View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF6892_low_4 (Length: 602)
Name: NF6892_low_4
Description: NF6892
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6892_low_4 |
 | |
|
| [»] scaffold0428 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 587
Target Start/End: Original strand, 31560907 - 31561493
Alignment:
| Q |
1 |
ttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaact |
100 |
Q |
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| T |
31560907 |
ttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaatcctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaact |
31561006 |
T |
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| Q |
101 |
aatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaat |
200 |
Q |
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| T |
31561007 |
aatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaat |
31561106 |
T |
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| Q |
201 |
ggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatca |
300 |
Q |
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| T |
31561107 |
ggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatca |
31561206 |
T |
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| Q |
301 |
ggccgagtctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgct |
400 |
Q |
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| T |
31561207 |
ggccgagtctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgct |
31561306 |
T |
|
| Q |
401 |
aaaggtctaccgctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccag |
500 |
Q |
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| T |
31561307 |
aaaggtctaccgctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccag |
31561406 |
T |
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| Q |
501 |
ataataatgtcatggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
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| T |
31561407 |
ataataatgtcatggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
31561493 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 33273762 - 33273188
Alignment:
| Q |
13 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcga |
112 |
Q |
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| T |
33273762 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaatcctacttcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattacagcgtaactaatttgatacga |
33273663 |
T |
|
| Q |
113 |
ataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcag |
212 |
Q |
| |
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| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
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| T |
33273662 |
agtaggctatgtcgtgaaagggtccttctgattcttgataatgtggatcaagttgcacagttggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcag |
33273563 |
T |
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| Q |
213 |
ggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctca |
312 |
Q |
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| T |
33273562 |
gtagtagaattataatcatttctagagatgagcatatattgaaatactatggagtggatgcagtttacaaagttccacttttgaattggacagattctca |
33273463 |
T |
|
| Q |
313 |
catgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccg |
412 |
Q |
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| T |
33273462 |
caagttattttgtcaaaaagctttcaaatttgagaaagttattatgagtaattatgaaaacttagcgtatgagattctagattatgctaatggtctacca |
33273363 |
T |
|
| Q |
413 |
ctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtca |
512 |
Q |
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| T |
33273362 |
ctagcaattatagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgccctggctagattgagagaaagtccaaataatgatatca |
33273263 |
T |
|
| Q |
513 |
tggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||||||||| ||| | | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33273262 |
tggatgtgctgcaattaagttttgatgggctagagcatactgaaaaagaaatatttcttcatattgcttgttttt |
33273188 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 33411923 - 33411349
Alignment:
| Q |
13 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcga |
112 |
Q |
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| T |
33411923 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaggcaaatcctacttcaaactgtcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaactgatttgatacga |
33411824 |
T |
|
| Q |
113 |
ataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcag |
212 |
Q |
| |
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| T |
33411823 |
cgtaggttacgtcatgaaaaggcccttctgatttttgataatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaatagctgtgcatcgtgaatggttaggtgcgg |
33411724 |
T |
|
| Q |
213 |
ggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctca |
312 |
Q |
| |
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| T |
33411723 |
gtagtagaatcgttatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtacggagtggatgtagtttacaaagttccacttatgaatagtacagattctta |
33411624 |
T |
|
| Q |
313 |
catgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccg |
412 |
Q |
| |
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| T |
33411623 |
cgagttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcaaatgagatactagattatgctaaaggtctacca |
33411524 |
T |
|
| Q |
413 |
ctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtca |
512 |
Q |
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| T |
33411523 |
ctagcaattaaagtattgggctcatttttgtttggtcatagtgtggctgaatggaagagtgcattggctagattgagagaaagtccgcataatgatgtca |
33411424 |
T |
|
| Q |
513 |
tggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||||||||| || || | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
33411423 |
tggatgtgctgcacttaagttttgatgggttagatgaaaaggaaaaagaaatatttcttgatattgcttgttttt |
33411349 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 33390053 - 33389468
