View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6899_low_4 (Length: 571)

Name: NF6899_low_4
Description: NF6899
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6899_low_4
NF6899_low_4
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (341-560)||(21001956-21002175)
chr7 (341-560)||(9434382-9434601)
chr7 (341-560)||(5686677-5686897)
chr7 (336-560)||(6876791-6877014)
chr7 (352-558)||(19992966-19993171)
chr7 (336-560)||(22090323-22090544)
chr7 (336-560)||(17959623-17959845)
chr7 (336-560)||(4213170-4213389)
chr7 (336-560)||(8618538-8618755)
chr7 (336-560)||(168040-168260)
chr7 (385-560)||(1988728-1988903)
chr7 (385-560)||(8011635-8011810)
chr7 (385-560)||(2715185-2715360)
chr7 (385-560)||(24735913-24736088)
chr7 (385-560)||(9086417-9086592)
chr7 (385-560)||(26399644-26399819)
chr7 (385-560)||(40051652-40051827)
chr7 (385-560)||(11097200-11097376)
chr7 (385-560)||(11006377-11006552)
chr7 (385-560)||(26698677-26698852)
chr7 (385-560)||(42867018-42867193)
chr7 (385-560)||(466541-466716)
chr7 (389-551)||(15887203-15887365)
chr7 (341-379)||(5711419-5711457)
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (341-560)||(9122013-9122232)
chr6 (346-558)||(25590321-25590532)
chr6 (352-560)||(27373899-27374107)
chr6 (352-560)||(27464252-27464460)
chr6 (385-560)||(12856098-12856273)
chr6 (385-560)||(26865941-26866116)
chr6 (336-560)||(34816655-34816875)
chr6 (385-560)||(3662493-3662668)
chr6 (385-560)||(12726317-12726492)
chr6 (385-560)||(17983618-17983793)
chr6 (385-560)||(25788877-25789052)
chr6 (385-560)||(26026568-26026743)
chr6 (385-560)||(27342876-27343051)
chr6 (385-560)||(27403616-27403791)
chr6 (336-560)||(32971358-32971580)
chr6 (385-560)||(16931543-16931718)
chr6 (336-474)||(7669378-7669513)
chr6 (444-560)||(27385644-27385760)
chr6 (444-560)||(27476057-27476173)
chr6 (444-560)||(4632118-4632234)
chr6 (444-560)||(32310543-32310659)
chr6 (385-476)||(4632038-4632129)
chr6 (385-476)||(27385564-27385655)
chr6 (385-476)||(27475977-27476068)
chr6 (385-476)||(32310648-32310739)
chr6 (389-551)||(12359298-12359460)
[»] chr5 (35 HSPs)
chr5 (341-560)||(5291630-5291849)
chr5 (341-560)||(27604508-27604728)
chr5 (341-560)||(40399989-40400207)
chr5 (336-560)||(39361270-39361495)
chr5 (352-556)||(31447510-31447714)
chr5 (385-560)||(15768362-15768537)
chr5 (385-560)||(37731059-37731234)
chr5 (336-560)||(22156074-22156294)
chr5 (385-560)||(6985320-6985495)
chr5 (385-560)||(9345562-9345737)
chr5 (385-560)||(14039619-14039794)
chr5 (385-560)||(14448133-14448308)
chr5 (385-560)||(14559165-14559340)
chr5 (385-560)||(17616641-17616816)
chr5 (385-560)||(17728498-17728673)
chr5 (385-560)||(22685025-22685200)
chr5 (385-560)||(23305868-23306043)
chr5 (385-560)||(23371531-23371706)
chr5 (385-560)||(23706378-23706553)
chr5 (385-560)||(27043316-27043491)
chr5 (385-560)||(27469583-27469758)
chr5 (385-560)||(31358115-31358290)
chr5 (385-560)||(36583606-36583781)
chr5 (385-560)||(42052390-42052565)
chr5 (385-560)||(24589161-24589336)
chr5 (385-560)||(30228553-30228728)
chr5 (385-560)||(39491994-39492169)
chr5 (385-560)||(24817948-24818123)
chr5 (385-560)||(35225084-35225259)
chr5 (385-560)||(15994390-15994565)
chr5 (385-560)||(31842987-31843162)
chr5 (381-531)||(1110291-1110441)
chr5 (385-553)||(20796650-20796818)
chr5 (444-560)||(36697196-36697312)
chr5 (385-476)||(36697301-36697392)
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (341-560)||(19180040-19180259)
chr1 (341-560)||(4168357-4168575)
chr1 (336-560)||(5649257-5649480)
chr1 (336-560)||(12622677-12622896)
chr1 (336-560)||(21864763-21864996)
chr1 (385-560)||(38096208-38096383)
chr1 (385-560)||(51655375-51655550)
chr1 (385-560)||(7508422-7508597)
chr1 (385-560)||(36245931-36246106)
chr1 (385-560)||(35400043-35400218)
chr1 (385-560)||(35647568-35647743)
chr1 (385-560)||(47617437-47617612)
chr1 (385-560)||(5834349-5834524)
chr1 (385-560)||(3172745-3172920)
chr1 (385-560)||(12731632-12731807)
chr1 (385-560)||(12742225-12742400)
chr1 (381-553)||(153158-153330)
chr1 (266-339)||(52689229-52689302)
[»] chr3 (33 HSPs)
chr3 (341-560)||(37867618-37867838)
chr3 (341-560)||(37876136-37876356)
chr3 (334-560)||(6219538-6219763)
chr3 (334-560)||(19779548-19779773)
chr3 (352-558)||(16390427-16390633)
chr3 (336-560)||(20682617-20682837)
chr3 (368-560)||(9992794-9992986)
chr3 (385-560)||(6499864-6500039)
chr3 (336-560)||(13122839-13123059)
chr3 (336-560)||(14466766-14466985)
chr3 (385-560)||(13382153-13382328)
chr3 (385-560)||(13392747-13392922)
chr3 (385-560)||(4744899-4745074)
chr3 (385-560)||(5511855-5512030)
chr3 (385-560)||(5546505-5546680)
chr3 (385-560)||(24661076-24661251)
chr3 (385-560)||(5626861-5627036)
chr3 (385-560)||(5875146-5875321)
chr3 (385-560)||(12295704-12295879)
chr3 (385-560)||(16477440-16477615)
chr3 (385-560)||(24392956-24393131)
chr3 (385-560)||(41684835-41685010)
chr3 (385-560)||(8775865-8776040)
chr3 (385-560)||(18485198-18485373)
chr3 (385-560)||(23758441-23758616)
chr3 (385-560)||(38195932-38196107)
chr3 (385-560)||(39373262-39373437)
chr3 (385-560)||(28323701-28323876)
chr3 (381-553)||(29470675-29470847)
chr3 (385-560)||(12248329-12248504)
chr3 (466-560)||(10635920-10636014)
chr3 (385-470)||(10654248-10654333)
chr3 (9-52)||(46223010-46223053)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (341-560)||(43083789-43084009)
chr2 (336-560)||(24337264-24337486)
chr2 (341-560)||(29245346-29245567)
chr2 (336-560)||(4211034-4211254)
chr2 (385-560)||(40223476-40223651)
chr2 (336-560)||(22959203-22959423)
chr2 (385-560)||(11404345-11404520)
chr2 (385-560)||(43346542-43346717)
chr2 (385-560)||(10268125-10268300)
chr2 (385-560)||(10278702-10278877)
chr2 (385-560)||(27222563-27222738)
chr2 (385-560)||(35254176-35254351)
chr2 (385-560)||(35264785-35264960)
chr2 (385-560)||(9907060-9907235)
chr2 (385-560)||(9772231-9772406)
chr2 (385-530)||(34803301-34803446)
chr2 (526-560)||(34799692-34799726)
chr2 (527-560)||(35759242-35759275)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (336-560)||(26112419-26112642)
chr8 (342-560)||(19129892-19130112)
chr8 (336-560)||(6152242-6152462)
chr8 (385-560)||(15766081-15766256)
chr8 (385-560)||(15790218-15790393)
chr8 (385-560)||(36294110-36294285)
chr8 (385-560)||(209087-209262)
chr8 (385-560)||(242993-243168)
chr8 (385-560)||(722710-722885)
chr8 (385-560)||(796363-796538)
chr8 (385-560)||(3358139-3358314)
chr8 (385-560)||(9342315-9342490)
chr8 (385-560)||(29077891-29078066)
chr8 (385-560)||(32087203-32087378)
chr8 (385-560)||(13687498-13687673)
chr8 (385-560)||(36079115-36079290)
chr8 (389-551)||(19226134-19226296)
chr8 (444-560)||(44482387-44482503)
chr8 (389-551)||(30324171-30324333)
chr8 (385-476)||(44482307-44482398)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (336-560)||(17919243-17919466)
chr4 (336-560)||(19953843-19954068)
chr4 (336-560)||(24026926-24027147)
chr4 (344-558)||(40469482-40469694)
chr4 (336-560)||(16257063-16257282)
chr4 (385-560)||(55754716-55754891)
chr4 (385-560)||(10750056-10750231)
chr4 (385-560)||(10963825-10964000)
chr4 (385-560)||(18761969-18762144)
chr4 (385-560)||(24641492-24641667)
chr4 (385-560)||(36019512-36019687)
chr4 (385-560)||(451753-451928)
chr4 (385-560)||(27657825-27658000)
chr4 (385-560)||(30935979-30936154)
chr4 (385-560)||(21997593-21997768)
[»] scaffold1216 (1 HSPs)
scaffold1216 (344-558)||(227-439)
[»] scaffold0133 (1 HSPs)
scaffold0133 (385-560)||(32314-32489)
[»] scaffold0105 (1 HSPs)
scaffold0105 (385-560)||(46482-46657)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (383-553)||(52481-52651)
[»] scaffold0906 (1 HSPs)
scaffold0906 (383-560)||(3424-3601)
[»] scaffold0747 (1 HSPs)
scaffold0747 (481-558)||(3552-3629)
[»] scaffold1002 (1 HSPs)
scaffold1002 (347-476)||(2861-2987)
[»] scaffold0398 (2 HSPs)
scaffold0398 (385-551)||(3250-3416)
scaffold0398 (385-463)||(11593-11671)
[»] scaffold0454 (2 HSPs)
scaffold0454 (444-560)||(2526-2642)
scaffold0454 (385-476)||(2446-2537)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (389-456)||(23758-23825)
[»] scaffold0199 (2 HSPs)
scaffold0199 (384-476)||(23802-23894)
scaffold0199 (444-560)||(23883-23999)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 21002175 - 21001956
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21002175 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 21002076  T
Q  441 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21002075 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 21001976  T
Q  541 atagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  21001975 atagaaaggagtgatgtcca 21001956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Original strand, 9434382 - 9434601
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 440  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9434382 gcaactaaagtacttagaacaaaaattaaaacaagcaaagaaaaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 9434481  T
Q  441 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9434482 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 9434581  T
Q  541 atagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  9434582 atagaaaggagtgatgtcca 9434601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Original strand, 5686677 - 5686897
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaat-tgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatactta 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5686677 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaaaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatactta 5686776  T
Q  440 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctg 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5686777 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctg 5686876  T
Q  540 gatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  5686877 gatagaaaggagtgatgtcca 5686897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 6877014 - 6876791
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  6877014 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaaaaaaat-gggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagata 6876916  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6876915 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 6876816  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  6876815 tctggatagaaaggagtgatgtcca 6876791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 352 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 19993171 - 19992966
Alignment:
Q  352 acttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatcc 451  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19993171 acttagaacaaaaattaaa-caagcaaagagtgttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatcc 19993073  T
Q  452 ttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 551  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19993072 ttcttcttaagtaactcatccttttctctcattcttcttttgaatccagcatgaattctagcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 19992973  T
Q  552 tgatgtc 558  Q
    |||||||    
T  19992972 tgatgtc 19992966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 22090323 - 22090544
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  22090323 gcagtgcaactaaagtacgtagaacaagaattaaaacaagcaaaaaaaa---ggtgtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 22090419  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  22090420 cttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatccttttccctcattcttcttttatacccagcatgaattctggttgcccttgtgatgtactcttct 22090519  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22090520 tctggatagaaaggagtgatgtcca 22090544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 17959845 - 17959623
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||     |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  17959845 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaattaaaacaagcaaaaaaaaaaa--tgtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 17959748  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  17959747 cttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatccttttccctcattcttcttttgtacccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttct 17959648  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  17959647 tctggatagaaaggagtgatgtcca 17959623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 4213170 - 4213389
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||     ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  4213170 gcagtgcaactaaagtacttagaacaagaattaaaacaagcaaaaaaaat-----gtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 4213264  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  4213265 cttgattttctcatccttcttcttgagtagctcatcattttccctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgatgcccttgtaatgtactcttct 4213364  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  4213365 tctggatagaaaggagtgatgtcca 4213389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 8618538 - 8618755
