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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6887_low_2 (Length: 620)
Name: NF6887_low_2
Description: NF6887
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6887_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 43294630 - 43294040
Alignment:
| Q |
7 |
tgtcgaag-aatatgtaagttctttaatctgtatgctgaaaatcgacttcgtttactttatcagtgtccaatatatataactattacacattcttattcc |
105 |
Q |
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|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43294630 |
tgtcgaagtaatatgtaagttctttaatctgtatgctgaaaatcgacttcgtttactttatcagtgtccaatatatataactattacacattcttattcc |
43294531 |
T |
|
| Q |
106 |
ctttctatcttagtttctatatctttaccactttcaccatataatatattattcttcgtatcaaatcattacttgcctagtgtcgcaactcgcatgcaac |
205 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43294530 |
ctttctatcttagtttctatatctttaccactttcaccatataatatattattcttcgtatcaaatcattacttgcctagtgtcgcaactcgcatgcaac |
43294431 |
T |
|
| Q |
206 |
ttatacttgagttatagtgactagtgagtgagtagtaaggataagaatataggtgttaagtttatattgtgggaataactctcatcaatcaacaaaaaat |
305 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43294430 |
ttatacttgagttatagtgactagt----gagtagtaaggataagaatataggtgttaagtttatattgtgggaataactctcatcaatcaacaaaaaaa |
43294335 |
T |
|
| Q |
306 |
tttaatcaaaggaaccaaaccaaaatgataacatctcagagacatgacataggtgttaagtttatgtttgcagcaccgttacttttgtaatttgaatgtg |
405 |
Q |
| |
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| T |
43294334 |
tttaatcaaaggaaccaaaccaaaatgataacatctcagagacatgacataggtgttaagt-----------------ttacttttgtaatttgaatgtg |
43294252 |
T |
|
| Q |
406 |
gatat------------aatgattttcagagtgcaaaagaatgtttttatttactagcctttcaaggttatattatatgtctggtagaaacctcttcctg |
493 |
Q |
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||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
43294251 |
gatataactccaagcgcaatgattttcagagtgcaaaagaatgtttttatttactagcctttcaaggttatattatatgtctggtagaaacctcttcctg |
43294152 |
T |
|
| Q |
494 |
catgggcataataatgcaagagataattgctttacaggccccttgcaatattgctgcaaaaatgaattatgtgagaaaaaaccctattaaaaagataggt |
593 |
Q |
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| T |
43294151 |
catgggcataataatgtaagagataattgctttacaggccccttgcaatattgctgcaaaaatgaattatgtgagaaaaaaccctattaaaaagataggt |
43294052 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 605
Target Start/End: Original strand, 44026322 - 44026921
Alignment:
| Q |
7 |
tgtcgaag-aatatgtaagttctttaatctgtatgctgaaaatcgacttcgtttactttatcagtgtccaatatatataactattacacattcttattcc |
105 |
Q |
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|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
44026322 |
tgtcgaagtaatatgtaagttctttaatctgtatgctgaaaatcgacttcgtttactttatcagtgtccaatatatataactattacacattcttattcc |
44026421 |
T |
|
| Q |
106 |
ctttctatcttagtttctatatctttaccactttcaccatataatatattattcttcgtatcaaatcattacttgcctagtgtcgcaactcgcatgcaac |
205 |
Q |
| |
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|
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| T |
44026422 |
ctttctatcttagtttctatatctttaccactttcaccatataatataatattcttcgtatcaaatcattacttgcctagtgtcgcaactcgcatgcaac |
44026521 |
T |
|
| Q |
206 |
ttatacttgagttatagtgactagtgagtgagtagtaaggataagaatataggtgttaagtttatattgtgggaataactctcatcaatcaacaaaaa-- |
303 |
Q |
| |
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| T |
44026522 |
ttatacttgagttatagtgact----agtgagtagtaaggataagaatataggtgttaagtttatattgtgggaataactctcatcaatcaacaaaaaaa |
44026617 |
T |
|
| Q |
304 |
-------attttaatcaaaggaaccaaaccaaaatgataacatctcagagacatgacataggtgttaagtttatgtttgcagcaccgttacttttgtaat |
396 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
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| T |
44026618 |
aaaattgattttaatcaaaggaaccaaaccaaaatgataacatctcagagacatgacataggtgttaagt-----------------ttacttttgtaat |
44026700 |
T |
|
| Q |
397 |
ttgaatgtggatat------------aatgattttcagagtgcaaaagaatgtttttatttactagcctttcaaggttatattatatgtctggtagaaac |
484 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
44026701 |
ttgaatgtggatataactccaagcgcaatgattttcagagtgcaaaagaatgtttttatttactagcctttcaaggttatattatatgtctggtagaaac |
44026800 |
T |
|
| Q |
485 |
ctcttcctgcatgggcataataatgcaagagataattgctttacaggccccttgcaatattgctgcaaaaatgaattatgtgagaaaaaaccctattaaa |
584 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44026801 |
ctcttcctgcatgggcataataatgtaagagataattgctttacaggccccttgcaatattgctgcaaaaatgaattatgtgagaaaaaaccctattaaa |
44026900 |
T |
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