Alignment:
| Q |
2 |
tatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaacta |
101 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33390053 |
tatagattatgtgatggtcctttggatgcacaaaagcaaattctatttcaaactctcgacataaaacaccatcaaatatgcaatcgttacattgcaactg |
33389954 |
T |
|
| Q |
102 |
atttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatg |
201 |
Q |
| |
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||||||| ||| | ||| ||| ||||| | |||| |||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||| || |
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|
| T |
33389953 |
atttgatacgacgtaggctaagtcgtgaaaagaccctagtgattcttgataatgtggatcaaggtgaacaatcggaaaaaatagctgtgcatcgtgagtg |
33389854 |
T |
|
| Q |
202 |
gttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcag |
301 |
Q |
| |
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| T |
33389853 |
gttaggtgcaggtagtagaataattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggacgtagtttacaaagttccacttttgaatcgg |
33389754 |
T |
|
| Q |
302 |
gccgagtctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgcta |
401 |
Q |
| |
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| T |
33389753 |
accgattctcacaagttattttgtcaaaaagctttcaaacatgagaaaattattatgagtagttaccaaaatttggattttgagatactgagttatgcta |
33389654 |
T |
|
| Q |
402 |
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501 |
Q |
| |
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| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
33389653 |
atggtcttccactagcaattaaagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattggctagattgagagaaaggccaga |
33389554 |
T |
|
| Q |
502 |
taataatgtcatggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
33389553 |
taacgatgtcatggatgtgctacagttaagttttgatggtctaaatcatatggaaaaagaaatatttcttgatattgcttgttttt |
33389468 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 13 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 33287512 - 33286938
Alignment:
| Q |
13 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcga |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||| || |||| |||||||||| | || | |||||||||||||| | | |
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|
| T |
33287512 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaaggaaatcctacttcaaaccgtcggaatagaagaccatcatatatgcaatcgtcaccgtgcaactaatttgatacaa |
33287413 |
T |
|
| Q |
113 |
ataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcag |
212 |
Q |
| |
|
| | ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| | || |
|
|
| T |
33287412 |
agtaggctacgtcgtgaaagggcccttcttattcttgataatgtagatcgagttgaacaattggaaaaaataggtgtgcatcgtgaatgtttaggcgtag |
33287313 |
T |
|
| Q |
213 |
ggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctca |
312 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || | || |||| |
|
|
| T |
33287312 |
gtagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattggaagagtatggagtggatgtagtctacaaagttccactcttggattggaatgaagctca |
33287213 |
T |
|
| Q |
313 |
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412 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
33287212 |
catgttattttgtcgaaaagctttcaaagaagagaaaattattatgagaaattatgaaagtttggtatatgagatactggattatgctaatggtctaccg |
33287113 |
T |
|
| Q |
413 |
ctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtca |
512 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
33287112 |
ttagcaattaaagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgacggaatggaagagtgcattgactagattaagagaaagtccagataatgatgtca |
33287013 |
T |
|
| Q |
513 |
tggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
33287012 |
tggatgtgctgcagttaagttttgatggtctaaaggagactgaaaaagaaatatttcttgatattgcttgttttt |
33286938 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 13 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 33059533 - 33058959
Alignment:
| Q |
13 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcga |
112 |
Q |
| |
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||||| ||| ||||||| |||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||| |||||| | | |
|
|
| T |
33059533 |
tgatgatccactcgatgtacaaaaacaaatcctatttcaaactctcggcatagaacaccaacaaatatgcaatcgttaccatgcaactactttgatacaa |
33059434 |
T |
|
| Q |
113 |
ataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcag |
212 |
Q |
| |
|
| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
33059433 |
aggaagctatgtcatgaaagaacccttatgattcttgataatgtggaccaagttgaacaattggagaaaatagcggtgcatcgtgaatggttaggtccag |
33059334 |
T |
|
| Q |
213 |
ggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctca |
312 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || | || |||| |
|
|
| T |
33059333 |
gtagtagaattattatcatttctagagatgagcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctca |
33059234 |
T |
|
| Q |
313 |
catgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccg |
412 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
33059233 |
catgttattttgtcgaaaagctttcaaagatgagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctacca |
33059134 |
T |
|
| Q |
413 |
ctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtca |
512 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33059133 |
ctagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgactagattgagacaaagtccagttaaagatgtca |
33059034 |
T |
|
| Q |
513 |
tggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33059033 |
tggatgtgctgcaattaagttttgatgggctcaatgaaacggaaaaagacatatttcttcatattgcttgttttt |
33058959 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 13 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 33306456 - 33305884
Alignment:
| Q |
13 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcga |
112 |
Q |
| |
|
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| T |
33306456 |
tgatggtccactcaatgcacaaaagcaaatcctatttcaaactctaggcatagaacaccatctaataagcaatcgttacaacgcaactgatttgatacga |
33306357 |
T |
|
| Q |