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||       ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  8618538 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaattaaaacaagcaaaaaaaat-------gcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 8618630  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||| ||||  |||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  8618631 cttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatccttttccctcattcttattttgtacccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttct 8618730  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  8618731 tctggatagaaaggagtgatgtcca 8618755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 168040 - 168260
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||     |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  168040 gcagtgcaactaaagtacttagaacaacaattaaaacaagcaaaaaaaa----atgtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 168135  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||  ||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  168136 cttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatctttttccctcaatcttcttttgtacccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttct 168235  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  168236 tctggatagaaaggagtgatgtcca 168260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 1988728 - 1988903
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  1988728 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcatt 1988827  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1988828 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 1988903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 8011810 - 8011635
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  8011810 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcatt 8011711  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8011710 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 8011635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 2715360 - 2715185
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||     
T  2715360 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttttgaagtagctcatccttttccctcatt 2715261  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2715260 cttcttttatacccagcctgaattctagcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagtgatgtcca 2715185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 24735913 - 24736088
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  24735913 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 24736012  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24736013 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 24736088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 9086417 - 9086592
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  9086417 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 9086516  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9086517 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 9086592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 26399819 - 26399644
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  26399819 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaacagttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 26399720  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26399719 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 26399644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 40051827 - 40051652
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  40051827 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 40051728  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     |||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40051727 attcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 40051652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 11097200 - 11097376
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  11097200 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 11097299  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcc-cttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11097300 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccactagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 11097376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 11006377 - 11006552
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  11006377 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 11006476  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11006477 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 11006552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 26698852 - 26698677
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  26698852 ttggatgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactattctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 26698753  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26698752 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 26698677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 42867018 - 42867193
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  42867018 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 42867117  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42867118 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 42867193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 466716 - 466541
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  466716 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatctttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 466617  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  466616 ttccttttatgcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagagatgtcca 466541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 389 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 15887365 - 15887203
Alignment:
Q  389 gtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttc 488  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||  |||||||| ||||||| |||| | || | ||   ||||||  ||||    
T  15887365 gtgtgcaactaaggtttggctagcttagacatctgttccaatagatatttaacctgctcatcattcttctgaagttgttctttctgtgctctcagtcttc 15887266  T
Q  489 ttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 551  Q
    |||| | |||||| || |||||  |||||||||   |||| || ||||||||||| |||||||    
T  15887265 ttttcagcccagcttgaattctatcagcccttgaagtgtaatcatcttctggataaaaaggag 15887203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 341 - 379
Target Start/End: Original strand, 5711419 - 5711457
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaa 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5711419 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaa 5711457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 9122232 - 9122013
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9122232 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 9122133  T
Q  441 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9122132 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 9122033  T
Q  541 atagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  9122032 atagaaaggagtgatgtcca 9122013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 346 - 558
Target Start/End: Original strand, 25590321 - 25590532
Alignment:
Q  346 taaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgc 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  25590321 taaagtacttagaacaaagattaaaactagcaa-gaaaaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttctaagaggtacttaatttgc 25590419  T
Q  446 tcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggataga 545  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25590420 tcatccttcttcttaagaagttcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggataga 25590519  T
Q  546 aaggagtgatgtc 558  Q
    |||||||||||||    
T  25590520 aaggagtgatgtc 25590532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 352 - 560
Target Start/End: Original strand, 27373899 - 27374107
Alignment:
Q  352 acttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatcc 451  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  27373899 acttagaacaaaaattaaaacaagcaaagagtgttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaaaaggtacttaatttgatcatcc 27373998  T
Q  452 ttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 551  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  27373999 ttcttctgaagtagctcatccttttctctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatatactcttcttctagatagaaaggag 27374098  T
Q  552 tgatgtcca 560  Q
    |||||||||    
T  27374099 tgatgtcca 27374107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 352 - 560
Target Start/End: Original strand, 27464252 - 27464460
Alignment:
Q  352 acttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatcc 451  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  27464252 acttagaacaaaaattaaaacaagcaaagagtgttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaaaaggtacttaatttgatcatcc 27464351  T
Q  452 ttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 551  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  27464352 ttcttctgaagtagctcatccttttctctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatatactcttcttctagatagaaaggag 27464451  T
Q  552 tgatgtcca 560  Q
    |||||||||    
T  27464452 tgatgtcca 27464460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 12856098 - 12856273
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  12856098 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 12856197  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12856198 cttcttttatacccagcctgaattctagcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 12856273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 26865941 - 26866116
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  26865941 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 26866040  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26866041 cttcttttatatccagcctgaattctagcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 26866116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 34816875 - 34816655
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaaga-ttaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagat 434  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||     ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||    
T  34816875 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaaattaaaacaagcaaaaaaaat-----gtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagat 34816781  T
Q  435 acttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttc 534  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||  ||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  34816780 acttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatctttttccctcaatcttcttttgtacccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttc 34816681  T
Q  535 ttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  34816680 ttctggatagaaaggagtgatgtcca 34816655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 3662493 - 3662668
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  3662493 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 3662592  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3662593 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 3662668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 12726492 - 12726317
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  12726492 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 12726393  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12726392 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 12726317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 17983793 - 17983618
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  17983793 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 17983694  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17983693 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 17983618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 25788877 - 25789052
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  25788877 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 25788976  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25788977 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 25789052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 26026568 - 26026743
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  26026568 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 26026667  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26026668 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 26026743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 27342876 - 27343051
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  27342876 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 27342975  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27342976 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 27343051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 27403616 - 27403791
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  27403616 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 27403715  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27403716 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 27403791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 32971580 - 32971358
