca 55468628  T
Q  321 -------ttatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttctcaaacttttggttggaa 398  Q
            ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||  || ||||||||||||    
T  55468629 tgatgctctatttgctgaactagtagctgctatgactgccattgagattgctcacattaatggtttcttgaatttttggttggaa 55468713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 98 - 320
Target Start/End: Original strand, 27189553 - 27189776
Alignment:
Q  98 gggatatgcaagaattcaagattcttaaagcttgtaaagttaacatcaaaacccctagggc-cccatcatcaaagaagtgatttgaacacctcctctgac 196  Q
    |||| ||||| ||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  || |    
T  27189553 gggacatgcaggaattcaggatactcaaagcttttaaagttaacattaaaccccccagggctcccatcatcaaagaagtaatttggacacctcccttgtc 27189652  T
Q  197 aagttggattaaagccaacactaatggagcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgtattaga 296  Q
    |  ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||  |||||||||||| ||||  | |||| ||||||||||||| |||||||||||||| | |     
T  27189653 atcttggattaaagccaacactgatggtgcagctacaaattaccctaatagagcagctataggaggcatcttcagaaactttgatagcatatgtactggt 27189752  T
Q  297 tgttttacctagtatctgggggag 320  Q
    ||||| ||  | ||||||||||||    
T  27189753 tgtttcactcaatatctgggggag 27189776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 9047940 - 9047882
Alignment:
Q  184 cacctcctctgacaagttggattaaagccaacactaatggagcatctacaaagaaccct 242  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| |||||| |||| ||| | ||||||||||||    
T  9047940 cacctcctctaacaacttggattaaagcaaacactgatggtgcagcaacaaagaaccct 9047882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 197 - 398
Target Start/End: Original strand, 48920539 - 48920749
Alignment:
Q  197 aagttggattaaagccaacactaatggagcatctacaaagaaccctaatagagtagctgcatgaggaatcttcagaaactctgatagcatatgtattaga 296  Q
    ||||||||||||||| || ||  |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||  ||||| || ||    
T  48920539 aagttggattaaagcaaatacggatggagcagctacaaagaaccccaatagagcagctgcaggaggaatctttagaaattctgatagattatgtgttgga 48920638  T
Q  297 tgttttacctagtatctgggggag---------ttatatgctgaattagtaactgctatgactgctattgagattgctcacgtcaatggtttctcaaact 387  Q
    || |||||  ||||||||||||||          ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| |    
T  48920639 tgctttactcagtatctgggggagcataatgcactatatgccgaactagtagctgctatgactgctattgaaataactcacatcaatggtttctcaaatt 48920738  T
Q  388 tttggttggaa 398  Q
    |||||||||||    
T  48920739 tttggttggaa 48920749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University