113 |
ataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcag |
212 |
Q |
| |
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| T |
33306356 |
cgtaggctacgtcgtgaaaaggtccttctgattcttgataatgtcaatgaagttgaacaattggaaaaaattgcagtgcatcgcgaatggttaggtgcag |
33306257 |
T |
|
| Q |
213 |
ggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctca |
312 |
Q |
| |
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| T |
33306256 |
gtagtagaatcgttgtcatttctagagatgagcatatattgaaggagtatggagtggatgtattttacaaagttccactcttgaatatggccgaatctca |
33306157 |
T |
|
| Q |
313 |
catgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccg |
412 |
Q |
| |
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| T |
33306156 |
caagttattttgtcgaaaagctttcaaacttgagaacattatattgggtaattatcaaaatttggcagatgagatattgagttatgctaatggtctaccc |
33306057 |
T |
|
| Q |
413 |
ctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtca |
512 |
Q |
| |
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|
| T |
33306056 |
ctagcaattacaatattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattggctagattgagagaaagtccaaataaagatgtca |
33305957 |
T |
|
| Q |
513 |
tggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttt |
585 |
Q |
| |
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|| |||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
33305956 |
tgaatgtgctgcatttaagttttgatgggctagaggagacggaacaagaaatatttcttgatattgcttgttt |
33305884 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 13 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 9168744 - 9168167
Alignment:
| Q |
13 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcga |
112 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || || |||||||| || |
|
|
| T |
9168744 |
tgatggcccactcgatgcacaaaagcaaatcttacttcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgctacagtgccacaaatttgatatga |
9168645 |
T |
|
| Q |
113 |
ataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcag |
212 |
Q |
| |
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| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |
|
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| T |
9168644 |
cgtatactatgtcgtgaaagggccctcctgattcttgataatgttgatcaagttgaacaattggaaaaaatagatgtgcatcgtgaatggttaggtgtgg |
9168545 |
T |
|
| Q |
213 |
ggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagt---ggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtc |
309 |
Q |
| |
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| T |
9168544 |
gtagtagaattattatcgtatcttgagatgagcatatattgaaagagtatggagtactggatgtagtttacaaagttccactcttgaatcagactgaatc |
9168445 |
T |
|
| Q |
310 |
tcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtcta |
409 |
Q |
| |
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| T |
9168444 |
tcactagttattttatcgaaaagctttcaaacttgagaaaactattagcagtaattatcaaaatttggcatatgagatacttaattatgcgaaaggtcta |
9168345 |
T |
|
| Q |
410 |
ccgctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatg |
509 |
Q |
| |
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| T |
9168344 |
ccattagcaattaaagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatgcaagagtgcattggctagattgagacaaatcccagataaagatg |
9168245 |
T |
|
| Q |
510 |
tcatggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
| |
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||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9168244 |
tcatggatgtgttgcaactaagttttgatgggctagaggaaacggaaaaggaaatatttcttcatattgcttgttttt |
9168167 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 26 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 33402571 - 33402014
Alignment:
| Q |
26 |
gatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtc |
125 |
Q |
| |
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|
| T |
33402571 |
gatgcacaaaagcaaatcctacatcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaattgatttgatacaacgtaggctacgtc |
33402472 |
T |
|
| Q |
126 |
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225 |
Q |
| |
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| T |
33402471 |
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33402372 |
T |
|
| Q |
226 |
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325 |
Q |
| |
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| T |
33402371 |
tatcatttctagagatgaacatatattgaaagagtatgaagtggacgtagtttacaaagttcaacttttgaattggaccgaatctcataagttattttgt |
33402272 |
T |
|
| Q |
326 |
cgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccgctagcaattacag |
425 |
Q |
| |
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| T |
33402271 |
cgaaaagctttcaaagctgagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggcaaataagatattgaattatgctagtggtctaccacttgcaattaaag |
33402172 |
T |
|
| Q |
426 |
tattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtcatggatgtgctgca |
525 |
Q |
| |
|
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| T |
33402171 |
tattgggctcatttttgttcggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattggctaaattgagagaaagtccaaataaagatgtcatggatgtgctgca |
33402072 |
T |
|
| Q |
526 |
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583 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33402071 |
attaagttttgatgggttagagaagacggaaaaacaaatatttcttgatattgcttgt |
33402014 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 13 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 33264619 - 33264045
Alignment:
| Q |
13 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcga |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| || |
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|
| T |
33264619 |
tgatggtccaatagatgcacaaaagcaaatcctacatcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattatagtgcaactgatttgataaga |
33264520 |
T |
|
| Q |
113 |
ataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcag |
212 |
Q |
| |
|
| | ||| ||| ||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33264519 |