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||     ||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  32971580 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaattaaaacaggcaaaaaaaaaaaaatg--caactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 32971483  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||  ||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  32971482 cttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatcattttccctcaatcttcttttgtacccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttct 32971383  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  32971382 tctggatagaaaggagtgatgtcca 32971358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 16931543 - 16931718
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  16931543 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacnactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 16931642  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16931643 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 16931718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 336 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 7669513 - 7669378
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaa-aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagat 434  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  7669513 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaagat----acaagcaaagaataaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagat 7669418  T
Q  435 acttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatcctt 474  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7669417 acttgatttgctcatccttcttcttgagtagctcatcctt 7669378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 444 - 560
Target Start/End: Original strand, 27385644 - 27385760
Alignment:
Q  444 gctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggata 543  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | | | || |||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||    
T  27385644 gctcatccttcttctgaagtagttcttccttctctcttaacttcctcttatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatgtattctgcctctggata 27385743  T
Q  544 gaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||    
T  27385744 gaaaggagtgatgtcca 27385760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 444 - 560
Target Start/End: Original strand, 27476057 - 27476173
Alignment:
Q  444 gctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggata 543  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | | | || |||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||    
T  27476057 gctcatccttcttctgaagtagttcttccttctctcttaacttcctcttatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatgtattctgcctctggata 27476156  T
Q  544 gaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||    
T  27476157 gaaaggagtgatgtcca 27476173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 444 - 560
Target Start/End: Original strand, 4632118 - 4632234
Alignment:
Q  444 gctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggata 543  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | | | || |||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||    
T  4632118 gctcatccttcttctgaagtagttcttccttctctcttaacttcctcttatgcccagcataaattcttgcagctcttgtgatgtattctgcctctggata 4632217  T
Q  544 gaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||    
T  4632218 gaaaggagtgatgtcca 4632234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 444 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 32310659 - 32310543
Alignment:
Q  444 gctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggata 543  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | | | || |||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||    
T  32310659 gctcatccttcttctgaagtagttcttccttctctcttaacttcctcttatgcccagcataaattcttgcagctcttgtgatgtattctgcctctggata 32310560  T
Q  544 gaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||    
T  32310559 gaaaggagtgatgtcca 32310543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 385 - 476
Target Start/End: Original strand, 4632038 - 4632129
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttct 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||    |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4632038 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttcttcaactgttctaagagaagtctaatctgttcatccttcttctgaagtagctcatccttct 4632129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 385 - 476
Target Start/End: Original strand, 27385564 - 27385655
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttct 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||    |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27385564 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttcttcaactgttctaagagaagtctaatctgttcatccttcttctgaagtagctcatccttct 27385655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 385 - 476
Target Start/End: Original strand, 27475977 - 27476068
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttct 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||    |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27475977 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttcttcaactgttctaagagaagtctaatctgttcatccttcttctgaagtagctcatccttct 27476068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 385 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 32310739 - 32310648
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttct 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||    |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32310739 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttcttcaactgttctaagagaagtctaatctgttcatccttcttctgaagtagctcatccttct 32310648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 389 - 551
Target Start/End: Original strand, 12359298 - 12359460
Alignment:
Q  389 gtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttc 488  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| ||||   |||| |||  ||||||  || |    
T  12359298 gtgtgcaactaaggtttggctagcttagacatctgttccaatagatatttaatctgatcatccttcttctgaagttcttcattctttgctctcaatctgc 12359397  T
Q  489 ttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 551  Q
    |||| | ||| || || |||||  |||||||||   |||| || |||||||||||||||||||    
T  12359398 ttttcagccctgcttgaattctatcagcccttgaagtgtaatcatcttctggatagaaaggag 12359460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 35)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Original strand, 5291630 - 5291849
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 440  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5291630 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaactgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctattccaagagatacttaa 5291729  T
Q  441 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  5291730 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattcttgcagcccttataatgtactcttcttctgg 5291829  T
Q  541 atagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  5291830 atagaaaggagtgatgtcca 5291849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Original strand, 27604508 - 27604728
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaa-aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatactta 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  27604508 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaataaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagatactta 27604607  T
Q  440 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctg 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27604608 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattcttgcagtccttgtgatgtactcttcttctg 27604707  T
Q  540 gatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27604708 gatagaaaggagtgatgtcca 27604728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 40400207 - 40399989
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 440  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  40400207 gcaactaaagtacttagaataaagattaaaacaagcaaaaaaaattgg-tgtgcaactagggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagatacttaa 40400109  T
Q  441 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  40400108 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtaatgtattcttcttctgg 40400009  T
Q  541 atagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  40400008 atagaaaggagtgatgtcca 40399989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 39361495 - 39361270
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaa-aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagat 434  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  39361495 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaataaaagggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagat 39361396  T
Q  435 acttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttc 534  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39361395 acttaatttgctcatcattcttcttgagtagctcatccttttccctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttc 39361296  T
Q  535 ttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||| |||||||||||||||||||    
T  39361295 ttctgggtagaaaggagtgatgtcca 39361270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 352 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 31447714 - 31447510
Alignment:
Q  352 acttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatcc 451  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  31447714 acttagaacaaaaattaaaacaagcaaagaatgttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaaaatatacttaatttgctcatcc 31447615  T
Q  452 ttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 551  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31447614 ttcttctgaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattctagcagcccttgtaatgtactcttcttctggatagaaaggag 31447515  T
Q  552 tgatg 556  Q
    |||||    
T  31447514 tgatg 31447510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 15768537 - 15768362
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  15768537 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcatt 15768438  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15768437 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 15768362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 37731059 - 37731234
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  37731059 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcatt 37731158  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37731159 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 37731234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 22156294 - 22156074
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaaga-ttaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagat 434  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||     ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||    
T  22156294 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaaattaaaacaagcaaaaaaaat-----gtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagat 22156200  T
Q  435 acttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttc 534  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||  ||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  22156199 acttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatctttttccctcaatcttcttttgtacccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttc 22156100  T
Q  535 ttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  22156099 ttctggatagaaaggagtgatgtcca 22156074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 6985495 - 6985320
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  6985495 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 6985396  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6985395 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 6985320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 9345737 - 9345562
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  9345737 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctaaagtagctcatccttttccctcatt 9345638  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9345637 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 9345562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 14039794 - 14039619
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  14039794 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 14039695  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14039694 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 14039619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 14448133 - 14448308
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  14448133 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 14448232  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14448233 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 14448308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 14559165 - 14559340
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  14559165 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 14559264  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14559265 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 14559340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 17616816 - 17616641
