View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6900_low_5 (Length: 831)

Name: NF6900_low_5
Description: NF6900
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6900_low_5
NF6900_low_5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-822)||(10598818-10599633)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 566; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 566; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 10599633 - 10598818
Alignment:
Q  1 tgtgttaggtgtagtttggttgatatgtatgcgaaatgtggattggtgcgagaggctaggaaagtgtttgatggtatgagagagcataatgtgatgtcgt 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10599633 tgtgttgggtgtagtttggttgatatgtatgcgaaatgtggattggtgcaagaggctaggaaagtgtttgatggtatgagggagcataatgtgatgtcgt 10599534  T
Q  101 ggacggcacttattaatggatatgtaagaggcggtggtggatatgaacgggaagctatgagattgtttagcgatatgttgcttcagggttgtgttgcgcc 200  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10599533 ggacggctcttgttaatggatatgtacgaggcggtggtggatatgaacgggaagctatgagaatgtttagtaatatgttgcttcagggtggtgttgcgcc 10599434  T
Q  201 aaattgctttacgttttctggtgttcttaaggcttgtgcgagtcttcctaattttgattttggtgaacaagttcacgggcaaacgattaaattaggtctt 300  Q
     || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10599433 gaactgctttacgttctccggtgttcttaaggcttgtgcgagtcttcctgattttgattttggtgaacaggttcatgggcaaacgattaaattaggtctt 10599334  T
Q  301 tctgcgattgattgtgtagggaatggtcttgttagtgtgtatgcaaggtctgggagaatggaaggtgctcgcaagtgttttgatgttttgtttgagaaga 400  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10599333 tctgcaattgattgtgtagggaatggtcttgttagtgtgtatgcaaagtctggaagaatggaatctgctcgcaagtgttttgatgttttgtttgagaaga 10599234  T
Q  401 atttggtttcgggtagtgggatcgttggtgatgcaagtgtgaaagattcgaatttaaattctgaacaagacataaaccctgaaattgaatacactggtag 500  Q
    ||||||||||||  |  |   | |||| |||| ||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |  ||| |||| |||||||   ||||||    
T  10599233 atttggtttcggagacag---ttgttgatgatacaaatgtgaaagattttaatttgaattctgaacaagacttggaccgtgaagttgaatatgttggtag 10599137  T
Q  501 tagcaaagttagttcgtttttatatgctagcctgttgagtggtgctgcttgtattggtacaataggtaagggtgaacaaattcatgccatggtggtgaag 600  Q
    | |   |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10599136 tgg---agttagttcgtttacatatgctagcctcttgagtggtgctgcttgtattggtacaattggtaagggtgaacaaattcatgccatggtggttaag 10599040  T
Q  601 atgggatttcggactgacctaagtgttaataatgctttgatctctatgtattctaagtgtggaaacaaagaagctgctttacaggtctttaatgacatgg 700  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10599039 attggatttcggactgacttaagtgttaataatgctttgatctctatgtattccaagtgtggaaacaaagaagctgctttacaggtctttaatgacatgg 10598940  T
Q  701 aagatcgcaatgtcataacttggacctctatcataaatggttttgcaaaacatgggtttgctacaaaagcactagaattgttctatgatatgctcaaaac 800  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||    
T  10598939 aagattgcaatgtcataacttggacctctatcataaatggttttgcaaaacatggatttgcttcaaaagcactagaattgttctataatatgcttgaaac 10598840  T
Q  801 aggtgtgaaacctaatgatgtc 822  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  10598839 aggtgtgaagcctaatgatgtc 10598818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University