aataggctaagtcgtgaaaagacccttctaattcttgataatgtggatcaagttgaacaattggaaagaataggtgtgcatcgtgaatggttaggtgcag |
33264420 |
T |
|
| Q |
213 |
ggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctca |
312 |
Q |
| |
|
| |||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
33264419 |
gtagtagaatcgttatcatttcaagagatgaacatatattgaaagaatataaagtggatgtagtttacaaagtcccacttctgaattgggccgaagctca |
33264320 |
T |
|
| Q |
313 |
catgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccg |
412 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
33264319 |
caagttattttgtagaaaagctttcaaagctgagaaaattattatgagtaattataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctacca |
33264220 |
T |
|
| Q |
413 |
ctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtca |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
33264219 |
ctagcaattaaagtattgggttcatatttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtacattggctagtttgagagaaagtccagataatgatgtca |
33264120 |
T |
|
| Q |
513 |
tggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
33264119 |
tggatgtgttgcaattaagttttgatgggctaaaggaaatggaaaaagaaatatttctcgatattgcttgttttt |
33264045 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 13 - 587
Target Start/End: Original strand, 33642712 - 33643286
Alignment:
| Q |
13 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcga |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||| ||| |
|
|
| T |
33642712 |
tgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatcctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgtaacatggcaactgatttgatacga |
33642811 |
T |
|
| Q |
113 |
ataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcag |
212 |
Q |
| |
|
| ||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33642812 |
cgtaggctacgtcgtgagaaggcccttctgattcttgataatgttgatcaagttgaacaatttgaaaaaataggtgtgcgtcgtgaatggttaggtgcag |
33642911 |
T |
|
| Q |
213 |
ggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctca |
312 |
Q |
| |
|
| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |
|
|
| T |
33642912 |
gtagtatagttattatcatttctagagatgagcatatattgaaagtgtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcagacagaatcttg |
33643011 |
T |
|
| Q |
313 |
catgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccg |
412 |
Q |
| |
|
|| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||| ||| |||| ||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
33643012 |
caagttgttttgtcgaaaagctttcaaacttgagaaaactattatgagtaattatcgaaagttggcatctgatgtactacgttatgctaatggtctacca |
33643111 |
T |
|
| Q |
413 |
ctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtca |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
33643112 |
ctagcaattacaatattgagctcatttttgtttggtcgtaatgtaactgaatggaatggtgcattggctagattgagagaaggtccagataatgatgtta |
33643211 |
T |
|
| Q |
513 |
tggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||| ||||||| ||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
33643212 |
tggatgtgctgagtttaagctttgatgtgctaaaggagagtgaaaaagaaatatttcttgatattgcttgttttt |
33643286 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 342 - 587
Target Start/End: Original strand, 28869210 - 28869455
Alignment:
| Q |
342 |
ttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccgctagcaattacagtattgggctcattttt |
441 |
Q |
| |
|
|||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |
|
|
| T |
28869210 |
ttgaaaaagttatcatgagtaattatcaaaatttggcaaatgtgatactggattatgctaaaggtctaccgctagcaattacaatattgtactcatattt |
28869309 |
T |
|
| Q |
442 |
gtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtcatggatgtgctgcagataagttttgatggt |
541 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
28869310 |
gtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattggctagattgagagaaagtccagataatgatgtcatggatgtgctgcagttaagttttgatggt |
28869409 |
T |
|
| Q |
542 |
ctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||| ||| |||| |
|
|
| T |
28869410 |
ctaaatcatactgaaaaagaattatttcttgatattgtttgctttt |
28869455 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 31567226 - 31567432
Alignment:
| Q |
1 |
ttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaact |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
31567226 |
ttatagatcatatgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaatcctacttcaaactgttggcatagatcaccaacaaatatgcaatcattacagcgccact |
31567325 |
T |
|
| Q |
101 |
aatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
31567326 |
aatttgatacgaagaaggctatgtcgtgaaagggcccttctgattcttgaaaatgtagatcaagttgaacaaatggaaaaaatagttgtgcgtcgtgaat |
31567425 |
T |
|
| Q |
201 |
ggttagg |
207 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
31567426 |
ggttagg |
31567432 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 33360039 - 33359916
Alignment:
| Q |
23 |
ctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctat |
122 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||| ||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||| ||||||| |||||| | || | |||| |
|
|
| T |
33360039 |
ctcgatgcacaaaagaaaatcctatttcaaactctcagcatagaacacaataaaatatgcgattgttaccatgcaactactttgatacaaaggaggctat |
33359940 |
T |
|
| Q |
123 |
gtcatgaaagggcccttctgattc |
146 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| |||||| |
|
|
| T |
33359939 |
gtcatgaaagagcccttttgattc |
33359916 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 413 - 492
Target Start/End: Original strand, 13609640 - 13609719
Alignment:
| Q |
413 |
ctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagaga |
492 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |
|
|
| T |
13609640 |
ctagcaattgaagtgttgggctcatttttgtatggtcgagatgtctctgaatggagaagtgcattggccagattaagaga |
13609719 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 204 - 272
Target Start/End: Original strand, 13609434 - 13609502
Alignment:
| Q |
204 |
taggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatg |