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  17616816 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcatt 17616717  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||  | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17616716 cttcttttgtatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 17616641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 17728673 - 17728498
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  17728673 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcatt 17728574  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||  | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17728573 cttcttttgtatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 17728498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 22685200 - 22685025
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  22685200 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 22685101  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22685100 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 22685025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 23306043 - 23305868
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  23306043 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 23305944  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23305943 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 23305868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 23371706 - 23371531
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  23371706 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 23371607  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23371606 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 23371531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 23706553 - 23706378
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  23706553 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 23706454  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23706453 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 23706378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 27043316 - 27043491
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  27043316 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 27043415  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27043416 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 27043491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 27469758 - 27469583
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  27469758 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 27469659  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27469658 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 27469583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 31358290 - 31358115
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  31358290 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcatt 31358191  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||  | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31358190 cttcttttgtatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 31358115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 36583606 - 36583781
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  36583606 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 36583705  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36583706 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 36583781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 42052565 - 42052390
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  42052565 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 42052466  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42052465 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 42052390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 24589161 - 24589336
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||     
T  24589161 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttacctcatt 24589260  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24589261 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 24589336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 30228553 - 30228728
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  30228553 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 30228652  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30228653 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtaatgtcca 30228728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 39491994 - 39492169
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||     
T  39491994 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatcctttttcctcatt 39492093  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39492094 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 39492169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 24817948 - 24818123
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  24817948 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 24818047  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24818048 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggattgatgtcca 24818123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 35225259 - 35225084
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  35225259 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 35225160  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35225159 cttcttacatgcccagcatgaatccttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 35225084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 15994390 - 15994565
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| |||||||||||| || || || |      
T  15994390 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatctttcttctgaagtagctcatcattttcccttaat 15994489  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  15994490 ttccttttatgcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagagatgtcca 15994565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 31843162 - 31842987
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||| || || ||||| ||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  31843162 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactattctaagaaatacttgatctgatcatctttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 31843063  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31843062 ttccttttatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagtgatgtcca 31842987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 381 - 531
Target Start/End: Original strand, 1110291 - 1110441
Alignment:
Q  381 aaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctct 480  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||    
T  1110291 aaaattgggtgtgcaactaaggtttggcttgcttatacaactgttccaatagatacttaatttgctcatccttcttctgaagttgttcatcctttgctct 1110390  T
Q  481 catccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactc 531  Q
    ||  || ||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||  ||||||||    
T  1110391 cagtctacttttcaacccagcatgaattctagcagtccttgaaatgtactc 1110441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #33
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 385 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 20796818 - 20796650
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||||      
T  20796818 ttgggtgtgcaactaaggtttggctagcttatacatctgttccaaaagatatttaatctgctcatccttcttctgaagttgttcatcctttgctctcagt 20796719  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtg 553  Q
    |||||||| ||||| || || |||||  |||  ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20796718 cttcttttcaacccggcttgaattctaacagttcttgaaatgtactcatcttctggatagaaaggagtg 20796650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #34
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 444 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 36697312 - 36697196
Alignment:
Q  444 gctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggata 543  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | | | || |||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||    
T  36697312 gctcatccttcttctgaagtagttcttccttctctcttaacttcctcttatgcccagcataaattcttgcagctcttgtgatgtattctgcctctggata 36697213  T
Q  544 gaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||    
T  36697212 gaaaggagtgatgtcca 36697196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #35
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 385 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 36697392 - 36697301
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttct 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||    |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36697392 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttcttcaactgttctaagagaagtctaatctgttcatccttcttctgaagtagctcatccttct 36697301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Original strand, 19180040 - 19180259
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 440  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19180040 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaactgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 19180139  T
Q  441 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  19180140 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattcttgcagcccttgtaatatactcttcttctag 19180239  T
Q  541 atagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  19180240 atagaaaggagtgatgtcca 19180259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Original strand, 4168357 - 4168575
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaa 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  4168357 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaaaaaaat-gggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagatacttaa 4168455  T
Q  441 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4168456 tttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctgg 4168555  T
Q  541 atagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  4168556 atagaaaggagtgatgtcca 4168575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 5649480 - 5649257
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  5649480 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaaaaaaattgg-tgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagata 5649382  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5649381 cttaatctgctcatccttcttattgagtagctcatccttttctctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 5649282  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  5649281 tctgggtagaaaggagtgatgtcca 5649257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 12622896 - 12622677
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  12622896 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaattaaaacaagcaaaaaaaat-----gtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 12622802  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||  | |||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  12622801 cttgatttgctcgtccttctttttgagtagctcatccttttccctcattcttcttttgtatccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttct 12622702  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  12622701 tctggatagaaaggagtgatgtcca 12622677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 21864763 - 21864996
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattg---------ggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttc 426  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||            |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  21864763 gcagtgcaactaaagtacttagaacaagaattaaaacaagcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggtgtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttc 21864862  T
Q  427 caagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatg 526  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  21864863 caatagatacttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatccttttccctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgttgcccttgtgatg 21864962  T
Q  527 tactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21864963 tactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 21864996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 38096208 - 38096383
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||     
T  38096208 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttttgaagtagctcatccttttctctcatt 38096307  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38096308 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 38096383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 51655550 - 51655375
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  51655550 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 51655451  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51655450 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 51655375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 7508422 - 7508597
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  7508422 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 7508521  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7508522 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 7508597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 36246106 - 36245931
