View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6883_high_1 (Length: 1248)
Name: NF6883_high_1
Description: NF6883
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6883_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 870; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 870; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 930
Target Start/End: Complemental strand, 43660884 - 43659961
Alignment:
| Q |
1 |
acttatgcttatttgccaatctttttatttgttatcaacttttataaataatcacttctattttatatatatggttaagatgctttgcacaactcactta |
100 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43660884 |
acttatgcttatttgccaatctttttatttgttatcaacttttataaataatcacttctattttatatatatggttaagatgctttgcacaactcactta |
43660785 |
T |
|
| Q |
101 |
tatttttcatcaactatcagaataataatgtgaactttactaatatcaattatttctaacatgttatacaaagcaattgtatttctttacctttcttttt |
200 |
Q |
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| T |
43660784 |
tatttttcatcaactatcagaataataatgtgaactttactaatatcaattatttctaacatgttatacaaagcaattgtatttctttacctttcttttt |
43660685 |
T |
|
| Q |
201 |
gaaccagttgtatttctttacttgctatcactagtgcagacaattttgacaccaattgattaatactgcttatcacaataagaatgtaagaaagaatata |
300 |
Q |
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| T |
43660684 |
gaaccagttgtatttctttacttgctatcactggtgcagacaattttgacaccaattgattaatactgcttatcacaataagaatgtaagaaagaatata |
43660585 |
T |
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| Q |
301 |
tatactttaaccaagttgcatttgtacgggcttaattttttattgacagtagtgaaattagattctagttaaagaagagattgtagagccaaacattcct |
400 |
Q |
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| T |
43660584 |
----ctttaaccaagttgcatttgtacgggcttaattttttattgacagtagtgaaattagattctagttaaataagagattgtagagccaaacattcct |
43660489 |
T |
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| Q |
401 |
acttagcctacattcttggaaatatacttattttaagaaattttgtagtaattaattaatagctttgtaagaatatcaaaatatcttacttgaatcattt |
500 |
Q |
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| T |
43660488 |
acttagcctacattcttggaaatatacttattttaagaaattttgtagtaattagttaatagctttgtaagaatatcaaaatatcttacttggatcattt |
43660389 |
T |
|
| Q |
501 |
acagctgaatgtttctcttaccttaaagtcggtcgtagattatccattttgcgagctatctcatttgagattatttgtagtgtaaatttgtaaaataatc |
600 |
Q |
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| T |
43660388 |
acagctgaatgtttctcttaccttaaagtcggtcgtagattatccattttgcgagctatctcatttgagattacttgtagtgtaaatttgtaaaataatc |
43660289 |
T |
|
| Q |
601 |
tcgtccacgtgtttatttttggtgatgtggcaaaagtcctaccactagtacttctaccacattatgttgtagcaaaaattgctaaattaagtggatacaa |
700 |
Q |
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| T |
43660288 |
tcgtccacgtgtttatttttggtgatgtggcaaaagtcctaccactagtacttctaccacattatgttgtagcaaaaattgctaaattaagtggatacaa |
43660189 |
T |
|
| Q |
701 |
aaaatgtaaatatcaattacagtacactattttgatgttggagcaatcaaatgaatgttgtcttacaattatacagattaaatgaatacacaatcattga |
800 |
Q |
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| T |
43660188 |
aaaatgtaaatatcaattacagt--actattttgatgttggagcaatcaaatgaatgttgtcttacaattatacagattaaatgaatacacaatcattga |
43660091 |
T |
|
| Q |
801 |
tttccatatataaaaagagaagcccaagaggtacgaagaattaagttgaacatgcctaaacacgtgtctattcatgtctcatagaagtacagacagaggc |
900 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43660090 |
tttccatatataaaaagagaagccaaagaggtacgaagaattaagttgaacatgcctaaacatgtgtctattcatgtctcatagaagtacagacagaggc |
43659991 |
T |
|
| Q |
901 |
actacctaaaagatagccatggttaagttt |
930 |
Q |
| |
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| T |
43659990 |
actacctaaaagataaccatggttaagttt |
43659961 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 926 - 1234
Target Start/End: Complemental strand, 43659935 - 43659627
Alignment:
| Q |
926 |
agtttgtatcaattttgttttttatggttgttatcaattagtttcaggatattttaagttagttaggattactagctccttaaccttgacttgtatatac |
1025 |
Q |
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|
|
| T |
43659935 |
agtttgtatcaattttgttttttatggttgttatcaattagtttcaggatattttaagttagttaggattactagctccttaaccttgacttgtatatac |
43659836 |
T |
|
| Q |
1026 |
attgtacttcattcattattgtatattgatcaccattaaagtggaatacaattgagttaattcagaactaatcagtttctcaatattcatgcatcaaatt |
1125 |
Q |
| |
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|
| T |
43659835 |
attgtacttcattcattattgtatattgatcaccattaaagtggaatacaattgagttaattcagaactaatcagtttctcaatattcatgcatcaaatt |
43659736 |
T |
|
| Q |
1126 |
caatagtgatgagtgtgaaggatgtatcgggaaaaaccaaagttctatgttgaaaaagataaagccttaaatgaatttataaagaagttttatatattca |
1225 |
Q |
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| T |
43659735 |
caatagtgatgagtgtgagggatgtattgggaaaaaccaaagttctatgttgaaaaagataaagccttaaatgaatttataaagaagttttatatattca |
43659636 |
T |
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| Q |
1226 |
tgttctttt |
1234 |
Q |
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| T |
43659635 |
tgttctttt |
43659627 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 341
Target Start/End: Original strand, 39938622 - 39938719
Alignment:
| Q |
241 |
caattttgacaccaattgattaatactgcttatcacaataagaa-tgtaagaaagaatatatatactttaaccaagttgcatttgtacgggcttaatttt |
339 |
Q |
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| T |
39938622 |
caattttgagaccaattgataaatactgcttatcacaaacagaattttgagaaaga----atatccttttaccaagctgcatttgtacgggcttaatttt |
39938717 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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