272 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
13609434 |
taggttcagggagtagaattatcgtaatttctagagatggccatatcttgagagagcatggagtagatg |
13609502 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 587
Target Start/End: Original strand, 17438938 - 17439512
Alignment:
| Q |
13 |
tgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaattctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcga |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| || |
|
|
| T |
17438938 |
tgatggtccacttgaagcacaaaagcaaatcatatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaacatatttgatacgg |
17439037 |
T |
|
| Q |
113 |
-ataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgca |
211 |
Q |
| |
|
||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| |
|
|
| T |
17439038 |
cataga-ctatgtcatgaaagggcacttctgattcttgataatgtggatcaagttgaacaattggaaaaaatagatgtgcatcttgaatggttaggtgca |
17439136 |
T |
|
| Q |
212 |
gggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctc |
311 |
Q |
| |
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| T |
17439137 |
ggtagtagaatcattatcatttctagagatgagcatatattgaaaaagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaattggagagattctt |
17439236 |
T |
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| Q |
312 |
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411 |
Q |
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17439237 |
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17439336 |
T |
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412 |
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511 |
Q |
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17439337 |
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17439436 |
T |
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512 |
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587 |
Q |
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| T |
17439437 |
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17439512 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0428 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:
Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 13 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 8730 - 8156
Alignment:
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Q |
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| T |
8730 |
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T |
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| Q |
113 |
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212 |
Q |
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312 |
Q |
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8530 |
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313 |
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412 |
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| T |
8430 |
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8331 |
T |
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| Q |
413 |
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512 |
Q |
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| T |
8330 |
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8231 |
T |
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| Q |
513 |
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587 |
Q |
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| T |
8230 |
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8156 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 133 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 31150189 - 31149785
Alignment:
| Q |
133 |
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232 |
Q |
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T |
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| Q |
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332 |
Q |
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| T |
31150089 |
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31149990 |
T |
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| Q |
333 |
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432 |
Q |
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| T |
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31149893 |
T |
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| Q |
433 |
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532 |
Q |
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| T |
31149892 |
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31149793 |
T |
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| Q |
533 |
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540 |
Q |
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| T |
31149792 |
tttgatgg |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 147 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 31159076 - 31158689
Alignment:
| Q |
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246 |
Q |
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| T |
31159076 |
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31158977 |
T |
|
| Q |
247 |
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346 |
Q |
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| T |
31158976 |
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31158877 |
T |
|
| Q |
347 |
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446 |
Q |
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| T |
31158876 |
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31158780 |
T |
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| Q |
447 |
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537 |
Q |
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| T |
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31158689 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 193 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 31019581 - 31019190