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  36246106 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 36246007  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36246006 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttatggatagaaaggagtgatgtcca 36245931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 35400218 - 35400043
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  35400218 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 35400119  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35400118 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 35400043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 35647743 - 35647568
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  35647743 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 35647644  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35647643 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 35647568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 47617612 - 47617437
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  47617612 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 47617513  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47617512 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 47617437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 5834349 - 5834524
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  5834349 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 5834448  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5834449 cttcttacatgcccagcatgaatccttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 5834524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 3172745 - 3172920
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||     
T  3172745 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttctttttaagtagctcatccttttccctcatt 3172844  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3172845 cttcttacatgcccagcatgaatccttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 3172920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 12731632 - 12731807
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  12731632 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatctttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 12731731  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  12731732 ttccttttatgcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagagatgtcca 12731807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 12742225 - 12742400
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  12742225 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatctttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 12742324  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  12742325 ttccttttatgcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagagatgtcca 12742400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 381 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 153330 - 153158
Alignment:
Q  381 aaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctct 480  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||  ||||    
T  153330 aaaattgggtgtgcaactaaggtttggcttgcttatacaactgttccaatagatacttaatttgctcatccttcttctgaagttgttcattctttgctct 153231  T
Q  481 catccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtg 553  Q
    ||  || ||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  153230 cagtctacttttcaacccagcatgaattctagcagtccttgaaatgtactcatcttctggatagaaaggagtg 153158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 266 - 339
Target Start/End: Original strand, 52689229 - 52689302
Alignment:
Q  266 agtggaataaatggaacgagtataagggctagttagtaggtgagttttctaagtgtgaaaattgtagtaagcag 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52689229 agtggaataaatggaacgagtataagggctagttagtaggtgagttttctaagtgtgaaaattgtagtaagcag 52689302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 33)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Original strand, 37867618 - 37867838
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaa-aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatactta 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||    
T  37867618 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaataaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctattccaaaagatactta 37867717  T
Q  440 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctg 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37867718 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctg 37867817  T
Q  540 gatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  37867818 gatagaaaggagtgatgtcca 37867838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Original strand, 37876136 - 37876356
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaa-aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatactta 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||    
T  37876136 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaataaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctattccaaaagatactta 37876235  T
Q  440 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctg 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37876236 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctg 37876335  T
Q  540 gatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  37876336 gatagaaaggagtgatgtcca 37876356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 334 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 6219763 - 6219538
Alignment:
Q  334 aagcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagaga 433  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6219763 aagcagtgcaactaaagtacttagaacaaagattaaagcaagcaaaaaaaattgg-tgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaagaga 6219665  T
Q  434 tacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactctt 533  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6219664 tacttaatttgttcatccttctgcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactctt 6219565  T
Q  534 cttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  6219564 cttctggatagaaaggagtgatgtcca 6219538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 334 - 560
Target Start/End: Original strand, 19779548 - 19779773
Alignment:
Q  334 aagcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagaga 433  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  19779548 aagcagtgcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaaaaaaaa-gggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaaga 19779646  T
Q  434 tacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactctt 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19779647 tacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttatgatgtactctt 19779746  T
Q  534 cttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  19779747 cttctggatagaaaggagtgatgtcca 19779773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 352 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 16390633 - 16390427
Alignment:
Q  352 acttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatcc 451  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16390633 acttagagcaaaaattaaaacaagcaaagaatgtcgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatcc 16390534  T
Q  452 ttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 551  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16390533 ttcttctgaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattctggctgcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 16390434  T
Q  552 tgatgtc 558  Q
    |||||||    
T  16390433 tgatgtc 16390427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 20682837 - 20682617
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||     |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  20682837 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaattaaaacaagcaaaaaaaa----atgtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 20682742  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  20682741 cttgatttgctcatccttcttcttgagtagctcatccttttccctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgatgcccttgtgatgtactcttct 20682642  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  20682641 tctgtatagaaaggagtgatgtcca 20682617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 368 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 9992986 - 9992794
Alignment:
Q  368 aaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagct 467  Q
    ||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  9992986 aaaacaagctaagagtgttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatatgatcatccttcttcttaagtagct 9992887  T
Q  468 catccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9992886 catccttttctctcattcttcttttatgcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttcgggatagaaaggagtgatgtcca 9992794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 6500039 - 6499864
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  6500039 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttccaaaagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcatt 6499940  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6499939 cttcttttaagcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttcttgatagaaaggagtgatgtcca 6499864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 13122839 - 13123059
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||     |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  13122839 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaattaaaacaagcaaaaaaaa----atgtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 13122934  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||  ||||||||  |||||| ||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  13122935 cttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatccttttccctcaatcttcttttgtacccagaatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttct 13123034  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  13123035 tctggatagaaaggagtgatgtcca 13123059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 14466766 - 14466985
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||     ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  14466766 gcagtgcaagtaaagtagttagaacaaaaattaaaacaagcaaaaaaaat-----gtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 14466860  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||  ||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  14466861 cttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatccttttccctcaatcttcttttgtacccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttct 14466960  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  14466961 tctggatagaaaggagtgatgtcca 14466985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 13382328 - 13382153
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  13382328 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 13382229  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13382228 cttcttttatacccagcctgaattctagcagcccttgtgatgtactcttcctctggatagaaaggagtgatgtcca 13382153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 13392922 - 13392747
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  13392922 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 13392823  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13392822 cttcttttatacccagcctgaattctagcagcccttgtgatgtactcttcctctggatagaaaggagtgatgtcca 13392747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 4744899 - 4745074
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  4744899 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 4744998  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4744999 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 4745074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 5511855 - 5512030
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  5511855 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 5511954  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5511955 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 5512030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 5546680 - 5546505
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  5546680 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 5546581  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5546580 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 5546505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 24661076 - 24661251
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  24661076 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 24661175  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24661176 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 24661251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 5627036 - 5626861
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  5627036 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 5626937  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5626936 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 5626861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 5875321 - 5875146
