View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6909_low_1 (Length: 768)

Name: NF6909_low_1
Description: NF6909
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6909_low_1
NF6909_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-754)||(26473823-26474559)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 26474559 - 26473823
Alignment:
Q  18 actatgcatgtctattttgtgtaaaaaattgattttagaaactaattatctcacaagttgagtagaatcacaagaaatgtcaaaacatttccacagtttt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26474559 actatgcatgtctattttgtgtaaaaaattgattttagaaactaattatctcacaagttgagtagaatcacaagaaatgtcaaaacatttccacagtttt 26474460  T
Q  118 aactttgcactctcaattttggattcaactcaatatatcccttctatcaaaacattaacatacagattcccttagacatttcatttcataataactggta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  26474459 aactttgcactctcaattttggattcaactcaatatatcccttctatcaaaacattaacatacagattcccatagacatttcatttcataataactagta 26474360  T
Q  218 agtatgcagaatagtaattcagacacagtgcagttggcaattatatttcaacttttaactaggttcaatatttgaccgcatttaaactatactttgtgta 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26474359 agtatgcagaatagtaattcagacacagtgcagttggcaattatatttcaacttttaactaggttcaatatttgaccgcatttaaactatactttgtgta 26474260  T
Q  318 ttgaatgctgatagtgatctaagctaaaccaaccaccaagcaaaattccgacaaaatgattattttgttgtccttattttgtaataataaggtattccta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26474259 ttgaatgctgatagtgatctaagctaaaccaaccaccaagcaaaattccgacaaaatgattattttgttgtccttattttgtaataataaggtattccta 26474160  T
Q  418 ttcctaagtcgtatagtactacaacttaatagagtaattcaattcatttgccatgcagtaacattgaattgctgcagctgcaacgtgatttacctgccat 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26474159 ttcctaagtcgtatagtactacaacttaatagagtaattcaattcatttgccatgcagtaacattgaattgctgcagctgcaacgtgatttacctgccat 26474060  T
Q  518 aatgtctgatactacagagagaagggagactggaaaagggtcactgccatgcaggacagtgtgtacagctttgttcacaatgaatgctgctttccattaa 617  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26474059 aatgtctgttactacagagagaagggagactggaaaagggtcactgccatgcaggacagtgtgtacagctttgttcacaatgaatgctgctttccattaa 26473960  T
Q  618 cagattgggagaagatgccaactattcaaggcatgatagtgacaacattttacaagactttgcgatattttcaatcctttttaagtaattttctttttac 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26473959 cagattgggagaagatgccaactattcaaggcatgatagtgacaacattttacaagactttgcgatattttcaatcctttttaagtaattttctttttac 26473860  T
Q  718 aacaatatatacatctttggtatgtgtaattccttga 754  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26473859 aacaatatatacatctttggtatgtgtaattccttga 26473823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University