Alignment:
| Q |
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292 |
Q |
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| T |
31019581 |
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31019482 |
T |
|
| Q |
293 |
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392 |
Q |
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| T |
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31019385 |
T |
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| Q |
393 |
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492 |
Q |
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| T |
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| Q |
493 |
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587 |
Q |
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| T |
31019284 |
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31019190 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 587
Target Start/End: Original strand, 31477084 - 31477655
Alignment:
| Q |
13 |
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112 |
Q |
| |
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| T |
31477084 |
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31477183 |
T |
|
| Q |
113 |
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212 |
Q |
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| T |
31477184 |
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31477283 |
T |
|
| Q |
213 |
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312 |
Q |
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| T |
31477284 |
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31477383 |
T |
|
| Q |
313 |
catgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccg |
412 |
Q |
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| T |
31477384 |
tcaattattgtgtcgaaaagctttcaaacttgatca---tattttgaatagttatgaagggttggttaatggcatactacattatgccaatggcctacca |
31477480 |
T |
|
| Q |
413 |
ctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtca |
512 |
Q |
| |
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| T |
31477481 |
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31477580 |
T |
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| Q |
513 |
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587 |
Q |
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|
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| T |
31477581 |
tggatgtgttgcgattaagttttgatgggctaaaggagcaggaaaaagaaatatttcttcatattgcttgttttt |
31477655 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 136 - 587
Target Start/End: Original strand, 31497160 - 31497608
Alignment:
| Q |
136 |
ccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttct |
235 |
Q |
| |
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| T |
31497160 |
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T |
|
| Q |
236 |
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335 |
Q |
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| T |
31497260 |
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31497359 |
T |
|
| Q |
336 |
tcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccgctagcaattacagtattgggctc |
435 |
Q |
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| T |
31497360 |
tcaaaattgatca---tattttgagtggttatgaagggttagttaatggcgtactgcattatgtcaatggcctaccactggcaattaaagtattgggttc |
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T |
|
| Q |
436 |
atttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtcatggatgtgctgcagataagtttt |
535 |
Q |
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| T |
31497457 |
atttttgtttgatcgggatataattgaatgggaaagtgcattggttagattgagagaaagtccaaacaaagatgtcatggatgtgttgcgttaaagtttt |
31497556 |
T |
|
| Q |
536 |
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587 |
Q |
| |
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| T |
31497557 |
gatgggctaaacaagatagataaagaattgtttcttcatattgcttgttttt |
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T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 193 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 31029462 - 31029071
Alignment:
| Q |
193 |
tcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccactt |
292 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |
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| T |
31029462 |
tcgtgaatatttaggtgcagggagtagaatcattataatttctagagatgagcatatcttgaatgagtatggagttgatgaagtttacaaagttccactc |
31029363 |
T |
|
| Q |
293 |
ttgaatcaggccgagtctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagttgagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactga |
392 |
Q |
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| T |
31029362 |
ttgaatgagaccaactctcttcaattattttgtcaaaaagctttcaaacttgagca---tgttatgagtggttatgataaaatggcacttgacacactat |
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T |
|
| Q |
393 |
attatgctaaaggtctaccgctagcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagaga |
492 |
Q |
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| T |
31029265 |
cttatgccaatggcctaccactagctattaaagtattgggctcatttttgtttggtcgagatatctctgaatggagaagtaaattggctagattgagaga |
31029166 |
T |
|
| Q |
493 |
aagtccagataataatgtcatggatgtgctgcagataagttttgatggtctaaatcttacggaaaaagaaatgtttcttcatattgcttgttttt |
587 |
Q |
| |
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| T |
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atgtccaatcaaagatattatggatgtgttgcgattaagttttgaagggctagagaatatggaaaaagatatatttcttgatattgcttgttttt |
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|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 147 - 298
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ttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagca |
246 |
Q |
| |
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|||||||||| ||| ||||||||||| | || ||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || |