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  5875321 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 5875222  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||  |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5875221 ctttgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 5875146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 12295879 - 12295704
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  12295879 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 12295780  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12295779 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 12295704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 16477440 - 16477615
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  16477440 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 16477539  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16477540 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 16477615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 24393131 - 24392956
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  24393131 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 24393032  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24393031 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctgaatagaaaggagtgatgtcca 24392956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 41684835 - 41685010
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  41684835 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 41684934  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41684935 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 41685010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 8775865 - 8776040
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  8775865 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 8775964  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8775965 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 8776040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 18485198 - 18485373
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  18485198 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 18485297  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18485298 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 18485373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 23758441 - 23758616
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  23758441 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 23758540  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23758541 ttccttttatgcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagtgatgtcca 23758616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 38195932 - 38196107
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  38195932 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 38196031  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38196032 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 38196107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 39373262 - 39373437
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  39373262 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 39373361  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39373362 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 39373437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 28323876 - 28323701
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  28323876 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 28323777  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28323776 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgagatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 28323701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 381 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 29470847 - 29470675
Alignment:
Q  381 aaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctct 480  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||    
T  29470847 aaaattgggtgtgcaactaaggtttggcttgcttatacaactgttccaatagatacttaatttgctcatccttcttctgaagttgttcatcctttgctct 29470748  T
Q  481 catccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtg 553  Q
    ||  || ||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  29470747 cagtctacttttcaacccagcatgaattctagcagtccttgaaatgtcctcatcttctggatagaaaggagtg 29470675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 12248504 - 12248329
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  12248504 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttaaacaactgttctaagagatgcttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 12248405  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12248404 ttccttttatgcccagcatgaattctagcagcccttgtgatgtattcttcttctggatagtaaggagtgatgtcca 12248329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 466 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 10636014 - 10635920
Alignment:
Q  466 ctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| ||||||||  | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10636014 ctcatccttttctctcattttccttttatgcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagtgatgtcca 10635920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 385 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 10654333 - 10654248
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcat 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  10654333 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactattctaagagatacttgatttgatcatctttcttctgaagtagctcat 10654248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 52
Target Start/End: Original strand, 46223010 - 46223053
Alignment:
Q  9 agcagagacaggaattgctacttgaactagaaagcatacaactt 52  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  46223010 agcagagacatgaattgctacttgaactagaaaacatactactt 46223053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Original strand, 43083789 - 43084009
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaa-aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatactta 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  43083789 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaataaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagatactta 43083888  T
Q  440 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctg 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43083889 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccaacatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctg 43083988  T
Q  540 gatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  43083989 gatagaaaggagtgatgtcca 43084009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 24337486 - 24337264
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  24337486 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaa-aaaattgg-tgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagata 24337389  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24337388 cttaatttgctcatccttcttcttgagtagctcatccttttctctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 24337289  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  24337288 tctggatagaaaggagtgatgtcca 24337264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 341 - 560
Target Start/End: Original strand, 29245346 - 29245567
Alignment:
Q  341 gcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaat--tgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatactt 438  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  29245346 gcaactaaaatacttagaacagagattaaaacaagcaaagaaaaaaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagatactt 29245445  T
Q  439 aatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttct 538  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29245446 aatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccagcatgaattcttgcagcccttgtaatgtactcttcttct 29245545  T
Q  539 ggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  29245546 ggatagaaaggagtgatgtcca 29245567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 4211034 - 4211254
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  4211034 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaattaaaacaagcaaaaaaaaaag----tgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 4211129  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  4211130 cttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatccttttctctcattcttcttttgtatccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttct 4211229  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  4211230 tctggatagaaaggagtgatgtcca 4211254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 40223476 - 40223651
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  40223476 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 40223575  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40223576 cttcttttatacccagcctgaattctagcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 40223651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 22959423 - 22959203
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaaga-ttaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagat 434  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||     ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||    
T  22959423 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaaattaaaacaagcaaaaaaaat-----gtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagat 22959329  T
Q  435 acttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttc 534  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||  ||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  22959328 acttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatctttttccctcaatcttcttttgtacccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttc 22959229  T
Q  535 ttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  22959228 ttctggatagaaaggagtgatgtcca 22959203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 11404520 - 11404345
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  11404520 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 11404421  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11404420 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 11404345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 43346542 - 43346717
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  43346542 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 43346641  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43346642 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 43346717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 10268125 - 10268300
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || |||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||     
T  10268125 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatcctttttctgaagtagctcatccttttccctcatt 10268224  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10268225 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 10268300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 10278702 - 10278877
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || |||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||     
T  10278702 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatcctttttctgaagtagctcatccttttccctcatt 10278801  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10278802 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 10278877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 27222563 - 27222738
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  27222563 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 27222662  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27222663 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 27222738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 35254176 - 35254351
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  35254176 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 35254275  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35254276 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 35254351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 35264785 - 35264960
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  35264785 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 35264884  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35264885 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 35264960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 9907235 - 9907060
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  9907235 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttacttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 9907136  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9907135 ttccttttatgcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagtgatgtcca 9907060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 9772406 - 9772231
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  9772406 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatctttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 9772307  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9772306 ttccttttatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagtgatgtcca 9772231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 385 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 34803446 - 34803301