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| T |
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ttgataatgttgataaagttggacaacttgataaattgggtgtgaatcgtgaatggttaggtgcagggagtagaatcattataatttctggagatgaaca |
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T |
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247 |
tatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaat |
298 |
Q |
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| T |
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tatcttgaaagagtatggagttgatgtagtttacagagttccactcttgaat |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
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agaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaa |
163 |
Q |
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31502257 |
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31502356 |
T |
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164 |
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259 |
Q |
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| T |
31502357 |
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31502455 |
T |
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260 |
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295 |
Q |
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| T |
31502456 |
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31502491 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 97 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 31033858 - 31033694
Alignment:
| Q |
97 |
aactaatttgatgcgaataaatctatgtcatgaaagggcccttctgattcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgt |
196 |
Q |
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| T |
31033858 |
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31033759 |
T |
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| Q |
197 |
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261 |
Q |
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| T |
31033758 |
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31033694 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 143 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 31161485 - 31161332
Alignment:
| Q |
143 |
attcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatg |
242 |
Q |
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| T |
31161485 |
attcttgacaatgttgatcaagttgaacaactcgaaaaactagctgag--tcatgaatggttatgtgcggggagtagaatcattataacttttagagatg |
31161388 |
T |
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| Q |
243 |
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298 |
Q |
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| T |
31161387 |
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31161332 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 202 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 31528181 - 31527894
Alignment:
| Q |
202 |
gttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcag |
301 |
Q |
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| T |
31528181 |
gttaggtgttgggagtagaatcattataatttcgagagatactcatatcttgaataggtatggagtggatgtagttttcaaagttccactcttgaatcaa |
31528082 |
T |
|
| Q |
302 |
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401 |
Q |
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| T |
31528081 |
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31527985 |
T |
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| Q |
402 |
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492 |
Q |
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| T |
31527984 |
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31527894 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 144 - 300
Target Start/End: Original strand, 31245323 - 31245479
Alignment:
| Q |
144 |
ttcttgataatgtagatcaagttggacaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatga |
243 |
Q |
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| T |
31245323 |
ttcttgataatgttgatcaagttgaacaactggataaattggctatgacacgagaatggctaggcacagggagtagaatcatcataatttctagagatgt |
31245422 |
T |
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| Q |
244 |
gcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatca |
300 |
Q |
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| T |
31245423 |
tcatatcttgagagagcatggagtagatgaagtgtacaaagttcgactcttggatca |
31245479 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 298
Target Start/End: Original strand, 31483094 - 31483223
Alignment:
| Q |
169 |
acaattggaaaaaatagctgtgcgtcgtgaatggttaggtgcagggagtagaattattatcatttctagagatgagcatatattgaaagagtatggagtg |
268 |
Q |
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| T |
31483094 |
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31483193 |
T |
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| Q |
269 |
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298 |
Q |
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| T |
31483194 |
gacgcactttacaaagttccattcttgaat |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 416 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 31033577 - 31033457
Alignment:
| Q |
416 |
gcaattacagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgactgaatggaagagtgcattgtccagattgagagaaagtccagataataatgtcatgg |
515 |
Q |
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| T |
31033577 |
gcaattaaagtattgggctcatttt-gtgtggtcgaaatatctctgaatggacaagtgcattggctagattgagagaaaatccaaataaagatattatgg |
31033479 |
T |
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| Q |
516 |
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537 |
Q |
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31033478 |
atgtgctgcgattaagttttga |
31033457 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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