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||     
T  34803446 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagttcatccttttccctcatt 34803347  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtact 530  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||    
T  34803346 cttcttttatacccagcctgaattctagcaacccttgtgatgtact 34803301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 526 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 34799726 - 34799692
Alignment:
Q  526 gtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34799726 gtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 34799692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 527 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 35759275 - 35759242
Alignment:
Q  527 tactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35759275 tactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 35759242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 177; Significance: 4e-95; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 26112419 - 26112642
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  26112419 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaaaaaaat-gggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagata 26112517  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26112518 cttaatttgttcatccttctgcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 26112617  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  26112618 tctggatagaaaggagtgatgtcca 26112642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 342 - 560
Target Start/End: Original strand, 19129892 - 19130112
Alignment:
Q  342 caactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaat--tgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatactta 439  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  19129892 caactaaaatacttagaacaaagattataacaagcaaagaaaaaaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagatactta 19129991  T
Q  440 atttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctg 539  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19129992 atttgctgatccttcttcttaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaacccaacatgaattcttgcagcccttgtaatgtactcttcttctg 19130091  T
Q  540 gatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  19130092 gatagaaaggagtgatgtcca 19130112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 6152242 - 6152462
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||     |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  6152242 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaattaaaacaagcaaaaaaaa----atgtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 6152337  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||| || ||||  ||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  6152338 cttgatttgctcattcttctttttgagtagctcatccttttccctcaatcttcttttgtacccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttct 6152437  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    
T  6152438 tctcgatagaaaggagtgatgtcca 6152462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 15766256 - 15766081
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||     
T  15766256 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctaaagtagctcattcttttccctcatt 15766157  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15766156 cttcttttatacccagcctgaattctagcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 15766081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 15790393 - 15790218
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  15790393 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatccgatcatccttcttctaaagtagctcatccttttccctcatt 15790294  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15790293 cttcttttatacccagcctgaattctagcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 15790218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 36294110 - 36294285
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  36294110 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcatt 36294209  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36294210 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 36294285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 209262 - 209087
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  209262 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 209163  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  209162 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 209087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 242993 - 243168
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  242993 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 243092  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  243093 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 243168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 722885 - 722710
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  722885 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 722786  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  722785 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 722710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 796363 - 796538
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  796363 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 796462  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  796463 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 796538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 3358314 - 3358139
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  3358314 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 3358215  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3358214 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 3358139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 9342315 - 9342490
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  9342315 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 9342414  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9342415 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 9342490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 29077891 - 29078066
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  29077891 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 29077990  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29077991 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 29078066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 32087378 - 32087203
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  32087378 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 32087279  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32087278 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 32087203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 13687673 - 13687498
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  13687673 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 13687574  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13687573 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 13687498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 36079115 - 36079290
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  36079115 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 36079214  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36079215 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 36079290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 389 - 551
Target Start/End: Original strand, 19226134 - 19226296
Alignment:
Q  389 gtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttc 488  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||| | || | ||   ||||||  ||||    
T  19226134 gtgtgcaactaaggtttggctagcttagacatctgttccaatagatatttaatctgctcatccttcttctgaagttgttctttctgtgctctcagtcttc 19226233  T
Q  489 ttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 551  Q
    |||| | |||||| || |||||  |||||||||   |||| || |||||||||||||||||||    
T  19226234 ttttcagcccagcttgaattctatcagcccttgaagtgtaatcatcttctggatagaaaggag 19226296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 444 - 560
Target Start/End: Original strand, 44482387 - 44482503
Alignment:
Q  444 gctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggata 543  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | | | || |||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||    
T  44482387 gctcatccttcttctgaagtagttcttccttctctcttaacttcctcttatgcccagcataaattcttgcagctcttgtgatgtattctgcctctggata 44482486  T
Q  544 gaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||    
T  44482487 gaaaggagtgatgtcca 44482503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 389 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 30324333 - 30324171
Alignment:
Q  389 gtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttc 488  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||| | |||  ||   ||||||  ||||    
T  30324333 gtgtgcaactaaggtttggctagcttagacatctgttccaaaagatatttaatctgctcatccttcttctgaagttgttcagtctgtgctctcactcttc 30324234  T
Q  489 ttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 551  Q
    |||| | |||||| || |||||  |||||||||   |||| || ||||||||||| |||||||    
T  30324233 ttttcagcccagcttgaattctatcagcccttgaagtgtaatcatcttctggataaaaaggag 30324171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 385 - 476
Target Start/End: Original strand, 44482307 - 44482398
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttct 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||    |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44482307 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttcttcagctgttctaagagaagtctaatctgttcatccttcttctgaagtagctcatccttct 44482398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 165; Significance: 6e-88; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 17919243 - 17919466
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  17919243 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaaaaaaatagg-tgtgcaactaaggttgggctttcttgtacatctgttccaaaagata 17919341  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17919342 cttgatttgctcatccttcttcttgagtagctcatccttttccctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 17919441  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  17919442 tctggatagaaaggagtgatgtcca 17919466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 19954068 - 19953843
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaa-aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagat 434  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19954068 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaataaatgggtgtgcaactaaggttggacttgcttgtacatctgttccaaaagat 19953969  T
Q  435 acttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttc 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19953968 acttaatttgctcatccttcttcttgagtagctcatccttttcccttattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactattc 19953869  T
Q  535 ttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||| |||||||||||||||||||    
T  19953868 ttctgggtagaaaggagtgatgtcca 19953843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 24027147 - 24026926
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaa-aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagat 434  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  24027147 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaagat----acaagcaaagaataaatgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttgtacatctgttccaaaagat 24027052  T
Q  435 acttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttc 534  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24027051 acttgatttgctcatccttcttcttgagtagctcatccttttccctcattcttcttttatacccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttc 24026952  T
Q  535 ttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  24026951 ttctggatagaaaggagtgatgtcca 24026926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 344 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 40469694 - 40469482
Alignment:
Q  344 actaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaattt 443  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  40469694 actaaaatatttagaacaaaaattaaa-caagcaaaaaaaat-gggtgtgcaactaaggtttggcttgcttatacatttgttccaaaaggtacttaattt 40469597  T
Q  444 gctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggata 543  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  40469596 gctcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaatccagcatgaattctagcagcccttgtaatgtactcttcttctagata 40469497  T
Q  544 gaaaggagtgatgtc 558  Q
    ||| |||||| ||||    
T  40469496 gaagggagtgttgtc 40469482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 336 - 560
Target Start/End: Original strand, 16257063 - 16257282
Alignment:
Q  336 gcagagcaactaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagata 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  16257063 gcagtgcaactaaagtacttagaacaaaaattaaaacaagcaaaaaaaat-----gtgcaactaaggttgggtttgcttgtacatctgttccaatagata 16257157  T
Q  436 cttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttct 535  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||  ||||||||  |||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  16257158 cttgatttgctcatccttctttttgagtagctcatctttttccctcaatcttcttttgtacccagcatgaattcttgttgcccttgagatgtactcttct 16257257  T
Q  536 tctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  16257258 tctggatagaaaggagtgatgtcca 16257282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 55754891 - 55754716
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  55754891 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcatt 55754792  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55754791 cttcttttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 55754716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 10750231 - 10750056
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  10750231 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttagacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 10750132  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10750131 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 10750056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 10964000 - 10963825
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  10964000 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttagacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 10963901  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10963900 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 10963825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 18762144 - 18761969
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  18762144 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatttgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 18762045  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18762044 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagcccatgtgatgtattcctcttctggatagaaaggagtgatgtcca 18761969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 24641492 - 24641667
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  24641492 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 24641591  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24641592 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 24641667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 36019512 - 36019687
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  36019512 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaattgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctcatt 36019611  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36019612 cttcgtttatatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 36019687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 451753 - 451928
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  451753 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatctttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 451852  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  451853 ttccttttatgcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagagatgtcca 451928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 27657825 - 27658000
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||     
T  27657825 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttctttttaagtagctcatccttttccctcatt 27657924  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27657925 cttcttacatgcccagcatgaatccttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 27658000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 30936154 - 30935979
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  30936154 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatctttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 30936055  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  30936054 ttccttttatgcccagcatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagagatgtcca 30935979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 21997593 - 21997768
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||||||||||||||| || || |      
T  21997593 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatctttcttctgaagtagctcatccttttcccttaat 21997692  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
     | ||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  21997693 ttccttttatgcccaacatgaattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagtaaggagagatgtcca 21997768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1216 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold1216
Description:

Target: scaffold1216; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 344 - 558
Target Start/End: Original strand, 227 - 439
Alignment:
Q  344 actaaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaattt 443  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  227 actaaaatacttagaacaaaaattaaa-caagcaaagaagat-gggtgtgcaactaaggtttggcttgcttatacatttgttccaaaaggtacttaattt 324  T
Q  444 gctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggata 543  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  325 gctcatccttcttctgaagtagctcatccttttctctcattcttcttttaaatccagcatgaattctagcagcccttgtaatgtactcttcttatggata 424  T
Q  544 gaaaggagtgatgtc 558  Q
    |||||||||| ||||    
T  425 gaaaggagtgttgtc 439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0133
Description:

Target: scaffold0133; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Original strand, 32314 - 32489
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||     
T  32314 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgttctaagagatacttgatctgatcatccttcttttgaagtagctcatccttttccctcatt 32413  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32414 cttcgtttaaatccagcctgaattctagcagccctagtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 32489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 108; Significance: 6e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 46657 - 46482
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  46657 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacagctgttctaagagatacttgatctgttcatctttcttcttaagtagctcatccttttccctcatt 46558  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
    ||||||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46557 cttcttacatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatatactcttcttcaggatagaaaggagtgatgtcca 46482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 383 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 52651 - 52481
Alignment:
Q  383 aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctca 482  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||||    
T  52651 aattgggtgtgcaactaaggtttgacttgcttatacatctgttccaatagatacttaatttgctcatccttcttctgaagttgttcatcctttgctctca 52552  T
Q  483 tccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtg 553  Q
      || ||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52551 gtctacttttcaacccagcatgaattctagcagtccttgaaatgtactcatcttctggatagaaaggagtg 52481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0906 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0906
Description:

Target: scaffold0906; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 383 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 3601 - 3424
Alignment:
Q  383 aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctca 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||  | || || ||||||||||||| ||||||||||||||| || || |    
T  3601 aattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacaactgctctaagagatatctgatctgatcatccttcttctgaagtagctcatccttttccctta 3502  T
Q  483 tccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtcca 560  Q
       |||| |||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  3501 attttctcttatgcccagcatgaattcttgcagctcttgtgatgtattcttcctctgggtagaagggagtgatatcca 3424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0747 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0747
Description:

Target: scaffold0747; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 481 - 558
Target Start/End: Original strand, 3552 - 3629
Alignment:
Q  481 catccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtc 558  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3552 catccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagctcttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggagtgatgtc 3629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1002 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold1002
Description:

Target: scaffold1002; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 347 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 2987 - 2861
Alignment:
Q  347 aaagtacttagaacaaagattaaaacaagcaaagaaaattgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgct 446  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||    |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||| ||||| ||||    
T  2987 aaagtacttagaacaaaaatctaaacaagcaac---aattgggtgtgcaactaaggtttggctagcttagacatctgttccagtagatatttaatctgct 2891  T
Q  447 catccttcttcttaagtagctcatccttct 476  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||    
T  2890 catccttcttctgaagttgttcatccttct 2861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0398 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0398
Description:

Target: scaffold0398; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 385 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 3416 - 3250
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatc 484  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||| | |||| ||   |||| |      
T  3416 ttgggtgtgcaactaaggtttggctagcttatacatctgttccaatagatatttaatctgctcatccttcttctgaagttgttcattctgtgctcttagt 3317  T
Q  485 cttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggatagaaaggag 551  Q
    |||||||| | |||||| || |||||  |||| ||||  ||||| || ||||||||||| |||||||    
T  3316 cttcttttcagcccagcttgaattctatcagctcttgaaatgtaatcatcttctggataaaaaggag 3250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0398; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 385 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 11671 - 11593
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagt 463  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  11671 ttgggtgtgcaactaaggtttggctagcttatacatctgttccaatagatatttaatctgctcatccttcttctgaagt 11593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 444 - 560
Target Start/End: Original strand, 2526 - 2642
Alignment:
Q  444 gctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggata 543  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | | | || |||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||    
T  2526 gctcatccttcttctgaagtagttcttccttctctcttaacttcctcttatgcccagcataaattcttgcagctcttgtgatgtattctgcctctggata 2625  T
Q  544 gaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||||||||    
T  2626 gaaaggagtgatgtcca 2642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 385 - 476
Target Start/End: Original strand, 2446 - 2537
Alignment:
Q  385 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttct 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||    |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2446 ttgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttcttcaactgttctaagagaagtctaatctgttcatccttcttctgaagtagctcatccttct 2537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 44; Significance: 9e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 389 - 456
Target Start/End: Original strand, 23758 - 23825
Alignment:
Q  389 gtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttctt 456  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  23758 gtgtgcaactaaggtttggctagcttagacatctgttccaaaagatatttaatctgctcatccttctt 23825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0199 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000006; HSPs: 2)
Name: scaffold0199
Description:

Target: scaffold0199; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 384 - 476
Target Start/End: Original strand, 23802 - 23894
Alignment:
Q  384 attgggtgtgcaactaaggttgggcttgcttatacatctgttccaagagatacttaatttgctcatccttcttcttaagtagctcatccttct 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |  | ||| || |||||||   |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23802 attgggtgtgcaactaaggttgggcttgtttctttaactgctctaagagatgtctaatctgttcatccttcttctgaagtagctcatccttct 23894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0199; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 444 - 560
Target Start/End: Original strand, 23883 - 23999
Alignment:
Q  444 gctcatccttcttcttaagtagctcatccttctctctcatccttcttttaaacccagcatgtattcttgcagcccttgtgatgtactcttcttctggata 543  Q
    ||||||||||||  | |||||| || ||||||||||| | | | || |||  ||||||  | ||||| ||||  ||||||||||| ||| | ||||||||    
T  23883 gctcatccttctgatgaagtagttcttccttctctcttagcttcctattatgcccagctcgaattctagcagatcttgtgatgtaatctgcctctggata 23982  T
Q  544 gaaaggagtgatgtcca 560  Q
    |||||||||||| ||||    
T  23983 gaaaggagtgatatcca 23999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University